Циклический рибопереключатель ди-GMP-I
| c-ди-GMP-I | |
|---|---|
 Консенсусная вторичная структура и сохранение последовательности циклического ди-GMP-I рибопереключателя | |
| Идентификаторы | |
| Символ | c-ди-GMP-I |
| Рфам | RF01051 |
| Другие данные | |
| РНК Тип | СНГ-рег. |
| ИДТИ | ВПЕРЕД: 0035438 |
| ТАК | ТАК: 0005836 |
| PDB Структуры | ПДБе |
| c-ди-GMP-I-GGC | |
|---|---|
 Консенсусная вторичная структура и консервативность последовательности рибопереключателя c-di-GMP-I-GGC | |
| Идентификаторы | |
| Символ | c-ди-GMP-I-GGC |
| Рфам | RF03167 |
| Другие данные | |
| РНК Тип | СНГ-рег. |
| ИДТИ | ВПЕРЕД: 0035438 |
| ТАК | ТАК: 0005836 |
| PDB Структуры | ПДБе |
| c-di-GMP-I-UAU | |
|---|---|
 Консенсусная вторичная структура и консервативность последовательности рибопереключателя c-di-GMP-I-UAU | |
| Идентификаторы | |
| Символ | c-di-GMP-I-UAU |
| Рфам | RF03168 |
| Другие данные | |
| РНК Тип | СНГ-рег. |
| ИДТИ | ВПЕРЕД: 0035438 |
| ТАК | ТАК: 0005836 |
| PDB Структуры | ПДБе |
Циклические рибопереключатели ди-ГМФ-I представляют собой класс рибопереключателей , которые специфически связывают циклический ди-ГМФ . [ 1 ] который является вторым мессенджером , который используется в различных микробных процессах, включая вирулентность , подвижность и образование биопленок . Циклические рибопереключатели ди-GMP-I были первоначально идентифицированы биоинформатиками как консервативная РНК- подобная структура, названная «мотивом GEMM». [ 2 ] Эти рибопереключатели присутствуют у самых разных бактерий и наиболее распространены у Clostridia и некоторых разновидностей Pseudomonadota . Рибопереключатели присутствуют у таких патогенов, как Clostridium difficile , Vibrio cholerae (вызывает холеру ) и Bacillus anthracis (вызывает сибирскую язву ). По прогнозам, Geobacter uraniumreducens 30 экземпляров этого рибопереключателя будет иметь в своем геноме . которых он заражает . Предполагается, что бактериофаг, инфицирующий C. difficile, несет циклический рибопереключатель ди-GMP-I, который он может использовать для обнаружения и использования физиологического состояния бактерий,
Открытие этого класса рибопереключателей отвечает на вопрос о том, как гены регулируются в ответ на циклические уровни ди-ГМФ у многих различных бактерий. Однако у некоторых бактерий, у которых был изучен циклический ди-ГМФ, отсутствуют рибопереключатели циклического ди-ГМФ-1, например, Pseudomonas aeruginosa . Циклические рибопереключатели ди-GMP-I являются первым обнаруженным типом рибопереключателей, роль которых заключается не в регуляции метаболизма , а в передаче сигналов. Второй класс рибопереключателей, который связывает циклический ди-ГМФ, называется циклическим рибопереключателем ди-ГМП-II . Два класса циклических ди-GMP-связывающих рибопереключателей не имеют общих известных последовательностей или структурных особенностей.
Трехмерные структуры циклических рибопереключателей ди-GMP-I с высоким разрешением были определены с помощью рентгеновской кристаллографии . [ 3 ] [ 4 ]
Некоторые гомологи структуры рибопереключателя c-di-GMP-I фактически функционируют как рибопереключатели, которые распознают другую сигнальную молекулу, циклический AMP-GMP . [ 5 ] [ 6 ]
Ссылки
[ редактировать ]- ^ Сударсан Н., Ли Э.Р., Вайнберг З., Мой Р.Х., Ким Дж.Н., Линк К.Х., Брейкер Р.Р. (2008). «Рибопереключатели в эубактериях означают второй мессенджер циклический ди-ГМФ» . Наука . 321 (5887): 411–413. Бибкод : 2008Sci...321..411S . дои : 10.1126/science.1159519 . ПМК 5304454 . ПМИД 18635805 .
- ^ Вайнберг З., Баррик Дж.Э., Яо З. и др. (2007). «Идентификация 22 структурированных РНК-кандидатов в бактериях с использованием конвейера сравнительной геномики CMfinder» . Нуклеиновые кислоты Рез . 35 (14): 4809–4819. дои : 10.1093/нар/gkm487 . ПМК 1950547 . ПМИД 17621584 .
- ^ Кульшина Н., Бэрд, Нью-Джерси, Ферре-Д'Амаре, Ар. (декабрь 2009 г.). «Распознавание бактериального вторичного мессенджера циклического дигуанилата по его родственному рибопереключателю» . Нат. Структура. Мол. Биол . 16 (12): 1212–1217. дои : 10.1038/nsmb.1701 . ПМЦ 2925111 . ПМИД 19898478 .
- ^ Смит К.Д., Липчок С.В., Эймс Т.Д., Ван Дж., Брейкер Р.Р., Стробел С.А. (декабрь 2009 г.). «Структурные основы связывания лиганда рибопереключателем c-di-GMP» . Нат. Структура. Мол. Биол . 16 (12): 1218–1223. дои : 10.1038/nsmb.1702 . ПМЦ 2850612 . ПМИД 19898477 .
- ^ Нельсон Дж.В., Сударсан Н., Филлипс Дж.Е., Став С., Люнсе К.Э., МакКаун П.Дж., Брейкер Р.Р. (2015). «Контроль бактериального экзоэлектрогенеза с помощью ц-АМФ-ГМФ» . Учеб. Натл. акад. наук. США . 112 (17): 5389–5394. Бибкод : 2015PNAS..112.5389N . дои : 10.1073/pnas.1419264112 . ПМЦ 4418907 . ПМИД 25848023 .
- ^ Келленбергер Калифорния, Уилсон С.С., Хики С.Ф., Гонсалес Т.Л., Су Ю, Холлберг З.Ф., Брюэр Т.Ф., Иавароне А.Т., Карлсон Х.К., Се Ю.Ф., Хаммонд М.С. (2015). «Рибопереключатели GEMM-I Geobacter воспринимают бактериальный второй мессенджер циклический AMP-GMP» . Учеб. Натл. акад. наук. США . 112 (17): 5383–5388. Бибкод : 2015PNAS..112.5383K . дои : 10.1073/pnas.1419328112 . ПМЦ 4418906 . ПМИД 25848022 .
Внешние ссылки
[ редактировать ] | Эта по молекулярной или клеточной биологии статья незавершена . Вы можете помочь Википедии, расширив ее . |