шляпный транспозон

Транспозоны hAT представляют собой суперсемейство ДНК-транспозонов или мобильных элементов класса II , которые распространены в геномах растений, животных и грибов. ^{[ 1 ]}^{[ 2 ]}^{[ 3 ]}

Номенклатура и классификация

Суперсемейства идентифицируются по общей последовательности ДНК и способности реагировать на одну и ту же транспозазу . ^{[ 1 ]} Общие характеристики транспозонов hAT включают размер 2,5-5 тысяч оснований с короткими терминальными инвертированными повторами и короткими дупликациями фланкирующих целевых сайтов, генерируемыми в процессе транспозиции. ^{[ 3 ]}

Название суперсемейства HAT происходит от трех его членов: элемента hobo от Drosophila melanogaster , элемента Activator или Ac от Zea mays и элемента Tam3 от Antirhinum majus . ^{[ 4 ]} анализа суперсемейство было разделено На основе биоинформатического как минимум на два кластера, определяемых их филогенетическими отношениями: семейство Ac и семейство Buster . ^{[ 1 ]} третья группа под названием Тип . Совсем недавно была описана ^{[ 3 ]}

Члены семьи

Суперсемейство транспозонов hAT включает первый открытый транспозон Ac из Zea mays ( кукуруза ), о котором впервые сообщила Барбара МакКлинток . ^{[ 1 ]}^{[ 5 ]} За это открытие МакКлинток был удостоен Нобелевской премии по физиологии и медицине в 1983 году. ^{[ 6 ]} Семейство также включает подгруппу, известную как космические захватчики или элементы SPIN , которые имеют очень большое количество копий в некоторых геномах и являются одними из наиболее эффективных известных транспозонов. Хотя ни один из существующих активных примеров неизвестен, созданные в лаборатории консенсусные последовательности активных элементов SPIN способны генерировать большое количество копий при введении в клетки широкого спектра видов. ^{[ 1 ]}^{[ 7 ]}

Распределение

Транспозоны hAT широко распространены в эукариот геномах , но активны не во всех организмах. Неактивные последовательности транспозона hAT присутствуют в геномах млекопитающих , включая геном человека ; ^{[ 1 ]} они входят в число семейств транспозонов, которые, как полагают, присутствовали в геноме предков позвоночных . ^{[ 8 ]} Среди млекопитающих геном бурой летучей мыши Myotis lucifugus отличается относительно высоким и недавно приобретенным количеством неактивных транспозонов hAT. ^{[ 1 ]}

Распределение элементов SPIN неоднородно и плохо связано с известными филогенетическими отношениями, что наводит на мысль о том, что эти элементы могли распространяться посредством горизонтального переноса генов . ^{[ 1 ]}^{[ 7 ]}

Одомашнивание

Транспозоны называются экзаптированными или «одомашненными», когда они приобрели функциональные роли в геноме хозяина. Несколько последовательностей, эволюционно связанных с семейством hAT, были обнаружены у различных организмов, включая Homo sapiens . ^{[ 1 ]} Примером может служить семейство генов ZBED , которые кодируют группу регуляторных белков, содержащих цинковые пальцы . ^{[ 9 ]}

Ссылки

^ Jump up to: ^а ^б ^с ^д ^и ^ж ^г ^час ^я Аренсбургер, Питер; Хайс, Роберт Х.; Чжоу, Лицинь; Смит, Райан С.; Том, Ариана С.; Райт, Дженнифер А.; Кнапп, Джошуа; О'Брочта, Дэвид А.; Крейг, Нэнси Л.; Аткинсон, Питер В. (май 2011 г.). «Филогенетическая и функциональная характеристика суперсемейства транспозонов» . Генетика . 188 (1): 45–57. дои : 10.1534/genetics.111.126813 . ПМК 3120152 . ПМИД 21368277 .
^ Кемпкен, Ф; Виндхофер, Ф (апрель 2001 г.). «Семейство HAT: универсальная группа транспозонов, общая для растений, грибов, животных и человека». Хромосома . 110 (1): 1–9. дои : 10.1007/s004120000118 . ПМИД 11398971 . S2CID 1925295 .
^ Jump up to: ^а ^б ^с Россато, Дирлин Оттонелли; Людвиг, Адриана; Депра, Мариндия; Лорето, Эльгион LS; Руис, Альфредо; Валенте, Вера Л.С. (февраль 2014 г.). «BuT2 является членом третьей основной группы транспозонов hAT и участвует в событиях горизонтального переноса у рода Drosophila» . Геномная биология и эволюция . 6 (2): 352–365. дои : 10.1093/gbe/evu017 . ПМЦ 3942097 . ПМИД 24459285 .
^ Рубин, Э; Литвик, Дж; Леви, А.А. (июль 2001 г.). «Структура и эволюция суперсемейства транспозонов hAT» . Генетика . 158 (3): 949–57. дои : 10.1093/генетика/158.3.949 . ПМЦ 1461711 . ПМИД 11454746 .
^ МакКЛИНТОК, Б. (июнь 1950 г.). «Происхождение и поведение мутабельных локусов кукурузы» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 36 (6): 344–55. Бибкод : 1950ПНАС...36..344М . дои : 10.1073/pnas.36.6.344 . ПМЦ 1063197 . ПМИД 15430309 .
^ «Нобелевская премия по физиологии и медицине 1983 года» . Нобелевская премия.org . Проверено 8 сентября 2018 г.
^ Jump up to: ^а ^б Ли, Х.; Юис, Х.; Хайс, Р.Х.; Малани, Н.; Паркер, Н.; Чжоу, Л.; Фешотт, К.; Бушман, Федеральный округ; Аткинсон, П.В.; Крейг, Нидерланды (22 октября 2012 г.). «Мобильный элемент hAT воскресшего млекопитающего и близкородственный элемент насекомого высокоактивны в культуре клеток человека» . Труды Национальной академии наук . 110 (6): E478–E487. дои : 10.1073/pnas.1121543109 . ПМЦ 3568352 . ПМИД 23091042 .
^ Чалопин, Домитиль; Навиль, Магали; Плард, Флориана; Галиана, Дельфина; Вольф, Жан-Николя (февраль 2015 г.). «Сравнительный анализ мобильных элементов подчеркивает разнообразие и эволюцию мобильомов у позвоночных» . Геномная биология и эволюция . 7 (2): 567–580. дои : 10.1093/gbe/evv005 . ПМК 4350176 . ПМИД 25577199 .
^ Хейворд, Александр; Газаль, Авайса; Андерссон, Йоран; Андерссон, Лейф; Джерн, Патрик; Робинсон-Речави, Марк (22 марта 2013 г.). «Эволюция ZBED: многократное использование ДНК-транспозонов в качестве регуляторов разнообразных функций хозяина» . ПЛОС ОДИН . 8 (3): e59940. Бибкод : 2013PLoSO...859940H . дои : 10.1371/journal.pone.0059940 . ПМК 3606216 . ПМИД 23533661 .

[arensburger_2011-1] Jump up to: ^а ^б ^с ^д ^и ^ж ^г ^час ^я Аренсбургер, Питер; Хайс, Роберт Х.; Чжоу, Лицинь; Смит, Райан С.; Том, Ариана С.; Райт, Дженнифер А.; Кнапп, Джошуа; О'Брочта, Дэвид А.; Крейг, Нэнси Л.; Аткинсон, Питер В. (май 2011 г.). «Филогенетическая и функциональная характеристика суперсемейства транспозонов» . Генетика . 188 (1): 45–57. дои : 10.1534/genetics.111.126813 . ПМК 3120152 . ПМИД 21368277 .

[kempken_2001-2] Кемпкен, Ф; Виндхофер, Ф (апрель 2001 г.). «Семейство HAT: универсальная группа транспозонов, общая для растений, грибов, животных и человека». Хромосома . 110 (1): 1–9. дои : 10.1007/s004120000118 . ПМИД 11398971 . S2CID 1925295 .

[rossato_2014-3] Jump up to: ^а ^б ^с Россато, Дирлин Оттонелли; Людвиг, Адриана; Депра, Мариндия; Лорето, Эльгион LS; Руис, Альфредо; Валенте, Вера Л.С. (февраль 2014 г.). «BuT2 является членом третьей основной группы транспозонов hAT и участвует в событиях горизонтального переноса у рода Drosophila» . Геномная биология и эволюция . 6 (2): 352–365. дои : 10.1093/gbe/evu017 . ПМЦ 3942097 . ПМИД 24459285 .

[rubin_2001-4] Рубин, Э; Литвик, Дж; Леви, А.А. (июль 2001 г.). «Структура и эволюция суперсемейства транспозонов hAT» . Генетика . 158 (3): 949–57. дои : 10.1093/генетика/158.3.949 . ПМЦ 1461711 . ПМИД 11454746 .

[mcclintock_1950-5] МакКЛИНТОК, Б. (июнь 1950 г.). «Происхождение и поведение мутабельных локусов кукурузы» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 36 (6): 344–55. Бибкод : 1950ПНАС...36..344М . дои : 10.1073/pnas.36.6.344 . ПМЦ 1063197 . ПМИД 15430309 .

[np_1983-6] «Нобелевская премия по физиологии и медицине 1983 года» . Нобелевская премия.org . Проверено 8 сентября 2018 г.

[li_2012-7] Jump up to: ^а ^б Ли, Х.; Юис, Х.; Хайс, Р.Х.; Малани, Н.; Паркер, Н.; Чжоу, Л.; Фешотт, К.; Бушман, Федеральный округ; Аткинсон, П.В.; Крейг, Нидерланды (22 октября 2012 г.). «Мобильный элемент hAT воскресшего млекопитающего и близкородственный элемент насекомого высокоактивны в культуре клеток человека» . Труды Национальной академии наук . 110 (6): E478–E487. дои : 10.1073/pnas.1121543109 . ПМЦ 3568352 . ПМИД 23091042 .

[chalopin_2015-8] Чалопин, Домитиль; Навиль, Магали; Плард, Флориана; Галиана, Дельфина; Вольф, Жан-Николя (февраль 2015 г.). «Сравнительный анализ мобильных элементов подчеркивает разнообразие и эволюцию мобильомов у позвоночных» . Геномная биология и эволюция . 7 (2): 567–580. дои : 10.1093/gbe/evv005 . ПМК 4350176 . ПМИД 25577199 .

[hayward_2013-9] Хейворд, Александр; Газаль, Авайса; Андерссон, Йоран; Андерссон, Лейф; Джерн, Патрик; Робинсон-Речави, Марк (22 марта 2013 г.). «Эволюция ZBED: многократное использование ДНК-транспозонов в качестве регуляторов разнообразных функций хозяина» . ПЛОС ОДИН . 8 (3): e59940. Бибкод : 2013PLoSO...859940H . дои : 10.1371/journal.pone.0059940 . ПМК 3606216 . ПМИД 23533661 .

[ 1 ]

[ 2 ]

[ 3 ]

[ 4 ]

[ 5 ]

[ 6 ]

[ 7 ]

[ 8 ]

[ 9 ]