Это я
Nde I представляет собой эндонуклеазу , выделенную из Neisseria denitrificans .
В молекулярной биологии он обычно используется в качестве фермента рестрикции .
Последовательность распознавания
[ редактировать ]Последовательность распознавания Nde I: [ 1 ]
5'CATATG 3'GTATAC
Концы, порожденные Нде, я перевариваю:
5'---CA TATG---3' 3'---GTAT AC---5'
Использование в молекулярной биологии
[ редактировать ]Nde разрезает определенные целевые последовательности I представляет собой специфический фермент рестрикции типа II, который в отличие от экзонуклеаз . [ 2 ] Этот фермент используется при клонировании генов, чтобы разрезать рамки считывания в плазмиде некоторых бактерий, таких как E. coli, и вставлять чужеродный ген, такой как ген gfpuv, который кодирует биофлуоресценцию медузы Aequorea victoria .
Nde I полезен при создании гетерологичной конструкции ДНК, поскольку он содержит стартовый кодон ATG. Поэтому его можно использовать в некоторых векторах экспрессии , например векторах серии pET, для лигирования начала гена при создании экспрессирующей конструкции. [ 3 ] [ 4 ] Однако обратите внимание, что Nde I образует только выступ из двух оснований и, следовательно, имеет более низкую температуру плавления, чем другие ферменты рестрикции, которые образуют выступ из четырех оснований. [ 2 ] Имеет меньшую эффективность лигирования , [ 5 ] поскольку на перевязку влияет способность концов к отжигу, а выступ с двумя основаниями имеет значительно более низкую температуру плавления по сравнению с выступом с 4 основаниями. Поэтому лигирование концов, генерируемых Nde I, лучше всего проводить при более высокой концентрации лигазы и более длительном времени лигирования, будь то при комнатной температуре 14-16 ° С или 4 ° С.
Ссылки
[ редактировать ]- ^ Уотсон Р.Дж., Шильдраут И., Цян Б.К., Мартин С.М., Висентин Л.П. (13 декабря 1982 г.). «NdeI: эндонуклеаза рестрикции Neisseria denitrificans, которая расщепляет ДНК по последовательностям 5'-CATATG-3'» . ФЭБС Летт . 150 (1): 114–6. дои : 10.1016/0014-5793(82)81315-x . ПМИД 6297965 . S2CID 30803809 .
- ^ Jump up to: а б «НдеИ» . РЕБЕЙЗ .
- ^ «Руководство по системе ПЭТ» (PDF) . Новаген .
- ^ «Векторы pET-21a-d(+)» (PDF) . Новаген .
- ^ Изменять.; Ге Б.; Ли М.; Итак, М.; Ван В. (2005). «Исследование эффективности лигирования фрагментов, переваренных NdeI» (PDF) . Журнал экспериментальной микробиологии и иммунологии . 7 :68–72 . Проверено 29 октября 2012 г. (Обратите внимание, что в этой статье есть ошибка, описывающая Nde I как четырехосновную фрезу.)
 | Эта ферментам статья, посвященная , незавершена . Вы можете помочь Википедии, расширив ее . |