HNRPD

ХНРНПД
Доступные структуры
ПДБ	Поиск ортолога: D6RF44 PDBe D6RF44 RCSB
showСписок идентификационных кодов PDB
	1HD0, 1HD1, 1IQT, 1WTB, 1X0F, 2Z5N
Идентификаторы
Псевдонимы	HNRNPD , AUF1, AUF1A, HNRPD, P37, hnRNPD0, гетерогенный ядерный рибонуклеопротеин D
Внешние идентификаторы	Опустить : 601324 ; МГИ : 101947 ; Гомологен : 22410 ; GeneCards : HNRNPD ; ОМА : HNRNPD — ортологи
showМестоположение гена ( человек )
Chr.	Chromosome 4 (human)
End	82,374,503 bp
showМестоположение гена ( Мышь )
Chr.	Chromosome 5 (mouse)
End	100,126,797 bp
show экспрессии РНК Характер
	Top expressed in
	ganglionic eminence; ; ventricular zone; ; epithelium of nasopharynx; ; tendon of biceps brachii; ; pylorus; ; endometrium; ; gingival epithelium; ; lactiferous duct; ; germinal epithelium; ; tonsil;
	Top expressed in
	tail of embryo; ; genital tubercle; ; epiblast; ; ventricular zone; ; mandibular prominence; ; maxillary prominence; ; neural layer of retina; ; abdominal wall; ; ganglionic eminence; ; somite;
	More reference expression data
	; ; ; ;
	More reference expression data
showГенная онтология
Molecular function	telomeric DNA binding; protein binding; minor groove of adenine-thymine-rich DNA binding; mRNA binding; histone deacetylase binding; transcription factor binding; chromatin binding; mRNA 3'-UTR AU-rich region binding; DNA binding; nucleic acid binding; RNA binding; sequence-specific DNA binding; sequence-specific double-stranded DNA binding;
Cellular component	cytoplasm; cytosol; extracellular exosome; nucleoplasm; nucleus; synapse; ribonucleoprotein complex;
Biological process	response to electrical stimulus; hepatocyte dedifferentiation; cellular response to amino acid stimulus; positive regulation of transcription, DNA-templated; response to estradiol; mRNA stabilization; response to rapamycin; cellular response to putrescine; cerebellum development; negative regulation of gene expression; mRNA splicing, via spliceosome; positive regulation of translation; RNA processing; liver development; transcription, DNA-templated; regulation of circadian rhythm; response to calcium ion; response to sodium phosphate; 3'-UTR-mediated mRNA destabilization; regulation of mRNA stability; cellular response to nitric oxide; rhythmic process; cellular response to estradiol stimulus; brain development; RNA catabolic process; circadian regulation of translation; regulation of transcription, DNA-templated; positive regulation of gene expression; mRNA transcription by RNA polymerase II; positive regulation of telomere capping; positive regulation of telomerase RNA reverse transcriptase activity; regulation of telomere maintenance; RNA metabolic process;
	Sources:Amigo / QuickGO
hideОртологи
	3184
	11991
	ENSG00000138668
	ENSMUSG00000000568
	Q14103
	Q60668
	НМ_031370 ; НМ_001003810 ; НМ_002138 ; НМ_031369
	НМ_001077265 ; НМ_001077266 ; НМ_001077267 ; НМ_007516
	НП_001003810 ; НП_002129 ; НП_112737 ; НП_112738
	НП_001070733 ; НП_001070734 ; НП_001070735 ; НП_031542
	Викиданные
Просмотр/редактирование человека	Просмотр/редактирование мыши

Гетерогенный ядерный рибонуклеопротеин D0 (HNRNPD), также известный как РНК-связывающий белок 1, богатый AU-элементами (AUF1), представляет собой белок , который у людей кодируется HNRNPD геном . ^{[ 5 ]}^{[ 6 ]} Альтернативный сплайсинг этого гена приводит к образованию четырех вариантов транскрипта.

Функция

Этот ген принадлежит к подсемейству повсеместно экспрессируемых гетерогенных ядерных рибонуклеопротеинов (hnRNP). hnRNP представляют собой белки, связывающие нуклеиновые кислоты, и они образуют комплекс с гетерогенной ядерной РНК (hnRNA). Сайты взаимодействия на РНК часто смещены в сторону определенных мотивов последовательности. ^{[ 7 ]} Эти белки связаны с пре-мРНК в ядре и, по-видимому, влияют на процессинг пре-мРНК и другие аспекты метаболизма и транспорта мРНК. Хотя все hnRNP присутствуют в ядре, некоторые, по-видимому, перемещаются между ядром и цитоплазмой . Белки hnRNP обладают отличными свойствами связывания нуклеиновых кислот. Белок, кодируемый этим геном, имеет два повтора доменов квази-RRM, которые связываются с РНК. Он локализуется как в ядре, так и в цитоплазме. Этот белок участвует в регуляции стабильности мРНК. ^{[ 6 ]}

Взаимодействия

Было показано, что HnRNP D взаимодействует с SAFB. ^{[ 8 ]} и Hsp27 . ^{[ 9 ]} Сообщалось также, что он взаимодействует с мРНК, такими как мРНК Mef2c. ^{[ 10 ]}

Ссылки

^ Jump up to: ^а ^б ^с GRCh38: Версия Ensembl 89: ENSG00000138668 – Ensembl , май 2017 г.
^ Jump up to: ^а ^б ^с GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000000568 – Ensembl , май 2017 г.
^ «Ссылка на Human PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
^ «Ссылка на Mouse PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
^ Демпси Л.А., Ли М.Дж., ДеПейс А., Брей-Уорд П., Майзелс Н. (август 1998 г.). «Локус HNRPD человека картируется на 4q21 и кодирует высококонсервативный белок» . Геномика . 49 (3): 378–384. дои : 10.1006/geno.1998.5237 . ПМИД 9615222 .
^ Jump up to: ^а ^б «Ген Энтрез: гетерогенный ядерный рибонуклеопротеин D HNRPD (белок 1, связывающий РНК с богатым элементом AU, 37 кДа)» .
^ Мазан-Мамчарз К., Кувано Й., Жан М., Уайт Э.Дж., Мартиндейл Дж.Л., Лал А., Гороспе М. (январь 2009 г.). «Идентификация сигнатурного мотива в целевых мРНК РНК-связывающего белка AUF1» . Исследования нуклеиновых кислот . 37 (1): 204–14. дои : 10.1093/нар/gkn929 . ПМК 2615618 . ПМИД 19033365 .
^ Арао Ю., Курияма Р., Каяма Ф., Като С. (август 2000 г.). «Фактор, связанный с ядерным матриксом, SAF-B, взаимодействует со специфическими изоформами AUF1 / hnRNP D». Арх. Биохим. Биофиз . 380 (2): 228–36. дои : 10.1006/около 2000.1938 . ПМИД 10933876 .
^ Синсимер К.С., Гратакос Ф.М., Кнапинска А.М., Лу Дж., Краузе С.Д., Вежбовский А.В., Махер Л.Р., Скрудато С., Ривера Ю.М., Гупта С., Туррин Д.К., Де Ла Круз М.П., Пестка С., Брюэр Г. (сентябрь 2008 г.). «Шаперон Hsp27, новая субъединица белковых комплексов AUF1, участвует в распаде мРНК, опосредованном богатыми AU элементами» . Мол. Клетка. Биол . 28 (17): 5223–37. дои : 10.1128/MCB.00431-08 . ПМК 2519747 . ПМИД 18573886 .
^ Панда AC, Абдельмохсен К, Юн Дж. Х., Мартиндейл Дж. Л., Ян X, Кертис Дж., Меркен Э. М., Ченетт Д. М., Чжан Ю., Шнайдер Р. Дж., Беккер К. Г., де Кабо Р., Гороспе М. (август 2014 г.). «РНК-связывающий белок AUF1 способствует миогенезу, регулируя уровни экспрессии MEF2C» . Мол Клеточная Биол . 34 (16): 3106–19. дои : 10.1128/MCB.00423-14 . ПМК 4135590 . ПМИД 24891619 .

Дальнейшее чтение

Тай Н., Чан С.Х., Рен ЕС (1992). «Идентификация и клонирование нового гетерогенного ядерного рибонуклеопротеина С-подобного белка, который действует как активатор транскрипции энхансера II вируса гепатита В» . Дж. Вирол . 66 (12): 6841–8. doi : 10.1128/JVI.66.12.6841-6848.1992 . ПМК 240284 . ПМИД 1433497 .
Лахири Д.К., Томас Дж.О. (1986). «Клон кДНК белков hnRNP C и его гомология с одноцепочечным ДНК-связывающим белком UP2» . Нуклеиновые кислоты Рез . 14 (10): 4077–4094. дои : 10.1093/нар/14.10.4077 . ПМЦ 339847 . ПМИД 3754960 .
Кадзита Ю., Накаяма Дж., Айзава М., Исикава Ф. (1995). «UUAG-специфичный РНК-связывающий белок, гетерогенный ядерный рибонуклеопротеин D0. Общая модульная структура и связывающие свойства семейства 2xRBD-Gly» . Ж. Биол. Хим . 270 (38): 22167–75. дои : 10.1074/jbc.270.38.22167 . ПМИД 7673195 .
Чжан В., Вагнер Б.Дж., Эренман К., Шефер А.В., ДеМария К.Т., Кратер Д., ДеХейвен К., Лонг Л., Брюэр Г. (декабрь 1993 г.). «Очистка, характеристика и клонирование кДНК РНК-связывающего белка, богатого AU-элементом, AUF1» . Мол. Клетка. Биол . 13 (12): 7652–65. дои : 10.1128/MCB.13.12.7652 . ПМЦ 364837 . ПМИД 8246982 .
Вагнер Б.Дж., Лонг Л., Рао П.Н., Петтенати М.Дж., Брюэр Дж. (июнь 1996 г.). «Локализация и физическое картирование генов, кодирующих РНК-связывающий белок AUF1, богатый A + U элементом, на хромосомах 4 и X человека». Геномика . 34 (2): 219–22. дои : 10.1006/geno.1996.0269 . ПМИД 8661052 .
Киледжян М., ДеМария К.Т., Брюэр Г., Новик К. (1997). «Идентификация AUF1 (гетерогенного ядерного рибонуклеопротеина D) как компонента комплекса стабильности мРНК альфа-глобина» . Мол. Клетка. Биол . 17 (8): 4870–6. дои : 10.1128/MCB.17.8.4870 . ПМК 232339 . ПМИД 9234743 .
Вагнер Б.Дж., ДеМария К.Т., Сан Ю., Уилсон Г.М., Брюэр Г. (март 1998 г.). «Структура и геномная организация человеческого гена AUF1: альтернативный сплайсинг пре-мРНК приводит к образованию четырех изоформ белка». Геномика . 48 (2): 195–202. дои : 10.1006/geno.1997.5142 . ПМИД 9521873 .
Сиоми MC, Фромонт М., Рейн Дж.К., Ван Л., Ван Ф., Легрен П., Дрейфусс Дж. (июль 1998 г.). «Функциональная консервация пути импорта ядерного транспорта в дивергентных организмах» . Мол. Клетка. Биол . 18 (7): 4141–8. дои : 10.1128/MCB.18.7.4141 . ПМЦ 108998 . ПМИД 9632798 .
Толнай М., Верещагина Л.А., Цокос Г.Ц. (1999). «Гетерогенный ядерный рибонуклеопротеин D0B представляет собой ДНК-связывающий белок, специфичный для последовательности» . Биохим. Дж . 338 (2): 417–25. дои : 10.1042/0264-6021:3380417 . ПМК 1220068 . ПМИД 10024518 .
Нагата Т., Курихара Ю., Мацуда Г., Саэки Дж., Коно Т., Янагида Ю., Исикава Ф., Уэсуги С., Катахира М. (март 1999 г.). «Структура и взаимодействие с РНК N-концевого UUAG-специфического РНК-связывающего домена hnRNP D0». Дж. Мол. Биол . 287 (2): 221–37. дои : 10.1006/jmbi.1999.2616 . ПМИД 10080887 .
Ларойя Г., Куэста Р., Брюэр Г., Шнайдер Р.Дж. (1999). «Контроль распада мРНК по пути теплового шока-убиквитин-протеасомы». Наука . 284 (5413): 499–502. Бибкод : 1999Sci...284..499L . дои : 10.1126/science.284.5413.499 . ПМИД 10205060 .
Блаксалл Б.К., Дуайер-Нилд Л.Д., Бауэр А.К., Болмейер Т.Дж., Малкинсон А.М., Порт Дж.Д. (июнь 2000 г.). «Дифференциальная экспрессия и локализация мРНК-связывающих белков, мРНК-связывающего белка, богатого AU-элементами (AUF1), и антигена Hu R (HuR) в неопластической легочной ткани». Мол. Карциног . 28 (2): 76–83. doi : 10.1002/1098-2744(200006)28:2<76::AID-MC3>3.0.CO;2-0 . ПМИД 10900464 . S2CID 25180996 .
Мораес К.К., Куарежма А.Дж., Менсс К., Кобарг Дж. (январь 2003 г.). «Идентификация и характеристика белков, избирательно взаимодействующих с изоформами мРНК-связывающего белка AUF1 (hnRNP D)». Биол. Хим . 384 (1): 25–37. дои : 10.1515/BC.2003.004 . ПМИД 12674497 . S2CID 30993043 .
Арао Ю., Курияма Р., Каяма Ф., Като С. (2000). «Фактор, связанный с ядерным матриксом, SAF-B, взаимодействует со специфическими изоформами AUF1 / hnRNP D». Арх. Биохим. Биофиз . 380 (2): 228–236. дои : 10.1006/около 2000.1938 . ПМИД 10933876 .
Гроссе С., Чен С.И., Сюй Н., Соненберг Н., Жакмен-Саблон Х., Шю А.Б. (сентябрь 2000 г.). «Механизм трансляционно-связанного оборота мРНК: взаимодействие между хвостом поли(А) и детерминантой, кодирующей РНК c-fos, через белковый комплекс» . Клетка . 103 (1): 29–40. дои : 10.1016/S0092-8674(00)00102-1 . ПМИД 11051545 . S2CID 18135412 .
Катахира М, Мияноири Ю, Энокидзоно Ю, Мацуда Г, Нагата Т, Исикава Ф, Уэсуги С (август 2001 г.). «Структура С-концевого РНК-связывающего домена hnRNP D0 (AUF1), его взаимодействие с РНК и ДНК, а также изменение динамики основной цепи при образовании комплекса с ДНК». Дж. Мол. Биол . 311 (5): 973–88. дои : 10.1006/jmbi.2001.4862 . ПМИД 11531333 .
Лапуччи А., Доннини М., Папуччи Л., Виторт Э., Темпестини А., Бевилаква А., Николин А., Брюэр Г., Скьявоне Н., Капаччоли С. (май 2002 г.). «AUF1 представляет собой белок, связывающий элементы bcl-2 A + U, участвующий в дестабилизации мРНК bcl-2 во время апоптоза» (PDF) . Ж. Биол. Хим . 277 (18): 16139–46. дои : 10.1074/jbc.M201377200 . ПМИД 11856759 .
Толнай М., Хуанг Ю.Т., Цокос Г.К. (2002). «Протеинкиназа А усиливает, тогда как гликогенсинтаза киназа-3 бета ингибирует активность трансактиваторного домена, кодируемого экзоном 2, гетерогенного ядерного рибонуклеопротеина D иерархическим образом» . Биохим. Дж . 363 (Часть 1): 127–36. дои : 10.1042/0264-6021:3630127 . ПМЦ 1222459 . ПМИД 11903055 .
Пиоли П.А., Гамильтон Б.Дж., Коннолли Дж.Э., Брюэр Дж., Ригби В.Ф. (сентябрь 2002 г.). «Лактатдегидрогеназа представляет собой богатый AU белок, связывающий элементы, который напрямую взаимодействует с AUF1» . Ж. Биол. Хим . 277 (38): 35738–45. дои : 10.1074/jbc.M204002200 . ПМИД 12107167 .
Щорс К., Ехиели Ф., Кулар Р.К., Котло К.У., Брюэр Г., Дайс Л.П. (декабрь 2002 г.). «РНК, ингибирующая гибель клеток (CDIR), полученная из 3'-нетранслируемой области, связывает AUF1 и белок теплового шока 27» . Ж. Биол. Хим . 277 (49): 47061–72. дои : 10.1074/jbc.M202272200 . ПМИД 12356764 .

Внешние ссылки

PDBe-KB предоставляет обзор всей информации о структуре, доступной в PDB для гетерогенного ядерного рибонуклеопротеина человека D0 (HNRPD).

[refGRCh38Ensembl-1] Jump up to: ^а ^б ^с GRCh38: Версия Ensembl 89: ENSG00000138668 – Ensembl , май 2017 г.

[refGRCm38Ensembl-2] Jump up to: ^а ^б ^с GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000000568 – Ensembl , май 2017 г.

[3] «Ссылка на Human PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .

[4] «Ссылка на Mouse PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .

[pmid9615222-5] Демпси Л.А., Ли М.Дж., ДеПейс А., Брей-Уорд П., Майзелс Н. (август 1998 г.). «Локус HNRPD человека картируется на 4q21 и кодирует высококонсервативный белок» . Геномика . 49 (3): 378–384. дои : 10.1006/geno.1998.5237 . ПМИД 9615222 .

[entrez-6] Jump up to: ^а ^б «Ген Энтрез: гетерогенный ядерный рибонуклеопротеин D HNRPD (белок 1, связывающий РНК с богатым элементом AU, 37 кДа)» .

[7] Мазан-Мамчарз К., Кувано Й., Жан М., Уайт Э.Дж., Мартиндейл Дж.Л., Лал А., Гороспе М. (январь 2009 г.). «Идентификация сигнатурного мотива в целевых мРНК РНК-связывающего белка AUF1» . Исследования нуклеиновых кислот . 37 (1): 204–14. дои : 10.1093/нар/gkn929 . ПМК 2615618 . ПМИД 19033365 .

[pmid10933876-8] Арао Ю., Курияма Р., Каяма Ф., Като С. (август 2000 г.). «Фактор, связанный с ядерным матриксом, SAF-B, взаимодействует со специфическими изоформами AUF1 / hnRNP D». Арх. Биохим. Биофиз . 380 (2): 228–36. дои : 10.1006/около 2000.1938 . ПМИД 10933876 .

[pmid18573886-9] Синсимер К.С., Гратакос Ф.М., Кнапинска А.М., Лу Дж., Краузе С.Д., Вежбовский А.В., Махер Л.Р., Скрудато С., Ривера Ю.М., Гупта С., Туррин Д.К., Де Ла Круз М.П., Пестка С., Брюэр Г. (сентябрь 2008 г.). «Шаперон Hsp27, новая субъединица белковых комплексов AUF1, участвует в распаде мРНК, опосредованном богатыми AU элементами» . Мол. Клетка. Биол . 28 (17): 5223–37. дои : 10.1128/MCB.00431-08 . ПМК 2519747 . ПМИД 18573886 .

[10] Панда AC, Абдельмохсен К, Юн Дж. Х., Мартиндейл Дж. Л., Ян X, Кертис Дж., Меркен Э. М., Ченетт Д. М., Чжан Ю., Шнайдер Р. Дж., Беккер К. Г., де Кабо Р., Гороспе М. (август 2014 г.). «РНК-связывающий белок AUF1 способствует миогенезу, регулируя уровни экспрессии MEF2C» . Мол Клеточная Биол . 34 (16): 3106–19. дои : 10.1128/MCB.00423-14 . ПМК 4135590 . ПМИД 24891619 .

[1]

[2]

[ 3 ]

[ 4 ]

[ 5 ]

[ 6 ]

[ 7 ]

[ 8 ]

[ 9 ]

[ 10 ]