Циклический рибопереключатель ди-GMP-II
 Консенсусная вторичная структура циклических рибопереключателей ди-GMP-II | |
| Идентификаторы | |
|---|---|
| Символ | c-ди-GMP-II |
| Рфам | RF01786 |
| Другие данные | |
| РНК Тип | Рибопереключатель |
| Домен(ы) | Клостридии , дейнококки |
| PDB Структуры | ПДБе |
| c-ди-GMP-II-GAG | |
|---|---|
 Консенсусная вторичная структура и консервативность последовательности рибопереключателя c-di-GMP-II-GAG | |
| Идентификаторы | |
| Символ | c-ди-GMP-II-GAG |
| Рфам | RF03169 |
| Другие данные | |
| РНК Тип | СНГ-рег. |
| ИДТИ | ПОЙДИТЕ: 0010468 , ПОЙДИТЕ: 0035438 |
| ТАК | ТАК: 0000035 |
| PDB Структуры | ПДБе |
| c-ди-GMP-II-GCG | |
|---|---|
 Консенсусная вторичная структура и консервативность последовательности рибопереключателя c-di-GMP-II-GCG | |
| Идентификаторы | |
| Символ | c-ди-GMP-II-GCG |
| Рфам | RF03170 |
| Другие данные | |
| РНК Тип | СНГ-рег. |
| ИДТИ | ПОЙДИТЕ: 0010468 , ПОЙДИТЕ: 0035438 |
| ТАК | ТАК: 0000035 |
| PDB Структуры | ПДБе |
Циклические рибопереключатели ди-GMP-II (также рибопереключатели c-di-GMP-II ) образуют класс рибопереключателей , которые специфически связывают циклический ди-GMP , [ 1 ] второй мессенджер , используемый во многих бактериальных процессах, таких как вирулентность , подвижность и образование биопленок . Циклические рибопереключатели ди-GMP II структурно не связаны с циклическими рибопереключателями ди-GMP-I , хотя имеют ту же функцию.
II были открыты биоинформатикой и распространены у видов класса Циклические рибопереключатели ди-GMP - Clostridia и рода Deinococcus . Они также обнаружены в некоторых других бактериальных линиях. Существует значительное совпадение между видами, которые используют циклические рибопереключатели ди-GMP-I и циклические ди-GMP-II, поскольку оба класса рибопереключателей распространены у Clostridia.
В штаммах Clostridium difficile циклический рибопереключатель ди-GMP-II обнаруживается рядом с каталитическим интроном группы I. Интроны группы I представляют собой рибозимы , катализирующие сплайсинг молекулы РНК , в которую они встроены. В случае, связанном с рибопереключателем, результат реакции сплайсинга, катализируемой интроном, контролируется рибопереключателем в ответ на циклические уровни ди-ГМФ. [ 1 ] Реакция сплайсинга также регулируется in vitro уровнями гуанозинтрифосфата , поскольку интроны группы I для своей активности требуют производного гуанозина . [ 1 ]
Интроны группы I функционируют как часть эгоистичных элементов, где они снижают вероятность того, что элемент окажет негативное влияние на приспособленность хозяина, прерывая белок кодирующий ген, . Однако интрон группы I, связанный с циклическим рибопереключателем ди-GMP-II, не является эгоистичным, поскольку, по-видимому, он выполняет полезную функцию для клетки. Они также показывают, что природные клетки используют аллостерические рибозимы для регуляции экспрессии генов — механизм, обычно используемый в сконструированных аптамерах , но ранее не наблюдавшийся в природе.
Циклические рибопереключатели ди-GMP-II представляют собой псевдоузловатую структуру. Большинство этих рибопереключателей сохраняют структурный мотив излома, который позволяет изгибать соответствующий стебель, предположительно облегчая образование псевдоузла. Некоторые положения нуклеотидов высококонсервативны, многие из них расположены вокруг концевых петель, участвующих во взаимодействии псевдоузлов.
Ссылки
[ редактировать ]- ^ Jump up to: а б с Ли Э.Р., Бейкер Дж.Л., Вайнберг З., Сударсан Н., Брейкер Р.Р. (2010). «Аллостерический самосплайсинг рибозима, запускаемый бактериальным вторичным мессенджером» . Наука . 329 (5993): 845–848. Бибкод : 2010Sci...329..845L . дои : 10.1126/science.1190713 . ПМЦ 4538695 . ПМИД 20705859 .
Внешние ссылки
[ редактировать ] | Эта по молекулярной или клеточной биологии статья незавершена . Вы можете помочь Википедии, расширив ее . |