Geobacter uraniireducens

Geobacter uraniireducens
Научная классификация
Домен:	Бактерии
Филум:	Pseudomonadota
Сорт:	Deltaproteobacteria
Заказ:	DesulfuroMonadales
Семья:	Geobacteraceae
Род:	Geobacter
Разновидность:	G. uraniireducens
Биномиальное название
	Geobacter uraniireducens ; Shellobolina et al. 2008
Тип напряжения
	ATCC BAA-1134, JCM 13001, RF4
Синонимы
	Geotalea uraniireducens (Shellobolina et al. 2008) Waite et al. 2020

Geobacter uraniireducens (недавно известный как Geotalea uraniireducens ^{[ 4 ]}) является грамотрицательным , в форме стержня , анаэробной , хемолитотрофной , ^{[ 5 ]} Мезофильная и подвижная бактерия из рода геобактера . ^{[ 1 ]}^{[ 2 ]}^{[ 6 ]}^{[ 7 ]} G. uraniireducens Было обнаружено, что уменьшает железо и уран ^{[ 8 ]}^{[ 7 ]}^{[ 9 ]} в отложениях и почве . ^{[ 5 ]} Он изучается для использования в проектах по биоремедиации из -за его способности уменьшать уран и мышьяк . ^{[ 10 ]}^{[ 11 ]}^{[ 12 ]}^{[ 13 ]}

История

Geobacter uraniireducens был выделен из подземного осадка предыдущего завода по обработке урановой руды, подвергающейся биоремедиации урана в 2002 году. ^{[ 12 ]} Это произошло во время полевого исследования Роберта Андерсона и его партнеров в старой винтовке in situ испытательного участка в винтовке, штат Колорадо. ^{[ 12 ]} Shellobolina et al. (2008) далее описал штамм RF4 ^Т^{[ 7 ]} В то время как Geobacter uraniireducens является базоним , Дэвид Уэйт и партнеры переклассифицировали его в текущее предпочтительное имя, Geotalea uraniireducens в своей статье 2020 года. ^{[ 4 ]}

Характеристики

G. uraniireducens - это грамотрицательные бактерии, которые являются подвижными стержнями с округлыми концами и от двух до четырех длинных боковых жгутиков , а также пили и везикул . ^{[ 7 ]}

Стратегии внеклеточного транспорта электронов

Стратегия G. uraniireducens для внеклеточного транспорта электронов (EET) состоит в том, чтобы облегчить снижение оксида железа (Fe (III)) посредством производства растворимого электронного челнока. ^{[ 14 ]} Было обнаружено, что рибофлавин опосредует EET, чтобы уменьшить акцепторы внеклеточных электронов. ^{[ 15 ]} Это важно, потому что, в отличие от большинства видов геобактер , где проводящие пили имеют решающее значение для эффективного восстановления акцепторов внеклеточного электрона, пили G. uraniireducens не проводят. ^{[ 15 ]}

Метаболические механизмы

G. uraniireducens -это железо, восстанавливающие железо, которые используют ацетат в качестве донора электронов и уменьшают уран (u (vi)). ^{[ 7 ]} В дополнение к Fe (III), он также может использовать Mn (IV), антрахинон-2,6-дисульфонат, малат и фумарат в качестве акцепторов электронов. ^{[ 7 ]} Поскольку он использует оксид Fe (III) в качестве акцептора электронов , он может окислять ацетат , лактат, пируват и этанол в качестве доноров электронов . ^{[ 7 ]}

Приложения

Биоремедиация

G. uraniireducens использовались в исследованиях биоремедиации in situ для дезактивации подземных вод , содержащих высокий уровень урана в результате предыдущих видов деятельности. ^{[ 10 ]}^{[ 11 ]}^{[ 12 ]} Этот процесс может быть улучшен с использованием ацетата для стимуляции увеличения популяций. ^{[ 12 ]}

Экологические последствия

Одним из интересов окружающей среды в G. uraniireducens является его мышьяк (AS (V)) снижение возможностей в подповерхностных отложениях. ^{[ 13 ]} Предполагается, что эта способность обусловлена кодированием генов для респираторной арсенатредуктазы. ^{[ 13 ]}

Смотрите также

Ссылки

^ Jump up to: ^а ^{беременный} Parte, ac "Geobacter" . LPSN .
^ Jump up to: ^а ^{беременный} «Geobacter uraniireducens» . www.uniprot.org .
^ «Geobacter uraniireducens таксон паспорт - Straintinfo» . www.straininfo.net . Архивировано из оригинала 2018-01-14 . Получено 2018-01-13 .
^ Jump up to: ^а ^{беременный} Уэйт, Дэвид В; Chuvochina, Maria; Пеликан, Клаус; Паркс, Донован Х; Йилмаз, Пелин; Вагнер, Майкл; Лой, Александр; Наганума, Такеши; Накай, Рёсуке; Уитмен, Уильям Б; Хан, Мартин У; Kuever, Jan; Hugenholtz, Philipyr 2020 (2020). «Предложение переклассифицировать протеобактериальные классы Deltaproteobacteria и олигофлексию, а также термодессульфобактерии Phylum в четыре фила, отражающие основные функциональные возможности» . Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 70 (11): 5972–6016. doi : 10.1099/ijsem.0.004213 . ISSN 1466-5034 . PMID 33151140 . S2CID 226257730 . {{cite journal}}: CS1 Maint: числовые имена: список авторов ( ссылка )
^ Jump up to: ^а ^{беременный} "IMG" . img.jgi.doe.gov . Получено 2022-10-02 .
^ Паркер, Чарльз Томас; Вигли, Сара; Гаррити, Джордж М. (2009). Паркер, Чарльз Томас; Гаррити, Джордж М (ред.). «НОМЕНКЛАТУРА Аннотация для Geobacter uraniireducens shelobolina et al. 2008». Название Afforlife Abstracts . doi : 10.1601/nm.13330 (неактивный 2024-04-17). {{cite journal}}: CS1 Maint: doi неактивен с апреля 2024 года ( ссылка )
^ Jump up to: ^а ^{беременный} ^в ^{дюймовый} ^и ^фон ^глин Шелоболина, Евгений С.; Врионис, Хелен А.; Findlay, Robert H.; Lovley, Derek R.Yr 2008 (2008). «Geobacter uraniireducens sp. Nov., Изолирован из подповерхностного осадка, подвергающегося ураново -биоремедиации» . Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 58 (5): 1075–1078. doi : 10.1099/ijs.0.65377-0 . ISSN 1466-5034 . PMID 18450691 . {{cite journal}}: CS1 Maint: числовые имена: список авторов ( ссылка )
^ Прекрасный, Деррик (2008-12-23). «Роль уменьшения U (VI) видами геобактер» . doi : 10.2172/944619 . Ости 944619 . {{cite journal}}: CITE Journal требует |journal= ( помощь )
^ "IMG" . img.jgi.doe.gov . Получено 2022-10-02 .
^ Jump up to: ^а ^{беременный} Mouser, Paula J.; Холмс, Дон Э.; Perpetua, Lorrie A.; Дидонато, Рэймонд; Postier, Брэд; Лю, Анна; Ловли, Дерек Р. (апрель 2009 г.). «Количественная экспрессия Geobacter spp. Гены окислительного стресса в чистой культуре и во время биоремедиации урана in situ» . Журнал ISME . 3 (4): 454–465. doi : 10.1038/ismej.2008.126 . ISSN 1751-7370 . PMID 19129865 . S2CID 30428402 .
^ Jump up to: ^а ^{беременный} Холмс, Дон Э.; О'Нил, Регина А.; Чаван, Милинд.; N'Guessan, Lucie A.; Вринис, Хелен А.; Perpetua, Lore A.; Ларракальдо, М. Джулиана; Дидонат, Рэймонд; Лю, Анна; Ловли, Дерек Р. (февраль 2009 г.). «Транскром геобактерных уранидаченов, растущих в загрязненных урановых подповерхностных отложениях » ISME Журнал 3 (2): 216–2 Doi : 10.1038/ ismej.2008.8 ISSN 1751-7 PMID 18843300 6004360S2CID
^ Jump up to: ^а ^{беременный} ^в ^{дюймовый} ^и Андерсон, Роберт Т.; Врионис, Хелен А.; Ортис-Бернад, Ирен; Resch, Charles T.; Long, Philip E.; Дейво, Ричард; Карп, Кен; Марутцки, Сэм; Метцлер, Дональд Р.; Павлин, Аарон; Уайт, Дэвид С.; Лоу, Мэри; Ловли, Дерек Р. (октябрь 2003 г.). «Стимулирование активности in situ видов геобактер для удаления урана из подземных вод урана-загрязненного водоносным горизонтом» . Прикладная и экологическая микробиология . 69 (10): 5884–5891. Bibcode : 2003apenm..69.5884a . doi : 10.1128/aem.69.10.5884-5891.2003 . ISSN 0099-2240 . PMC 201226 . PMID 14532040 .
^ Jump up to: ^а ^{беременный} ^в Голт, Эндрю Дж.; Эри, Марина; Macrae, Jean D. (2014-04-09), Stolz, John F.; Oremland, Ronald S. (Eds.), «Микробные преобразования мышьяка в подповерхностной» , Метаболизм микробных металлов и металлоидов , Вашингтон, округ Колумбия, США: ASM Press, стр. 77–90, doi : 10.1128/9781555817190.Ch5 , ISBN 978-1-68367-101-5 Получено 2022-09-26
^ Тан, Ян; Адхикари, Рамеш Ю.; Мальванкар, Нихил С.; Уорд, Джой Э.; Невин, Келли П.; Вудард, Тревор Л.; Смит, Джессика А.; Snoeyenbos-West, Oona L.; Фрэнкс, Эшли Э.; Tuominen, Mark T.; Ловли, Дерек Р. (2016). «Низкая проводимость Geobacter uraniireducens pili предполагает разнообразие механизмов внеклеточного переноса электронов в роде Geobacter» . Границы в микробиологии . 7 : 980. DOI : 10.3389/fmicb.2016.00980 . ISSN 1664-302X . PMC 4923279 . PMID 27446021 .
^ Jump up to: ^а ^{беременный} Хуан, Линьян; Тан, Цзяхуань; Чен, Человек; Лю, Син; Чжоу, Шунгуи (2018). «Два режима опосредованного рибофлавином внеклеточного переноса электронов у геобактерных uraniireducens» . Границы в микробиологии . 9 : 2886. DOI : 10.3389/fmicb.2018.02886 . ISSN 1664-302X . PMC 6277576 . PMID 30538691 .

Внешние ссылки

Тип штамм геобактер ураниардена при разнообразия бактериальной метадатабазе

[Geobacter-uraniireducens-1] Jump up to: ^а ^{беременный} Parte, ac "Geobacter" . LPSN .

[UniProt-2] Jump up to: ^а ^{беременный} «Geobacter uraniireducens» . www.uniprot.org .

[3] «Geobacter uraniireducens таксон паспорт - Straintinfo» . www.straininfo.net . Архивировано из оригинала 2018-01-14 . Получено 2018-01-13 .

[:4-4] Jump up to: ^а ^{беременный} Уэйт, Дэвид В; Chuvochina, Maria; Пеликан, Клаус; Паркс, Донован Х; Йилмаз, Пелин; Вагнер, Майкл; Лой, Александр; Наганума, Такеши; Накай, Рёсуке; Уитмен, Уильям Б; Хан, Мартин У; Kuever, Jan; Hugenholtz, Philipyr 2020 (2020). «Предложение переклассифицировать протеобактериальные классы Deltaproteobacteria и олигофлексию, а также термодессульфобактерии Phylum в четыре фила, отражающие основные функциональные возможности» . Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 70 (11): 5972–6016. doi : 10.1099/ijsem.0.004213 . ISSN 1466-5034 . PMID 33151140 . S2CID 226257730 . {{cite journal}}: CS1 Maint: числовые имена: список авторов ( ссылка )

[:2-5] Jump up to: ^а ^{беременный} "IMG" . img.jgi.doe.gov . Получено 2022-10-02 .

[6] Паркер, Чарльз Томас; Вигли, Сара; Гаррити, Джордж М. (2009). Паркер, Чарльз Томас; Гаррити, Джордж М (ред.). «НОМЕНКЛАТУРА Аннотация для Geobacter uraniireducens shelobolina et al. 2008». Название Afforlife Abstracts . doi : 10.1601/nm.13330 (неактивный 2024-04-17). {{cite journal}}: CS1 Maint: doi неактивен с апреля 2024 года ( ссылка )

[:56-7] Jump up to: ^а ^{беременный} ^в ^{дюймовый} ^и ^фон ^глин Шелоболина, Евгений С.; Врионис, Хелен А.; Findlay, Robert H.; Lovley, Derek R.Yr 2008 (2008). «Geobacter uraniireducens sp. Nov., Изолирован из подповерхностного осадка, подвергающегося ураново -биоремедиации» . Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 58 (5): 1075–1078. doi : 10.1099/ijs.0.65377-0 . ISSN 1466-5034 . PMID 18450691 . {{cite journal}}: CS1 Maint: числовые имена: список авторов ( ссылка )

[8] Прекрасный, Деррик (2008-12-23). «Роль уменьшения U (VI) видами геобактер» . doi : 10.2172/944619 . Ости 944619 . {{cite journal}}: CITE Journal требует |journal= ( помощь )

[:23-9] "IMG" . img.jgi.doe.gov . Получено 2022-10-02 .

[:0-10] Jump up to: ^а ^{беременный} Mouser, Paula J.; Холмс, Дон Э.; Perpetua, Lorrie A.; Дидонато, Рэймонд; Postier, Брэд; Лю, Анна; Ловли, Дерек Р. (апрель 2009 г.). «Количественная экспрессия Geobacter spp. Гены окислительного стресса в чистой культуре и во время биоремедиации урана in situ» . Журнал ISME . 3 (4): 454–465. doi : 10.1038/ismej.2008.126 . ISSN 1751-7370 . PMID 19129865 . S2CID 30428402 .

[:1-11] Jump up to: ^а ^{беременный} Холмс, Дон Э.; О'Нил, Регина А.; Чаван, Милинд.; N'Guessan, Lucie A.; Вринис, Хелен А.; Perpetua, Lore A.; Ларракальдо, М. Джулиана; Дидонат, Рэймонд; Лю, Анна; Ловли, Дерек Р. (февраль 2009 г.). «Транскром геобактерных уранидаченов, растущих в загрязненных урановых подповерхностных отложениях » ISME Журнал 3 (2): 216–2 Doi : 10.1038/ ismej.2008.8 ISSN 1751-7 PMID 18843300 6004360S2CID

[:3-12] Jump up to: ^а ^{беременный} ^в ^{дюймовый} ^и Андерсон, Роберт Т.; Врионис, Хелен А.; Ортис-Бернад, Ирен; Resch, Charles T.; Long, Philip E.; Дейво, Ричард; Карп, Кен; Марутцки, Сэм; Метцлер, Дональд Р.; Павлин, Аарон; Уайт, Дэвид С.; Лоу, Мэри; Ловли, Дерек Р. (октябрь 2003 г.). «Стимулирование активности in situ видов геобактер для удаления урана из подземных вод урана-загрязненного водоносным горизонтом» . Прикладная и экологическая микробиология . 69 (10): 5884–5891. Bibcode : 2003apenm..69.5884a . doi : 10.1128/aem.69.10.5884-5891.2003 . ISSN 0099-2240 . PMC 201226 . PMID 14532040 .

[:7-13] Jump up to: ^а ^{беременный} ^в Голт, Эндрю Дж.; Эри, Марина; Macrae, Jean D. (2014-04-09), Stolz, John F.; Oremland, Ronald S. (Eds.), «Микробные преобразования мышьяка в подповерхностной» , Метаболизм микробных металлов и металлоидов , Вашингтон, округ Колумбия, США: ASM Press, стр. 77–90, doi : 10.1128/9781555817190.Ch5 , ISBN 978-1-68367-101-5 Получено 2022-09-26

[14] Тан, Ян; Адхикари, Рамеш Ю.; Мальванкар, Нихил С.; Уорд, Джой Э.; Невин, Келли П.; Вудард, Тревор Л.; Смит, Джессика А.; Snoeyenbos-West, Oona L.; Фрэнкс, Эшли Э.; Tuominen, Mark T.; Ловли, Дерек Р. (2016). «Низкая проводимость Geobacter uraniireducens pili предполагает разнообразие механизмов внеклеточного переноса электронов в роде Geobacter» . Границы в микробиологии . 7 : 980. DOI : 10.3389/fmicb.2016.00980 . ISSN 1664-302X . PMC 4923279 . PMID 27446021 .

[:6-15] Jump up to: ^а ^{беременный} Хуан, Линьян; Тан, Цзяхуань; Чен, Человек; Лю, Син; Чжоу, Шунгуи (2018). «Два режима опосредованного рибофлавином внеклеточного переноса электронов у геобактерных uraniireducens» . Границы в микробиологии . 9 : 2886. DOI : 10.3389/fmicb.2018.02886 . ISSN 1664-302X . PMC 6277576 . PMID 30538691 .

[ 1 ]

[ 2 ]

[ 3 ]

[ 4 ]

[ 5 ]

[ 6 ]

[ 7 ]

[ 8 ]

[ 9 ]

[ 10 ]

[ 11 ]

[ 12 ]

[ 13 ]

[ 14 ]

[ 15 ]