Ноктюрнин

НОЧЬ
Доступные структуры
ПДБ	Поиск ортологов: PDBe RCSB
showСписок идентификационных кодов PDB
	6MAL
Идентификаторы
Псевдонимы	NOCT , CCR4L, Ccr4c, NOC, CCRN4L, ноктурнин
Внешние идентификаторы	Опустить : 608468 ; МГИ : 109382 ; Гомологен : 7661 ; GeneCards : NOCT ; ОМА : НОКТ - ортологи
showМестоположение гена ( человек )
Chr.	Chromosome 4 (human)
End	139,045,939 bp
showМестоположение гена ( Мышь )
Chr.	Chromosome 3 (mouse)
End	51,159,065 bp
show экспрессии РНК Характер
	Top expressed in
	buccal mucosa cell; ; muscle of thigh; ; islet of Langerhans; ; gonad; ; testicle; ; stromal cell of endometrium; ; pancreatic ductal cell; ; gallbladder; ; gastrocnemius muscle; ; secondary oocyte;
	Top expressed in
	secondary oocyte; ; primary oocyte; ; zygote; ; lacrimal gland; ; plantaris muscle; ; myocardium of ventricle; ; piriform cortex; ; temporal lobe; ; extensor digitorum longus muscle; ; ureter;
	More reference expression data
	n/a
showГенная онтология
Molecular function	DNA-binding transcription factor activity; metal ion binding; RNA binding; nuclease activity; exonuclease activity; hydrolase activity; poly(A)-specific ribonuclease activity; mRNA binding; 3'-5'-exoribonuclease activity;
Cellular component	P-body; nucleoplasm; cytoplasm; perinuclear region of cytoplasm; nucleus; CCR4-NOT complex;
Biological process	regulation of embryonic development; RNA phosphodiester bond hydrolysis, exonucleolytic; rhythmic process; deadenylation-dependent decapping of nuclear-transcribed mRNA; mRNA processing; transcription by RNA polymerase II; P-body assembly; response to extracellular stimulus; response to lipopolysaccharide; regulation of transcription, DNA-templated; circadian rhythm; regulation of circadian rhythm; negative regulation of osteoblast differentiation; mRNA stabilization; negative regulation of gene expression; positive regulation of fat cell differentiation; circadian regulation of gene expression; nucleic acid phosphodiester bond hydrolysis; nuclear-transcribed mRNA poly(A) tail shortening;
	Sources:Amigo / QuickGO
hideОртологи
	25819
	12457
	ENSG00000151014
	ENSMUSG00000023087
	Q9UK39
	О35710
	НМ_012118
	НМ_009834
	НП_036250
	НП_033964
	Викиданные
Просмотр/редактирование человека	Просмотр/редактирование мыши

Ноктюрнин человека — это фермент гидролазы , который участвует в обмене веществ, и его экспрессия контролируется ритмическими циркадными часами . Он кодируется геном NOCT, расположенным на хромосоме 4. Ноктурнин содержит С-концевой структурный домен семейства эндонуклеаз/экзонуклеаз/фосфатаз . Исследование, проведенное в январе 2019 года, показало, что НАДФ+ и НАДФН являются прямыми мишенями ноктюрнина. ^{[ 5 ]}^{[ 6 ]}

Drosophila melanogaster Ортолог Nocturnin — Curled. Нокаут Curled приводит к фенотипу свернувшихся крыльев у плодовых мух. Фенотип скрученных крыльев был впервые обнаружен Томасом Хантом Морганом в 1915 году. ^{[ 7 ]} У мышей ортолог ноктюрнина отвечает за контроль диеты и набора веса; нокаутные мыши не прибавляют в весе, когда их переводят на диету с высоким содержанием жиров, по сравнению с нормальными мышами, содержащими ноктюрнин. ^{[ 8 ]} На мышах также было показано, что ноктюрнин экспрессируется ритмично, даже когда мышей помещают в полную темноту, демонстрируя, что экспрессия ноктюрнина управляется внутренними часами нашего организма. ^{[ 9 ]}

Клеточная локализация

Было показано, что ноктурнин имеет последовательность, нацеленную на митохондрии , которая расположена на N-конце белка. ^{[ 5 ]}^{[ 6 ]} Нацеливающая последовательность ноктюрнина отщепляется в митохондриях, чтобы обеспечить проникновение.

Ферментативная активность

Ранее считалось, что ноктурнин деаденилирует мРНК метаболических генов. ^{[ 10 ]} но два исследования, проведенные в 2018 году, показали, что ноктурнин напрямую не обладает рибонуклеазной активностью. ^{[ 11 ]}^{[ 12 ]} Исследование, проведенное в январе 2019 года, показало, что человеческий ноктурнин представляет собой фосфатазу , которая действует непосредственно на НАДФ(Н) и удаляет 2'-фосфат. ^{[ 5 ]}^{[ 6 ]} Было также показано, что Curled, ортолог дрозофилы, представляет собой НАДФ (Н) 2'-фосфатазу, что указывает на то, что ферментативная активность сохраняется от человека до плодовых мух. ^{[ 5 ]}^{[ 6 ]}

Структура

Ноктурнин содержит С-концевой структурный домен семейства эндонуклеаз/экзонуклеаз/фосфатаз (EEP). Его белковая структура аналогична таковой у ДНКазы I , эндонуклеазы AP , INPP5B , сфингомиелинфосфодиэстеразы , TDP2 , PDE12 и CNOT6L . Как и у других членов EEP, пять консервативных каталитических остатков помогают координировать атом магния, для ноктюрнина двухвалентный металл участвует в активности НАДФ(Н)-фосфатазы. Первые структуры человеческого ноктюрнина были раскрыты в 2017-2018 годах ( 6BT1 , ^{[ 12 ]} 6БТ2 , ^{[ 12 ]} и 6МАЛ ^{[ 11 ]}). Все три имели С-концевой EEP-подобный домен ноктюрнина, связанный с его кофактором магнием. В декабре 2018 года была определена первая структура ноктюрнина, связанного с его природным субстратом НАДФН, 6NF0 . ^{[ 5 ]}^{[ 6 ]}

Ссылки

^ Jump up to: ^а ^б ^с GRCh38: Версия Ensembl 89: ENSG00000151014 – Ensembl , май 2017 г.
^ Jump up to: ^а ^б ^с GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000023087 – Ensembl , май 2017 г.
^ «Ссылка на Human PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
^ «Ссылка на Mouse PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
^ Jump up to: ^а ^б ^с ^д ^и Эстрелла М.А., Ду Дж., Чен Л., Рат С., Прангли Э., Читракар А., Аоки Т., Шедл П., Рабиновиц Дж., Коренных А. (2019). «Метаболиты НАДФ+ и НАДФН являются мишенями циркадного белка ноктюрнина (керледа)» . биоRxiv . 10 (1): 2367. дои : 10.1101/534560 . ПМК 6542800 . ПМИД 31147539 .
^ Jump up to: ^а ^б ^с ^д ^и
Эстрелла М.А., Ду Дж., Чен Л., Рат С., Прангли Э., Читракар А., Аоки Т., Шедл П., Рабиновиц Дж., Коренных А. (май 2019 г.). «Метаболиты НАДФ+ и НАДФН являются мишенями циркадного белка ноктюрнина (Curled)» . Природные коммуникации . 10 (1): 2367. Бибкод : 2019NatCo..10.2367E . дои : 10.1038/s41467-019-10125-z . ПМК 6542800 . ПМИД 31147539 .
- «Циркадные часы и жировой обмен связаны посредством недавно открытого механизма» . ScienceDaily (пресс-релиз). 30 мая 2019 г.
^ Гронк С., Бикмейер И., Вундерлих Р., Джекл Х., Кунляйн Р.П. (2009). «curled кодирует гомолог циркадной деаденилазы ноктюрнина дрозофилы» . Генетика . 183 (1): 219–232. дои : 10.1534/genetics.109.105601 . ПМК 2746146 . ПМИД 19581445 .
^ Грин CB, Дурис Н., Кодзима С., Страйер К.А., Фогерти Дж., Лурим Д., Келлер С.Р., Бешарс Дж.К. (2007). «Потеря ноктюрнина, циркадной деаденилазы, обеспечивает устойчивость к стеатозу печени и ожирению, вызванному диетой» . ПНАС . 104 (23): 9, 888–93. дои : 10.1073/pnas.0702448104 . ПМЦ 1871564 . ПМИД 17517647 .
^ Ван Й., Остербур Д.Л., Мего П.Л., Тосини Дж., Фукухара С., Грин CB, Бешарс Дж.К. (2001). «Ритмическая экспрессия мРНК ноктюрнина во многих тканях мыши» . Биология развития BMC . 1 (9): 9. дои : 10.1186/1471-213X-1-9 . ПМК 32249 . ПМИД 11394964 .
^ Бэггс Дж. Э., Грин CB (2003). «Ноктюрнин, деаденилаза в сетчатке Xenopus laevis» . Современная биология . 13 (3): 189–198. дои : 10.1016/S0960-9822(03)00014-9 . ПМИД 12573214 . S2CID 16337386 .
^ Jump up to: ^а ^б Эстрелла М.А., Ду Ж, Коренных А (2018). «Кристаллическая структура каталитического домена ноктюрнина человека» . Научные отчеты . 8 (1): 16294. Бибкод : 2018NatSR...816294E . дои : 10.1038/s41598-018-34615-0 . ПМК 6214945 . ПМИД 30389976 .
^ Jump up to: ^а ^б ^с Абшир Э.Т., Шассер Дж., Бон Дж.А., Дель Риццо П.А., Фреддолино П.Л., Голдстрем AC, Тривел RC (2018). «Структура человеческого ноктюрнина обнаруживает консервативный домен рибонуклеазы, который подавляет трансляцию целевого транскрипта и его численность в клетках» . Исследования нуклеиновых кислот . 46 (12): 6257–6270. дои : 10.1093/nar/gky412 . ПМК 6158716 . ПМИД 29860338 .

Внешние ссылки

Обзор всей структурной информации, доступной в PDB для UniProt : Q9UK39 (Nocturnin) в PDBe-KB .

[refGRCh38Ensembl-1] Jump up to: ^а ^б ^с GRCh38: Версия Ensembl 89: ENSG00000151014 – Ensembl , май 2017 г.

[refGRCm38Ensembl-2] Jump up to: ^а ^б ^с GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000023087 – Ensembl , май 2017 г.

[3] «Ссылка на Human PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .

[4] «Ссылка на Mouse PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .

[Estrella_2019-5] Jump up to: ^а ^б ^с ^д ^и Эстрелла М.А., Ду Дж., Чен Л., Рат С., Прангли Э., Читракар А., Аоки Т., Шедл П., Рабиновиц Дж., Коренных А. (2019). «Метаболиты НАДФ+ и НАДФН являются мишенями циркадного белка ноктюрнина (керледа)» . биоRxiv . 10 (1): 2367. дои : 10.1101/534560 . ПМК 6542800 . ПМИД 31147539 .

[Estrella_2019b-6] Jump up to: ^а ^б ^с ^д ^и Эстрелла М.А., Ду Дж., Чен Л., Рат С., Прангли Э., Читракар А., Аоки Т., Шедл П., Рабиновиц Дж., Коренных А. (май 2019 г.). «Метаболиты НАДФ+ и НАДФН являются мишенями циркадного белка ноктюрнина (Curled)» . Природные коммуникации . 10 (1): 2367. Бибкод : 2019NatCo..10.2367E . дои : 10.1038/s41467-019-10125-z . ПМК 6542800 . ПМИД 31147539 .
«Циркадные часы и жировой обмен связаны посредством недавно открытого механизма» . ScienceDaily (пресс-релиз). 30 мая 2019 г.

[7] «Циркадные часы и жировой обмен связаны посредством недавно открытого механизма» . ScienceDaily (пресс-релиз). 30 мая 2019 г.

[Gronke-7] Гронк С., Бикмейер И., Вундерлих Р., Джекл Х., Кунляйн Р.П. (2009). «curled кодирует гомолог циркадной деаденилазы ноктюрнина дрозофилы» . Генетика . 183 (1): 219–232. дои : 10.1534/genetics.109.105601 . ПМК 2746146 . ПМИД 19581445 .

[Green_2007-8] Грин CB, Дурис Н., Кодзима С., Страйер К.А., Фогерти Дж., Лурим Д., Келлер С.Р., Бешарс Дж.К. (2007). «Потеря ноктюрнина, циркадной деаденилазы, обеспечивает устойчивость к стеатозу печени и ожирению, вызванному диетой» . ПНАС . 104 (23): 9, 888–93. дои : 10.1073/pnas.0702448104 . ПМЦ 1871564 . ПМИД 17517647 .

[Wang-9] Ван Й., Остербур Д.Л., Мего П.Л., Тосини Дж., Фукухара С., Грин CB, Бешарс Дж.К. (2001). «Ритмическая экспрессия мРНК ноктюрнина во многих тканях мыши» . Биология развития BMC . 1 (9): 9. дои : 10.1186/1471-213X-1-9 . ПМК 32249 . ПМИД 11394964 .

[Baggs-10] Бэггс Дж. Э., Грин CB (2003). «Ноктюрнин, деаденилаза в сетчатке Xenopus laevis» . Современная биология . 13 (3): 189–198. дои : 10.1016/S0960-9822(03)00014-9 . ПМИД 12573214 . S2CID 16337386 .

[Estrella_2018-11] Jump up to: ^а ^б Эстрелла М.А., Ду Ж, Коренных А (2018). «Кристаллическая структура каталитического домена ноктюрнина человека» . Научные отчеты . 8 (1): 16294. Бибкод : 2018NatSR...816294E . дои : 10.1038/s41598-018-34615-0 . ПМК 6214945 . ПМИД 30389976 .

[Abshire_2018-12] Jump up to: ^а ^б ^с Абшир Э.Т., Шассер Дж., Бон Дж.А., Дель Риццо П.А., Фреддолино П.Л., Голдстрем AC, Тривел RC (2018). «Структура человеческого ноктюрнина обнаруживает консервативный домен рибонуклеазы, который подавляет трансляцию целевого транскрипта и его численность в клетках» . Исследования нуклеиновых кислот . 46 (12): 6257–6270. дои : 10.1093/nar/gky412 . ПМК 6158716 . ПМИД 29860338 .

[1]

[2]

[ 3 ]

[ 4 ]

[ 5 ]

[ 6 ]

[ 7 ]

[ 8 ]

[ 9 ]

[ 10 ]

[ 11 ]

[ 12 ]