Рибонуклеаза III
| Домен рибонуклеазы III | |||
|---|---|---|---|
 Структура рибонуклеазы III, взаимодействующая с двухцепочечной РНК. | |||
| Идентификаторы | |||
| Символ | РНКаза_III | ||
| Пфам | PF00636 | ||
| ИнтерПро | IPR000999 | ||
| PROSITE | PDOC00448 | ||
| ОБЛАСТЬ ПРИМЕНЕНИЯ 2 | 1jfz / SCOPe / СУПФАМ | ||
| |||
Рибонуклеаза III (РНКаза III или РНКаза C) [ 1 ] (BRENDA 3.1.26.3 ) представляет собой тип рибонуклеазы , которая распознает дцРНК и расщепляет ее в определенных целевых местах, превращая их в зрелые РНК. [ 2 ] Эти ферменты представляют собой группу эндорибонуклеаз , которые характеризуются своим рибонуклеазным доменом, который называется доменом РНКазы III. [ 3 ] Они являются повсеместными соединениями в клетке и играют важную роль в таких путях, как синтез предшественников РНК , подавление РНК и механизм ауторегуляции pnp . [ 4 ] [ 5 ]
Типы РНКазы III
[ редактировать ]Суперсемейство РНКазы III разделено на четыре известных класса: 1, 2, 3 и 4. Каждый класс определяется своей доменной структурой. [ 6 ]
РНКаза III класса 1
- Ферменты РНКазы III класса 1 имеют гомодимерную структуру, функция которой заключается в расщеплении дцРНК на несколько субъединиц. это мг 2+ -зависимая эндонуклеаза и в основном обнаруживается в бактериях и бактериофагах . РНКаза III класса 1 была обнаружена у грибов Glomeromycotan , что предположительно является результатом горизонтального переноса генов от цианобактерий . [ 7 ] К РНКазам III класса относятся РНК из E. coli . Обычно ферменты класса I имеют один домен РНКазы III (RIIID), за которым следует домен связывания дцРНК (dsRBD). [ 6 ] Они перерабатывают предшественники рибосомальной РНК (рРНК), малой ядерной РНК (мяРНК) и малой ядрышковой РНК (мяРНК). Основная функция расщепления дцРНК РНКазы III класса 1 сохраняется у большинства организмов, в которых она присутствует. Однако у ряда видов эта функция изменилась и взяла на себя другие или дополнительные биологические роли. [ 8 ]
- Rnc (UniProtKB P0A7Y0 ) – E.Coli – эта РНКаза III участвует в процессинге вирусных транскриптов и некоторых мРНК посредством расщепления множества участков дцРНК. На это расщепление может влиять присутствие рибосомального белка . [ 9 ]
РНКаза III класса 2
- Класс II определяется наличием N-концевого домена (NTD), RIIID и dsRBD. Класс II встречается у некоторых видов грибов. [ 6 ] Они процессируют предшественники рРНК, мяРНК и мякРНК.
- Дрожжевые нуклеазы с доменом РНКазы III класса 2 : [ 11 ]
- RNT1 (UniProtKB Q02555 ) - S. cerevisiae - эта РНКаза III участвует в транскрипции и процессинге рДНК, формировании 3'-конца мяРНК U2 посредством расщепления терминальной петли, реакции на стресс и деградацию клеточной стенки, а также регуляции контрольной точки морфогенеза. гены. [ 12 ]
РНКаза III класса 3
- РНКазы III класса 3 включают семейство ферментов Drosha , которые, как известно, участвуют в созревании предшественников микроРНК (миРНК) . [ 14 ]
РНКаза III класса 4
- РНКазы III класса 4 включают семейство ферментов Dicer, которые, как известно, участвуют в РНК-интерференции (РНКи). [ 15 ] РНКазы класса 4 III представляют собой компоненты S-РНКазы. Он является компонентом системы самонесовместимости у Rosaceae, Solanaceae и Plantaginaceae. Их нанимают для того, чтобы справиться с различными сценариями экологического стресса. [ 16 ]
- Ферменты Dicer перерабатывают субстраты дцРНК в небольшие фрагменты РНК индивидуального размера длиной от 21 до 27 нуклеотидов. [ 17 ] Dicer имеет N-концевой домен геликазы/АТФазы, за которым следует другой домен неизвестной функции. Он также включает центрально расположенный домен PAZ и C-концевую конфигурацию, которая включает один dsRBD и два каталитических домена РНКазы III. [ 18 ] Взаимодействие Dicer происходит с другими белками, включая TRBP, PACT и Ago2. [ 19 ] РНК, продуцируемые Dicer, действуют как проводники для последовательности определенного подавления родственных генов посредством РНКи и связанных с ним путей. [ 17 ]
Белки человека, содержащие домен РНКазы III
[ редактировать ]См. также
[ редактировать ]Ссылки
[ редактировать ]- ^ Филиппов Валерий; Соловьев Виктор; Филиппова, Мария; Гилл, Сарджит С. (7 марта 2000 г.). «Новый тип белков семейства РНКазы III у эукариот». Джин . 245 (1): 213–221. дои : 10.1016/S0378-1119(99)00571-5 . ПМИД 10713462 .
- ^ Замор, Филипп Д. (декабрь 2001 г.). «Тридцать три года спустя, взгляд на активный сайт рибонуклеазы III» . Молекулярная клетка . 8 (6): 1158–1160. дои : 10.1016/S1097-2765(01)00418-X . ПМИД 11885596 .
- ^ Конрад, Кристиан; Раухут, Рейнхард (февраль 2002 г.). «Рибонуклеаза III: новый смысл от неприятностей». Международный журнал биохимии и клеточной биологии . 34 (2): 116–129. дои : 10.1016/S1357-2725(01)00112-1 . ПМИД 11809414 .
- ^ Инада, Т.; Накамура, Ю. (1995). «Летальная активность рибонуклеазы III по процессингу двухцепочечной РНК в отсутствие белка SuhB Escherichia coli». Биохимия . 77 (4): 294–302. дои : 10.1016/0300-9084(96)88139-9 . ПМИД 8589060 .
- ^ Парк, Хонгмарн; Яхнин, Елена; Коннолли, Майкл; Ромео, Тони; Бабицке, Пол; Гурс, РЛ (15 декабря 2015 г.). «CsrA участвует в механизме ауторегуляции ПНПазы путем избирательного подавления трансляции транскриптов, которые ранее были обработаны РНКазой III и ПНПазой» . Журнал бактериологии . 197 (24): 3751–3759. дои : 10.1128/JB.00721-15 . ПМЦ 4652041 . ПМИД 26438818 .
- ^ Jump up to: а б с Лян Ю.Х., Лавуа М., Комо М.А., Элела С.А., Джи X. Структура эукариотического комплекса РНКазы III после расщепления раскрывает механизм двойной линейки для выбора субстрата. Молекулярная клетка. 2014;54(3):431-444. doi:10.1016/j.molcel.2014.03.006.
- ^ Сун-Джэ Ли, Мэнсюань Конг, Пол Харрисон, Мохамед Хиджри; Консервативные белки системы РНК-интерференции арбускулярного микоризного гриба Rhizoglomus иррегулярные дают новое представление об истории эволюции Glomeromycota, Биология и эволюция генома, evy002, https://doi.org/10.1093/gbe/evy002
- ^ Кройце, Ян Ф.; Савенков Евгений Иванович; Куэльяр, Уилмер; Ли, Сяндун; Валконен, Яри П.Т. (1 июня 2005 г.). «Вирусная РНКаза III класса 1, участвующая в подавлении молчания РНК» . Журнал вирусологии . 79 (11): 7227–7238. doi : 10.1128/JVI.79.11.7227-7238.2005 . ISSN 0022-538X . ПМЦ 1112141 . ПМИД 15890961 .
- ^ «РНК - Рибонуклеаза 3 - Escherichia coli (штамм K12) - ген и белок РНК» . www.uniprot.org . Консорциум ЮниПрот . Проверено 5 ноября 2016 г.
- ^ Глоу, Д.; Пианка, Д.; Сулей, А.А.; Козловский, Лукаш П.; Чарнецка, Дж.; Хойновский, Г.; Сковронек, К.Дж.; Буйницкий, Дж. М. (2015). «Последовательность-специфическое расщепление дцРНК РНКазой Mini-III» . Исследования нуклеиновых кислот . 43 (5): 2864–2873. дои : 10.1093/нар/gkv009 . ISSN 0305-1048 . ПМЦ 4357697 . ПМИД 25634891 .
- ^ У, Чан-Сянь; Сюй, Сянь-Цзинь; Лю, Фан; Чэнь, Чжуан-Фу; Лю, Чжэн-Фэй (1 апреля 2016 г.). Характеристика рибонуклеазы III из бруцелл». Gene . 579 (2): 183–192. doi : 10.1016/ . PMID 26778206 j.gene.2015.12.068
- ^ «Обзор RNT1/YMR239C» . www.yeastgenome.org . Стэнфордский университет . Проверено 5 ноября 2016 г.
- ^ «pac1 (SPBC119.11c)» . www.pombase.org . ЭМБЛ-ЭБИ . Проверено 5 ноября 2016 г.
- ^ Филиппов В, Соловьев В, Филиппова М, Гилл С.С. (март 2000 г.). «Новый тип белков семейства РНКазы III у эукариот». Джин . 245 (1): 213–221. дои : 10.1016/S0378-1119(99)00571-5 . ПМИД 10713462 .
- ^ Бернштейн Э. , Коди А.А., Хаммонд С.М., Хэннон Г.Дж. (2001). «Роль бидентатной рибонуклеазы на этапе инициации РНК-интерференции». Природа . 409 (6818): 363–6. дои : 10.1038/35053110 . ПМИД 11201747 . S2CID 4371481 .
- ^ Рохас, Эрнан; Флойд, Брайс; Моррисс, Стефани С.; Бэшем, Дайан ; Макинтош, Густаво К.; Голдрайдж, Ариэль (1 июля 2015 г.). «NnSR1, не-S-РНКаза III класса, специфически индуцируемая у Nicotiana alata при дефиците фосфата, локализуется в компартментах эндоплазматического ретикулума». Наука о растениях . 236 : 250–259. doi : 10.1016/j.plantsci.2015.04.012 . hdl : 11336/42800 . ПМИД 26025538 .
- ^ Jump up to: а б Макрей, Ян Дж; Дудна, Дженнифер А. (февраль 2007 г.). «Возврат к рибонуклеазе: структурное понимание ферментов семейства рибонуклеаз III». Современное мнение в области структурной биологии . 17 (1): 138–145. дои : 10.1016/j.sbi.2006.12.002 . ПМИД 17194582 .
- ^ Редько, Юлия; Беххофер, Дэвид Х.; Кондон, Чиаран (июнь 2008 г.). «Mini-III, необычный член семейства ферментов РНКазы III, катализирует созревание 23S рибосомальной РНК у B. subtilis» . Молекулярная микробиология . 68 (5): 1096–1106. дои : 10.1111/j.1365-2958.2008.06207.x . ПМИД 18363798 .
- ^ Николсон, Аллен В. (январь 2014 г.). «Механизмы расщепления двухцепочечной РНК рибонуклеазой III» . Междисциплинарные обзоры Wiley: РНК . 5 (1): 31–48. дои : 10.1002/wrna.1195 . ПМЦ 3867540 . ПМИД 24124076 .
- ^ «Тканевая экспрессия DICER1 – Резюме» . www.proteinatlas.org . Атлас белков человека . Проверено 5 ноября 2016 г.
- ^ «Тканевая экспрессия ДРОШИ – Краткое содержание» . www.proteinatlas.org . Атлас белков человека . Проверено 5 ноября 2016 г.
Внешние ссылки
[ редактировать ]- РНКаза + III в Национальной медицинской библиотеке США по медицинским предметным рубрикам (MeSH)
- ЕС 3.1.26.3