VPS26A

VPS26A
Доступные структуры
PDB	Поиск ортолога: PDBE RCSB
showСписок кодов идентификаторов PDB
	2FAU
Идентификаторы
Псевдонимы	VPS26A , HB58, HBETA58, PEP8A, VPS26, VPS26 Компонент комплекса RTOMER A, VPS26, комплексный компонент ретромеров A
Внешние идентификаторы	Омим : 605506 ; MGI : 1353654 ; Гомологен : 68420 ; GeneCards : VPS26A ; OMA : VPS26A - ортологи
showМестоположение гена ( человек )
Chr.	Chromosome 10 (human)
End	69,174,412 bp
showМестоположение гена ( мышь )
Chr.	Chromosome 10 (mouse)
End	62,322,584 bp
showРНК -паттерн экспрессии
	Top expressed in
	parietal pleura; ; parotid gland; ; visceral pleura; ; germinal epithelium; ; skin of thigh; ; skin of hip; ; endothelial cell; ; mucosa of sigmoid colon; ; oral cavity; ; tail of epididymis;
	Top expressed in
	spermatocyte; ; spermatid; ; zygote; ; primary oocyte; ; seminiferous tubule; ; cumulus cell; ; yolk sac; ; secondary oocyte; ; stroma of bone marrow; ; decidua;
	More reference expression data
	More reference expression data
showДжин Онтология
Molecular function	protein binding;
Cellular component	cytoplasm; tubular endosome; retromer complex; vesicle; endosome; early endosome; membrane; lysosome; endosome membrane; retromer, cargo-selective complex; cytosol;
Biological process	protein transport; retrograde transport, endosome to Golgi; regulation of macroautophagy; intracellular protein transport; Wnt signaling pathway; signal transduction;
	Sources:Amigo / QuickGO
hideОртологи
	9559
	30930
	ENSG00000122958
	Ensmusg00000020078
	O75436
	P40336
	NM_001035260 ; NM_004896 ; NM_001318944 ; NM_001318945 ; NM_001318946
	NM_001113355 ; NM_133672 ; NM_001358543
	NP_001030337 ; NP_001305873 ; NP_001305874 ; NP_001305875 ; NP_004887
	NP_001106826 ; NP_598433 ; NP_001345472
	Викидид
Посмотреть/редактировать человека	Посмотреть/редактировать мышь

Белок, ассоциированный с сортировкой вакуолярного белка, -это белок , который у людей кодируется VPS26A геном . ^{[ 5 ]}^{[ 6 ]}^{[ 7 ]}

Этот ген принадлежит группе генов сортировки вакуолярного белка (VPS). Кодированный белок является компонентом большого мультимерного комплекса, называемого ретромерным комплексом, участвующим в ретроградном транспорте белков из эндосомов в транс-Гольги . Тесное структурное сходство между дрожжами и белками человека, которые составляют этот комплекс, предполагает сходство функции. Исследования экспрессии в клетках дрожжей и млекопитающих показывают, что этот белок напрямую взаимодействует с VPS35 , который служит ядром ретромерного комплекса. Альтернативный сплайсинг приводит к множеству вариантов транскрипта, кодирующих различные изоформы. ^{[ 7 ]}

Структура

VPS26 представляет собой субъединицу 38 кДа, которая имеет двухколонную структуру с полярным ядром, которая напоминает семейство Аррестина адаптера торговли людьми. ^{[ 8 ]}^{[ 9 ]} Эта складка состоят из двух связанных β-сандвича поддоменов с топологией домена фибронектина типа III . Два домена объединяются гибким линкером и тесно связаны с необычным полярным ядром. Аррестины-это регуляторные белки, известные для соединения G-белка, связанных с рецепторами (GPCR) с клатрином во время эндоцитоза. Они играют много критических ролей в передаче сигналов клеток и переноса мембран. ^{[ 10 ]} Как VPS26, так и аррестины состоят из двух структурно связанных β-листовых доменов, образующих обширные интерфейсы друг с другом, используя полярные и электростатические контакты для создания междоменных взаимодействий для связывания лиганда. Тем не менее, существуют значительные структурные различия между VPS26 и Arrestins. Белок VPS26 имеет расширенные C-концевые хвосты, которые не содержат идентифицируемых клатрин- или AP2 -связанных последовательностей, и, следовательно, не могут образовывать стабильные внутримолекулярные контакты с клатрином и AP2, которые наблюдались для арестинов. Кроме того, VPS26 не имеет аналогичных последовательностей в качестве аррестов для GPCR и фосфолипидов . ^{[ 11 ]}

VPS26B Паралог

У дрожжей есть только один вид VPS26, тогда как у млекопитающих существует два паралога VPS26 (VPS26A и VPS26B). ^{[ 12 ]}

Рентгеновская кристаллография показала, что структуры как VPS26A, так и VPS26B имеют аналогичную билобальную структуру β-сандвича и обладают гомологией последовательности 70%. ^{[ 8 ]} Однако эти два паралога отчетливо различаются на поверхностном пластыре в рамках N-концевого домена, области вершины, где встречаются N-концевые и C-концевые домены, и неупорядоченный C-концевой хвост. VPS26B содержит несколько предполагаемых остатков серинового фосфорилирования в этом неупорядоченном хвосте, что может представлять собой потенциальный механизм для модуляции разницы между VPS26A и VPS26B. Недавнее исследование, проведенное Bugarcic et al. Уточняется, что этот неупорядоченный хвост на С-концевой области VPS26B является одним из основных факторов, которые способствуют неспособности VPS26B-содержащего ретромера, чтобы связать с Ci - M6PR , что в конечном итоге приводит к деградации CI-M6PR, сопровождаемому с увеличением катепсина D. секреции ^{[ 13 ]}

Ссылки

^ Jump up to: ^а ^{беременный} ^в GRCH38: Ensembl Release 89: ENSG00000122958 - ENSEMBL , май 2017 г.
^ Jump up to: ^а ^{беременный} ^в GRCM38: Ensembl Release 89: Ensmusg00000020078 - Ensembl , май 2017 г.
^ «Человеческая PubMed ссылка:» . Национальный центр информации о биотехнологии, Национальная медицина США .
^ «Мышь Pubmed ссылка:» . Национальный центр информации о биотехнологии, Национальная медицина США .
^ Ли Дж.Дж., Радис Г., Перкинс С.П., Костантини Ф (август 1992). «Идентификация и характеристика нового эволюционно консервативного гена, разрушенного мышиной HETA 58 Эмбриональной летальной трансгеновой вставкой». Разработка . 115 (1): 277–88. doi : 10.1242/dev.115.1.277 . PMID 1638986 .
^ Mao M, Fu G, Wu JS, Zhang QH, Zhou J, Kan LX, Huang QH, He KL, Gu BW, Han ZG, Shen Y, Gu J, Yu YP, Xu Sh, Wang YX, Chen SJ, Chen Z (Август 1998). «Идентификация генов, экспрессируемых в CD34+ гематопоэтических стволовых/предшественниках человека, с помощью экспрессированных метков последовательности и эффективного полноразмерного клонирования кДНК» . Proc Natl Acad Sci USA . 95 (14): 8175–80. Bibcode : 1998pnas ... 95.8175m . doi : 10.1073/pnas.95.14.8175 . PMC 20949 . PMID 9653160 .
^ Jump up to: ^а ^{беременный} «Ген Entrez: VPS26A вакуолярная сортировка белка 26 гомолог A (S. pombe)» .
^ Jump up to: ^а ^{беременный} Коллинз Б.М., Норвуд С.Дж., Керр М.К., Махони Д., Моряк М.Н., Тайсдейл Р.Д., Оуэн диджей (март 2008 г.). «Структура VPS26B и отображение его взаимодействия с ретромерным белковым комплексом». Трафик . 9 (3): 366–79. doi : 10.1111/j.1600-0854.2007.00688.x . PMID 18088321 . S2CID 37113942 .
^ Ши Х., Рохас Р., Бонифачино Дж.С., Херли Дж.Х. (июнь 2006 г.). «Ретромерная субъединица VPS26 имеет складку Arrestin и связывает VPS35 через его С-концевой домен» . НАТ Структура Мол Биол . 13 (6): 540–8. doi : 10.1038/nsmb1103 . PMC 1584284 . PMID 16732284 .
^ Gurevich VV, Gurevich EV (июнь 2006 г.). «Структурная основа опосредованной аррестином регуляции рецепторов, связанных с G-белком» . Фармакол. Существующий 110 (3): 465–502. doi : 10.1016/j.pharmthera.2005.09.008 . PMC 2562282 . PMID 16460808 .
^ Коллинз Б.М. (ноябрь 2008 г.). «Структура и функция ретромерного белкового комплекса». Трафик . 9 (11): 1811–22. doi : 10.1111/j.1600-0854.2008.00777.x . PMID 18541005 . S2CID 28028098 .
^ Kerr MC, Bennetts JS, Simpson F, Thomas EC, Flegg C, Gleeson PA, Wicking C, Taasdale Rd (ноябрь 2005 г.). «Новый ретромерный компонент млекопитающих, VPS26B». Трафик . 6 (11): 991–1001. doi : 10.1111/j.1600-0854.2005.00328.x . PMID 16190980 . S2CID 31954489 .
^ Bugarcic A, Zhe Y, Kerr MC, Griffin J, Collins BM, Teasdale Rd (декабрь 2011 г.). «Субъединицы VPS26A и VPS26B определяют различные ретромерные комплексы» . Трафик . 12 (12): 1759–73. doi : 10.1111/j.1600-0854.2011.01284.x . PMID 21920005 . S2CID 24548200 .

Дальнейшее чтение

Zhang QH, Ye M, Wu XY, et al. (2001). «Клонирование и функциональный анализ кДНК с открытыми кадрами считывания для 300 ранее неопределенных генов, экспрессируемых в CD34+ гемопоэтических стволовых/клетках -предшественниках» . Геном Res . 10 (10): 1546–60. doi : 10.1101/gr.140200 . PMC 310934 . PMID 11042152 .
Haft CR, De la Luz Sierra M, Bafford R, et al. (2001). «Ортологи человека из дрожжевых вакуолярных белков, сортирующих белки VPS26, 29 и 35: сборка в мультимерные комплексы» . Мол Биол. Клетка . 11 (12): 4105–16. doi : 10.1091/mbc.11.12.4105 . PMC 15060 . PMID 11102511 .
Reddy JV, Seaman MN (2002). «VPS26P, компонент ретромера, направляет взаимодействия VPS35P в поиске эндосомы к Гольги» . Мол Биол. Клетка . 12 (10): 3242–56. doi : 10.1091/mbc.12.10.3242 . PMC 60170 . PMID 11598206 .
Strausberg RL, Feingold EA, Grouse LH, et al. (2003). «Генерация и первоначальный анализ более 15 000 полноразмерных последовательностей кДНК человека и мыши» . Прокурор Нат. Академический Наука США . 99 (26): 16899–903. Bibcode : 2002pnas ... 9916899m . doi : 10.1073/pnas.242603899 . PMC 139241 . PMID 12477932 .
Ota T, Suzuki Y, Nishikawa T, et al. (2004). «Полное секвенирование и характеристика 21 243 полноразмерных человеческих кДНК» . НАТ Генет . 36 (1): 40–5. doi : 10.1038/ng1285 . PMID 14702039 .
Deloukas P, Earthrowl ME, Grafham DV, et al. (2004). «Последовательность ДНК и сравнительный анализ хромосомы человека 10» . Природа . 429 (6990): 375–81. Bibcode : 2004natur.429..375d . doi : 10.1038/nature02462 . PMID 15164054 .
Вергес М., Лутон Ф., Грубер С. и др. (2004). «Ретромер млекопитающего регулирует трансцитоз полимерного иммуноглобулинового рецептора». НАТ Клеточная биол . 6 (8): 763–9. doi : 10.1038/ncb1153 . PMID 15247922 . S2CID 22296469 .
Mingot JM, Bohnsack MT, Jäkle U, Görlich D (2005). «Экспортин 7 определяет новый общий путь ядерного экспорта» . Embo j . 23 (16): 3227–36. doi : 10.1038/sj.emboj.7600338 . PMC 514512 . PMID 15282546 .
Gerhard DS, Wagner L, Feingold EA, et al. (2004). «Статус, качество и расширение полноразмерного проекта кДНК NIH: коллекция генов млекопитающих (MGC)» . Геном Res . 14 (10b): 2121–7. doi : 10.1101/gr.2596504 . PMC 528928 . PMID 15489334 .
Kerr MC, Bennetts JS, Simpson F, et al. (2006). «Новый ретромерный компонент млекопитающих, VPS26B». Трафик . 6 (11): 991–1001. doi : 10.1111/j.1600-0854.2005.00328.x . PMID 16190980 . S2CID 31954489 .
Small SA, Kent K, Pierce A, et al. (2006). «Микрочип с моделью подразумевает ретромерный комплекс при болезни Альцгеймера». Энн. Неврол . 58 (6): 909–19. doi : 10.1002/ana.20667 . PMID 16315276 . S2CID 34144181 .
Gullapalli A, Wolfe BL, Griffin CT, et al. (2006). «Основная роль SNX1 в лизосомальной сортировке рецептора-1-активируемого протеазы: доказательством ретромеров, HRS- и TSG101-независимые функции сортировки нексинов» . Мол Биол. Клетка . 17 (3): 1228–38. doi : 10.1091/mbc.e05-09-0899 . PMC 1382312 . PMID 16407403 .
Ши Х., Рохас Р., Бонифачино Дж.С., Херли Дж.Х. (2006). «Ретромерная субъединица VPS26 имеет складку Arrestin и связывает VPS35 через его С-концевой домен» . НАТ Структура Мол Биол . 13 (6): 540–8. doi : 10.1038/nsmb1103 . PMC 1584284 . PMID 16732284 .
Riemenschneider M, Schoepfer-Wendels A, Friedrich P, et al. (2007). «Никакая связь вакуолярной сортировки белка 26 полиморфизмов с болезнью Альцгеймера». Нейробиол. Старение . 28 (6): 883–4. doi : 10.1016/j.neurobiolaging.2006.05.009 . PMID 16784798 . S2CID 20057417 .
Rojas R, Kametaka S, Haft CR, Bonifacino JS (2007). «Взаимозаменяемые, но важные функции SNX1 и SNX2 в ассоциации ретромеров с эндосомами и транспортировкой маннозы 6-фосфатных рецепторов» . Мол Клетка. Биол . 27 (3): 1112–24. doi : 10.1128/mcb.00156-06 . PMC 1800681 . PMID 17101778 .

[refGRCh38Ensembl-1] Jump up to: ^а ^{беременный} ^в GRCH38: Ensembl Release 89: ENSG00000122958 - ENSEMBL , май 2017 г.

[refGRCm38Ensembl-2] Jump up to: ^а ^{беременный} ^в GRCM38: Ensembl Release 89: Ensmusg00000020078 - Ensembl , май 2017 г.

[3] «Человеческая PubMed ссылка:» . Национальный центр информации о биотехнологии, Национальная медицина США .

[4] «Мышь Pubmed ссылка:» . Национальный центр информации о биотехнологии, Национальная медицина США .

[pmid1638986-5] Ли Дж.Дж., Радис Г., Перкинс С.П., Костантини Ф (август 1992). «Идентификация и характеристика нового эволюционно консервативного гена, разрушенного мышиной HETA 58 Эмбриональной летальной трансгеновой вставкой». Разработка . 115 (1): 277–88. doi : 10.1242/dev.115.1.277 . PMID 1638986 .

[pmid9653160-6] Mao M, Fu G, Wu JS, Zhang QH, Zhou J, Kan LX, Huang QH, He KL, Gu BW, Han ZG, Shen Y, Gu J, Yu YP, Xu Sh, Wang YX, Chen SJ, Chen Z (Август 1998). «Идентификация генов, экспрессируемых в CD34+ гематопоэтических стволовых/предшественниках человека, с помощью экспрессированных метков последовательности и эффективного полноразмерного клонирования кДНК» . Proc Natl Acad Sci USA . 95 (14): 8175–80. Bibcode : 1998pnas ... 95.8175m . doi : 10.1073/pnas.95.14.8175 . PMC 20949 . PMID 9653160 .

[entrez-7] Jump up to: ^а ^{беременный} «Ген Entrez: VPS26A вакуолярная сортировка белка 26 гомолог A (S. pombe)» .

[pmid18088321-8] Jump up to: ^а ^{беременный} Коллинз Б.М., Норвуд С.Дж., Керр М.К., Махони Д., Моряк М.Н., Тайсдейл Р.Д., Оуэн диджей (март 2008 г.). «Структура VPS26B и отображение его взаимодействия с ретромерным белковым комплексом». Трафик . 9 (3): 366–79. doi : 10.1111/j.1600-0854.2007.00688.x . PMID 18088321 . S2CID 37113942 .

[pmid16732284-9] Ши Х., Рохас Р., Бонифачино Дж.С., Херли Дж.Х. (июнь 2006 г.). «Ретромерная субъединица VPS26 имеет складку Arrestin и связывает VPS35 через его С-концевой домен» . НАТ Структура Мол Биол . 13 (6): 540–8. doi : 10.1038/nsmb1103 . PMC 1584284 . PMID 16732284 .

[pmid16460808-10] Gurevich VV, Gurevich EV (июнь 2006 г.). «Структурная основа опосредованной аррестином регуляции рецепторов, связанных с G-белком» . Фармакол. Существующий 110 (3): 465–502. doi : 10.1016/j.pharmthera.2005.09.008 . PMC 2562282 . PMID 16460808 .

[pmid18541005-11] Коллинз Б.М. (ноябрь 2008 г.). «Структура и функция ретромерного белкового комплекса». Трафик . 9 (11): 1811–22. doi : 10.1111/j.1600-0854.2008.00777.x . PMID 18541005 . S2CID 28028098 .

[pmid16190980-12] Kerr MC, Bennetts JS, Simpson F, Thomas EC, Flegg C, Gleeson PA, Wicking C, Taasdale Rd (ноябрь 2005 г.). «Новый ретромерный компонент млекопитающих, VPS26B». Трафик . 6 (11): 991–1001. doi : 10.1111/j.1600-0854.2005.00328.x . PMID 16190980 . S2CID 31954489 .

[pmid21920005-13] Bugarcic A, Zhe Y, Kerr MC, Griffin J, Collins BM, Teasdale Rd (декабрь 2011 г.). «Субъединицы VPS26A и VPS26B определяют различные ретромерные комплексы» . Трафик . 12 (12): 1759–73. doi : 10.1111/j.1600-0854.2011.01284.x . PMID 21920005 . S2CID 24548200 .

[1]

[2]

[ 3 ]

[ 4 ]

[ 5 ]

[ 6 ]

[ 7 ]

[ 8 ]

[ 9 ]

[ 10 ]

[ 11 ]

[ 12 ]

[ 13 ]