Jump to content

Рибонуклеаза Е

Рибонуклеаза Е
Идентификаторы
Номер ЕС. 3.1.26.12
Номер CAS. 76106-82-6
Базы данных
ИнтЭнк вид IntEnz
БРЕНДА БРЕНДА запись
Экспаси Просмотр NiceZyme
КЕГГ КЕГГ запись
МетаЦик метаболический путь
ПРЯМОЙ профиль
PDB Структуры RCSB PDB PDBe PDBsum
Поиск
PMCarticles
PubMedarticles
NCBIproteins

Рибонуклеаза Е бактериальная рибонуклеаза , которая участвует в процессинге рибосомальной РНК (от 9S до 5S рРНК) и химической деградации основной массы клеточной РНК.

Клеточная локализация

[ редактировать ]

Было высказано предположение, что РНКаза E является частью белкового комплекса клеточной мембраны, поскольку она оседает в рибосомах и неочищенных мембранах. Микроскопия выявила локализацию меченой РНКазы Е на внутренней цитоплазматической мембране или спиральной цитоскелетной структуре, тесно связанной с внутренним слоем.

Структура белка

[ редактировать ]

Этот фермент содержит 1061 остаток и разделен на две отдельные функциональные области: большой домен, расположенный на 5'N-конце, и небольшой домен, расположенный на 3'С-конце. [1] В то время как N-концевая половина образует каталитический домен, C-концевая половина образует деградосому. [2] область строительных лесов. Металлосвязывающий карман разделяет их в середине структуры белка РНКазы Е. [3] Хотя образование деградосом не играет ключевой роли в росте E. coli, [4] [5] [6] Было обнаружено, что удаление C-концевой половины снижает скорость распада некоторых субстратов РНКазы E. [7] [8]

Рибонуклеаза Е функционирует в тетрамерной конформации, которая содержит четыре субъединицы, связанные друг с другом, образуя структуру, похожую на две ножницы, соединенные в области ручки. Лезвие ножниц выполнено из большого домена, а ручка — из малого домена. В каталитическом сайте большого домена имеется четыре субдомена, которые включают субдомен РНКазы H, субдомен ДНКазы I, субдомен S1 и 5'-чувствительную область. Эти четыре субъединицы подразделяются на основе их функции и сходства с гомологичными структурными складками. РНКаза H расположена в начале N-конца и названа в честь семейства эндорибонуклеаз РНКазы H, поскольку они имеют схожую структуру; однако РНКаза H выполняет структурную функцию, а не каталитическую, поскольку у нее отсутствует остаток в активном центре. [9] [10] Затем субдомен S1 и 5'-чувствительная область имплантируются в H-складку РНКазы. Домен РНКазы E S1 имеет OB-складку, в которой гибкие петли прикреплены к хорошо упорядоченному пятицепочечному ядру β-цилиндра . [11] В рибонуклеазе E домен S1 не только способствует образованию тетрамерной четвертичной структуры путем димеризации, но также служит сайтом связывания субстрата, облегчая гидролиз РНК каталитическими доменами внутри этого тетрамерного фермента. [12] [11] С субдоменом S1 5'-чувствительная область действует как сайт связывания субстрата, который помогает стабилизировать молекулу РНК-мишени на одной субъединице, чтобы другая субъединица в димере могла расщеплять интересующую РНК. [11] 5'-чувствительная область расположена на расстоянии от каталитического сайта, который находится в субдомене ДНКазы I. Последним субдоменом каталитического сайта РНКазы E является ДНКаза I, названная в честь ее конформационного сходства со структурой эндонуклеазы, расщепляющей двухцепочечную ДНК. [9] В рибонуклеазе E субдомен ДНКазы I самодополняется, доминируя над интерфейсом димера. [10] [11] Кроме того, существует два сайта связывания ионов магния, которые опосредуют расщепление путем гидролитической атаки основной цепи РНК, и два сайта связывания ионов цинка, которые помогают стабилизировать димер, состоящий из двух субъединиц. [3]

Эндорибонуклеаза Е Escherichia coli оказывает существенное влияние на экспрессию генов. Он необходим не только для созревания рибосомальной РНК (рРНК) и транспортной РНК (тРНК), но также для быстрой деградации информационной РНК. [13] (мРНК) путем реакции гидролиза .

При созревании предшественника рРНК субстратом для процессинга являются не голые РНК, а несколько неполные, немодифицированные комплексы пре-рРНК-рибосомальный белок. Как пре -16S , так и пре- 23S рРНК вырезаются из первичного комплекса РНК-белок с помощью РНКазы III , которая активирует последующие этапы созревания рРНК путем образования 5'-монофосфорилированных продуктов расщепления. РНКаза Е дополнительно укорачивает 17S предшественник 16S рРНК . Это действие помогает облегчить 5'-созревание рРНК под действием РНКазы G. [14] и сделайте два расщепления, чтобы удалить пре-5S рРНК. В случае тРНК примерно 50 из 86 видов тРНК в E. coli нуждаются в РНКазе Е. Рибонуклеаза Е расщепляет тРНК -содержащие первичные транскрипты на 3'-конце тРНК. Эти расщепления служат для разделения отдельных предшественников тРНК и отделения тРНК от мРНК или терминаторных последовательностей. Основная функция рибонуклеазы Е заключается в расщеплении участка за пределами зрелого 3'-конца, обеспечивая доступ 3'-экзонуклеаз. [15] [16]

При деградации мРНК рибонуклеаза Е распознает и расщепляет одноцепочечную РНК в участках, богатых А и U. [9] Каталитический домен РНКазы Е избирательно связывается с 5'-монофосфатными концами РНК, но имеет способ расщепления в направлении от 3' к 5'. РНКаза Е может идентифицировать сайты расщепления с помощью механизма сканирования от 3' до 5'. [17] Якорь РНКазы Е на 5'-монофосфорилированном конце этих субстратов ориентирует фермент на направленное расщепление, которое происходит в процессивном режиме. В отсутствие РНК субдомен S1 и 5'-чувствительный сайт РНКазы E подвергаются воздействию окружающего растворителя, что позволяет РНК легко связываться. В присутствии РНК целевая РНК связывается с объединенным субдоменом S1 и 5'-сенсором в открытой конфигурации. РНК закрепляется главным образом за счет аффинности связывания 5'-сенсора и ориентируется с помощью гидрофобного участка поверхности на субдомене S1. В то время как субдомен S1 действует для ориентации молекулы, 5'-чувствительный карман, вероятно, вносит значительный вклад в аффинность связывания субстрата. Эти два сайта удерживают РНК, в то время как субдомен слияния 5/S1 перемещается как единый комплекс в закрытую конфигурацию. Это приближает субстрат к каталитическому участку , где гидроксильная группа атакует фосфатный остов посредством реакции нуклеофильной атаки. Этот ответ опосредован ионом магния. Когда интересующая РНК расщепляется, продукты реакции в конечном итоге высвобождаются, поскольку РНКаза Е возвращается в открытую конфигурацию. Кроме того, РНКаза Е может саморегулироваться, при этом мРНК рибонуклеазы Е служит сенсором общей клеточной активности РНКазы Е и, таким образом, ограничивает активность РНКазы Е из-за доступности субстратов и изменения скорости роста. [2]

Сравнение рибонуклеазы Е E. coli и других организмов

[ редактировать ]

На основании выравнивания последовательностей различных бактерий, коррелирующих с рибонуклеазой E Escherichia coli , оказывается, что около 70% последовательностей высококонсервативны в начале последовательностей и плохо консервативны к концу последовательностей. При сравнении последовательностей пяти других организмов с последовательностями рибонуклеазы E выясняется, что большинство последовательностей имеют одни и те же остатки на N-конце, поскольку член семейства рибонуклеаз E/G обладает одинаковой гидролизной функцией. [10] Другими словами, большой каталитический домен члена семейства рибонуклеаз E/G практически одинаков. Напротив, небольшой структурный домен, расположенный на С-конце , различается у разных организмов, поскольку малый домен содержит структурную последовательность, которая служит основой для других ферментов. [3] [10] Например, рибонуклеаза E, присутствующая в Cedecea davisae, произошла от гена S3JYP0. [18] При наблюдении за структурой рибонуклеазы E у Cedecea davisae каталитический домен содержит мотив S1, расположенный в остатке 31–119 последовательности, и сайт связывания металла, расположенный в остатке 404–407 в последовательностях, которые находятся в том же положении, что и S1. домен и металл-связывающий домен РНКазы Е Escherichia coli . [18]

Эволюционная история

[ редактировать ]

Семейство белков рибонуклеаз (РНКаз), участвующих в основном в метаболизме РНК , играющих важную роль в созревании РНК, обмене концов РНК и деградации аберрантных РНК или видов с истекшим сроком годности в клетке. [19] они подразделяются на экзорибонуклеазы и эндорибонуклеазы В зависимости от их деградирующей активности . Рибонуклеаза Е (РНКаза Е) первоначально была обнаружена как эндорибонуклеаза из штамма Escherichia coli K12. На основании анализа последовательности ДНК было предсказано, что ортологи РНКазы E E. coli существуют среди десятков эволюционно различных видов бактерий. В E. coli фермент рибонуклеаза Е играет важную роль в контроле жизнеспособности клеток путем регулирования метаболизма РНК, например, распада большинства мРНК, и активации процессинга пре-тРНК. [20] Помимо деградационной функции, РНКаза Е необходима для созревания предшественников 5S рибосомальной РНК , тРНК РНКазы и компонента РНК М1 рибозима . [20] [3]

  1. ^ Коэн С.Н., Макдауэлл К.Дж. (март 1997 г.). «РНКаза Е: все еще удивительно загадочный фермент» . Молекулярная микробиология . 23 (6): 1099–106. дои : 10.1111/j.1365-2958.1997.tb02593.x . ПМИД   9106202 .
  2. ^ Jump up to: а б Ванзо Н.Ф., Ли Ю.С., Ру Б., Блюм Е., Хиггинс К.Ф., Рейнал Л.С. и др. (сентябрь 1998 г.). «Рибонуклеаза Е организует белковые взаимодействия в деградосоме РНК Escherichia coli» . Гены и развитие . 12 (17): 2770–81. дои : 10.1101/gad.12.17.2770 . ПМК   317140 . ПМИД   9732274 .
  3. ^ Jump up to: а б с д Кословер DJ, Каллаган А.Дж., Маркайда М.Дж., Гарман Э.Ф., Мартик М., Скотт В.Г., Луизи Б.Ф. (август 2008 г.). «Кристаллическая структура апопротеина РНКазы Е Escherichia coli и механизм деградации РНК» . Структура 16 (8): 1238–44. дои : 10.1016/j.str.2008.04.017 . ПМК   2631609 . ПМИД   18682225 .
  4. ^ Макдауэлл К.Дж., Коэн С.Н. (январь 1996 г.). «N-концевой домен продукта гена rne обладает активностью РНКазы Е и не перекрывается с богатым аргинином РНК-связывающим сайтом» . Журнал молекулярной биологии . 255 (3): 349–55. дои : 10.1006/jmbi.1996.0027 . PMID   8568879 .
  5. ^ Лопес П.Дж., Маршан И., Джойс С.А., Дрейфус М. (июль 1999 г.). «С-концевая половина РНКазы Е, которая организует деградосому Escherichia coli, участвует в деградации мРНК, но не в процессинге рРНК in vivo» . Молекулярная микробиология . 33 (1): 188–99. дои : 10.1046/j.1365-2958.1999.01465.x . ПМИД   10411735 .
  6. ^ Оу MC, Лю Ц, Кушнер С.Р. (ноябрь 2000 г.). «Анализ распада мРНК и процессинга рРНК в Escherichia coli в отсутствие сборки деградосом на основе РНКазы E». Молекулярная микробиология . 38 (4): 854–66. дои : 10.1046/j.1365-2958.2000.02186.x . ПМИД   11115119 . S2CID   45425029 .
  7. ^ Хемичи В., Поляк Л., Тоеска И., Карпусис А.Дж. (май 2005 г.). «Доказательства in vivo того, что РНК-хеликаза DEAD-box RhlB облегчает деградацию мРНК, не содержащей рибосом, с помощью РНКазы E» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 102 (19): 6913–8. Бибкод : 2005PNAS..102.6913K . дои : 10.1073/pnas.0501129102 . ПМК   1100780 . ПМИД   15867149 .
  8. ^ Морита Т., Кавамото Х., Мизота Т., Инада Т., Айба Х. (ноябрь 2004 г.). «Энолаза в деградосоме РНК играет решающую роль в быстром распаде мРНК транспортера глюкозы в ответ на фосфосахарный стресс в Escherichia coli» . Молекулярная микробиология . 54 (4): 1063–75. дои : 10.1111/j.1365-2958.2004.04329.x . ПМИД   15522087 .
  9. ^ Jump up to: а б с Каллаган А.Дж., Маркайда М.Дж., Стед Дж.А., Макдауэлл К.Дж., Скотт В.Г., Луизи Б.Ф. (октябрь 2005 г.). «Структура каталитического домена РНКазы E Escherichia coli и влияние на оборот РНК» . Природа . 437 (7062): 1187–91. Бибкод : 2005Natur.437.1187C . дои : 10.1038/nature04084 . ПМИД   16237448 . S2CID   4413278 .
  10. ^ Jump up to: а б с д Кайм Л., Журдан СС, Макдауэлл К.Дж. (2008). «Глава 12. Идентификация и характеристика субстратов семейства ферментов РНКазы E/G». Оборот РНК в бактериях, археях и органеллах . Методы энзимологии. Том. 447. стр. 215–41. дои : 10.1016/S0076-6879(08)02212-X . ISBN  978-0-12-374377-0 . ПМИД   19161846 .
  11. ^ Jump up to: а б с д Шуберт М., Эдж Р.Э., Ларио П., Кук М.А., Стринадка Н.К., Маки Г.А., Макинтош Л.П. (июль 2004 г.). «Структурная характеристика домена РНКазы E S1 и идентификация его интерфейсов связывания олигонуклеотидов и димеризации». Журнал молекулярной биологии . 341 (1): 37–54. дои : 10.1016/j.jmb.2004.05.061 . ПМИД   15312761 .
  12. ^ Каллаган А.Дж., Гроссманн Дж.Г., Редько Ю., Илаг Л.Л., Монкрифф М.К., Симмонс М.Ф. и др. (декабрь 2003 г.). «Четвертичная структура и каталитическая активность аминоконцевого каталитического домена рибонуклеазы E Escherichia coli». Биохимия . 42 (47): 13848–55. дои : 10.1021/bi0351099 . ПМИД   14636052 .
  13. ^ Стидж Д.А. (август 2000 г.). «Новые особенности распада мРНК у бактерий» . РНК . 6 (8): 1079–90. дои : 10.1017/S1355838200001023 . ПМК   1369983 . ПМИД   10943888 .
  14. ^ Ли, Чжунвэй; Пандит, Шилпа; Дойчер, Мюррей П. (17 мая 1999 г.). «РНКаза G (белок CafA) и РНКаза E необходимы для 5'-созревания 16S рибосомальной РНК» . Журнал ЭМБО . 18 (10): 2878–2885. дои : 10.1093/emboj/18.10.2878 . ISSN   0261-4189 . ПМЦ   1171368 . ПМИД   10329633 .
  15. ^ Ой, Мария К.; Кушнер, Сидни Р. (1 мая 2002 г.). «Инициация созревания тРНК с помощью РНКазы E необходима для жизнеспособности клеток E. coli» . Гены и развитие . 16 (9): 1102–1115. дои : 10.1101/gad.983502 . ISSN   0890-9369 . ЧВК   186257 . ПМИД   12000793 .
  16. ^ Ли, Чжунвэй; Дойчер, Мюррей (1 февраля 2002 г.). «РНКаза Е играет важную роль в созревании предшественников тРНК Escherichia coli» . РНК . 8 (1): 97–109. дои : 10.1017/S1355838202014929 . ПМК   1370232 . ПМИД   11871663 .
  17. ^ Фэн Ю., Викерс Т.А., Коэн С.Н. (ноябрь 2002 г.). «Каталитический домен РНКазы Е демонстрирует присущую ему направленность от 3’ к 5’ при выборе сайта расщепления» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 99 (23): 14746–51. Бибкод : 2002PNAS...9914746F . дои : 10.1073/pnas.202590899 . ПМК   137490 . ПМИД   12417756 .
  18. ^ Jump up to: а б Мартинетти Луккини Дж., Альтвегг М. (июль 1992 г.). «Модели рестрикции генов рРНК как таксономические инструменты для рода Aeromonas» . Международный журнал систематической бактериологии . 42 (3): 384–9. дои : 10.1099/00207713-42-3-384 . ПМИД   1380286 .
  19. ^ Аррайано С.М., Андраде Ж.М., Домингес С., Гиноте И.Б., Малецки М., Матос Р.Г. и др. (сентябрь 2010 г.). «Критическая роль процессинга и деградации РНК в контроле экспрессии генов» . Обзоры микробиологии FEMS . 34 (5): 883–923. дои : 10.1111/j.1574-6976.2010.00242.x . ПМИД   20659169 .
  20. ^ Jump up to: а б Маки, Джордж А. (2013). «РНКаза E: на стыке процессинга и распада бактериальной РНК». Обзоры природы. Микробиология . 11 (1): 45–57. дои : 10.1038/nrmicro2930 . ISSN   1740-1534 . ПМИД   23241849 . S2CID   8549476 .
[ редактировать ]
Arc.Ask3.Ru: конец переведенного документа.
Arc.Ask3.Ru
Номер скриншота №: f9ddd335e456a8edf69d840e24dfcc25__1719017460
URL1:https://arc.ask3.ru/arc/aa/f9/25/f9ddd335e456a8edf69d840e24dfcc25.html
Заголовок, (Title) документа по адресу, URL1:
Ribonuclease E - Wikipedia
Данный printscreen веб страницы (снимок веб страницы, скриншот веб страницы), визуально-программная копия документа расположенного по адресу URL1 и сохраненная в файл, имеет: квалифицированную, усовершенствованную (подтверждены: метки времени, валидность сертификата), открепленную ЭЦП (приложена к данному файлу), что может быть использовано для подтверждения содержания и факта существования документа в этот момент времени. Права на данный скриншот принадлежат администрации Ask3.ru, использование в качестве доказательства только с письменного разрешения правообладателя скриншота. Администрация Ask3.ru не несет ответственности за информацию размещенную на данном скриншоте. Права на прочие зарегистрированные элементы любого права, изображенные на снимках принадлежат их владельцам. Качество перевода предоставляется как есть. Любые претензии, иски не могут быть предъявлены. Если вы не согласны с любым пунктом перечисленным выше, вы не можете использовать данный сайт и информация размещенную на нем (сайте/странице), немедленно покиньте данный сайт. В случае нарушения любого пункта перечисленного выше, штраф 55! (Пятьдесят пять факториал, Денежную единицу (имеющую самостоятельную стоимость) можете выбрать самостоятельно, выплаичвается товарами в течение 7 дней с момента нарушения.)