ФАМ210Б

ФАМ210Б
Идентификаторы
Псевдонимы	FAM210B , 5A3, C20orf108, dJ1167H4.1, семейство со сходством последовательностей, член B 210
Внешние идентификаторы	МГИ : 1914267 ; Гомологен : 32646 ; Генные карты : FAM210B ; ОМА : FAM210B – ортологи
showМестоположение гена ( человек )
Chr.	Chromosome 20 (human)
End	56,368,663 bp
showМестоположение гена ( Мышь )
Chr.	Chromosome 2 (mouse)
End	172,197,669 bp
show экспрессии РНК Характер
	Top expressed in
	parotid gland; ; trabecular bone; ; skin of hip; ; left adrenal gland; ; adrenal cortex; ; left adrenal cortex; ; right adrenal cortex; ; seminal vesicula; ; lactiferous duct; ; skin of thigh;
	Top expressed in
	fetal liver hematopoietic progenitor cell; ; blood; ; ventricular zone; ; left lobe of liver; ; transitional epithelium of urinary bladder; ; gastrula; ; medial ganglionic eminence; ; Rostral migratory stream; ; medial dorsal nucleus; ; substantia nigra;
	More reference expression data
	n/a
hideОртологи
	116151
	67017
	ENSG00000124098
	ENSMUSG00000027495
	Q96KR6
	Q9D8B6
	НМ_080821
	НМ_025912
	НП_543011
	НП_080188
	Викиданные
Просмотр/редактирование человека	Просмотр/редактирование мыши

FAM210B — это ген, который у человека разумного кодирует белок FAM210B. Он сохранялся на протяжении всей эволюционной истории и высоко экспрессируется во многих тканях человеческого тела. Основное местонахождение FAM210B — эндоплазматический ретикулум .

Ген

Локус

FAM210B находится на плюсовой цепи хромосомы 20 , точно в районе 20q13.2. Длина этого гена составляет 9749 оснований, что соответствует белку, состоящему из 192 аминокислот . ^{[ 5 ]}

^{[ 5 ]}

Псевдонимы

Альтернативные названия включают C20orf108, гипотетический белок LOC116151, DJ116H4.1 и 5A3. ^{[ 5 ]}

мРНК

FAM210B имеет два известных варианта сращивания, официально известных как FAM210B-001 и FAM210B-002. FAM210B-001 состоит из 3 экзонов в длину, тогда как FAM210B-002 состоит из 2 экзонов. ^{[ 6 ]}

^{[ 6 ]}

Белок

Самый длинный белок-предшественник имеет длину 192 аминокислоты. Молекулярная масса составляет 20,4 кдал, изоэлектрическая точка — 10,8. ^{[ 7 ]}

Структура

Первичная структура

Имеется 1 серия положительных зарядов из 4 остатков в положении 79, EEKK. Трансмембранная последовательность с высоким баллом присутствует в положениях 99–123, VGVSLHIGISLISLGIFYM. ВВССГВ. Сигнал удержания эндоплазматического ретикулума (PAAK) присутствует в положениях 187–191. ^{[ 7 ]}

Вторичная структура

Большая часть структуры состоит из альфа-спиралей. Как и предсказывал мой Phyre 2, 61% белка образует альфа-спирали, а 28% — трансмембранные сегменты. Подробная карта трансмембранной топологии показана ниже. ^{[ 8 ]}

Третичная структура

I-Tasser предсказал, что складывание FAM210B будет таким, как показано ниже.

Субклеточное расположение

Основным местом расположения белка FAM210B является эндоплазматический ретикулум. Аминокислотная последовательность содержит сигнал удержания в эндоплазме PAAK вблизи С-конца. Существует 2 трансмембранных домена, которые были определены и подтверждены несколькими методами. Они выделены на изображении посттрансляционной модификации ниже. ^{[ 9 ]}

Посттрансляционные модификации

Следующий концептуальный перевод представляет ожидаемые посттрансляционные модификации. Изменения были предсказаны MotifScan, а затем более подробно изучены в Expasy. ^{[ 10 ]} Обнаруженные модификации включают сайты расщепления пропептида, сайты C-маннозилирования, сайты O-гликозилирования GalNAc, сайты гликирования лизина, сайты фосфорилирования, сайт расщепления коронавирусной 3C-подобной протеиназы и сайт модификации GPI.

Гомология

Важным аналогом FAM210B является FAM210A. Ортологи и отдаленные гомологи были обнаружены у млекопитающих, рептилий, птиц, беспозвоночных, рыб, амфибий, трихоплаксов и грибов. ^{[ 11 ]}

Паралоги

Имя гена	Общее имя	Инвенционный номер	Длина последовательности	E-значение	Личность	Обложка запроса
белок RCE1	РЦЭ1	ААХ52622.1	329	0.063	42%	28%
Серин/треонин-протеинкиназа	СБК2	НП_001094871.2	348	1.3	54%	15%
ФАМ210А	ФАМ210А	НП_689565.2	272	1.4	31%	53%

Ортологи

Род и вид	Общее имя	Дата расхождения (MYA)	Инвенционный номер	Длина последовательности	E-значение	Личность	Обложка запроса	Примечания
Мудрый человек	Человек	-	НП_543011.2	192	2.00Э-138	100%	100%	млекопитающее
Тарсиус сирихта	Филиппинский долгопят	67.6	XP_008058424.1	150	3.00Э-88	88%	76%	млекопитающее
Фукомис дамаренсис	Дамаралендские кротовые снасти	90.9	XP_010627139.1	184	1.00Э-77	82%	76%	млекопитающее
Орки косатка	Косатка	97.5	XP_004282340.1	192	2.00Э-98	81%	100%	млекопитающее
Дикий верблюд	Двугорбый верблюд	97.5	ЭПИ80008.1	251	7.00Э-72	87%	69%	млекопитающее
Анолис Каролинский	Каролина анол	320.5	XP_003223790.1	215	4.00E-60	65%	78%	Рептилия
Тамнофис сирталис	Обыкновенная подвязочная змея	320.5	XP_013919769.1	286	3.00Э-59	67%	71%	Рептилия
Офиофаг Ханна	Королевская кобра	320.5	ETE65490.1	152	8.00E-59	68%	67%	Рептилия
Кариама хохлатая	Серия с прямыми ногами	320.5	КРП59646.1	115	7.00Э-58	78%	59%	Птица
Маленькая цапля	Маленькая цапля	320.5	КФП21403.1	115	1.00Э-57	77%	59%	Птица
Анас Платиринхос	Кряква	320.5	ЭОБ08268.1	97	2.00E-14	44%	50%	Птица
Геккон японский	Гекко	320.5	XP_015277771.1	304	1.00E-11	34%	57%	Рептилия
Ксенопус тропический	Западная когтистая лягушка	355.7	НП_001072818.1	196	5.00Э-57	55%	94%	амфибия
Ксенопус левис	Африканская шпорцевая лягушка	355.7	НП_001088884.1	275	8.00E-10	29%	53%	амфибия
Каллоринхус милии	Австралийская акула-призрак	482.9	XP_007910267.1	217	1.00Э-48	73%	55%	Рыба
Дрозофила сешельия	Плодовая мушка	847	XP_002037687.1	135	5.00Э-31	48%	71%	Беспозвоночное
Церапачис бирои	Клональный муравей-рейдер	847	XP_011331931.1	344	3.00E-15	36%	56%	Беспозвоночное
Огатея параполиморфная	Микроорганизм	1302.5	XP_013935759.1	208	7.00E-05	29%	60%	Грибок
Популус трихокарпа	Черный тополь	1513.9	XP_006379359.1	242	5.00E-04	33%	49%	Растение
Прикрепленный трихоплакс	Трихоплакс	Неизвестный	XP_002116161.1	149	5.00Э-29	40%	63%	Трихоплакс
Митоспоридий дафин	Паразит	Неизвестный	XP_013239484.1	162	1.00E-07	35%	48%	Грибок

Эволюционная история

Размер семейства генов равен двум, и оно включает FAM210A и FAM210B. Дупликация генов, по-видимому, произошла, когда растения отделились от простейших. Самым отдаленным найденным ортологом был Populus trichocarpa, также известный как черный тополь. ^{[ 12 ]} Неукорененное филогенетическое дерево ниже демонстрирует это расхождение. ^{[ 13 ]} Все организмы в дереве также можно найти в таблице ортологов выше.

Выражение

FAM210B повсеместно экспрессируется у Homo sapiens . ^{[ 14 ]} Он проявляется на каждой стадии развития и во многих нарушениях здоровья, включая опухоли молочной железы, шейки матки, печени, легких, яичников и поджелудочной железы. ^{[ 15 ]}

Аллен Атлас мозга

Эти изображения были взяты из Allen Brain Atlas и демонстрируют экспрессию FAM210B в мозге мыши. На изображениях сравнивается экспрессия FAM210B (слева) и дофамин-бета-гидроксилазы (справа) на сагиттальном срезе мозжечка . ^{[ 16 ]}

ГЕО-профили

На следующем изображении показана экспрессия гена FAM210B у пациентов с лихорадкой денге или у выздоравливающих . Как видно по синим точкам, уровень FAM210B снижен у пациентов, страдающих геморрагической лихорадкой и лихорадкой, по сравнению со здоровыми людьми из контрольной группы. ^{[ 17 ]}

На следующем изображении показана экспрессия гена FAM210B у пациентов с тяжелой бактериальной пневмонией , тяжелым гриппом и у тех, кто получил вакцину против гриппа . Как видно на изображении, рейтинг FAM210B ниже у пациентов с тяжелой бактериальной пневмонией и даже ниже у пациентов с тяжелым гриппом по сравнению с теми, кто получил вакцину против гриппа. ^{[ 18 ]}

Взаимодействующие белки

Было установлено, что следующие белки взаимодействуют с FAM210B. Их взаимодействие определяли методами аффинного захвата и масс-спектрометрии . ^{[ 19 ]} Анализируя функцию этих белков, можно получить больше информации о функции FAM210B.

Белок	Функция
HTR2C	Кодирует трансмембранный рецептор, связанный с G-белком. Отвечает на передачу сигналов через серотонин.
LPAR1	Белок, кодируемый этим геном, представляет собой рецептор LPA. Опосредующие функции, такие как пролиферация, агрегация тромбоцитов, сокращение гладких мышц, инвазия опухолевых клеток.
РЭП5	Может способствовать функциональной экспрессии обонятельных рецепторов на клеточной поверхности.
РТН1	Ген, кодирующий ретикулон, связан с ЭР и участвует в нейроэндокринной секреции.
РТН4	Ген, кодирующий ретикулон, связан с ЭР и участвует в нейроэндокринной секреции.
ТМ4SF20	Взаимодействуют с интегринами, обеспечивая клеточную адгезию, пролиферацию и подвижность.
ЦПАН5	Опосредуют события передачи сигнала, которые регулируют развитие, активацию, рост и подвижность клеток.
ЦПАН17	Кодирует члена трансмембранного суперсемейства 4, функция не определена.
АТФ6В0Д1	Кодирует V-АТФазу, которая обеспечивает подкисление внутриклеточных органелл эукариот.

Ссылки

^ Jump up to: ^а ^б ^с GRCh38: Версия Ensembl 89: ENSG00000124098 – Ensembl , май 2017 г.
^ Jump up to: ^а ^б ^с GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000027495 – Ensembl , май 2017 г.
^ «Ссылка на Human PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
^ «Ссылка на Mouse PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
^ Jump up to: ^а ^б ^с «Ген FAM210B» . Genecards.org . Проверено 9 мая 2016 г.
^ Jump up to: ^а ^б «Ген: FAM210B (OTTHUMG00000032793) - Краткое описание - Homo sapiens - Браузер генома Vega 64» . vega.sanger.ac.uk . Проверено 9 мая 2016 г.
^ Jump up to: ^а ^б «Инструментарий биологии SDSC» . workbench.sdsc.edu . Проверено 9 мая 2016 г.
^ «Результаты Phyre 2 для FAM210B_Normal» . sbg.bio.ic.ac.uk. Проверено 9 мая 2016 г. ^{[ постоянная мертвая ссылка ]}
^ «ПСОРТ II Прогноз» . psort.hgc.jp . Проверено 9 мая 2016 г.
^ «ExPASy: Портал ресурсов SIB по биоинформатике — Категории» . expasy.org . Проверено 28 апреля 2016 г.
^ «BLAST: базовый инструмент поиска локального выравнивания» . blast.ncbi.nlm.nih.gov . Проверено 27 апреля 2016 г.
^ «Нуклеотидный BLAST: поиск в базах данных нуклеотидов с помощью нуклеотидного запроса» . blast.ncbi.nlm.nih.gov . Проверено 27 апреля 2016 г.
^ «Инжирное дерево» . Tree.bio.ed.ac.uk. Проверено 9 мая 2016 г.
^ «Семейство со сходством последовательностей 210, член B (FAM210B)» . ncbi.nlm.nih.gov . Проверено 9 мая 2016 г.
^ «Профиль EST — Hs.143736» . ncbi.nlm.nih.gov . Проверено 9 мая 2016 г.
^ «Детали эксперимента :: Атлас мозга Аллена: Мозг мыши» . mouse.brain-map.org . Проверено 27 апреля 2016 г.
^ "GDS5093/224693_PM_at" . ncbi.nlm.nih.gov . Проверено 9 мая 2016 г.
^ "GDS3919/ILMN_1708016" . ncbi.nlm.nih.gov . Проверено 9 мая 2016 г.
^ Лаборатория, Майк Тайерс. «Сводка результатов FAM210B (PSEC0265) | BioGRID» . thebiogrid.org . Проверено 8 мая 2016 г.

[refGRCh38Ensembl-1] Jump up to: ^а ^б ^с GRCh38: Версия Ensembl 89: ENSG00000124098 – Ensembl , май 2017 г.

[refGRCm38Ensembl-2] Jump up to: ^а ^б ^с GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000027495 – Ensembl , май 2017 г.

[3] «Ссылка на Human PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .

[4] «Ссылка на Mouse PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .

[:1-5] Jump up to: ^а ^б ^с «Ген FAM210B» . Genecards.org . Проверено 9 мая 2016 г.

[:2-6] Jump up to: ^а ^б «Ген: FAM210B (OTTHUMG00000032793) - Краткое описание - Homo sapiens - Браузер генома Vega 64» . vega.sanger.ac.uk . Проверено 9 мая 2016 г.

[:0-7] Jump up to: ^а ^б «Инструментарий биологии SDSC» . workbench.sdsc.edu . Проверено 9 мая 2016 г.

[8] «Результаты Phyre 2 для FAM210B_Normal» . sbg.bio.ic.ac.uk. Проверено 9 мая 2016 г. ^{[ постоянная мертвая ссылка ]}

[9] «ПСОРТ II Прогноз» . psort.hgc.jp . Проверено 9 мая 2016 г.

[10] «ExPASy: Портал ресурсов SIB по биоинформатике — Категории» . expasy.org . Проверено 28 апреля 2016 г.

[11] «BLAST: базовый инструмент поиска локального выравнивания» . blast.ncbi.nlm.nih.gov . Проверено 27 апреля 2016 г.

[12] «Нуклеотидный BLAST: поиск в базах данных нуклеотидов с помощью нуклеотидного запроса» . blast.ncbi.nlm.nih.gov . Проверено 27 апреля 2016 г.

[13] «Инжирное дерево» . Tree.bio.ed.ac.uk. Проверено 9 мая 2016 г.

[14] «Семейство со сходством последовательностей 210, член B (FAM210B)» . ncbi.nlm.nih.gov . Проверено 9 мая 2016 г.

[15] «Профиль EST — Hs.143736» . ncbi.nlm.nih.gov . Проверено 9 мая 2016 г.

[16] «Детали эксперимента :: Атлас мозга Аллена: Мозг мыши» . mouse.brain-map.org . Проверено 27 апреля 2016 г.

[17] "GDS5093/224693_PM_at" . ncbi.nlm.nih.gov . Проверено 9 мая 2016 г.

[18] "GDS3919/ILMN_1708016" . ncbi.nlm.nih.gov . Проверено 9 мая 2016 г.

[19] Лаборатория, Майк Тайерс. «Сводка результатов FAM210B (PSEC0265) | BioGRID» . thebiogrid.org . Проверено 8 мая 2016 г.

[1]

[2]

[ 3 ]

[ 4 ]

[ 5 ]

[ 6 ]

[ 7 ]

[ 8 ]

[ 9 ]

[ 10 ]

[ 11 ]

[ 12 ]

[ 13 ]

[ 14 ]

[ 15 ]

[ 16 ]

[ 17 ]

[ 18 ]

[ 19 ]