C16orf58

РУСФ1
Идентификаторы
Псевдонимы	RUSF1 , RUS, открытая рамка считывания 58 хромосомы 16, C16orf58, член семейства RUS 1
Внешние идентификаторы	МГИ : 2384572 ; Гомологен : 11232 ; GeneCards : RUSF1 ; ОМА : RUSF1 — ортологи
showМестоположение гена ( человек )
Chr.	Chromosome 16 (human)
End	31,509,309 bp
showМестоположение гена ( Мышь )
Chr.	Chromosome 7 (mouse)
End	127,897,342 bp
show экспрессии РНК Характер
	Top expressed in
	anterior pituitary; ; left ovary; ; right ovary; ; right lobe of thyroid gland; ; right uterine tube; ; canal of the cervix; ; left lobe of thyroid gland; ; body of pancreas; ; body of uterus; ; right lobe of liver;
	Top expressed in
	internal carotid artery; ; external carotid artery; ; yolk sac; ; zygote; ; right kidney; ; neural layer of retina; ; epithelium of small intestine; ; proximal tubule; ; genital tubercle; ; secondary oocyte;
	More reference expression data
	n/a
hideОртологи
	64755
	233913
	ENSG00000140688
	ENSMUSG00000030780
	Q96GQ5
	Q91W34
	НМ_022744
	НМ_145590 ; НМ_001360882
	НП_073581
	НП_663565 ; НП_001347811
	Викиданные
Просмотр/редактирование человека	Просмотр/редактирование мыши

Открытая рамка считывания 58 хромосомы 16 , или C16orf58 , также известная как FLJ13638 , представляет собой белок , который у человека кодируется C16orf58 геном . ^{[ 5 ]} Сам ген имеет длину 18892 п.о., мРНК — 2760 п.н., а белковая последовательность — 468 аминокислот . Существует консервативный неизвестный домен DUF647. Функция этого гена пока не определена, но предполагается, что он находится в эндоплазматическом ретикулуме в цитоплазме . ^{[ 6 ]}

Распространение видов

C16orf58 имеет очень интересную консервацию, поскольку у него есть ортологи в растениях и грибах . Однако он не был обнаружен у рептилий , птиц и земноводных . В таблице ниже показаны некоторые, но не все ортологи, найденные с помощью BLAST. ^{[ 7 ]}

Разновидность	Общее название организма	Присоединение к NCBI	Идентификация последовательности	E-значение	Длина (АА)	Общее имя Джина
Мудрый человек	Человек	НП_073581	100%	0.0	468	C16orf58
Лошадь Лошадь	Лошадь	XP_001495510	85%	0.0	468	ПРЕДСКАЗЫВАЕМО: аналогично белку C16orf58 UPF0420.
Семейная собака	Собака	XP_547054	85%	0.0	485	похож на CG10338-PA
Мышиная мышца	Мышь	Q91W34	81%	0.0	466	последовательность кДНК BC017158
Монодельфис домашний	Опоссум	XP_001370394	65%	3е ⁻¹⁶⁰	466	ПРЕДСКАЗАН: гипотетический белок
Дания рерио	данио	НП_001103923	53%	4е ⁻¹¹²	432	гипотетический белок LOC555936
Дрозофила меланогастер	Летать	НП_609897	40%	3е ⁻⁶⁹	395	CG10338
Арабидопсис Талиана	Тале Кресс	ААФ81284	37%	2е ⁻⁶⁸	403	Содержит сходство с продуктом гена CG10338 Drosophila melanogaster.
Петух есть петух	Курица	НП_989823	25%	0.36	1434	протеинтирозинфосфатаза, тип рецептора, U
Ксенопус тропический	Лягушка	ААИ22058	31%	3.4	268	белок Stk19
Сахаромицеты cerevisiae	Дрожжи	ЭДЗ73379	25%	0.21	1578	YDL140Cp-подобный белок
Ценорабдитис элегантный	Нематода	НП_502300	19%	3.0	414	гипотетический белок M18.6

Белковые взаимодействия

Хотя функция до сих пор неизвестна, было показано, что C16orf58 взаимодействует с тремя различными белками:

MVD ^{[ 8 ]} MVD означает дисфосфомевалонатдекарбоксилаза , фермент, участвующий в биосинтезе холестерина . ^{[ 9 ]}
БСКЛ2 ^{[ 10 ]} BSCL2 – это врожденная липодистрофия Бернардинелли-Зейпа 2, или сейпин. ^{[ 11 ]} Он расположен в эндоплазматическом ретикулуме и считается важным в морфологии липидных капель.
ТСК22Д4 ^{[ 10 ]} Третий взаимодействующий белок - это TSC22D4, член 4 семейства доменов TSC22, который действует как регулятор трансляции лейциновой молнии . ^{[ 12 ]}

Структура

Хотя существует несколько сайтов, которые могут дать предсказания о структуре белка, структура C16orf58 пока неизвестна. При этом существует по крайней мере один трансмембранный домен , если не больше. В структуре белка имеется несколько протяженных участков с незаряженными аминокислотами, возможно, это трансмембранные домены или гидрофобные ядра. ^{[ 6 ]} Ниже показан заряд каждой аминокислоты в белковой последовательности: + для положительного, - для отрицательного и 0 для незаряженного. Обратите внимание, что большие сегменты незаряженных аминокислот выделены жирным шрифтом. Эти участки незаряженных аминокислот сохраняются через отдаленные ортологи.

      1  00—000-00 000-00000- 0+00+000-0 0000-0000+ 00000+0000 +0-0+-00-0 
     61  0000000000 0000000000 000-0000-0 000000-000 0000000000 0000000000 
    121  0000+00000 0000000+-0 00000+0000 00+00+0-00 0+00+000-0 00-00000-0 
    181  0000000000 000000000+ 0000000000 +00000000+ +0000-000+ -000-00000 
    241  0000000000 0000000000 0000000000 000000+00+ 0000-000-0 +0+000+000 
    301  0+0-00-000 00+0-00000 0000000000 0000+00000 0-00000-00 0-000000-0 
    361  0000000000 0+000+000+ 0000000000 000-00000- 0—0+0+0+0 00++-00000 
    421  +-00-00-00 00+00+000- 000+0-+000 -00-0+0000 000-++00

Ссылки

^ Jump up to: ^а ^б ^с GRCh38: Версия Ensembl 89: ENSG00000140688 – Ensembl , май 2017 г.
^ Jump up to: ^а ^б ^с GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000030780 – Ensembl , май 2017 г.
^ «Ссылка на Human PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
^ «Ссылка на Mouse PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
^ «Ген Энтреза: C16orf58» . Проверено 6 мая 2009 г.
^ Jump up to: ^а ^б «Инструментарий биологии SDSC» . Суперкомпьютерный центр Сан-Диего . Проверено 7 мая 2009 г.
^ «BLAST: базовый инструмент поиска локального выравнивания» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальные институты здравоохранения США . Проверено 7 мая 2009 г.
^ «STRING: сети функциональных белковых ассоциаций» . EMBL.de. Проверено 7 мая 2009 г.
^ «Ген Энтрез: мевалонат (дифосфо) декарбоксилаза MVD» . Проверено 6 мая 2009 г.
^ Jump up to: ^а ^б «база данных монетного двора» . Архивировано из оригинала 6 мая 2006 г. Проверено 7 мая 2009 г.
^ «Ген Энтреза: BSCL2 врожденная липодистрофия Бернардинелли-Зейпа 2 (сейпин)» . Проверено 6 мая 2009 г.
^ «Ген Энтрез: TSC22D4 Доменное семейство TSC22, член 4» . Проверено 6 мая 2009 г.

Внешние ссылки

человека C16orf58 Расположение генома и страница сведений о гене C16orf58 в браузере генома UCSC .

Эта статья о гене человека й хромосоме незавершена в 16 - . Вы можете помочь Википедии, расширив ее .

[refGRCh38Ensembl-1] Jump up to: ^а ^б ^с GRCh38: Версия Ensembl 89: ENSG00000140688 – Ensembl , май 2017 г.

[refGRCm38Ensembl-2] Jump up to: ^а ^б ^с GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000030780 – Ensembl , май 2017 г.

[3] «Ссылка на Human PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .

[4] «Ссылка на Mouse PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .

[entrez-5] «Ген Энтреза: C16orf58» . Проверено 6 мая 2009 г.

[urlSDSC_Biology_Workbench-6] Jump up to: ^а ^б «Инструментарий биологии SDSC» . Суперкомпьютерный центр Сан-Диего . Проверено 7 мая 2009 г.

[urlBLAST:_Basic_Local_Alignment_Search_Tool-7] «BLAST: базовый инструмент поиска локального выравнивания» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальные институты здравоохранения США . Проверено 7 мая 2009 г.

[urlSTRING:_functional_protein_association_networks-8] «STRING: сети функциональных белковых ассоциаций» . EMBL.de. Проверено 7 мая 2009 г.

[entrez_MVD-9] «Ген Энтрез: мевалонат (дифосфо) декарбоксилаза MVD» . Проверено 6 мая 2009 г.

[Mint-10] Jump up to: ^а ^б «база данных монетного двора» . Архивировано из оригинала 6 мая 2006 г. Проверено 7 мая 2009 г.

[entrez_BSCL2-11] «Ген Энтреза: BSCL2 врожденная липодистрофия Бернардинелли-Зейпа 2 (сейпин)» . Проверено 6 мая 2009 г.

[entrez_TSC22D4-12] «Ген Энтрез: TSC22D4 Доменное семейство TSC22, член 4» . Проверено 6 мая 2009 г.

[1]

[2]

[ 3 ]

[ 4 ]

[ 5 ]

[ 6 ]

[ 7 ]

[ 8 ]

[ 9 ]

[ 10 ]

[ 11 ]

[ 12 ]