Список сайтов разрезания ферментов рестрикции
Фермент рестрикции или эндонуклеаза рестрикции представляет собой особый тип биологической макромолекулы , которая функционирует как часть « иммунной системы » бактерий . Особый вид рестриктаз — это класс « самоминг-эндонуклеаз », которые присутствуют во всех трех сферах жизни, хотя их функции, по-видимому, сильно различаются от одного домена к другому.
Классические ферменты рестрикции разрезают и, следовательно, обезвреживают любую неизвестную (неклеточную ) ДНК , попадающую в бактериальную клетку в результате вирусной инфекции . Они распознают специфическую последовательность ДНК, обычно короткую (от 3 до 8 пар оснований , либо рядом с ним ), и разрезают ее, образуя либо тупые, либо выступающие концы либо в сайте узнавания .
Ферменты рестрикции весьма разнообразны в отношении коротких последовательностей ДНК, которые они распознают. В организме часто имеется несколько разных ферментов, каждый из которых специфичен для отдельной короткой последовательности ДНК. [1]
Каталог ферментов рестрикции
[ редактировать ]В список включены некоторые из наиболее изученных примеров эндонклаз рестрикции . Дана следующая информация:
- Фермент : общепринятое название молекулы в соответствии с принятой на международном уровне номенклатурой. [2] [3] и библиографические ссылки . (Дальнейшее чтение: см. раздел « Номенклатура » в статье « Фермент рестрикции ».)
- Код PDB : код, используемый для идентификации структуры белка в PDB базе данных белковых структур . Трехмерная атомная структура белка предоставляет очень ценную информацию для понимания тончайших деталей механизма его действия. [4] [5] .
- Источник : Организм, который естественным образом производит фермент.
- Последовательность распознавания : Последовательность ДНК, распознаваемая ферментом и с которой он специфически связывается.
- Разрез : место разреза и продукты ДНК разреза. Последовательность узнавания и сайт разрезания обычно совпадают, но иногда сайт разрезания может находиться на расстоянии десятков нуклеотидов от сайта узнавания. [6] [7] .
- Изошизомеры и неошизомеры : Изошизомер — это фермент , который распознает ту же последовательность, что и другая. Неошизомер — это особый тип изошизомера , который распознает ту же последовательность, что и другая, но разрезается другим способом. Для каждого фермента указано максимальное количество из 8–10 наиболее распространенных изошизомеров, но их может быть намного больше. Неошизомеры показаны жирным шрифтом зеленого цвета (например: BamHI ). «Нет на дату Если указано », это означает, что в базах данных на эту дату не было зарегистрированных изошизомеров с четко определенным местом разреза. Изошизомеры, выделенные белым шрифтом и серым фоном, соответствуют ферментам, не указанным в действующих списках:
как в этом не указанном ферменте: ЭкоR70I
Весь список содержит более 1200 ферментов, но в базах данных зарегистрировано около 4000. [8] Чтобы сделать список доступным для навигации, этот список был разделен на разные страницы. На каждой странице содержится где-то 120-150 записей. Выберите букву, чтобы перейти к определенной части списка:
Примечания и ссылки
[ редактировать ]- ^ Робертс Р.Дж. (январь 1980 г.). «Ферменты рестрикции и модификации и последовательности их распознавания» . Нуклеиновые кислоты Рез . 8 (1): р63–р80. дои : 10.1093/нар/8.1.197-д . ПМЦ 327257 . ПМИД 6243774 .
- ^ Смит Х.О., Натанс Д. (декабрь 1973 г.). «Письмо: Предлагаемая номенклатура бактериальных систем модификации и рестрикции-хозяина и их ферментов». Дж. Мол. Биол . 81 (3): 419–23. дои : 10.1016/0022-2836(73)90152-6 . ПМИД 4588280 .
- ^ Робертс Р.Дж., Белфорт М., Бестор Т., Бхагват А.С., Бикл Т.А., Битинайте Дж., Блюменталь Р.М., Дегтярев С.К., Драйден Д.Т., Дибвиг К., Фирман К., Громова Э.С., Гампорт Р.И., Хэлфорд С.Э., Хаттман С., Хейтман Дж., Хорнби Д.П. , Янулайтис А, Йельч А, Джозефсен Дж, Кисс А, Клаенхаммер Т.Р., Кобаяши И, Конг Х, Крюгер Д.Х., Лакс С., Маринус М.Г., Мияхара М., Морган Р.Д., Мюррей Н.Э., Нагараджа В., Пекарович А., Пингуд А., Роли Э, Рао Д.Н., Райх Н., Репин В.Е., Селкер ЕС, Шоу П.С., Стейн Д.К., Стоддард Б.Л., Шибальски В., Траутнер Т.А., Ван Эттен Дж.Л., Витор Дж.М., Уилсон Г.Г., Сюй С.Ю. (апрель 2003 г.). «Номенклатура ферментов рестрикции, ДНК-метилтрансфераз, самонаводящихся эндонуклеаз и их генов» . Нуклеиновые кислоты Рез . 31 (7): 1805–12. дои : 10.1093/нар/gkg274 . ПМК 152790 . ПМИД 12654995 .
- ^ Джереми МБ, Джон Л.Т., Люберт С. (2002). «3. Структура и функция белка» . Биохимия . Сан-Франциско: WH Freeman. ISBN 0-7167-4684-0 .
- ^ Анфинсен CB (1973). «Принципы, управляющие сворачиванием белковых цепей». Наука . 181 (4096): 223–30. дои : 10.1126/science.181.4096.223 . ПМИД 4124164 .
- ^ Кесслер С., Манта V (август 1990 г.). «Обзор специфичности эндонуклеаз рестрикции и метилтрансфераз модификации ДНК (издание 3)». Джин . 92 (1–2): 1–248. дои : 10.1016/0378-1119(90)90486-Б . ПМИД 2172084 .
- ^ Пингуд А., Йельч А. (сентябрь 2001 г.). «Структура и функции эндонуклеаз рестрикции II типа» . Нуклеиновые кислоты Рез . 29 (18): 3705–27. дои : 10.1093/нар/29.18.3705 . ПМК 55916 . ПМИД 11557805 .
- ^ Робертс Р.Дж., Винце Т., Посфаи Дж., Маселис Д. «REBASE» . Проверено 23 мая 2010 г.
База данных рестрикционных ферментов.
См. также
[ редактировать ]
- Список сайтов разрезания самонаводящейся эндонуклеазы
- Фермент рестрикции .
- Изошизомер .
- Подробные статьи о некоторых ферментах рестрикции: EcoRI , HindIII , BglII .
- Хоминг-эндонуклеаза .
- Интроны и интеины .
- Внутригеномный конфликт: самонаведение генов эндонуклеаз .
- Хоминг-эндонуклеаза I-CreI .
Внешние ссылки
[ редактировать ]Базы данных и списки ферментов рестрикции:
- Очень полная база данных ферментов рестрикции, поддерживаемая New England Biolabs. Он включает в себя всю биологическую, структурную, кинетическую и коммерческую информацию о тысячах ферментов. Также включает соответствующую литературу по каждой молекуле: Робертс Р.Дж., Винце Т., Посфаи Дж., Маселис Д. «REBASE» . Проверено 23 мая 2010 г.
- Подробная информация для биохимических экспериментов: «Искатель ферментов» . Биолаборатории Новой Англии. Архивировано из оригинала 8 января 2010 г. Проверено 7 января 2010 г.
- Алфавитный список ферментов и их сайтов рестрикции: «Веб-страница фермента рестрикции GenScript» . Архивировано из оригинала 4 июля 2009 г. Проверено 7 января 2010 г.
- Общие сведения о сайтах рестрикции и биохимических условиях проведения реакций рестрикции: «Ресурс рестрикционных ферментов» . Промега. Архивировано из оригинала 3 февраля 2002 г. Проверено 7 января 2010 г.
Базы данных белков:
- База данных структур белков, решенных с атомным разрешением: «Всемирный банк данных по белкам» . Проверено 25 января 2010 г.
- Базы данных белков: Швейцарский институт биоинформатики (SIB) и Европейский институт биоинформатики (EBI) . «UniProtKB/Swiss-Prot & TrEMBL» . Проверено 25 января 2010 г.
Swiss-Prot — это курируемая база данных последовательностей белков, цель которой — обеспечить высокий уровень аннотаций (например, описание функции белка, структуры его доменов, посттрансляционных модификаций, вариантов и т. д.), минимальный уровень избыточности. и высокий уровень интеграции с другими базами данных. TrEMBL — это приложение Swiss-Prot с компьютерными аннотациями, которое содержит все переводы записей нуклеотидных последовательностей EMBL, еще не интегрированные в Swiss-Prot.