Jump to content

Рибонуклеаза III

Домен рибонуклеазы III
Структура рибонуклеазы III, взаимодействующая с двухцепочечной РНК.
Идентификаторы
Символ РНКаза_III
Пфам PF00636
ИнтерПро IPR000999
PROSITE PDOC00448
ОБЛАСТЬ ПРИМЕНЕНИЯ 2 1jfz / SCOPe / СУПФАМ
Доступные белковые структуры:
Pfam  structures / ECOD  
PDBRCSB PDB; PDBe; PDBj
PDBsumstructure summary
PDB1o0wB:51-141 2a11A:41-134 1jfzA:37-121

1rc7A:37-121 1yywA:37-121 1i4sA:37-121 1rc5B:37-121 1yyoA:37-121 1yykB:37-121

1yz9A:37-121 2fflA:333-418 1u61A:10-111

Рибонуклеаза III (РНКаза III или РНКаза C) [ 1 ] (BRENDA 3.1.26.3 ) представляет собой тип рибонуклеазы , которая распознает дцРНК и расщепляет ее в определенных целевых местах, превращая их в зрелые РНК. [ 2 ] Эти ферменты представляют собой группу эндорибонуклеаз , которые характеризуются своим рибонуклеазным доменом, который называется доменом РНКазы III. [ 3 ] Они являются повсеместными соединениями в клетке и играют важную роль в таких путях, как синтез предшественников РНК , подавление РНК и механизм ауторегуляции pnp . [ 4 ] [ 5 ]

Типы РНКазы III

[ редактировать ]

Суперсемейство РНКазы III разделено на четыре известных класса: 1, 2, 3 и 4. Каждый класс определяется своей доменной структурой. [ 6 ]

РНКаза III класса 1

  • Ферменты РНКазы III класса 1 имеют гомодимерную структуру, функция которой заключается в расщеплении дцРНК на несколько субъединиц. это мг 2+ -зависимая эндонуклеаза и в основном обнаруживается в бактериях и бактериофагах . РНКаза III класса 1 была обнаружена у грибов Glomeromycotan , что предположительно является результатом горизонтального переноса генов от цианобактерий . [ 7 ] К РНКазам III класса относятся РНК из E. coli . Обычно ферменты класса I имеют один домен РНКазы III (RIIID), за которым следует домен связывания дцРНК (dsRBD). [ 6 ] Они перерабатывают предшественники рибосомальной РНК (рРНК), малой ядерной РНК (мяРНК) и малой ядрышковой РНК (мяРНК). Основная функция расщепления дцРНК РНКазы III класса 1 сохраняется у большинства организмов, в которых она присутствует. Однако у ряда видов эта функция изменилась и взяла на себя другие или дополнительные биологические роли. [ 8 ]
Rnc (UniProtKB P0A7Y0 ) – E.Coli – эта РНКаза III участвует в процессинге вирусных транскриптов и некоторых мРНК посредством расщепления множества участков дцРНК. На это расщепление может влиять присутствие рибосомального белка . [ 9 ]
Варианты РНКазы III класса 1, называемые Mini-III , представляют собой гомодимерные ферменты и состоят исключительно из доменов РНКазы III. [ 10 ]

РНКаза III класса 2

Рибонуклеаза III класса 2 (Rnt1p) из Saccharomyces cerevisiae в комплексе с двухцепочечной РНК
  • Класс II определяется наличием N-концевого домена (NTD), RIIID и dsRBD. Класс II встречается у некоторых видов грибов. [ 6 ] Они процессируют предшественники рРНК, мяРНК и мякРНК.
Дрожжевые нуклеазы с доменом РНКазы III класса 2 : [ 11 ]
RNT1 (UniProtKB Q02555 ) - S. cerevisiae - эта РНКаза III участвует в транскрипции и процессинге рДНК, формировании 3'-конца мяРНК U2 посредством расщепления терминальной петли, реакции на стресс и деградацию клеточной стенки, а также регуляции контрольной точки морфогенеза. гены. [ 12 ]
Pac1 (UniProtKB P22192 ) - S. pombe - эта РНКаза III расположена на хромосоме II генома дрожжей и при чрезмерной экспрессии напрямую участвует в стерильности, недостаточной эффективности спаривания, аномальном митотическом клеточном цикле и подавлении мутаций организм. [ 13 ]

РНКаза III класса 3

Кристаллическая структура человеческого фермента рибонуклеазы Дроша в комплексе с двумя С-концевыми спиралями белка DGCR8.

РНКаза III класса 4

  • РНКазы III класса 4 включают семейство ферментов Dicer, которые, как известно, участвуют в РНК-интерференции (РНКи). [ 15 ] РНКазы класса 4 III представляют собой компоненты S-РНКазы. Он является компонентом системы самонесовместимости у Rosaceae, Solanaceae и Plantaginaceae. Их нанимают для того, чтобы справиться с различными сценариями экологического стресса. [ 16 ]
  • Ферменты Dicer перерабатывают субстраты дцРНК в небольшие фрагменты РНК индивидуального размера длиной от 21 до 27 нуклеотидов. [ 17 ] Dicer имеет N-концевой домен геликазы/АТФазы, за которым следует другой домен неизвестной функции. Он также включает центрально расположенный домен PAZ и C-концевую конфигурацию, которая включает один dsRBD и два каталитических домена РНКазы III. [ 18 ] Взаимодействие Dicer происходит с другими белками, включая TRBP, PACT и Ago2. [ 19 ] РНК, продуцируемые Dicer, действуют как проводники для последовательности определенного подавления родственных генов посредством РНКи и связанных с ним путей. [ 17 ]

Белки человека, содержащие домен РНКазы III

[ редактировать ]

См. также

[ редактировать ]
  1. ^ Филиппов Валерий; Соловьев Виктор; Филиппова, Мария; Гилл, Сарджит С. (7 марта 2000 г.). «Новый тип белков семейства РНКазы III у эукариот». Джин . 245 (1): 213–221. дои : 10.1016/S0378-1119(99)00571-5 . ПМИД   10713462 .
  2. ^ Замор, Филипп Д. (декабрь 2001 г.). «Тридцать три года спустя, взгляд на активный сайт рибонуклеазы III» . Молекулярная клетка . 8 (6): 1158–1160. дои : 10.1016/S1097-2765(01)00418-X . ПМИД   11885596 .
  3. ^ Конрад, Кристиан; Раухут, Рейнхард (февраль 2002 г.). «Рибонуклеаза III: новый смысл от неприятностей». Международный журнал биохимии и клеточной биологии . 34 (2): 116–129. дои : 10.1016/S1357-2725(01)00112-1 . ПМИД   11809414 .
  4. ^ Инада, Т.; Накамура, Ю. (1995). «Летальная активность рибонуклеазы III по процессингу двухцепочечной РНК в отсутствие белка SuhB Escherichia coli». Биохимия . 77 (4): 294–302. дои : 10.1016/0300-9084(96)88139-9 . ПМИД   8589060 .
  5. ^ Парк, Хонгмарн; Яхнин, Елена; Коннолли, Майкл; Ромео, Тони; Бабицке, Пол; Гурс, РЛ (15 декабря 2015 г.). «CsrA участвует в механизме ауторегуляции ПНПазы путем избирательного подавления трансляции транскриптов, которые ранее были обработаны РНКазой III и ПНПазой» . Журнал бактериологии . 197 (24): 3751–3759. дои : 10.1128/JB.00721-15 . ПМЦ   4652041 . ПМИД   26438818 .
  6. ^ Jump up to: а б с Лян Ю.Х., Лавуа М., Комо М.А., Элела С.А., Джи X. Структура эукариотического комплекса РНКазы III после расщепления раскрывает механизм двойной линейки для выбора субстрата. Молекулярная клетка. 2014;54(3):431-444. doi:10.1016/j.molcel.2014.03.006.
  7. ^ Сун-Джэ Ли, Мэнсюань Конг, Пол Харрисон, Мохамед Хиджри; Консервативные белки системы РНК-интерференции арбускулярного микоризного гриба Rhizoglomus иррегулярные дают новое представление об истории эволюции Glomeromycota, Биология и эволюция генома, evy002, https://doi.org/10.1093/gbe/evy002
  8. ^ Кройце, Ян Ф.; Савенков Евгений Иванович; Куэльяр, Уилмер; Ли, Сяндун; Валконен, Яри П.Т. (1 июня 2005 г.). «Вирусная РНКаза III класса 1, участвующая в подавлении молчания РНК» . Журнал вирусологии . 79 (11): 7227–7238. doi : 10.1128/JVI.79.11.7227-7238.2005 . ISSN   0022-538X . ПМЦ   1112141 . ПМИД   15890961 .
  9. ^ «РНК - Рибонуклеаза 3 - Escherichia coli (штамм K12) - ген и белок РНК» . www.uniprot.org . Консорциум ЮниПрот . Проверено 5 ноября 2016 г.
  10. ^ Глоу, Д.; Пианка, Д.; Сулей, А.А.; Козловский, Лукаш П.; Чарнецка, Дж.; Хойновский, Г.; Сковронек, К.Дж.; Буйницкий, Дж. М. (2015). «Последовательность-специфическое расщепление дцРНК РНКазой Mini-III» . Исследования нуклеиновых кислот . 43 (5): 2864–2873. дои : 10.1093/нар/gkv009 . ISSN   0305-1048 . ПМЦ   4357697 . ПМИД   25634891 .
  11. ^ У, Чан-Сянь; Сюй, Сянь-Цзинь; Лю, Фан; Чэнь, Чжуан-Фу; Лю, Чжэн-Фэй (1 апреля 2016 г.). Характеристика рибонуклеазы III из бруцелл». Gene . 579 (2): 183–192. doi : 10.1016/ . PMID   26778206 j.gene.2015.12.068
  12. ^ «Обзор RNT1/YMR239C» . www.yeastgenome.org . Стэнфордский университет . Проверено 5 ноября 2016 г.
  13. ^ «pac1 (SPBC119.11c)» . www.pombase.org . ЭМБЛ-ЭБИ . Проверено 5 ноября 2016 г.
  14. ^ Филиппов В, Соловьев В, Филиппова М, Гилл С.С. (март 2000 г.). «Новый тип белков семейства РНКазы III у эукариот». Джин . 245 (1): 213–221. дои : 10.1016/S0378-1119(99)00571-5 . ПМИД   10713462 .
  15. ^ Бернштейн Э. , Коди А.А., Хаммонд С.М., Хэннон Г.Дж. (2001). «Роль бидентатной рибонуклеазы на этапе инициации РНК-интерференции». Природа . 409 (6818): 363–6. дои : 10.1038/35053110 . ПМИД   11201747 . S2CID   4371481 . Значок закрытого доступа
  16. ^ Рохас, Эрнан; Флойд, Брайс; Моррисс, Стефани С.; Бэшем, Дайан ; Макинтош, Густаво К.; Голдрайдж, Ариэль (1 июля 2015 г.). «NnSR1, не-S-РНКаза III класса, специфически индуцируемая у Nicotiana alata при дефиците фосфата, локализуется в компартментах эндоплазматического ретикулума». Наука о растениях . 236 : 250–259. doi : 10.1016/j.plantsci.2015.04.012 . hdl : 11336/42800 . ПМИД   26025538 .
  17. ^ Jump up to: а б Макрей, Ян Дж; Дудна, Дженнифер А. (февраль 2007 г.). «Возврат к рибонуклеазе: структурное понимание ферментов семейства рибонуклеаз III». Современное мнение в области структурной биологии . 17 (1): 138–145. дои : 10.1016/j.sbi.2006.12.002 . ПМИД   17194582 .
  18. ^ Редько, Юлия; Беххофер, Дэвид Х.; Кондон, Чиаран (июнь 2008 г.). «Mini-III, необычный член семейства ферментов РНКазы III, катализирует созревание 23S рибосомальной РНК у B. subtilis» . Молекулярная микробиология . 68 (5): 1096–1106. дои : 10.1111/j.1365-2958.2008.06207.x . ПМИД   18363798 .
  19. ^ Николсон, Аллен В. (январь 2014 г.). «Механизмы расщепления двухцепочечной РНК рибонуклеазой III» . Междисциплинарные обзоры Wiley: РНК . 5 (1): 31–48. дои : 10.1002/wrna.1195 . ПМЦ   3867540 . ПМИД   24124076 .
  20. ^ «Тканевая экспрессия DICER1 – Резюме» . www.proteinatlas.org . Атлас белков человека . Проверено 5 ноября 2016 г.
  21. ^ «Тканевая экспрессия ДРОШИ – Краткое содержание» . www.proteinatlas.org . Атлас белков человека . Проверено 5 ноября 2016 г.
В эту статью включен текст из общественного достояния Pfam и InterPro : IPR000999.
[ редактировать ]
Arc.Ask3.Ru: конец переведенного документа.
Arc.Ask3.Ru
Номер скриншота №: 84f98a2757516bc9faed817fbdbe2bc9__1721837460
URL1:https://arc.ask3.ru/arc/aa/84/c9/84f98a2757516bc9faed817fbdbe2bc9.html
Заголовок, (Title) документа по адресу, URL1:
Ribonuclease III - Wikipedia
Данный printscreen веб страницы (снимок веб страницы, скриншот веб страницы), визуально-программная копия документа расположенного по адресу URL1 и сохраненная в файл, имеет: квалифицированную, усовершенствованную (подтверждены: метки времени, валидность сертификата), открепленную ЭЦП (приложена к данному файлу), что может быть использовано для подтверждения содержания и факта существования документа в этот момент времени. Права на данный скриншот принадлежат администрации Ask3.ru, использование в качестве доказательства только с письменного разрешения правообладателя скриншота. Администрация Ask3.ru не несет ответственности за информацию размещенную на данном скриншоте. Права на прочие зарегистрированные элементы любого права, изображенные на снимках принадлежат их владельцам. Качество перевода предоставляется как есть. Любые претензии, иски не могут быть предъявлены. Если вы не согласны с любым пунктом перечисленным выше, вы не можете использовать данный сайт и информация размещенную на нем (сайте/странице), немедленно покиньте данный сайт. В случае нарушения любого пункта перечисленного выше, штраф 55! (Пятьдесят пять факториал, Денежную единицу (имеющую самостоятельную стоимость) можете выбрать самостоятельно, выплаичвается товарами в течение 7 дней с момента нарушения.)