Streptomyces albidoflavus
![]() | Эта статья может быть слишком технической для большинства читателей, чтобы понять . ( Февраль 2023 г. ) |
Streptomyces albidoflavus | |
---|---|
Научная классификация ![]() | |
Домен: | Бактерии |
Филум: | Actinomycetota |
Сорт: | Актиномицетия |
Заказ: | Streptomycetales |
Семья: | Streptomycetaceae |
Род: | Streptomyces |
Разновидность: | Сент -Альбидофлавус
|
Биномиальное название | |
Streptomyces albidoflavus (Росси Дория, 1891) Waksman and Henrici 1948 (утвержденные списки 1980) [ 1 ]
| |
Тип напряжения | |
Как 4,1291, ATCC 25429, BCRC 13699, CBS 419.34, CCRC 126371, IMRC 10209, IMRC 82, IMRC 41006, IMRUK 86006, ISP 5455, JCM 4446, KCC S-0446, KCC S-0466, KCC S-1072, MTCC 9326, NBIMCC 2810, NBIMCC 2886, NBIMCC 2810, NBIMCC 280133, NBRC 1243, NRRL B-1271, NRRL B-263, NBRC 1243, NRRL B-1271, NRRL B-263, NRRC-263, NRRC-263, NRRC-263, NBRC 1243, NRRL B-1271, NRRL63, NBRC 1243, NRRL B-1271, NRRR63, NBRC 1243, NRRL B-1271, NRRL63, NBRC 1243, NRRL B-1271, NBRL B-263, NBRC. NRRL-ISP 5455, RIA 1202, штамм ATCC 25422, VKM AC-746, VTTM E-991429 [ 2 ] | |
Синонимы [ 3 ] [ 4 ] | |
|
Streptomyces albidoflavus - это виды бактерий из рода Streptomyces , который был выделен из почвы из Польши . [ 1 ] [ 3 ] [ 4 ] [ 5 ] Streptomyces albidoflavus производит дибутиловые фталат и стрептотины . [ 6 ] [ 7 ]
Маленькая некодирующая РНК
[ редактировать ]Бактериальные малые РНК участвуют в посттранскрипционной регуляции. Использование глубокого секвенирования S. albidoflavus транскриптом был проанализирован в конце экспоненциального роста. 63 небольших РНК были идентифицированы. Выражение 11 из них было подтверждено северным блотом. Было показано, что SRNAs присутствуют только у видов Streptomyces . [ 8 ]
SRNA SCR4677 ( Streptomyces Coelicolor SRNA 4677) расположена во внутренней области между геном SCO4677 против сигма-фактора и предполагаемым регуляторным геном белка SCO4676 . SCR4677 Экспрессия требует активности SCO4677 , а сама SRNA SCR4677, по -видимому, влияет на уровни транскриптов, связанных с SCO4676 . [ 9 ]
Цели двух из некодирующих РНК S. albidoflavus были идентифицированы. Некодирующая РНК глютамин -синтетазы I было показано, что модулирует выработку антибиотиков. [ 10 ] Маленькая РНК SCR5239 ( Streptomyces coelicolor SRNA вверх по течению от SCO5239) имеет две мишени. Он ингибирует экспрессию агаразы DAGA путем прямого спаривания оснований в область кодирования DAGA и подавляет трансляцию метиониновой синтазы метеза (SCO0985) на 5 -дюймовом раме открытого считывания . [ 11 ] [ 12 ]
Синтез жирных кислот
[ редактировать ]Кристаллическая структура доступна для S. albidoflavus [ацил-карьера-протеин] S- малонилтрансфераза . albidoflavus ACP -MT S. S участвует как в жирных кислот синтезе II II, так и в поликетид -синтазе и структурно сходна с Escherichia coli . аналогом [ 13 ]
Использование в биотехнологии
[ редактировать ]Штаммы S. albidoflavus продуцируют различные антибиотики , включая актинородин , метиленомицин , ундецилпродигизин , [ 14 ] и перимицин . [ 15 ] [ 16 ] Некоторые штаммы S. albidoflavus могут использоваться для экспрессии гетерологичной белка . [ 17 ]
Репарация ДНК
[ редактировать ]KU Гомолог SCF55.25c . Он содержит щелочную щелочную фосфатазу (SAP-подобную) домен на C-конце . S. albidoflavus продуцирует (предположительно) однодоменный белок Sc9h11.09c , который является гомологичным для лигд -мышки, который является общим для многих бактериальных лигдов. ( Лигды являются подсемейством ДНК -лигаз . У бактерий многие, но не все лигды имеют дополнительные нуклеазы , разветвленные из универсально присутствующего домена центральной лигазы . Если присутствует - как в этом случае - нуклеазный домен представляет собой расширение N -конце .) [ 18 ]
Генетика
[ редактировать ]Геном состоит из одной линейной молекулы, и хотя KU ожидается выполнить конечное поддержание, до сих пор не наблюдается. [ 18 ]
Смотрите также
[ редактировать ]Ссылки
[ редактировать ]- ^ Jump up to: а беременный LPSN BACTERIO.NET
- ^ Штамм Streptomyces albidoflavus
- ^ Jump up to: а беременный Uniprot
- ^ Jump up to: а беременный Немецкая коллекция микроорганизмов и клеточных культур [1]
- ^ Swiontek Brzezinska, M.; Jankiewicz, U.; Бурковская А. (2013). «Очистка и характеристика противогрибковых компонентов Streptomyces albidoflavus». Прикладная биохимия и микробиология . 49 (5): 451. doi : 10.1134/s0003683813050025 . S2CID 17097515 .
- ^ Рой, Рн; Laskar, S.; Sen, SK (2006). «Дибутил -фталат, биоактивное соединение, продуцируемое Streptomyces albidoflavus 321.2» . Микробиологические исследования . 161 (2): 121–6. doi : 10.1016/j.micres.2005.06.007 . PMID 16427514 .
- ^ Стюарт Шапиро (1989). Регуляция вторичного метаболизма в актиномицетах . CRC Press. ISBN 0-8493-6927-4 .
- ^ Vockenhuber MP, Sharma CM, Statt MG, Schmidt D, Xu Z, Dietrich S, et al. (Май 2011). «Глубокая идентификация небольших некодирующих РНК в Streptomyces coelicolor» . РНК -биология . 8 (3): 468–77. doi : 10.4161/rna.8.3.14421 . PMC 3218513 . PMID 21521948 .
- ^ Moody MJ, Jones SE, Elliot MA (2014-01-01). «Сложная внутриопероническая динамика, опосредованная небольшой РНК в streptomyces coelicolor » . Plos один . 9 (1): E85856. Bibcode : 2014ploso ... 985856H . doi : 10.1371/journal.pone.0085856 . PMC 3896431 . PMID 24465751 .
- ^ D'Alia D, Nieselt K, Steigele S, Müller J, Verburg I, Takano E (February 2010). "Noncoding RNA of glutamine synthetase I modulates antibiotic production in Streptomyces coelicolor A3(2)". Journal of Bacteriology. 192 (4): 1160–4. doi:10.1128/JB.01374-09. PMC 2812974. PMID 19966003.
- ^ Vockenhuber MP, Suess B (February 2012). "Streptomyces coelicolor sRNA scr5239 inhibits agarase expression by direct base pairing to the dagA coding region". Microbiology. 158 (Pt 2): 424–435. doi:10.1099/mic.0.054205-0. PMID 22075028.
- ^ Vockenhuber MP, Heueis N, Suess B (2015-01-01). "Identification of metE as a second target of the sRNA scr5239 in Streptomyces coelicolor". PLOS ONE. 10 (3): e0120147. Bibcode:2015PLoSO..1020147V. doi:10.1371/journal.pone.0120147. PMC 4365011. PMID 25785836.
- ^ White, Stephen W.; Zheng, Jie; Zhang, Yong-Mei; Rock, Charles O. (2005). "The Structural Biology of Type II Fatty Acid Biosynthesis". Annual Review of Biochemistry. 74 (1). Annual Reviews: 791–831. doi:10.1146/annurev.biochem.74.082803.133524. ISSN 0066-4154. PMID 15952903.
- ^ Brian P, Riggle PJ, Santos RA, Champness WC (June 1996). "Global negative regulation of Streptomyces coelicolor antibiotic synthesis mediated by an absA-encoded putative signal transduction system". Journal of Bacteriology. 178 (11): 3221–31. doi:10.1128/jb.178.11.3221-3231.1996. PMC 178074. PMID 8655502.
- ^ Liu CM, McDaniel LE, Schaffner CP (March 1972). "Fungimycin, biogenesis of its aromatic moiety". The Journal of Antibiotics. 25 (3): 187–8. doi:10.7164/antibiotics.25.187. PMID 5034814.
- ^ Lee CH, Schaffner CP (May 1969). "Perimycin. The structure of some degradation products". Tetrahedron. 25 (10): 2229–32. doi:10.1016/S0040-4020(01)82770-8. PMID 5788396.
- ^ "Streptomyces coelicolor". John Innes Center. Archived from the original on 19 October 2005. Retrieved 25 January 2010.
- ^ Jump up to: a b Pitcher, Robert S.; Brissett, Nigel C.; Doherty, Aidan J. (2007). "Nonhomologous End-Joining in Bacteria: A Microbial Perspective". Annual Review of Microbiology. 61 (1). Annual Reviews: 259–282. doi:10.1146/annurev.micro.61.080706.093354. ISSN 0066-4227. PMID 17506672.
Further reading
[edit]- Augustine, S. K.; Bhavsar, S. P.; Kapadnis, B. P. (2005). "A non-polyene antifungal antibiotic from Streptomyces albidoflavus PU 23". Journal of Biosciences. 30 (2): 201–11. doi:10.1007/bf02703700. PMID 15886456. S2CID 9722766.
- Hain, T; Ward-Rainey, N; Kroppenstedt, R. M.; Stackebrandt, E; Rainey, F. A. (1997). "Discrimination of Streptomyces albidoflavus strains based on the size and number of 16S-23S ribosomal DNA intergenic spacers". International Journal of Systematic Bacteriology. 47 (1): 202–6. doi:10.1099/00207713-47-1-202. PMID 8995823.
- Cheng, Kun; Rong, Xiaoying; Pinto-Tomás, Adrián A.; Fernández-Villalobos, Marcela; Murillo-Cruz, Catalina; Huang, Ying (2015). "Population Genetic Analysis of Streptomyces albidoflavus Reveals Habitat Barriers to Homologous Recombination in the Diversification of Streptomycetes". Applied and Environmental Microbiology. 81 (3): 966–75. Bibcode:2015ApEnM..81..966C. doi:10.1128/AEM.02925-14. PMC 4292468. PMID 25416769.
- Скиннер, FA (1953). «Ингибирование фусария Calmorum Streptomyces albidoflavus» . Природа . 172 (4391): 1191. Bibcode : 1953natur.172.1191s . doi : 10.1038/1721191a0 . PMID 13111286 . S2CID 4195458 .
- Q. Ashton Acton (2013). Достижения в области исследований и применения Streptomycetaceae: 2013 Edition: Scholarlybrief . Ученые. ISBN 978-1-4816-7198-9 .
Внешние ссылки
[ редактировать ]