CIMAP1C
CIMAP1C ( цилиарная микротрубочка, связанный с белком 1C ), является геном у людей, который кодирует белок CIMAP1C. Он также часто называют ODF3L1 (белок внешнего плотного волокна 3-подобного белка 1). CIMAP1C экспрессируется в низких уровнях по всему телу с высокими уровнями экспрессии в яичках. Он высоко консервативен у млекопитающих и рептилий, но не присутствует у птиц или амфибий, что указывает на то, что он возник около 300 миллионов лет назад.
Ген
[ редактировать ]Ген CIMAP1C обнаруживается на хромосоме 15 в положении 15Q24.2, охватывающей 3,72 КБ. [ 1 ] Он содержит 4 экзона и 1132 нуклеотида. [ 2 ]
Псевдонимы
[ редактировать ]CIMAP1C также известен как ODF3L1 (белок внешнего плотного волокна 3, такой как белок 1). [ 2 ]
Белок
[ редактировать ]
Белок CIMAP1C составляет 274 аминокислоты длиной, а его молекулярная масса составляет ~ 31 кДа. [ 4 ] Его изоэлектрическая точка составляет 9,6. [ 5 ] Там нет известных изоформ . [ 2 ] CIMAP1C очень простой, богатый пролином и очень богатый тирозином . [ 6 ] Существуют две структурно значимые области, известные как области повторных повторных областей сперматозоидов. [2] These regions are highly conserved and contain glycosylation and phosphorylation sites.[7]
Gene level regulation
[edit]CIMAP1C is expressed at low levels in most tissues in the body (15.7%), with high expression in the testis.[2] Slightly high levels of expression are seen in the mammary glands.[2]
Protein level regulation
[edit]CIMAP1C is imported into the nucleus via two nuclear localization signals, and can otherwise be found in the cytoskeleton.[2][8] CIMAP1C contains a variety of phosphorylation sites, specifically protein kinase C and Casein kinase II phosphorylation.[7]
Evolution
[edit]Paralogs
[edit]There are no paralogs of the CIMAP1C gene.[2]
Orthologs
[edit]CIMAP1C is highly conserved, and can be found in mammals and reptiles. CIMAP1C is not found in amphibians or birds, therefore it arose 300 million years ago.[9] Based on the calculated protein divergence figure, CIMAP1C evolves rapidly and similarly to Fibrinogen Alpha. The table below lists orthologs and their information.
| Genus and Species | Common Name | Taxonomic Group | Mediat Date of Divergence (MYA)[9] | Accession number | Sequence length (aa) | Sequence Identity to human protein (%) | Sequence Similarity to human Protein (%) |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Homo sapiens | Human | Primates | 0.0 | NP_787077.1 | 274 | 100.0 | 100.0 |
| Saimiri boliviensis | Squirrel Monkey | Primates | 43 | XP_010329148.1 | 274 | 87.6 | 92.7 |
| Canis lupus familiaris | Dog | Carnivora | 94 | XP_038297715.1 | 275 | 78.2 | 88.4 |
| Mus musculus | House Mouse | Rodentia | 87 | NP_001361610.1 | 306 | 64.4 | 75.5 |
| Myotis brandtii | Brandt's Bat | Chiroptera | 94 | XP_005884580.1 | 275 | 74.5 | 85.8 |
| Gracilinanus agilis | Mouse Opossum | Didelphimorphia | 160 | XP_044518760.1 | 278 | 58.8 | 73.8 |
| Bubalus bubalis | Water buffalo | Artiodactyla | 94 | XP_006080752.3 | 274 | 73.1 | 84.4 |
| Pogona vitticeps | Cental Bearded Dragon | Squamata | 319 | XP_020640486.1 | 285 | 40.2 | 54.3 |
| Notechis scutatus | Tiger Snake | Squamata | 319 | XP_026540911.1 | 195 | 28.4 | 41.4 |
| Dermochelys coriacea | Leatherback Sea Turtle | Testudines | 319 | XP_038274105.1 | 274 | 37.8 | 54.7 |
| Alligator mississippiensis | American Alligator | Crocodylia | 319 | XP_019333216.1 | 249 | 37.8 | 52.8 |
| Phascolarctos cinereus | Koala | Diprotodontia | 160 | XP_020850090.1 | 278 | 59 | 73.4 |
| Phocoena sinus | Vaquita | Artiodactyla | 94 | XP_032479987.1 | 275 | 77.5 | 87.3 |
| Eublepharis macularius | Leopard gecko | Squamata | 319 | XP_054858185.1 | 276 | 38.5 | 50.7 |
| Ornithorhynchus anatinus | Platypus | Monotremata | 180 | XP_001509549.1 | 269 | 45.8 | 58.8 |
Interacting proteins
[edit]It has been experimentally determined that CIMAP1C interacts with STAMBP (STAM binding protein) through affinity chromatography.[10] STAMBP regulates cell surface receptor-mediated endocytosis and ubiquitin-dependent receptor sorting to lysosomes.[11]
Clinical significance
[edit]Expression levels of CIMAP1C are positive markers of disease prognosis for those with papillary thyroid carcinoma (PTC) and non-metastatic breast cancer (NMBC). High levels of CIMAP1C in tumor tissues accurately predicted a better prognosis for individuals with PTC.[12] CIMAP1C is also noted as a positive indicator for the effectiveness of NMBC radiotherapy.[13]
References
[edit]- ^ "AceView: a comprehensive cDNA-supported gene and transcripts annotation". 11 June 2023.
- ^ Jump up to: a b c d e f g h "CIMAP1C ciliary microtubule associated protein 1C [Homo sapiens (human)] - Gene - NCBI". www.ncbi.nlm.nih.gov. Retrieved 2023-07-28.
- ^ Zhang, Yang (2009). "I-TASSER: Fully automated protein structure prediction in CASP8". Proteins: Structure, Function, and Bioinformatics. 77 (S9): 100–113. doi:10.1002/prot.22588. ISSN 0887-3585. PMC 2782770. PMID 19768687.
- ^ "Thermo Fisher ODF3L1 Antibodies - polyclonal rabbit anti-human ODF3L1 antibody". 9 July 2023.
- ^ Duvaud, Séverine; Gabella, Chiara; Lisacek, Frédérique; Stockinger, Heinz; Ioannidis, Vassilios; Durinx, Christine (2021-04-13). "Expasy, the Swiss Bioinformatics Resource Portal, as designed by its users". Nucleic Acids Research. 49 (W1): W216–W227. doi:10.1093/nar/gkab225. ISSN 0305-1048. PMC 8265094. PMID 33849055.
- ^ "EMBL-EBI Tools: An introduction". EMBL's European Bioinformatics Institute. doi:10.6019/tol.ebitools-t.2021.00001.1.
{{cite web}}: Missing or empty|url=(help) - ^ Jump up to: a b Blom, Nikolaj; Gammeltoft, Steen; Brunak, Søren (December 1999). "Sequence and structure-based prediction of eukaryotic protein phosphorylation sites". Journal of Molecular Biology. 294 (5): 1351–1362. doi:10.1006/jmbi.1999.3310. ISSN 0022-2836. PMID 10600390.
- ^ Thumuluri, Vineet; Almagro Armenteros, José Juan; Rosenberg Johansen, Alexander; Nielsen, Henrik; Winther, Ole (2022-04-30). "DeepLoc 2.0: multi-label subcellular localization prediction using protein language models". Nucleic Acids Research. 50 (W1): W228–W234. doi:10.1093/nar/gkac278. ISSN 0305-1048. PMC 9252801. PMID 35489069.
- ^ Jump up to: а беременный «Данные S1: файл RAXML, TIMETREE и выравнивания». doi : 10.7717/peerj.5401/supp-3 .
{{cite web}}: Отсутствует или пусто|url=( помощь ) - ^ "ODF3L1 белок (человек) - сеть взаимодействия строк" . String-db.org . Получено 2023-07-28 .
- ^ Huttlin, Edward L.; Брукнер, Рафаэль Дж.; Navarrete-Perea, Хосе; Кэннон, Джо Р.; Балтье, Курт; Гебреб, Фана; Гиги, Мелани П.; Торнок, Александра; Заррага, Габриэла; Там, Стэнли; Шпит, Джон; Гассавей, Брэндон М.; Панов, Александра; Парзен, Ханна; FU, Sipei (май 2021 г.). «Двойные протеомные сети выявляют специфическое ремоделирование клеток человеческого взаимодействия» . Клетка . 184 (11): 3022–3040.e28. doi : 10.1016/j.cell.2021.04.011 . ISSN 0092-8674 . PMC 8165030 . PMID 33961781 .
- ^ ; Гу, Менгли Опухолевая мутационная нагрузка предсказывает рецидив при папиллярной карциноме щитовидной железы с изменениями в генах и иммунной микроокружении » . Границы в эндокринологии 12. DOI . : 10.3389 / . ISSN 1664-2392 . PMC 8261145. . PMID 3424884343 fendo.2021.674616
- ^ Чен, Хуаджян; Хуан, Ли; Ван, Синлонг; Рен, Шиганг; Чен, Хайбин; Ма, Шумей; Лю, Сяодон (март 2023 г.). «Полигенный показатель риска для прогнозирования эффективности лучевой терапии и радиочувствительности у пациентов с неметастатическим раком молочной железы» . Радиационная медицина и защита . 4 (1): 33–42. doi : 10.1016/j.radmp.2023.01.001 .