Энсифер (бактерия)
| Энсифер | |
|---|---|
| |
| Ensifer fredii USDA257 на чашке с агаром с типтонно-дрожжевым экстрактом . | |
Научная классификация 
| |
| Домен: | Бактерии |
| Тип: | Псевдомонадота |
| Сорт: | Альфапротеобактерии |
| Заказ: | Гифомикробиалы |
| Семья: | Ризобиевые |
| Род: | Энсифер Асида, 1982 г. |
| Типовой вид | |
| Энсифер цепляющийся Асида, 1982 г.
| |
| Разновидность [ 18 ] [ 19 ] [ 20 ] [ 21 ] | |
| |
| Синонимы [ 19 ] | |
| |
Ensifer (часто называемый в литературе синонимом Sinorhizobium ) — род азотфиксирующих бактерий ( ризобий ), три из которых ( Ensifer meliloti , [ 22 ] [ 23 ] Прими лекарство [ 24 ] и Энсифер Фреди [ 25 ] [ 26 ] ) были секвенированы.
Этимология
[ редактировать ]Родовой эпитет Ensifer происходит от латинского существительного ensifer , «меченосец». [ 3 ] Синоним Sinorhizobium представляет собой комбинацию средневекового латинского существительного sino («Китай»), классического греческого существительного rhiza («корень») и классического греческого существительного bium («жизнь»). Таким образом, неолатинский родовой эпитет синонима Sinorhizobium означает « ризобий, выделенный из Китая», что, в свою очередь, относится к родственному роду Rhizobium («форма жизни, связанная с корнем»). [ 18 ] [ 9 ]
Имя собственное
[ редактировать ]Название Ensifer было опубликовано в 1982 году, а название Sinorhizobium - в 1988 году, поэтому последнее считается более поздним синонимом, а по правилам Бактериологического кодекса (пересмотр 1990 года) Международного комитета по систематике прокариотов (ICSP) более старый имя ( Ensifer ) имеет приоритет. [ 27 ] В ответ на просьбу о единственного существующего вида Ensifer ( Ensifer adhaerens переносе ) в Sinorhizobium , для оценки запроса был сформирован специальный подкомитет ICSP. В конечном итоге было решено, что Ensifer сохранит приоритет и что все виды Sinorhizobium будут переведены в род Ensifer . [ 28 ] [ 29 ] Однако оба термина продолжают использоваться в опубликованной научной литературе, причем Sinorhizobium . более распространенным является [ 30 ]
Устаревшие виды
[ редактировать ]Были описаны два вида, которые с тех пор были реклассифицированы в существующие виды: Sinorhizobium morelense (ныне Ensifer adhaerens ). [ 27 ] [ 31 ] и Sinorhizobium xinjiangense (ныне Ensifer fredii [ 32 ] [ 33 ] - хотя существуют некоторые разногласия [ 16 ] [ 34 ] ).
Филогения
[ редактировать ]Принятая в настоящее время таксономия основана на Списке названий прокариот, имеющих номенклатуру (LPSN). [ 18 ] [ 19 ] Следующая филогения основана на полногеномном анализе. [ 35 ]
Эта филогения основана на ограниченном анализе 16S рибосомальной РНК . [ 35 ]
| |||||||||||||||||||||||||||||||
Ссылки
[ редактировать ]- ^ Перейти обратно: а б Огасавара М., Сузуки Т., Муто И., Аннапурна К., Арора Н.К., Нисимура Ю., Махешвари Д.К. (2003). « Sinorhizobium indiaense sp. nov. и Sinorhizobium abri sp. nov., выделенные из тропических бобовых, Sesbania rostrata и Abrus precatorius соответственно». Симбиоз . 34 (1): 53–68.
- ^ Перейти обратно: а б с д и Поскольку ни один типовой штамм не был представлен в международные коллекции культур, в настоящее время они не признаны действительными видами.
- ^ Перейти обратно: а б Касида Л.Е. (1982). « Ensifer adhaerens gen. nov., sp. nov.: бактериальный хищник бактерий в почве» . Int J Syst Bacteriol . 32 (3): 339–345. дои : 10.1099/00207713-32-3-339 .
- ^ Толедо I, Льорет Л, Мартинес-Ромеро Э (март 2003 г.). « Sinorhizobium americanus sp. nov., новый вид Sinorhizobium, образующий клубеньки местных Acacia видов в Мексике». Систематическая и прикладная микробиология . 26 (1): 54–64. дои : 10.1078/072320203322337317 . ПМИД 12747410 .
- ^ Перейти обратно: а б Ник Дж., де Лажуди П., Эрдли Б.Д., Суомалайнен С., Паулин Л., Чжан Х., Гиллис М., Линдстрем К. (октябрь 1999 г.). « Sinorhizobium arboris sp. nov. и Sinorhizobium kostiense sp. nov., выделенные из бобовых деревьев в Судане и Кении» . Международный журнал систематической бактериологии . 49 (Часть 4): 1359–68. дои : 10.1099/00207713-49-4-1359 . ПМИД 10555313 .
- ^ Ле Кере А., Так Н., Гелот Х.С., Лавир С., Мейер Т., Шапульо Д., Рати С., Сакруи И., Роча Г., Ромер М., Северак Д. (2017). «Геномная характеристика Ensifer aridi , предлагаемого нового вида азотфиксирующих ризобий, извлеченного из азиатских, африканских и американских пустынь» . БМК Геномика . 18 (1): 85. дои : 10.1186/s12864-016-3447-y . ПМЦ 5237526 . ПМИД 28088165 .
- ^ Роча Г., Ле Кер А., Медина А., Куэльяр А., Контрерас Х.Л., Каррено Р., Бустильос Р., Муньос-Рохас Х., Вильегас М.Д., Шейнтрей С., Дрейфус Б., Муниве Х.А. (2020). «Разнообразие и фенотипический анализ соле- и жароустойчивой дикой фасоли Phaseolus filiformis rhizobia, произрастающей на песчаном пляже в Нижней Калифорнии, и описание Ensifer aridi sp. nov» . Арка Микробиол . 202 (2): 309–322. дои : 10.1007/s00203-019-01744-7 . ПМК 7012998 . ПМИД 31659382 .
- ^ Ринкон-Росалес Р., Льорет Л., Понсе Э., Мартинес-Ромеро Э. (январь 2009 г.). «Ризобии с различной эффективностью симбиоза образуют клубеньки у Acaciella angustissima в Мексике, включая Sinorhizobium chiapanecum sp. nov., который имеет общие симбиотические гены с Sinorhizobium mexicanum » . ФЭМС Микробиология Экология . 67 (1): 103–17. дои : 10.1111/j.1574-6941.2008.00590.x . ПМК 2784085 . ПМИД 19120461 .
- ^ Перейти обратно: а б Чен WX, Ян GH, Ли JL (1988). «Численное таксономическое исследование быстрорастущих ризобий сои и предложение отнести fredii Rhizobium к Sinorhizobium gen. nov» . Int J Syst Bacteriol . 38 (4): 392–397. дои : 10.1099/00207713-38-4-392 .
- ^ Перейти обратно: а б Ян Х, Ян Дж, Суй XH, Ван ET, Чен WX, Чжан XX, Чен ВФ (апрель 2016 г.). « Ensifer глицинис sp. nov., новый вид ризобий, связанный с Glycine spp» . Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 60 (Часть 3): 2910–6. дои : 10.1099/ijsem.0.001120 . ПМИД 27125987 .
- ^ Мерабет С, Мартенс М, Махдхи М, Захия Ф, Си А, Ле Ру С, Домерг О, Купман Р, Бекки А, Марс М, Виллемс А, де Лажуди П (март 2010 г.). «Анализ мультилокусной последовательности изолятов корневых клубеньков Lotus arabicus (Сенегал), Lotus creticus , Argyrolobium uniflorum и Medicago sativa (Тунис) и описание Ensifer numidicus sp. nov. и Ensifer garamanticus sp. nov.» . Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 60 (Часть 3): 664–74. дои : 10.1099/ ijs.0.012088-0 hdl : 1854/LU-936490 . ПМИД 19656922 .
- ^ Вэй Г.Х., Ван Э.Т., Тан З.Ю., Чжу МЭ, Чен В.С. (ноябрь 2002 г.). « Rhizobium indigoferae sp. nov. и Sinorhizobium kummerowiae sp. nov., выделенные соответственно из Indigofera видов и Kummerowia stipulacea » . Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 52 (Часть 6): 2231–9. дои : 10.1099/00207713-52-6-2231 . ПМИД 12508892 .
- ^ Рим С., Фернандес член парламента, Брюнель Б., Норманд П., Клейет-Марел Дж.К. (октябрь 1996 г.). « Sinorhizobium medicae sp. nov., выделенный из однолетних видов Medicago » . Международный журнал систематической бактериологии . 46 (4): 972–80. дои : 10.1099/00207713-46-4-972 . ПМИД 8863426 .
- ^ Перейти обратно: а б с де Лажуди П., Виллемс А., Пот Б., Деветтинк Д., Маэстрохуан Г., Нейра М., Коллинз М.Д., Дрейфус Б., Керстерс К., Гиллис М. (1994). «Полифазная таксономия ризобий: исправление рода Sinorhizobium и описание Sinorhizobium meliloti comb. nov., Sinorhizobium saheli sp. nov. и Sinorhizobium teranga sp. nov.» . Int J Syst Bacteriol . 44 (4): 715–733. дои : 10.1099/00207713-44-4-715 .
- ^ Льорет Л., Ормено-Оррильо Э., Корнер Р., Мартинес-Ромеро Дж., Рогель-Эрнандес М.А., Мартинес-Ромеро Э. (июнь 2007 г.). « Ensifer mexicanus sp. nov., новый вид клубеньковой Acacia angustissima (Mill.) Kuntze в Мексике» Систематическая и прикладная микробиология . 30 (4): 280–90. дои : 10.1016/j.syapm.2006.12.002 . ПМИД 17293074 .
- ^ Перейти обратно: а б с Ван Ю.К., Ван Ф., Хоу BC, Ван Э.Т., Чен В.Ф., Суй XH, Чен WX, Ли Ю, Чжан Ю.Б. (октябрь 2013 г.). «Предложение Ensifer psoraleae sp. Nov., Ensifer sesbaniae sp. Nov., Ensifer morelense Comb. Nov. и Ensifer americanum Comb. Nov.». Систематическая и прикладная микробиология . 36 (7): 467–73. дои : 10.1016/j.syapm.2013.05.001 . ПМИД 23759600 .
- ^ Ли QQ, Ван ET, Чанг YL, Чжан YZ, Чжан ЮМ, Суй XH, Чен ВФ, Чен WX (август 2011 г.). « Ensifer sojae sp. nov., выделенный из корневых клубеньков Glycine max, выращенных на солончако-щелочных почвах». Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 61 (Часть 8): 1981–8. дои : 10.1099/ijs.0.025049-0 . ПМИД 20851917 .
- ^ Перейти обратно: а б с Эузеби Ж.П. « Синоризобиум » . Список названий прокариот, имеющих номенклатуру (LPSN) . Проверено 2 мая 2012 г.
- ^ Перейти обратно: а б с Эузеби Ж.П. « Энсифер » . Список названий прокариот, имеющих номенклатуру (LPSN) . Проверено 2 мая 2012 г.
- ^ Балквилл Д.Л. (2005). Энсифер 343 Касида 1982, вице-президент В Бреннер Д.Д. , Криг Н.Р., Гаррити Г.М., Стейли Дж.Т., Бун Д.Р., Де Вос П., Гудфеллоу М., Рейни Ф.А., Шлейфер К.Х. (ред.). Руководство Берги по систематической бактериологии, Том второй: Протеобактерии, Часть C: Альфа-, бета-, дельта- и эпсилонпротеобактерии . Нью-Йорк, Нью-Йорк: Springer, стр. . doi : 10.1007 /0-387-29298-5_87 . 354–361 978-0-387-24145-6 .
- ^ Куйкендалл Л.Д., Хашем FM, Ван Э.Т. (2005). Sinorhizobium . Chen, Yan and Li 1988b, 396 вице-президент исправить. В Brenner DJ, Krieg NR, Garrity GM, Staley JT, Boone DR, De Vos P, Goodfellow M, Rainey FA , Schleifer KH ( редакторы ). систематической бактериологии, том C: Альфа-, бета- и эпсилонпротеобактерии стр . 5_88 Йорк : , Нью- ISBN . 978-0-387-24145-6 .
- ^ Галиберт Ф., Финан Т.М., Лонг С.Р., Пулер А., Абола П., Ампе Ф. и др. (июль 2001 г.). «Композитный геном симбионта бобовых Sinorhizobium meliloti ». Наука . 293 (5530): 668–72. дои : 10.1126/science.1060966 . ПМИД 11474104 . S2CID 18580010 .
- ^ «Страница генома NCBI Sinorhizobium meliloti » . Национальный центр биотехнологической информации (NCBI).
- ^ «Страница генома NCBI Sinorhizobium medicae » . Национальный центр биотехнологической информации (NCBI).
- ^ Шмайссер К, Лизеганг Х, Крыщак Д, Бакку Н, Ле Кере А, Воллхерр А, Хайнемейер И, Моргенштерн Б, Поммеренинг-Рёзер А, Флорес М, Паласиос Р, Бреннер С, Готшальк Г, Шмитц Р.А., Бротон В.Дж., Перре Икс , Strittmatter AW, Streit WR (июнь 2009). « Штамм Rhizobium sp. NGR234 обладает замечательным количеством систем секреции» . Прикладная и экологическая микробиология . 75 (12): 4035–45. Бибкод : 2009ApEnM..75.4035S . дои : 10.1128/АЕМ.00515-09 . ПМЦ 2698369 . ПМИД 19376903 .
- ^ «Страница генома NCBI Sinorhizobium fredii » . Национальный центр биотехнологической информации (NCBI).
- ^ Перейти обратно: а б Молодой Дж.М. (ноябрь 2003 г.). «Название рода Ensifer Casida 1982 имеет приоритет над Sinorhizobium Chen et al . 1988, а morelense Wang al . 2002 является более поздним синонимом Ensifer Casida adhaerens Sinorhizobium et 2003, законным запросом мнения » Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 53 (Часть 6): 2107–10. дои : 10.1099/ ijs.0.02665-0 ПМИД 14657154 .
- ^ Линдстрем К., Мартинес-Ромеро М.Э. (2002). «Подкомитет Международного комитета по систематике прокариот по таксономии Agrobacterium и Rhizobium . Протокол заседания, 4 июля 2001 г., Гамильтон, Канада» . Int J Syst Bacteriol . 52 (6): 2337. doi : 10.1099/ijs.0.02524-0 .
- ^ Судебная комиссия Международного комитета по систематике прокариот (август 2008 г.). «Название рода Sinorhizobium Chen et al . 1988 является более поздним синонимом Ensifer Casida 1982 и не сохраняется по сравнению с последним названием рода, а видовое название Sinorhizobium adhaerens не опубликовано. Мнение 84» . Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 58 (Часть 8): 1973. doi : 10.1099/ijs.0.2008/005991-0 . ПМИД 18676490 .
- ^ Молодой JPW. (9 февраля 2013 г.). «Ризобиум: Пишем о бактериях и их геномах» . WordPress .
- ^ Ван Э.Т., Тан З.Ю., Виллемс А., Фернандес-Лопес М., Рейнхольд-Хурек Б., Мартинес-Ромеро Э. (сентябрь 2002 г.). « Sinorhizobium morelense sp. nov., бактерия, ассоциированная с Leucaena leucocephala , обладающая высокой устойчивостью к множеству антибиотиков». Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 52 (Часть 5): 1687–93. дои : 10.1099/ijs.0.01954-0 . hdl : 10261/109835 . ПМИД 12361275 .
- ^ Пэн GX, Тан ZY, Ван ET, Рейнхольд-Хурек Б, Чен ВФ, Чен WX (март 2002 г.). «Идентификация изолятов из клубеньков сои в Синьцзянском регионе как Sinorhizobium xinjiangense и генетическая дифференциация S. xinjiangense от Sinorhizobium fredii » . Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 52 (Часть 2): 457–62. дои : 10.1099/00207713-52-2-457 . ПМИД 11931157 .
- ^ Мартенс М., Давиндт П., Купман Р., Гиллис М., Де Вос П., Виллемс А. (январь 2008 г.). «Преимущества анализа мультилокусных последовательностей для таксономических исследований: тематическое исследование с использованием 10 генов домашнего хозяйства рода Ensifer (включая бывший Sinorhizobium )» . Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 58 (Часть 1): 200–14. дои : 10.1099/ijs.0.65392-0 . ПМИД 18175710 .
- ^ Мартенс М., Делар М., Купман Р., Де Вос П., Гиллис М., Виллемс А. (март 2007 г.). «Анализ мультилокусных последовательностей Ensifer и родственных таксонов» . Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 57 (Часть 3): 489–503. дои : 10.1099/ijs.0.64344-0 . ПМИД 17329774 .
- ^ Перейти обратно: а б Хёрдт, Антон; Лопес, Марина Гарсия; Мейер-Колтхофф, Ян П.; Шлейнинг, Марсель; Вайнхольд, Лиза-Мария; Тиндалл, Брайан Дж.; Гронов, Сабина; Кирпидес, Никос К.; Войке, Таня; Гёкер, Маркус (7 апреля 2020 г.). «Анализ более 1000 геномов типовых штаммов существенно улучшает таксономическую классификацию альфапротеобактерий» . Границы микробиологии . 11 : 468. дои : 10.3389/fmicb.2020.00468 . ПМЦ 7179689 . ПМИД 32373076 .