SLBP

SLBP
Доступные структуры
ПДБ	Поиск ортологов: PDBe RCSB
showСписок идентификационных кодов PDB
	2KJM, 4QOZ
Идентификаторы
Псевдонимы	SLBP , HBP, белок, связывающий стебель-петлю
Внешние идентификаторы	Опустить : 602422 ; МГИ : 108402 ; Гомологен : 31389 ; GeneCards : SLBP ; ОМА : SLBP — ортологи
showМестоположение гена ( человек )
Chr.	Chromosome 4 (human)
End	1,712,344 bp
showМестоположение гена ( Мышь )
Chr.	Chromosome 5 (mouse)
End	33,809,918 bp
show экспрессии РНК Характер
	Top expressed in
	oocyte; ; secondary oocyte; ; right testis; ; left testis; ; bone marrow; ; parotid gland; ; ganglionic eminence; ; ventricular zone; ; gonad; ; retinal pigment epithelium;
	Top expressed in
	zygote; ; spermatocyte; ; tail of embryo; ; embryo; ; embryo; ; ventricular zone; ; spermatid; ; morula; ; genital tubercle; ; blastocyst;
	More reference expression data
	More reference expression data
showГенная онтология
Molecular function	histone pre-mRNA DCP binding; histone pre-mRNA stem-loop binding; protein binding; mRNA binding; RNA binding; identical protein binding;
Cellular component	cytoplasm; histone pre-mRNA 3'end processing complex; nucleoplasm; nucleus; nucleolus; cytosol; ribonucleoprotein complex;
Biological process	termination of RNA polymerase II transcription; mRNA transport; mRNA 3'-end processing by stem-loop binding and cleavage; mRNA processing; mRNA export from nucleus; nuclear DNA replication; histone mRNA metabolic process; cell cycle phase transition;
	Sources:Amigo / QuickGO
hideОртологи
	7884
	20492
	ENSG00000163950
	ENSMUSG00000004642
	Q14493 ; Q53XR2
	P97440
	НМ_001306074 ; НМ_001306075 ; НМ_006527
	НМ_001289724 ; НМ_001289725 ; НМ_009193
	НП_001293003 ; НП_001293004 ; НП_006518 ; НП_006518.1
	НП_001276653 ; НП_001276654 ; НП_033219
	Викиданные
Просмотр/редактирование человека	Просмотр/редактирование мыши

Белок, связывающий шпильку гистоновой РНК , или белок, связывающий стволовую петлю (SLBP), представляет собой белок , который у человека кодируется SLBP геном . ^[5]^[6]^[7]

Распространение видов

SLBP был клонирован от человека, C. elegans , D. melanogaster , X. laevis и морских ежей . Полноразмерный человеческий белок содержит 270 аминокислот (31 кДа) с центрально расположенным РНК-связывающим доменом (RBD). RBD из 75 аминокислот хорошо консервативен у разных видов, однако остальная часть SLBP сильно различается у большинства организмов и не гомологична никакому другому белку в геномах эукариот.

Функция

Этот ген кодирует белок , который связывается со структурой «стебель-петля» 3'-UTR гистона в репликационно -зависимых гистонов мРНК . мРНК гистонов не содержат интронов или сигналов полиаденилирования и процессируются в результате единственного события эндонуклеолитического расщепления ниже стволовой петли. Структура «стебель-петля» необходима для эффективного процессинга пре-мРНК гистонов, но эта структура также контролирует транспорт, трансляцию и стабильность мРНК гистонов. SLBP Экспрессия регулируется во время S-фазы клеточного цикла , увеличиваясь более чем в 10 раз во второй части G1 .

Все белки SLBP способны образовывать высокостабильный комплекс с РНК «стебель-петля» гистонов. Образование комплекса с гистоновой мРНК «стебель-петля» достигается за счет нового трехспирального сгиба пучка. Белки SLBP также распознают тетрапетлевую структуру шпильки гистонов, основания стебля и 5'-фланкирующую область. Кристаллическая структура человеческого SLBP в комплексе с РНК «стебель-петля», а также с экзонуклеазой Eri1 показывает, что остаток Arg181 SLBP специфически взаимодействует со вторым гуаниновым основанием в стебле РНК. ^[8] Остальная часть белка у плодовых мух, как и у человека, внутренне неупорядочена. Уникальной особенностью SLBP RBD является то, что он фосфорилирован в своем РНК-связывающем домене по остатку Thr171. SLBP RBD также подвергается изомеризации пролина вокруг этой последовательности и является субстратом для пролилиизомеразы Pin1. N -концевой домен SLBP человека необходим для активации трансляции мРНК гистонов посредством его взаимодействия с SLIP1. SLBP также взаимодействует с ассоциированным с CBP80 белком CTIF, способствуя быстрой деградации мРНК гистонов. SLBP представляет собой фосфопротеин и, помимо Т171, он также фосфорилируется по Ser7, Ser20, Ser23, Thr60, Thr61 в клетках млекопитающих. Фосфорилирование Thr60 опосредовано CK2, а Thr61 — циклином A / Cdk1 . ^[7]

Ссылки

^ Jump up to: ^а ^б ^с GRCh38: Версия Ensembl 89: ENSG00000163950 – Ensembl , май 2017 г.
^ Jump up to: ^а ^б ^с GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000004642 – Ensembl , май 2017 г.
^ «Ссылка на Human PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
^ «Ссылка на Mouse PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
^ Мартин Ф., Шаллер А., Эглите С., Шумперли Д., Мюллер Б. (март 1997 г.). «Ген белка, связывающего шпильку гистоновой РНК, расположен на хромосоме 4 человека и кодирует новый тип РНК-связывающего белка» . ЭМБО Дж . 16 (4): 769–78. дои : 10.1093/emboj/16.4.769 . ПМК 1169678 . ПМИД 9049306 .
^ МакКомби В.Р., Мартин-Галлардо А., Гокейн Дж.Д., Фитцджеральд М., Дубник М., Келли Дж.М., Кастилья Л., Лю Л.И., Уоллес С., Трапп С. (август 1992 г.). «Экспрессируемые гены, повторы Alu и полиморфизмы в космидах, секвенированных из хромосомы 4p16.3». Природная генетика . 1 (5): 348–53. дои : 10.1038/ng0892-348 . ПМИД 1338771 . S2CID 6716635 .
^ Jump up to: ^а ^б «Ген Энтрез: белок, связывающий стебель-петлю (гистон) SLBP» .
^ Дажи Тан; Уильям Ф. Марзлафф; Збигнев Доминский; Лян Тонг (январь 2013 г.). «Структура стволовой петли мРНК гистонов, белка, связывающего стебельковую петлю человека, и тройного комплекса 3'hExo» . Наука . 339 (6117): 318–321. дои : 10.1126/science.1228705 . ПМЦ 3552377 . ПМИД 23329046 .

Дальнейшее чтение

Чхве Дж, Ми Ким К, Пак С, Кён Ли Й, Сон ОК, Ким МК, Ли БГ, Сон ХК, Ким ЙК (2013). «Быстрая деградация зависимых от репликации мРНК гистонов в основном происходит на мРНК, связанных белками, связывающими ядерный кэп 80 и 20» . Исследования нуклеиновых кислот . 41 (2): 1307–1318. дои : 10.1093/nar/gks1196 . ПМЦ 3553978 . ПМИД 23234701 .
Бансал Н., Чжан М., Бхаскар А., Итотия П., Ли Э., Шляхтенко Л.С., Лам Т.Т., Фриц А., Березней Р., Любченко Ю.Л., Стаффорд В.Ф., Тапар Р. (январь 2013 г.). «Сборка комплекса SLIP1-SLBP на мРНК гистонов требует гетеродимеризации и последовательного связывания SLBP с последующим SLIP1» . Биохимия . 52 (3): 520–536. дои : 10.1021/bi301074r . ПМК 3580866 . ПМИД 23286197 .
Мартин Л., Мейер М., Лайонс С.М., Сит Р.В., Марзлафф В.Ф., Quake SR, Чанг ХИ (декабрь 2012 г.). «Систематическая реконструкция функциональных мотивов РНК с помощью высокопроизводительной микрофлюидики» . Природные методы . 9 (12): 1192–4. дои : 10.1038/nmeth.2225 . ПМК 3863600 . ПМИД 23142872 .
Кришнан Н., Лам Т.Т., Фриц А., Ремпински Д., О'Локлин К., Миндерман Х., Березни Р., Марзлафф В.Ф., Тапар Р. (ноябрь 2012 г.). «Пролилизомераза Pin1 нацелена на белок, связывающий стебель-петлю (SLBP), чтобы диссоциировать комплекс мРНК SLBP-гистон, связывающий распад мРНК гистонов с убиквитинированием SLBP» . Мол. Клетка. Биол . 32 (21): 4306–22. дои : 10.1128/MCB.00382-12 . ПМЦ 3486140 . ПМИД 22907757 .
Чжан М., Лам Т.Т., Тонелли М., Марзлафф В.Ф., Тапар Р. (апрель 2012 г.). «Взаимодействие шпильки мРНК гистонов с белком, связывающим стебель-петлю (SLBP), и регуляция комплекса SLBP-РНК путем фосфорилирования и изомеризации пролина» . Биохимия . 51 (15): 3215–31. дои : 10.1021/bi2018255 . ПМЦ 3328597 . ПМИД 22439849 .
Борчерс Ч., Тапар Р., Петротченко Е.В., Торрес М.П., Спейр Дж.П., Истерлинг М., Домински З., Марзлафф В.Ф. (февраль 2006 г.). «Комбинированная протеомика сверху вниз и снизу вверх идентифицирует сайт фосфорилирования в белках, связывающих стебель-петлю, который способствует высокоаффинному связыванию РНК» . Учеб. Натл. акад. наук. США . 103 (9): 3094–9. Бибкод : 2006PNAS..103.3094B . дои : 10.1073/pnas.0511289103 . ПМЦ 1413926 . ПМИД 16492733 .
Тапар Р., Марзлафф В.Ф., Рединбо М.Р. (июль 2004 г.). «Электростатический вклад фосфорилирования серина в комплекс мРНК SLBP-гистон дрозофилы». Биохимия . 43 (29): 9401–12. дои : 10.1021/bi036315j . ПМИД 15260483 .
Тапар Р., Мюллер Г.А., Марзлафф В.Ф. (июль 2004 г.). «N-концевой домен белка, связывающего мРНК гистонов дрозофилы, SLBP, по своей природе неупорядочен и имеет зарождающуюся спиральную структуру». Биохимия . 43 (29): 9390–400. дои : 10.1021/bi036314r . ПМИД 15260482 .
Ван З.Ф., Уитфилд М.Л., Ингледью Т.К., Домински З., Марзлафф В.Ф. (декабрь 1996 г.). «Белок, который связывает 3'-конец мРНК гистонов: новый РНК-связывающий белок, необходимый для процессинга пре-мРНК гистонов» . Генс Дев . 10 (23): 3028–40. дои : 10.1101/gad.10.23.3028 . ПМИД 8957003 .
Домински З., Чжэн Л.К., Санчес Р., Марзлафф В.Ф. (май 1999 г.). «Белок, связывающий стебель-петлю, облегчает образование 3'-конца путем стабилизации связывания мяРНП U7 с пре-мРНК гистонов» . Мол. Клетка. Биол . 19 (5): 3561–70. дои : 10.1128/mcb.19.5.3561 . ПМК 84148 . ПМИД 10207079 .
Уитфилд М.Л., Чжэн Л.К., Болдуин А., Охта Т., Хёрт М.М., Марзлафф В.Ф. (июнь 2000 г.). «Белок, связывающий стебель-петлю, белок, который связывает 3'-конец мРНК гистонов, регулируется как трансляционным, так и посттрансляционным механизмом клеточного цикла» . Мол. Клетка. Биол . 20 (12): 4188–98. дои : 10.1128/MCB.20.12.4188-4198.2000 . ПМЦ 85788 . ПМИД 10825184 .
Домински З., Эркманн Дж.А., Гренландия Дж.А., Марзлафф В.Ф. (март 2001 г.). «Мутации в РНК-связывающем домене белка, связывающего стебель-петлю, определяют отдельные требования для связывания РНК и процессинга пре-мРНК гистонов» . Мол. Клетка. Биол . 21 (6): 2008–17. дои : 10.1128/MCB.21.6.2008-2017.2001 . ПМК 86798 . ПМИД 11238936 .
Аллард П., Шампиньи М.Дж., Скоггард С., Эркманн Дж.А., Уитфилд М.Л., Марзлафф В.Ф., Кларк Х.Дж. (декабрь 2002 г.). «Белок, связывающий стебель-петлю, накапливается во время созревания ооцита и не регулируется клеточным циклом у ранних эмбрионов мыши» . Дж. Клеточная наука . 115 (Часть 23): 4577–86. дои : 10.1242/jcs.00132 . ПМК 5115915 . ПМИД 12415002 .
Чжэн Л., Домински З., Ян XC, Элмс П., Раска К.С., Борчерс CH, Марзлафф В.Ф. (март 2003 г.). «Фосфорилирование белка, связывающего стволовую петлю (SLBP) на двух треонинах, запускает деградацию SLBP, единственного фактора, регулируемого клеточным циклом, необходимого для регуляции процессинга мРНК гистонов, в конце S-фазы» . Мол. Клетка. Биол . 23 (5): 1590–601. дои : 10.1128/MCB.23.5.1590-1601.2003 . ПМК 151715 . ПМИД 12588979 .
Косеоглу М.М., Грейвс Л.М., Марзлафф В.Ф. (июль 2008 г.). «Фосфорилирование треонина 61 циклином a/Cdk1 запускает деградацию белка, связывающего стебель-петлю, в конце S-фазы» . Мол. Клетка. Биол . 28 (14): 4469–79. дои : 10.1128/MCB.01416-07 . ПМК 2447125 . ПМИД 18490441 .
Санчес Р., Марзлафф В.Ф. (октябрь 2002 г.). «Белок, связывающий стебель-петлю, необходим для эффективной трансляции мРНК гистонов in vivo и in vitro» . Мол. Клетка. Биол . 22 (20): 7093–104. дои : 10.1128/mcb.22.20.7093-7104.2002 . ПМК 139811 . ПМИД 12242288 .
Чжао X, МакКиллоп-Смит С., Мюллер Б. (декабрь 2004 г.). «Регулятор экспрессии гена гистонов человека HBP/SLBP необходим для синтеза гистонов и ДНК, развития клеточного цикла и пролиферации клеток в митотических клетках» . Дж. Клеточная наука . 117 (Часть 25): 6043–51. дои : 10.1242/jcs.01523 . ПМИД 15546920 .
Эркманн Дж.А., Вагнер Э.Дж., Донг Дж., Чжан Ю., Кутай Ю., Марзлуфф В.Ф. (июнь 2005 г.). «Ядерный импорт белка, связывающего стебель-петлю, и локализация во время клеточного цикла» . Мол. Биол. Клетка . 16 (6): 2960–71. дои : 10.1091/mbc.E04-11-1023 . ПМЦ 1142439 . ПМИД 15829567 .

[refGRCh38Ensembl-1] Jump up to: ^а ^б ^с GRCh38: Версия Ensembl 89: ENSG00000163950 – Ensembl , май 2017 г.

[refGRCm38Ensembl-2] Jump up to: ^а ^б ^с GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000004642 – Ensembl , май 2017 г.

[3] «Ссылка на Human PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .

[4] «Ссылка на Mouse PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .

[pmid9049306-5] Мартин Ф., Шаллер А., Эглите С., Шумперли Д., Мюллер Б. (март 1997 г.). «Ген белка, связывающего шпильку гистоновой РНК, расположен на хромосоме 4 человека и кодирует новый тип РНК-связывающего белка» . ЭМБО Дж . 16 (4): 769–78. дои : 10.1093/emboj/16.4.769 . ПМК 1169678 . ПМИД 9049306 .

[pmid1338771-6] МакКомби В.Р., Мартин-Галлардо А., Гокейн Дж.Д., Фитцджеральд М., Дубник М., Келли Дж.М., Кастилья Л., Лю Л.И., Уоллес С., Трапп С. (август 1992 г.). «Экспрессируемые гены, повторы Alu и полиморфизмы в космидах, секвенированных из хромосомы 4p16.3». Природная генетика . 1 (5): 348–53. дои : 10.1038/ng0892-348 . ПМИД 1338771 . S2CID 6716635 .

[entrez-7] Jump up to: ^а ^б «Ген Энтрез: белок, связывающий стебель-петлю (гистон) SLBP» .

[pmid23329046-8] Дажи Тан; Уильям Ф. Марзлафф; Збигнев Доминский; Лян Тонг (январь 2013 г.). «Структура стволовой петли мРНК гистонов, белка, связывающего стебельковую петлю человека, и тройного комплекса 3'hExo» . Наука . 339 (6117): 318–321. дои : 10.1126/science.1228705 . ПМЦ 3552377 . ПМИД 23329046 .

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]

[8]