ТСР3

ТСР3
Идентификаторы
Псевдонимы	TSR3 , C16orf42, фактор созревания рибосомы acp-трансферазы, фактор созревания рибосомы TSR3, HsTsr3
Внешние идентификаторы	Опустить : 617058 ; МГИ : 1915577 ; Гомологен : 6922 ; Генные карты : TSR3 ; ОМА : TSR3 — ортологи
showМестоположение гена ( человек )
Chr.	Chromosome 16 (human)
End	1,351,878 bp
showМестоположение гена ( Мышь )
Chr.	Chromosome 17 (mouse)
End	25,242,798 bp
show экспрессии РНК Характер
	Top expressed in
	tendon of biceps brachii; ; apex of heart; ; internal globus pallidus; ; left ventricle; ; mucosa of transverse colon; ; putamen; ; C1 segment; ; muscle of thigh; ; amygdala; ; gastrocnemius muscle;
	Top expressed in
	otic placode; ; embryo; ; otic vesicle; ; embryo; ; facial motor nucleus; ; ventricular zone; ; right kidney; ; epiblast; ; muscle of thigh; ; saccule;
	More reference expression data
	n/a
showГенная онтология
Molecular function	transferase activity;
Cellular component	cytosol;
Biological process	rRNA processing; maturation of SSU-rRNA; ribosome biogenesis; rRNA modification;
	Sources:Amigo / QuickGO
hideОртологи
	115939
	68327
	ENSG00000007520
	ENSMUSG00000015126
	Q9UJK0
	Q5HZH2
	НМ_001001410
	НМ_001163718 ; НМ_026676
	НП_001001410
	НП_001157190 ; НП_080952
	Викиданные
Просмотр/редактирование человека	Просмотр/редактирование мыши

TSR3 , или фактор созревания рибосомы TSR3 , представляет собой гипотетический человеческий белок, обнаруженный на хромосоме 16. ^{[ 5 ]} Его белок состоит из 312 аминокислот . ^{[ 6 ]} и его кДНК имеет 1214 пар оснований. ^{[ 7 ]} Ранее он имел обозначение C16orf42 .

Функция

Функция C16orf42 неизвестна. Предполагается, что это трансмембранный белок , однако клеточная или субклеточная мембрана, в которой он находится, также неизвестна. ^{[ 8 ]}

Гомология

C16orf42 также можно обнаружить во многих других организмах, включая млекопитающих, а также в некоторых грибах и растениях. ^{[ 9 ]} Он не обнаружен у бактерий . ^{[ 9 ]} C16orf42 высококонсервативен у многих своих ортологов , особенно у млекопитающих, идентичность которого достигает 95% у макак-резус . ^{[ 9 ]} Он также имеет довольно высокую консервативность в своих более отдаленных гомологах, например, 53% идентичности у кукурузы. ^{[ 9 ]} У него есть один потенциальный человеческий аналог — белок EGFL6. ^{[ 10 ]}

Ортологический анализ:

Род и вид	Общее имя	присоединение к NCBI	Длина	Личность	Сходство
Макака мулатта	Обезьяна-резус	XP_001088384	312 аа	95%	96%
Бос Телец	Крупный рогатый скот	НП_001092381	315 аа	82%	87%
Семейная собака	Собака	XP_537015	312 аа	79%	85%
Лошадь лошадь	Лошадь	XP_001915599	324 аа	78%	83%
Раттус норвегикус	Крыса	EMD03916	324 аа	73%	80%
Мышиная мышца	Мышь	НП_080952	323 аа	73%	80%
Петух есть петух	Курица	XP_414890	311 аа	63%	76%
Дания рерио	Рыба-зебра	НП_001002370	297 аа	62%	75%
Тетраодон нигровиридис	Зеленый пятнистый фугу	CAG04371	247 аа	62%	74%
Прикрепленный трихоплакс	Трихоплакс	XP_002118089	284 аа	46%	64%
Циона кишечная	Морской шприц	XP_002129931	265 аа	52%	68%
Орниторинх анатинус	Утконос	XP_001517034	285 аа	74%	85%
Гидра магнипапиллата	Гидра	XP_002161680	232 аа	55%	71%
Aedes aegypti	Комар желтой лихорадки	XP_001654463	269 аа	52%	70%
Дрозофила меланогастер	Плодовая мушка	НП_650441	274 аа	54%	70%
Апис меллифера	Западная медоносная пчела	XP_625167	258 аа	50%	69%
Дебаромицеты hansenii	Морские дрожжи	XP_461733	333 аа	49%	64%
Аспергилл оризае	Форма	XP_001818982	374 аа	50%	69%
Сахаромицеты cerevisiae	Дрожжи	НП_014648	313 аа	52%	68%
Зеа Мэйс	Кукуруза	ACG47566	271 аа	53%	69%
Ценорабдитис элегантный	К. Элеганс	НП_741332	261 аа	47%	65%

Выражение

C16orf42 не экспрессируется повсеместно у людей. Наиболее сильно он выражен в яичниках , но совсем не выражен в крови и очень мало в мозге. ^{[ 11 ]} Один эксперимент с микрочипами показал, что малярия вызывает свою экспрессию в крови. ^{[ 11 ]} но необходимы дальнейшие эксперименты, чтобы подтвердить это утверждение. Его экспрессия в тканях имеет тенденцию оставаться постоянной при заболевании ткани. ^{[ 11 ]} Однако краткий анализ его ортологов показывает непоследовательность в тканевой экспрессии. Это могло быть связано с отсутствием исследований этого белка у других видов.

Структура

Структура C16orf42 неизвестна. Предполагается, что он будет иметь несколько областей альфа-спиралей и несколько коротких участков бета-нитей . ^{[ 8 ]} Он содержит потенциальный металлсвязывающий домен между аминокислотами 60–90. ^{[ 6 ]} Он имеет прогнозируемую молекулярную массу 33,6 кдал и изоэлектрическую точку 6,496000, что делает его слегка кислым. ^{[ 8 ]} По сравнению с другими человеческими белками, C16orf42 имеет высокое содержание аминокислот аргинина и аланина и низкое содержание аминокислоты треонина. ^{[ 8 ]} Краткий анализ его строгих ортологов показывает, что они также обычно имеют высокое содержание аргинина и низкое содержание треонина, а также по сравнению с типичным белком соответствующих видов. ^{[ 8 ]}

Ссылки

^ Jump up to: ^а ^б ^с GRCh38: Версия Ensembl 89: ENSG00000007520 – Ensembl , май 2017 г.
^ Jump up to: ^а ^б ^с GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000015126 – Ensembl , май 2017 г.
^ «Ссылка на Human PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
^ «Ссылка на Mouse PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
^ Штраусберг Р.Л., Фейнгольд Е.А., Граус Л.Х. и др. (декабрь 2002 г.). «Получение и первоначальный анализ более 15 000 полноразмерных последовательностей кДНК человека и мыши» . Учеб. Натл. акад. наук. США . 99 (26): 16899–903. Бибкод : 2002PNAS...9916899M . дои : 10.1073/pnas.242603899 . ПМК 139241 . ПМИД 12477932 .
^ Jump up to: ^а ^б NCBI белок
^ Нуклеотид NCBI.
^ Jump up to: ^а ^б ^с ^д ^и Биологический верстак
^ Jump up to: ^а ^б ^с ^д NCBI Блинк
^ ВЗРЫВ NCBI
^ Jump up to: ^а ^б ^с ЮниДжин

Внешние ссылки

человека Расположение генома TSR3 и страница сведений о гене TSR3 в браузере генома UCSC .

Дальнейшее чтение

Белок NCBI. «Гипотетический белок LOC115939 [Homo sapiens]», 26 июня 2007 г. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/47777330.
NCBI Нуклеотид. «Открытая рамка считывания 42 хромосомы 16 человека (C16orf42) человека разумного (C16orf42), мРНК» 26 июня 2007 г. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/48762675
NCBI Блинк. «Гипотетический белок LOC115939 [Homo sapiens]» https://www.ncbi.nlm.nih.gov/sutils/blink.cgi?pid=47777330&ordinalpos=1&itool=EntrezSystem2.PEntrez.Sequence.Sequen ce_SingleReportPanel.Sequence_ViewerPanel.Sequence_ViewerGenbankSidePanel.Sequence_DiscoveryDbLinks.DiscoveryDbLinks
ВЗРЫВ NCBI. «NP_001001410 Гипотетический белок LOC115939 [Homo sapiens]» http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi
Профиль UniGene EST. «C16orf42: открытая рамка считывания 42 хромосомы 16, мРНК» https://www.ncbi.nlm.nih.gov/UniGene/ESTProfileViewer.cgi?uglist=Hs.134846
Биологический верстак. http://seqtool.sdsc.edu/CGI/BW.cgi# ^{[ постоянная мертвая ссылка ]}!]

[refGRCh38Ensembl-1] Jump up to: ^а ^б ^с GRCh38: Версия Ensembl 89: ENSG00000007520 – Ensembl , май 2017 г.

[refGRCm38Ensembl-2] Jump up to: ^а ^б ^с GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000015126 – Ensembl , май 2017 г.

[3] «Ссылка на Human PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .

[4] «Ссылка на Mouse PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .

[pmid12477932-5] Штраусберг Р.Л., Фейнгольд Е.А., Граус Л.Х. и др. (декабрь 2002 г.). «Получение и первоначальный анализ более 15 000 полноразмерных последовательностей кДНК человека и мыши» . Учеб. Натл. акад. наук. США . 99 (26): 16899–903. Бибкод : 2002PNAS...9916899M . дои : 10.1073/pnas.242603899 . ПМК 139241 . ПМИД 12477932 .

[NCBI_Protein-6] Jump up to: ^а ^б NCBI белок

[7] Нуклеотид NCBI.

[Biology_Workbench-8] Jump up to: ^а ^б ^с ^д ^и Биологический верстак

[NCBI_BLink-9] Jump up to: ^а ^б ^с ^д NCBI Блинк

[10] ВЗРЫВ NCBI

[UniGene-11] Jump up to: ^а ^б ^с ЮниДжин

[1]

[2]

[ 3 ]

[ 4 ]

[ 5 ]

[ 6 ]

[ 7 ]

[ 8 ]

[ 9 ]

[ 10 ]

[ 11 ]