Микрококковая нуклеаза
| Микрококковая нуклеаза | |||
|---|---|---|---|
 Ленточная схема трехмерной структуры микрококковой нуклеазы с Ca 2+ и ингибитор TdtP | |||
| Идентификаторы | |||
| Номер ЕС. | 3.1.31.1 | ||
| Номер CAS. | 9013-53-0 | ||
| Базы данных | |||
| ИнтЭнк | вид IntEnz | ||
| БРЕНДА | БРЕНДА запись | ||
| Экспаси | Просмотр NiceZyme | ||
| КЕГГ | КЕГГ запись | ||
| МетаЦик | метаболический путь | ||
| ПРЯМОЙ | профиль | ||
| PDB Структуры | RCSB PDB PDBe PDBsum | ||
| |||
| Термонуклеаза | |||
|---|---|---|---|
| Идентификаторы | |||
| Организм | |||
| Символ | ядерное оружие | ||
| ЮниПрот | P00644 | ||
| |||
| Стафилококковая нуклеаза | |||
|---|---|---|---|
| Идентификаторы | |||
| Символ | ? | ||
| Пфам | PF00565 | ||
| Пфам Клан | CL0049 | ||
| ИнтерПро | ИПР016071 | ||
| PROSITE | PDOC00865 | ||
| КАТ | 1тт2 | ||
| ОБЛАСТЬ ПРИМЕНЕНИЯ 2 | 1тт2 / СКОПе / СУПФАМ | ||
| |||
Микрококковая нуклеаза ( EC 3.1.31.1 , S7 нуклеаза , MNase , эндонуклеаза селезенки , термонуклеаза , нуклеаза T , микрококковая эндонуклеаза , нуклеаза T ' , стафилококковая нуклеаза , фосфодиэстераза селезенки , нуклеаза Staphylococcus aureus , нуклеаза B Staphylococcus aureus , леат (дезоксинуклеат) 3'- нуклеотидогидролаза ) — эндо - экзонуклеаза , преимущественно расщепляющая одноцепочечные нуклеиновые кислоты . Скорость расщепления на 5'-стороне A или T в 30 раз выше , чем на G или C , и приводит к образованию мононуклеотидов и олигонуклеотидов с концевыми 3'- фосфатами . Фермент также активен в отношении двухцепочечной ДНК и РНК , и в конечном итоге все последовательности будут расщеплены.
Характеристики
[ редактировать ]Фермент молекулярную имеет массу 16,9 кДа.
Оптимум pH . составляет 9,2 Активность фермента строго зависит от Ca 2+ а оптимум pH варьируется в зависимости от Ca 2+ концентрация. [1] легко Таким образом , фермент инактивируется ЭГТА .
Источники
[ редактировать ]Этот фермент представляет собой внеклеточную нуклеазу Staphylococcus aureus . Два штамма, V8 и Foggi, дают практически идентичные ферменты. [2] Распространенным источником являются клетки E.coli, несущие клонированный ген nuc, кодирующий внеклеточную нуклеазу Staphylococcus aureus (микрококковую нуклеазу).
Структура
[ редактировать ]Трехмерная структура микрококковой нуклеазы (тогда называемой стафилокковой нуклеазой) была расшифрована очень рано в истории белковой кристаллографии , в 1969 году. [3] хранится как устаревший файл банка данных белков 1SNS. Более поздние кристаллические структуры с более высоким разрешением доступны для апо-формы в виде файла банка данных белков 1SNO: [1] и для формы, ингибированной тимидин-дифосфатом, в виде файла банка данных белков 3H6M: [2] или 1SNC: [3] . Как видно на ленточной диаграмме выше, молекула нуклеазы имеет 3 длинные альфа-спирали и 5-нитевой бочкообразный бета-лист , расположенный в расположении, известном как OB-складка (складка, связывающая олигонуклеотиды), как это классифицировано в SCOP. базе данных .
Приложения
[ редактировать ]- Секвенирование CUT&RUN , контролируемое расщепление, направленное на антитела, микрококковой нуклеазой для транскриптомного профилирования.
- Гидролиз нуклеиновых кислот в сырых бесклеточных экстрактах.
- Секвенирование РНК .
- Приготовление лизатов ретикулоцитов кролика .
- Исследования структуры хроматина .
- Удаление нуклеиновых кислот из лабораторных белковых препаратов, позволяющее исследовать сворачивание белков и их структурно-функциональные исследования.
- Исследование механизмов сворачивания белков .
См. также
[ редактировать ]Ссылки
[ редактировать ]- ^ Хейнс Дж. Н., Суриано Дж. Р., Таниучи Х., Анфинсен CB (1967). «Характеристика нуклеазы, продуцируемой Staphylococcus aureus» . Ж. Биол. Хим . 242 (5): 1016–20. дои : 10.1016/S0021-9258(18)96225-3 . ПМИД 6020427 .
- ^ Кусумано CL, Таниучи Х, Анфинсен CB (1968). «Стафилококковая нуклеаза (штамм Фоджи). I. Порядок фрагментов бромциана и «четвертого» остатка гистидина» . Ж. Биол. Хим . 243 (18): 4769–77. дои : 10.1016/S0021-9258(18)93185-6 . ПМИД 5687719 .
- ^ Арноне А., Бир Дж. и др. (1971). «Структура высокого разрешения ингибиторного комплекса внеклеточной нуклеазы золотистого стафилококка: I. Экспериментальные процедуры и отслеживание цепи» . Ж. Биол. Хим . 246 (7): 2303–2316. дои : 10.1016/S0021-9258(19)77221-4 . ПМИД 5555571 .
- http://www.thermoscientificbio.com/dna-and-rna-modifying-enzymes/micrococcal-nuclease/
- http://www.worthington-biochem.com/NFCP/default.html
- http://www.thermoscientificbio.com/uploadedFiles/Resources/en0181-usa-msds.pdf — паспорт материала и безопасности продукта.
- http://www.thermoscientificbio.com/uploadedFiles/Resources/en018-product-information.pdf — информационный листок о продукте
Внешние ссылки
[ редактировать ]- Микрококк + нуклеаза в Национальной медицинской библиотеке США по медицинским предметным рубрикам (MeSH)
- ЭК 3.1.31.1
