Дезоксирибонуклеаза I

ДНКАЗА1
Доступные структуры
ПДБ	Поиск ортологов: PDBe RCSB
showСписок идентификационных кодов PDB
	4AWN
Идентификаторы
Псевдонимы	ДНКASE1 , DNL1, DRNI, дезоксирибонуклеаза I, дезоксирибонуклеаза 1
Внешние идентификаторы	Опустить : 125505 ; МГИ : 103157 ; Гомологен : 3826 ; GeneCards : ДНКASE1 ; ОМА : ДНКASE1 - ортологи
showМестоположение гена ( человек )
Chr.	Chromosome 16 (human)
End	3,680,143 bp
showМестоположение гена ( Мышь )
Chr.	Chromosome 16 (mouse)
End	3,857,888 bp
show экспрессии РНК Характер
	Top expressed in
	duodenum; ; jejunal mucosa; ; tendon of biceps brachii; ; body of pancreas; ; buccal mucosa cell; ; mucosa of ileum; ; anterior pituitary; ; body of stomach; ; granulocyte; ; right hemisphere of cerebellum;
	Top expressed in
	parotid gland; ; lacrimal gland; ; submandibular gland; ; right kidney; ; vestibular membrane of cochlear duct; ; human kidney; ; stria vascularis; ; jejunum; ; proximal tubule; ; vestibular sensory epithelium;
	More reference expression data
	More reference expression data
showГенная онтология
Molecular function	nuclease activity; endonuclease activity; deoxyribonuclease I activity; actin binding; protein binding; hydrolase activity; deoxyribonuclease activity; DNA binding;
Cellular component	extracellular region; extracellular exosome; nuclear envelope; nucleus;
Biological process	DNA catabolic process; nucleic acid phosphodiester bond hydrolysis; apoptotic process; DNA catabolic process, endonucleolytic; neutrophil activation involved in immune response; regulation of acute inflammatory response; regulation of neutrophil mediated cytotoxicity;
	Sources:Amigo / QuickGO
hideОртологи
	1773
	13419
	ENSG00000213918
	ENSMUSG00000005980
	P24855
	P49183
showНМ_005223 ; НМ_001351825 ; НМ_001387135 ; НМ_001387139 ; НМ_001387140 ;
	NM_001387141
	НМ_010061 ; НМ_001357143
	НП_005214 ; НП_001338754
	НП_034191 ; НП_001344072
	Викиданные
Просмотр/редактирование человека	Просмотр/редактирование мыши

Дезоксирибонуклеаза I (обычно называемая ДНКазой I ) представляет собой эндонуклеазу семейства ДНКаз, кодируемую геном человека DNASE1 . ^[5]ДНКаза I представляет собой нуклеазу , которая расщепляет ДНК преимущественно по фосфодиэфирным связям, соседним с пиримидиновым нуклеотидом , образуя полинуклеотиды с 5'-фосфатными концевыми группами со свободной гидроксильной группой в положении 3', в среднем образуя тетрануклеотиды. Он действует на одноцепочечную ДНК, двухцепочечную ДНК и хроматин . Помимо своей роли эндонуклеазы, утилизирующей отходы , было высказано предположение, что она является одной из дезоксирибонуклеаз, ответственных за фрагментацию ДНК во время апоптоза . ^[6]

ДНКаза I связывается с цитоскелета белком актином . Он связывает мономеры актина с очень высоким (субнаномолярным) сродством и полимеры актина с более низким сродством. Функция этого взаимодействия неясна. Однако, поскольку ДНКаза I, связанная с актином, ферментативно неактивна, комплекс ДНКаза- актин может быть формой хранения ДНКазы I, которая предотвращает повреждение генетической информации. Этот белок хранится в зимогенных гранулах ядерной оболочки и функционирует путем расщепления ДНК эндонуклеолитическим способом.

Охарактеризовано по меньшей мере шесть аутосомно-кодоминантных аллелей гена ДНКАЗА 1, от ДНКАЗЕ1*1 до ДНКАЗЕ1*6, и последовательность ДНКАЗЕ1*2 представлена в этой записи. Мутации этого гена, а также фактора, инактивирующего его ферментный продукт, связаны с системной красной волчанкой (СКВ) , аутоиммунным заболеванием . ^[7]^[8] Рекомбинантная форма этого белка используется для лечения одного из симптомов муковисцидоза путем гидролиза внеклеточной ДНК мокроты и снижения ее вязкости. ^[9] Альтернативные варианты транскрипционного сплайсинга этого гена наблюдались, но не были тщательно охарактеризованы. ^[5]

В геномике

В геномике считается, что гиперчувствительные участки ДНКазы I характеризуются открытым, доступным хроматином; следовательно, анализ чувствительности к ДНКазе I является широко используемым методом в геномике для определения того, какие области генома могут содержать активные гены. ^[10]

Специфичность последовательности ДНКазы I

Недавно сообщалось, что ДНКаза I демонстрирует некоторые уровни специфичности последовательности, которая может зависеть от условий эксперимента. ^[11] В отличие от других ферментов, обладающих высокой субстратной специфичностью, ДНКаза I, конечно, не расщепляет последовательность с абсолютной специфичностью. Однако расщепление по сайтам, содержащим C или G на 3'-конце, менее эффективно.

Ссылки

^ Jump up to: ^а ^б ^с GRCh38: Версия Ensembl 89: ENSG00000213918 – Ensembl , май 2017 г.
^ Jump up to: ^а ^б ^с GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000005980 – Ensembl , май 2017 г.
^ «Ссылка на Human PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
^ «Ссылка на Mouse PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
^ Jump up to: ^а ^б «Ген Энтреза: ДНКАЗА1-дезоксирибонуклеаза I» .
^ Самедзима, К. и Эрншоу, У.К. (2005). «Разрушение генома: роль нуклеаз во время апоптоза». Nat Rev Mol Cell Biol . 6 (9): 677–88. дои : 10.1038/nrm1715 . ПМИД 16103871 . S2CID 13948545 .
^ Хакким А., Фюрнрор Б.Г., Аманн К., Лаубе Б., Абед У.А., Бринкманн В., Херрманн М., Фолл Р.Э., Зыхлинский А. (2010). «Нарушение деградации внеклеточных ловушек нейтрофилов связано с волчаночным нефритом» . Proc Natl Acad Sci США . 107 (21): 9813–8. Бибкод : 2010PNAS..107.9813H . дои : 10.1073/pnas.0909927107 . ПМК 2906830 . ПМИД 20439745 .
^ Ясутомо К., Хориучи Т., Кагами С. и др. (2001). «Мутация ДНКазы 1 у людей с системной красной волчанкой». Нат. Жене . 28 (4): 313–4. дои : 10.1038/91070 . ПМИД 11479590 . S2CID 21277651 .
^ Шак С., Капон DJ, Хеллмисс Р. и др. (1991). «Рекомбинантная ДНКаза I человека снижает вязкость мокроты при муковисцидозе» . Учеб. Натл. акад. наук. США . 87 (23): 9188–92. дои : 10.1073/pnas.87.23.9188 . ПМК 55129 . ПМИД 2251263 .
^ Бойл А.П., Дэвис С., Шулха Х.П., Мельцер П., Маргулис Э.Х., Венг З., Фьюри Т.С., Кроуфорд Г.Е. (2008). «Картирование высокого разрешения и характеристика открытого хроматина по всему геному» . Клетка . 132 (2): 311–322. дои : 10.1016/j.cell.2007.12.014 . ПМЦ 2669738 . ПМИД 18243105 .
^ Кухи, Хашем; Даун, Томас А.; Хаббард, Тим Дж.; Мариньо-Рамирес, Леонардо (26 июля 2013 г.). «Наборы данных о доступности хроматина демонстрируют смещение из-за специфичности последовательности фермента ДНКазы I» . ПЛОС ОДИН . 8 (7): e69853. Бибкод : 2013PLoSO...869853K . дои : 10.1371/journal.pone.0069853 . ПМЦ 3724795 . ПМИД 23922824 .

Дальнейшее чтение

Лахманн П.Дж. (2003). «Волчанка и дезоксирибонуклеаза». Волчанка . 12 (3): 202–6. дои : 10.1191/0961203303lu357xx . ПМИД 12708782 . S2CID 43058677 .
Ясуда Т., Авазу С., Сато В. и др. (1991). «Генетически полиморфная дезоксирибонуклеаза человека: очистка, характеристика и множественность дезоксирибонуклеазы I мочи». Дж. Биохим . 108 (3): 393–8. doi : 10.1093/oxfordjournals.jbchem.a123212 . ПМИД 2277032 .
Киши К., Ясуда Т., Икехара Ю. и др. (1990). «Полиморфизм дезоксирибонуклеазы I (ДНКазы I) человеческой сыворотки: сходство закономерностей между изозимами из сыворотки, мочи, почек, печени и поджелудочной железы» . Являюсь. Дж. Хум. Жене . 47 (1): 121–6. ПМЦ 1683738 . ПМИД 2349940 .
Кабш В., Мангерц Х.Г., Сак Д. и др. (1990). «Атомная структура комплекса актин: ДНКаза I». Природа . 347 (6288): 37–44. Бибкод : 1990Natur.347...37K . дои : 10.1038/347037a0 . ПМИД 2395459 . S2CID 925337 .
Киши К., Ясуда Т., Авазу С., Мизута К. (1989). «Генетический полиморфизм дезоксирибонуклеазы I мочи человека». Хм. Жене . 81 (3): 295–7. дои : 10.1007/BF00279009 . ПМИД 2921043 . S2CID 20420713 .
Розенстрейх Д.Л., Ту Дж.Х., Кинкейд П.Р. и др. (1988). «Ингибитор интерлейкина 1, полученный из мочи человека. Гомология с дезоксирибонуклеазой I» . Дж. Эксп. Мед . 168 (5): 1767–79. дои : 10.1084/jem.168.5.1767 . ПМК 2189114 . ПМИД 3263467 .
Ясуда Т., Надано Д., Такешита Х. и др. (1995). «Молекулярный анализ третьего аллеля полиморфизма дезоксирибонуклеазы I человека». Энн. Хм. Жене . 59 (Часть 2): 139–47. дои : 10.1111/j.1469-1809.1995.tb00737.x . ПМИД 7625762 . S2CID 43729378 .
Ясуда Т., Киши К., Янагава Ю., Ёсида А. (1995). «Структура гена дезоксирибонуклеазы I (ДНКазы I) человека: идентификация нуклеотидной замены, которая порождает его классический генетический полиморфизм». Энн. Хм. Жене . 59 (Часть 1): 1–15. дои : 10.1111/j.1469-1809.1995.tb01601.x . ПМИД 7762978 . S2CID 23914004 .
Ясуда Т., Надано Д., Иида Р. и др. (1995). «Хромосомное присвоение гена дезоксирибонуклеазы I человека, ДНКазы 1 (DNL1), к полосе 16p13.3 с использованием полимеразной цепной реакции». Цитогенет. Клеточная генетика . 70 (3–4): 221–3. дои : 10.1159/000134038 . ПМИД 7789176 .
Ясуда Т., Надано Д., Такешита Х. и др. (1995). «Молекулярная основа генетического полиморфизма дезоксирибонуклеазы I человека: идентификация нуклеотидной замены, которая генерирует четвертый аллель». ФЭБС Летт . 359 (2–3): 211–4. дои : 10.1016/0014-5793(95)00037-А . ПМИД 7867802 . S2CID 21461181 .
Ясуда Т., Надано Д., Тендзё Э. и др. (1996). «Генотипирование полиморфизма дезоксирибонуклеазы I человека с помощью полимеразной цепной реакции». Электрофорез . 16 (10): 1889–93. дои : 10.1002/elps.11501601310 . ПМИД 8586059 . S2CID 35528773 .
Иида Р., Ясуда Т., Такешита Х. и др. (1996). «Идентификация нуклеотидной замены, которая генерирует четвертый полиморфный сайт в дезоксирибонуклеазе I человека (ДНКаза I)». Хм. Жене . 98 (4): 415–8. дои : 10.1007/s004390050231 . ПМИД 8792814 . S2CID 6393565 .
Иида Р., Ясуда Т., Аояма М. и др. (1998). «Пятый аллель полиморфизма человеческой дезоксирибонуклеазы I (ДНКазы I)». Электрофорез . 18 (11): 1936–9. дои : 10.1002/elps.1150181108 . ПМИД 9420147 . S2CID 8969865 .
Ясуда Т., Такешита Х., Иида Р. и др. (1999). «Новый аллель, DNASE1*6, полиморфизма дезоксирибонуклеазы I человека кодирует замену Arg на Cys, ответственную за его нестабильность». Биохим. Биофиз. Рез. Коммун . 260 (1): 280–3. дои : 10.1006/bbrc.1999.0900 . ПМИД 10381379 .
Оливери М., Дага А., Кантони С. и др. (2001). «ДНКаза I опосредует межнуклеосомную деградацию ДНК в клетках человека, подвергающихся апоптозу, индуцированному лекарственными средствами». Евро. Дж. Иммунол . 31 (3): 743–51. doi : 10.1002/1521-4141(200103)31:3<743::AID-IMMU743>3.0.CO;2-9 . ПМИД 11241278 . S2CID 32330090 .
Оттербейн Л.Р., Грасеффа П., Домингес Р. (2001). «Кристаллическая структура незакомплексованного актина в состоянии АДФ». Наука . 293 (5530): 708–11. дои : 10.1126/science.1059700 . ПМИД 11474115 . S2CID 12030018 .
Ясутомо К., Хориучи Т., Кагами С. и др. (2001). «Мутация ДНКазы 1 у людей с системной красной волчанкой». Нат. Жене . 28 (4): 313–4. дои : 10.1038/91070 . ПМИД 11479590 . S2CID 21277651 .
Балвебер Э., Галла М., Акториес К. и др. (2001). «Взаимодействие АДФ-рибозилированного актина с актинсвязывающими белками» . ФЭБС Летт . 508 (1): 131–5. дои : 10.1016/S0014-5793(01)03040-X . ПМИД 11707283 . S2CID 7241702 .
Цуцуми С., Канеко Ю., Асао Т. и др. (2002). «ДНКаза I присутствует в главных клетках желудка человека и крысы». Гистохим. Дж . 33 (9–10): 531–5. дои : 10.1023/А:1014999624430 . ПМИД 12005024 . S2CID 10324827 .

Внешние ссылки

дезоксирибонуклеаза + I в Национальной медицинской библиотеке США по медицинским предметным рубрикам (MeSH)

[refGRCh38Ensembl-1] Jump up to: ^а ^б ^с GRCh38: Версия Ensembl 89: ENSG00000213918 – Ensembl , май 2017 г.

[refGRCm38Ensembl-2] Jump up to: ^а ^б ^с GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000005980 – Ensembl , май 2017 г.

[3] «Ссылка на Human PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .

[4] «Ссылка на Mouse PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .

[entrez-5] Jump up to: ^а ^б «Ген Энтреза: ДНКАЗА1-дезоксирибонуклеаза I» .

[6] Самедзима, К. и Эрншоу, У.К. (2005). «Разрушение генома: роль нуклеаз во время апоптоза». Nat Rev Mol Cell Biol . 6 (9): 677–88. дои : 10.1038/nrm1715 . ПМИД 16103871 . S2CID 13948545 .

[7] Хакким А., Фюрнрор Б.Г., Аманн К., Лаубе Б., Абед У.А., Бринкманн В., Херрманн М., Фолл Р.Э., Зыхлинский А. (2010). «Нарушение деградации внеклеточных ловушек нейтрофилов связано с волчаночным нефритом» . Proc Natl Acad Sci США . 107 (21): 9813–8. Бибкод : 2010PNAS..107.9813H . дои : 10.1073/pnas.0909927107 . ПМК 2906830 . ПМИД 20439745 .

[8] Ясутомо К., Хориучи Т., Кагами С. и др. (2001). «Мутация ДНКазы 1 у людей с системной красной волчанкой». Нат. Жене . 28 (4): 313–4. дои : 10.1038/91070 . ПМИД 11479590 . S2CID 21277651 .

[9] Шак С., Капон DJ, Хеллмисс Р. и др. (1991). «Рекомбинантная ДНКаза I человека снижает вязкость мокроты при муковисцидозе» . Учеб. Натл. акад. наук. США . 87 (23): 9188–92. дои : 10.1073/pnas.87.23.9188 . ПМК 55129 . ПМИД 2251263 .

[10] Бойл А.П., Дэвис С., Шулха Х.П., Мельцер П., Маргулис Э.Х., Венг З., Фьюри Т.С., Кроуфорд Г.Е. (2008). «Картирование высокого разрешения и характеристика открытого хроматина по всему геному» . Клетка . 132 (2): 311–322. дои : 10.1016/j.cell.2007.12.014 . ПМЦ 2669738 . ПМИД 18243105 .

[11] Кухи, Хашем; Даун, Томас А.; Хаббард, Тим Дж.; Мариньо-Рамирес, Леонардо (26 июля 2013 г.). «Наборы данных о доступности хроматина демонстрируют смещение из-за специфичности последовательности фермента ДНКазы I» . ПЛОС ОДИН . 8 (7): e69853. Бибкод : 2013PLoSO...869853K . дои : 10.1371/journal.pone.0069853 . ПМЦ 3724795 . ПМИД 23922824 .

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]

[8]

[9]

[10]

[11]

v т и Ферменты
Активность	Активный сайт Связывающий сайт Каталитическая триада Оксианионная дырка Ферментная распущенность Фермент, ограниченный диффузией Кофактор Ферментативный катализ
Регулирование	Аллостерическая регуляция Кооперативность Ингибитор ферментов Активатор ферментов
Классификация	Номер ЕС Суперсемейство ферментов Семейство ферментов Список ферментов
Кинетика	Кинетика ферментов Диаграмма Иди – Хофсти Заговор Хейнса – Вульфа График Лайнуивера – Берка Кинетика Михаэлиса – Ментен
Типы	EC1 Оксидоредуктазы ( список ) EC2 Трансферазы ( список ) EC3 Гидролазы ( список ) EC4- лиазы ( список ) EC5 Изомеразы ( список ) EC6- лигазы ( список ) EC7 Транслоказы ( список )