Дезинтегрин

показывать Доступные белковые структуры:
Pfam	structures / ECOD
PDB	RCSB PDB; PDBe; PDBj
PDBsum	structure summary

Дезинтегрин
Дезинтегрин
	Структура гетеродимера дезинтегрина Echis carinatus
Идентификаторы
Символ	Дезинтегрин
Пфам	PF00200
ИнтерПро	ИПР001762
PROSITE	PDOC00351
ОБЛАСТЬ ПРИМЕНЕНИЯ 2	1кст / СКОПе / СУПФАМ
Суперсемейство OPM	227
белок OPM	2ао7
Мембраном	538
Pfam
показывать Доступные белковые структуры:
Pfam	structures / ECOD
PDB	RCSB PDB; PDBe; PDBj
PDBsum	structure summary

Дезинтегрины представляют собой семейство небольших белков ( 45–84 аминокислоты длиной ) из ядов гадюки , которые действуют как мощные ингибиторы как тромбоцитов агрегации , так и интегрин -зависимой клеточной адгезии . ^{[ 1 ]}^{[ 2 ]}^{[ 3 ]}

Операция

Дезинтегрины действуют, противодействуя этапам свертывания крови , подавляя слипание тромбоцитов . Они взаимодействуют с семействами рецепторов интегринов бета-1 и -3 . Интегрины представляют собой клеточные рецепторы, участвующие во взаимодействиях клетка-клетка и клетка- внеклеточный матрикс , служащие конечным общим путем, ведущим к агрегации через образование тромбоцитарно-тромбоцитарных мостиков, которые необходимы для тромбоза и гемостаза . Дезинтегрины содержат мотив последовательности RGD (Arg-Gly-Asp) или KGD (Lys-Gly-Asp), который специфически связывается с рецепторами интегрина IIb-IIIa на поверхности тромбоцитов, тем самым блокируя связывание фибриногена с рецепторно-гликопротеиновым комплексом активированных тромбоцитов. тромбоциты. Дезинтегрины действуют как антагонисты рецепторов , ингибируя агрегацию, индуцированную АДФ , тромбином , фактором активации тромбоцитов и коллагеном . ^{[ 4 ]} Роль дезинтегрина в предотвращении свертывания крови делает его интересным с медицинской точки зрения, особенно с точки зрения его использования в качестве антикоагулянта. ^{[ 5 ]}

Виды дезинтегрина

Охарактеризованы дезинтегрины разных видов змей: альболабрин, аплагин, барбурин, батроксостатин, битистатин, обтустатин, ^{[ 6 ]} шистатин, ^{[ 7 ]} эхистатин, ^{[ 8 ]} элегантин, эристикоф, флоридин, ^{[ 9 ]} гализин, кистрин, моджаст ( Crotalus scutulatus ), рубистат ( Crotalus Ruber ), тергеминин, сальмозин, ^{[ 10 ]} цабканин ( Crotalus simus tzabcan ) ^{[ 11 ]} и трифлавин.

Дезинтегрины делятся на 5 классов: малые, средние, большие, димерные и металлопротеиназы змеиного яда. ^{[ 12 ]}

Малые дезинтегрины: 49-51 аминокислота, 4 дисульфидные связи.
Средние дезинтегрины: 70 аминокислот, 6 дисульфидных связей.
Большие дезинтегрины: 84 аминокислоты, 7 дисульфидных связей.
Димерные дезинтегрины: 67 аминокислот, 4 внутрицепочечные дисульфидные связи.
Металлопротеиназы змеиного яда: 100 аминокислот, 8 дисульфидных связей.

Эволюция семейства дезинтегринов

Дезинтегрины возникли в результате дупликации генов предкового семейства белков — семейства ADAM. Малые, средние, большие и димерные семейства дезинтегринов встречаются только в семействе Viperidae, что позволяет предположить, что дупликация и диверсификация произошли около 12-20 миллионов лет назад. Металлопротеиназы змеиного яда обнаружены во всем надсемействе Colubroidea , что позволяет предположить, что они развились до того, как Colubroidea диверсифицировалась примерно 60 миллионов лет назад. ^{[ 13 ]}

Другие источники белков дезинтегрина

Дезинтегриноподобные белки обнаружены у различных видов, от слизевиков до человека. Некоторые другие белки, которые, как известно, содержат домен дезинтегрина:

Некоторые цинковые металлопротеиназы змеиного яда ^{[ 14 ]} состоят из N-концевого каталитического домена, слитого с доменом дезинтегрина. Так обстоит дело с тримерелизином I (HR1B), атролизином E (Ht-e) и триграмином. Было высказано предположение, что эти протеиназы способны отрываться от доменов дезинтегрина и что последний может возникнуть в результате такого посттрансляционного процессинга.
ADAM и ADAMTS Семейства белков , которые включают важные ферменты протеазы.
- Секретируемая протеаза ADAMTS13 , обнаруженная в сыворотке, расщепляет фактор фон Виллебранда и действует как естественный эндогенный ингибитор адгезии и агрегации тромбоцитов.
- ADAM2 (бета-фертилин, бета-субъединица поверхностного белка PH30 спермы морской свинки). ^{[ 15 ]} PH30 — это белок, участвующий в слиянии сперматозоида и яйцеклетки. Бета-субъединица содержит дезинтегрин на N-конце.
- ADAM7 (апикальный белок 1 эпидидимии млекопитающих, EAP I). ^{[ 16 ]} ADAM7 связан с мембраной сперматозоидов и может играть роль в созревании сперматозоидов. Структурно ADAM7 состоит из N-концевого домена, за которым следует домен цинк-металлопротеиназы, домен дезинтегрина и большой C-концевой домен, содержащий трансмембранную область.

См. также

Ссылки

^ Оливейра, Ана Л.; Вьегас, Матильда Ф.; да Силва, Сауло Л.; СОАРЕС, Андреймар М.; РАМОС, Мария Дж.; Фернандес, Педро А. (июль 2022 г.). «Химия змеиного яда и его лечебный потенциал» . Обзоры природы Химия . 6 (7): 451–469. дои : 10.1038/s41570-022-00393-7 . ISSN 2397-3358 . ПМЦ 9185726 .
^ Маклейн М.А., Санчес Э.Э., Вонг А., Пакетт-Штрауб С., Перес Дж.К. (2004). «Дизинтегрин». Лекарство Curr нацелено на сердечно-сосудистое расстройство гематола . 4 (4): 327–55. дои : 10.2174/1568006043335880 . ПМИД 15578957 .
^ Лу Х, Лу Д, Скалли М.Ф., Каккар В.В. (2005). «Металлопротеиназа змеиного яда, содержащая дезинтегриноподобный домен, ее взаимосвязи структура-активность при взаимодействии с интегринами». Гематоловые агенты Curr Med Chem Cardiovasc . 3 (3): 249–60. дои : 10.2174/1568016054368205 . ПМИД 15974889 .
^ Рахман С., Сюй CS (2001). «Идентификация с помощью сайт-направленного мутагенеза аминокислотных остатков, фланкирующих RGD-мотивы дезинтегринов змеиного яда, на предмет их структуры и функции». Акта Биохим. Биофиз. Грех . 33 (2): 153–157. ПМИД 12050803 .
^ Лу Х, Лу Д, Скалли М.Ф., Каккар В.В. (2006). «Интегрины в нацеливании лекарств – шаблоны RGD в токсинах». Карр Фарм Дес . 12 (22): 2749–69. дои : 10.2174/138161206777947713 . ПМИД 16918409 .
^ Кальвете Дж.Дж., Монлеон Д., Сельда Б., Пас Морено-Мурчиано М., Марцинкевич С. (2003). «Структура ЯМР-раствора обтустатина не-RGD-дезинтегрин». Дж. Мол. Биол . 329 (1): 135–45. дои : 10.1016/S0022-2836(03)00371-1 . ПМИД 12742023 .
^ Бецель С., Шарма С., Сингх Т.П., Пербандт М., Ядав С., Каур П., Билграми С. (2005). «Кристаллическая структура гетеродимера дезинтегрина из гадюки (Echis carinatus) при разрешении 1,9 А». Биохимия . 44 (33): 11058–66. дои : 10.1021/bi050849y . ПМИД 16101289 .
^ Кальвете Дж.Дж., Ковач Х., Монлеон Д., Сельда Б., Эстев В. (2005). «Конформация и согласованная динамика сайта связывания интегрина и С-концевой области эхистатина, выявленная с помощью гомоядерного ЯМР» . Биохим Дж . 387 (Часть 1): 57–66. дои : 10.1042/BJ20041343 . ПМЦ 1134932 . ПМИД 15535803 .
^ Мизуно Х., Морита Т., Фуджи Ю., Фудзимото З., Хории К., Окуда Д. (2003). «Кристаллическая структура триместатина, дезинтегрина, содержащего мотив распознавания клеточной адгезии RGD». Дж. Мол. Биол . 332 (5): 1115–22. дои : 10.1016/S0022-2836(03) 00991-4 ПМИД 14499613 .
^ Ли В., Шин Дж., Кан И., Хонг С.Ю., Чунг К., Чан Й., Ким Д.С. (2003). «Структура раствора нового дезинтегрина сальмозина из яда Agkistrondon halys». Биохимия . 42 (49): 14408–15. дои : 10.1021/bi0300276 . ПМИД 14661951 .
^ Савиола, А.Дж., Модал, СМ и Макесси, С.П., 2015. Дезинтегрины яда цабкана Crotalus simus: Выделение, характеристика и оценка цитотоксической и антиадгезионной активности цабканина, нового RGD-дезинтегрина. Биохимия, 116, стр.92-102. https://doi.org/10.1016/j.biochi.2015.07.005
^ Кальвете, Дж (2005). «Структурно-функциональные корреляции дезинтегринов змеиного яда». Карр Фарм Дес . 11 (7): 825–835. дои : 10.2174/1381612053381783 . ПМИД 15777237 .
^ Хуарес П., Комас И., Гонсалес-Канделас Ф., Кальвете Х.Дж. (2008). «Эволюция дезинтегринов змеиного яда путем положительного дарвиновского отбора» . Молекулярная биология и эволюция . 25 (11): 2391–2407. дои : 10.1093/molbev/msn179 . ПМИД 18701431 .
^ Тейшейра Кде Ф, Фернандес КМ, Зулиани ХП, Замунер СФ (2005). «Воспалительное действие металлопротеиназ змеиного яда» . Память Инст. Освальдо Круз . 100 : 181–4. дои : 10.1590/s0074-02762005000900031 . hdl : 1807/8219 . ПМИД 15962120 .
^ Терк К.В., Майлз Д.Г., Примакофф П., Блобель К.П., Вольфсберг Т.Г., Уайт Дж.М. (1992). «Потенциальный гибридный пептид и домен лиганда интегрина в белке, активном при слиянии сперматозоида и яйцеклетки». Природа . 356 (6366): 248–252. Бибкод : 1992Natur.356..248B . дои : 10.1038/356248a0 . ПМИД 1552944 . S2CID 4233338 .
^ Холл Л., Джонс Р., Баркер П.Дж., Перри AC (1992). «Белок придатка яда млекопитающих с поразительным сходством последовательностей с геморрагическими пептидами змеиного яда» . Биохим. Дж . 286 (3): 671–675. дои : 10.1042/bj2860671 . ПМЦ 1132955 . ПМИД 1417724 .

Внешние ссылки

Дезинтегрины Национальной медицинской библиотеки США по медицинским предметным рубрикам (MeSH)

В эту статью включен текст из общественного достояния Pfam и InterPro : IPR001762.

[1] Оливейра, Ана Л.; Вьегас, Матильда Ф.; да Силва, Сауло Л.; СОАРЕС, Андреймар М.; РАМОС, Мария Дж.; Фернандес, Педро А. (июль 2022 г.). «Химия змеиного яда и его лечебный потенциал» . Обзоры природы Химия . 6 (7): 451–469. дои : 10.1038/s41570-022-00393-7 . ISSN 2397-3358 . ПМЦ 9185726 .

[PUB00035680-2] Маклейн М.А., Санчес Э.Э., Вонг А., Пакетт-Штрауб С., Перес Дж.К. (2004). «Дизинтегрин». Лекарство Curr нацелено на сердечно-сосудистое расстройство гематола . 4 (4): 327–55. дои : 10.2174/1568006043335880 . ПМИД 15578957 .

[PUB00035681-3] Лу Х, Лу Д, Скалли М.Ф., Каккар В.В. (2005). «Металлопротеиназа змеиного яда, содержащая дезинтегриноподобный домен, ее взаимосвязи структура-активность при взаимодействии с интегринами». Гематоловые агенты Curr Med Chem Cardiovasc . 3 (3): 249–60. дои : 10.2174/1568016054368205 . ПМИД 15974889 .

[PUB00035682-4] Рахман С., Сюй CS (2001). «Идентификация с помощью сайт-направленного мутагенеза аминокислотных остатков, фланкирующих RGD-мотивы дезинтегринов змеиного яда, на предмет их структуры и функции». Акта Биохим. Биофиз. Грех . 33 (2): 153–157. ПМИД 12050803 .

[PUB00035683-5] Лу Х, Лу Д, Скалли М.Ф., Каккар В.В. (2006). «Интегрины в нацеливании лекарств – шаблоны RGD в токсинах». Карр Фарм Дес . 12 (22): 2749–69. дои : 10.2174/138161206777947713 . ПМИД 16918409 .

[PUB00027415-6] Кальвете Дж.Дж., Монлеон Д., Сельда Б., Пас Морено-Мурчиано М., Марцинкевич С. (2003). «Структура ЯМР-раствора обтустатина не-RGD-дезинтегрин». Дж. Мол. Биол . 329 (1): 135–45. дои : 10.1016/S0022-2836(03)00371-1 . ПМИД 12742023 .

[PUB00035684-7] Бецель С., Шарма С., Сингх Т.П., Пербандт М., Ядав С., Каур П., Билграми С. (2005). «Кристаллическая структура гетеродимера дезинтегрина из гадюки (Echis carinatus) при разрешении 1,9 А». Биохимия . 44 (33): 11058–66. дои : 10.1021/bi050849y . ПМИД 16101289 .

[PUB00030741-8] Кальвете Дж.Дж., Ковач Х., Монлеон Д., Сельда Б., Эстев В. (2005). «Конформация и согласованная динамика сайта связывания интегрина и С-концевой области эхистатина, выявленная с помощью гомоядерного ЯМР» . Биохим Дж . 387 (Часть 1): 57–66. дои : 10.1042/BJ20041343 . ПМЦ 1134932 . ПМИД 15535803 .

[PUB00026241-9] Мизуно Х., Морита Т., Фуджи Ю., Фудзимото З., Хории К., Окуда Д. (2003). «Кристаллическая структура триместатина, дезинтегрина, содержащего мотив распознавания клеточной адгезии RGD». Дж. Мол. Биол . 332 (5): 1115–22. дои : 10.1016/S0022-2836(03) 00991-4 ПМИД 14499613 .

[PUB00026913-10] Ли В., Шин Дж., Кан И., Хонг С.Ю., Чунг К., Чан Й., Ким Д.С. (2003). «Структура раствора нового дезинтегрина сальмозина из яда Agkistrondon halys». Биохимия . 42 (49): 14408–15. дои : 10.1021/bi0300276 . ПМИД 14661951 .

[11] Савиола, А.Дж., Модал, СМ и Макесси, С.П., 2015. Дезинтегрины яда цабкана Crotalus simus: Выделение, характеристика и оценка цитотоксической и антиадгезионной активности цабканина, нового RGD-дезинтегрина. Биохимия, 116, стр.92-102. https://doi.org/10.1016/j.biochi.2015.07.005

[12] Кальвете, Дж (2005). «Структурно-функциональные корреляции дезинтегринов змеиного яда». Карр Фарм Дес . 11 (7): 825–835. дои : 10.2174/1381612053381783 . ПМИД 15777237 .

[13] Хуарес П., Комас И., Гонсалес-Канделас Ф., Кальвете Х.Дж. (2008). «Эволюция дезинтегринов змеиного яда путем положительного дарвиновского отбора» . Молекулярная биология и эволюция . 25 (11): 2391–2407. дои : 10.1093/molbev/msn179 . ПМИД 18701431 .

[PUB00035685-14] Тейшейра Кде Ф, Фернандес КМ, Зулиани ХП, Замунер СФ (2005). «Воспалительное действие металлопротеиназ змеиного яда» . Память Инст. Освальдо Круз . 100 : 181–4. дои : 10.1590/s0074-02762005000900031 . hdl : 1807/8219 . ПМИД 15962120 .

[PUB00004116-15] Терк К.В., Майлз Д.Г., Примакофф П., Блобель К.П., Вольфсберг Т.Г., Уайт Дж.М. (1992). «Потенциальный гибридный пептид и домен лиганда интегрина в белке, активном при слиянии сперматозоида и яйцеклетки». Природа . 356 (6366): 248–252. Бибкод : 1992Natur.356..248B . дои : 10.1038/356248a0 . ПМИД 1552944 . S2CID 4233338 .

[PUB00000515-16] Холл Л., Джонс Р., Баркер П.Дж., Перри AC (1992). «Белок придатка яда млекопитающих с поразительным сходством последовательностей с геморрагическими пептидами змеиного яда» . Биохим. Дж . 286 (3): 671–675. дои : 10.1042/bj2860671 . ПМЦ 1132955 . ПМИД 1417724 .

[ 1 ]

[ 2 ]

[ 3 ]

[ 4 ]

[ 5 ]

[ 6 ]

[ 7 ]

[ 8 ]

[ 9 ]

[ 10 ]

[ 11 ]

[ 12 ]

[ 13 ]

[ 14 ]

[ 15 ]

[ 16 ]