Перемежающийся повтор на уровне млекопитающих

Вкрапляющиеся повторы млекопитающих (MIR) являются мобильными элементами в геномах некоторых организмов и относятся к группе коротких вкрапленных ядерных элементов (SINE) .

Заболеваемость

MIR обнаружены у всех млекопитающих (включая сумчатых ). ^{[ 1 ]}

В человеческом

По оценкам, в геноме человека имеется около 368 000 MIR . ^{[ 2 ]}

Структура

MIR Консенсусная последовательность имеет длину 260 пар оснований и имеет A/T-богатый 3'-конец. ^{[ 1 ]}

Распространение

Как и другие короткие вкрапленные ядерные элементы (SINE) , элементы MIR использовали механизм элементов LINE для своего распространения в геноме, что произошло около 130 миллионов лет назад. Они больше не могут ретротранспонировать из-за потери активности необходимой обратной транскриптазы . ^{[ 3 ]}

История открытия

Элементы MIR впервые были описаны в геноме человека в 1989-1991 гг. ^{[ 4 ]}^{[ 5 ]}^{[ 6 ]} и впервые были названы повторами семейства MB1 (зеркало последовательностей мышиного повтора B1). Затем повторы этого семейства были обнаружены и в геномах других млекопитающих. ^{[ 7 ]} Затем в 1992 году это семейство было переименовано в «Повторы с вкраплениями млекопитающих». ^{[ 8 ]} Позднее было показано, что это семейство является общим для геномов позвоночных. ^{[ 9 ]}

Ссылки

^ Jump up to: ^а ^б Смит, Ариан Ф.А.; Риггс, Артур Д. (1995). «MIR — это классические SINE, полученные из тРНК, которые амплифицировались до облучения млекопитающих» . Исследования нуклеиновых кислот . 23 (1): 98–102. дои : 10.1093/нар/23.1.98 . ПМК 306635 . ПМИД 7870595 .
^ Лендер; и др. (2001). «Первичное секвенирование и анализ генома человека» (PDF) . Природа . 409 (6822): 860–921. Бибкод : 2001Natur.409..860L . дои : 10.1038/35057062 . ПМИД 11237011 .
^ Крулл, М; Петрусма, М; Макаловский, В; Брозиус, Дж; Шмитц, Дж. (август 2007 г.). «Функциональная персистенция экзонизированных повторяющихся элементов (MIR) на уровне млекопитающих» . Геномные исследования . 17 (8): 1139–45. дои : 10.1101/гр.6320607 . ЧВК 1933517 . ПМИД 17623809 .
^ Донхауэр, Лоуренс А.; Слэгл, Бетти Л.; Уайльд, Маргарет; Дарлингтон, Гретхен; Бутель, Джанет С. (1989). «Идентификация консервативной последовательности в некодирующих областях многих генов человека» . Исследования нуклеиновых кислот . 17 (2): 699–722. дои : 10.1093/нар/17.2.699 . ПМК 331613 . ПМИД 2536922 .
^ Коротков, Евгений Васильевич (1990). «Семейство зеркальных B1-подобных последовательностей из генома человека». Докл. Акад. Наук СССР . 311 (1): 238–242. ПМИД 2357927 .
^ Коротков, Евгений Васильевич (1991). «Новое семейство широко распространенных повторов MB1 в геноме человека». Мол Биол (Моск) (на русском языке). 25 (1): 250–263. ПМИД 1896037 .
^ Коротков, Евгений Васильевич (1992). «Семейство повторов MB1 в клонах геномов млекопитающих». Изв Акад Наук Биол СССР . Июль – август (4): 546–557. ПМИД 1452902 .
^ Юрка, Ежи; Валикевич, Иоланта; Милосавлевич, Александр (октябрь 1992 г.). «Прототипические последовательности повторяющейся ДНК человека». Журнал молекулярной эволюции . 35 (4): 286–291. Бибкод : 1992JMolE..35..286J . дои : 10.1007/BF00161166 . ПМИД 1404414 . S2CID 22946894 .
^ Коротков Евгений Владимирович; Короткова Мария Александровна; Руденко, Валентина М. (2000). «МИР - семейство повторов, общих для геномов позвоночных». Мол Биол (Моск) (на русском языке). 34 (4): 553–559. дои : 10.1007/BF02759556 . ПМИД 11042848 . S2CID 9524833 .

[Smit-1] Jump up to: ^а ^б Смит, Ариан Ф.А.; Риггс, Артур Д. (1995). «MIR — это классические SINE, полученные из тРНК, которые амплифицировались до облучения млекопитающих» . Исследования нуклеиновых кислот . 23 (1): 98–102. дои : 10.1093/нар/23.1.98 . ПМК 306635 . ПМИД 7870595 .

[2] Лендер; и др. (2001). «Первичное секвенирование и анализ генома человека» (PDF) . Природа . 409 (6822): 860–921. Бибкод : 2001Natur.409..860L . дои : 10.1038/35057062 . ПМИД 11237011 .

[Krull-3] Крулл, М; Петрусма, М; Макаловский, В; Брозиус, Дж; Шмитц, Дж. (август 2007 г.). «Функциональная персистенция экзонизированных повторяющихся элементов (MIR) на уровне млекопитающих» . Геномные исследования . 17 (8): 1139–45. дои : 10.1101/гр.6320607 . ЧВК 1933517 . ПМИД 17623809 .

[4] Донхауэр, Лоуренс А.; Слэгл, Бетти Л.; Уайльд, Маргарет; Дарлингтон, Гретхен; Бутель, Джанет С. (1989). «Идентификация консервативной последовательности в некодирующих областях многих генов человека» . Исследования нуклеиновых кислот . 17 (2): 699–722. дои : 10.1093/нар/17.2.699 . ПМК 331613 . ПМИД 2536922 .

[5] Коротков, Евгений Васильевич (1990). «Семейство зеркальных B1-подобных последовательностей из генома человека». Докл. Акад. Наук СССР . 311 (1): 238–242. ПМИД 2357927 .

[6] Коротков, Евгений Васильевич (1991). «Новое семейство широко распространенных повторов MB1 в геноме человека». Мол Биол (Моск) (на русском языке). 25 (1): 250–263. ПМИД 1896037 .

[7] Коротков, Евгений Васильевич (1992). «Семейство повторов MB1 в клонах геномов млекопитающих». Изв Акад Наук Биол СССР . Июль – август (4): 546–557. ПМИД 1452902 .

[8] Юрка, Ежи; Валикевич, Иоланта; Милосавлевич, Александр (октябрь 1992 г.). «Прототипические последовательности повторяющейся ДНК человека». Журнал молекулярной эволюции . 35 (4): 286–291. Бибкод : 1992JMolE..35..286J . дои : 10.1007/BF00161166 . ПМИД 1404414 . S2CID 22946894 .

[9] Коротков Евгений Владимирович; Короткова Мария Александровна; Руденко, Валентина М. (2000). «МИР - семейство повторов, общих для геномов позвоночных». Мол Биол (Моск) (на русском языке). 34 (4): 553–559. дои : 10.1007/BF02759556 . ПМИД 11042848 . S2CID 9524833 .

[ 1 ]

[ 2 ]

[ 3 ]

[ 4 ]

[ 5 ]

[ 6 ]

[ 7 ]

[ 8 ]

[ 9 ]