SMATRCA5

SMATRCA5
Идентификаторы
Псевдонимы	Smarca5 , Iswi, SNF2H, WCRF135, HESWI, HSNF2H, SWI/SNF Связанный, матрица, связанная с актин -зависимым регулятором хроматина, подсемейство A, член 5.
Внешние идентификаторы	Омим : 603375 ; MGI : 1935129 ; Гомологен : 55764 ; GeneCards : Smárca5 ; OMA : smarca5 - ортологи
showМестоположение гена ( человек )
Chr.	Chromosome 4 (human)
End	143,557,486 bp
showМестоположение гена ( мышь )
Chr.	Chromosome 8 (mouse)
End	81,466,126 bp
showРНК -паттерн экспрессии
	Top expressed in
	ventricular zone; ; Achilles tendon; ; buccal mucosa cell; ; ganglionic eminence; ; Epithelium of choroid plexus; ; corpus callosum; ; superior vestibular nucleus; ; subthalamic nucleus; ; epithelium of nasopharynx; ; gonad;
	Top expressed in
	tail of embryo; ; abdominal wall; ; Gonadal ridge; ; mandibular prominence; ; maxillary prominence; ; cumulus cell; ; ventricular zone; ; epiblast; ; migratory enteric neural crest cell; ; superior cervical ganglion;
	More reference expression data
	; ; ; ;
	More reference expression data
showДжин Онтология
Molecular function	nucleotide binding; helicase activity; histone binding; hydrolase activity, acting on acid anhydrides, in phosphorus-containing anhydrides; protein binding; nucleic acid binding; nucleosome binding; hydrolase activity; DNA binding; ATP binding; ATPase activity; DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific; ATP-dependent activity, acting on DNA;
Cellular component	RSF complex; nuclear replication fork; nucleoplasm; condensed chromosome; nucleus; fibrillar center; NURF complex; chromatin silencing complex; ISWI-type complex;
Biological process	epigenetic maintenance of chromatin in transcription-competent conformation; regulation of transcription by RNA polymerase II; CENP-A containing chromatin assembly; DNA-templated transcription, initiation; nucleosome assembly; chromatin remodeling; rDNA heterochromatin assembly; positive regulation of transcription, DNA-templated; cellular response to leukemia inhibitory factor; chromatin organization; positive regulation of transcription by RNA polymerase II;
	Sources:Amigo / QuickGO
hideОртологи
	8467
	93762
	ENSG00000153147
	Ensmusg00000031715
	O60264
	Q91ZW3
	NM_003601
	NM_053124
	NP_003592
	NP_444354
	Викидид
Посмотреть/редактировать человека	Посмотреть/редактировать мышь

Связанный с SWI/SNF актин-зависимый регулятор подсемейства хроматина A-член 5 -это белок , который у людей кодируется SMARCA5 геном . ^{[ 5 ]}^{[ 6 ]}

Функция

Белок, кодируемый этим геном, является членом семейства белков ISWI. Члены этого семейства обладают геликазными и АТФазой и, как полагают, регулируют транскрипцию определенных генов, изменяя структуру хроматина вокруг этих генов. Белок, кодируемый этим геном, является компонентом ремоделирования хроматина и фактора интервала RSF , способного транскрипции генов класса II с помощью РНК -полимеразы II . Кодированный белок сходен по последовательности с белком, ремоделирующим хроматина Drosophila ISWI. ^{[ 6 ]}

Взаимодействия

Было показано, что Smarca5 взаимодействует с Rad21 , ^{[ 7 ]} Гистондеацетилаза 2 , ^{[ 7 ]} Полюс3 , ^{[ 8 ]} SATB1 ^{[ 9 ]} и Baz1a . ^{[ 7 ]}^{[ 8 ]}^{[ 9 ]}^{[ 10 ]}^{[ 11 ]}

Ссылки

^ Jump up to: ^а ^{беременный} ^в GRCH38: Ensembl Release 89: ENSG00000153147 - ENSEMBL , май 2017 г.
^ Jump up to: ^а ^{беременный} ^в GRCM38: Ensembl Release 89: Ensmusg00000031715 - Ensembl , май 2017 г.
^ «Человеческая PubMed ссылка:» . Национальный центр информации о биотехнологии, Национальная медицина США .
^ «Мышь Pubmed ссылка:» . Национальный центр информации о биотехнологии, Национальная медицина США .
^ Айхара Т., Миёси Ю., Кояма К., Сузуки М., Такахаши Е., Монден М., Муста Ю (октябрь 1998 г.). «Конунг и картирование Smarca5, кодирующего HSNF2H, новый человеческий гомолог розофилы Iswi» Цитогенетика и клеточная генетика 81 (3–4): 191–3 Doi : 10.1159/00015027 . PMID 9730600 S2CID 46768416 .
^ Jump up to: ^а ^{беременный} «Ген Entrez: SMARCA5 SWI/SNF, связанная с матрицей, актин -зависимый регулятор хроматина, подсемейство A, член 5» .
^ Jump up to: ^а ^{беременный} ^в Hakimi MA, Bochar Da, Schmiesing JA, Dong Y, Barak OG, Speicher DW, Yokomori K, Shiekhattar R (август 2002 г.). «Комплекс ремоделирования хроматина, который загружает сплоченность на хромосомы человека». Природа . 418 (6901): 994–8. Bibcode : 2002natur.418..994H . doi : 10.1038/nature01024 . PMID 12198550 . S2CID 4344470 .
^ Jump up to: ^а ^{беременный} Poot RA, Dellaire G, Hülsmann BB, Grimaldi MA, Corona DF, Becker PB, Bickmore WA, Varga-Weisz PD (июль 2000). «Huchrac, комплекс ремоделирования хроматина ISWI человека содержит HACF1 и два новых гистоновых белка» . Embo Journal . 19 (13): 3377–87. doi : 10.1093/emboj/19.13.3377 . PMC 313940 . PMID 10880450 .
^ Jump up to: ^а ^{беременный} Yasui D, Miyano M, Cai S, Varga-Weisz P, Kohwi-Shigematsu T (октябрь 2002). «SATB1 нацелен на ремоделирование хроматина, чтобы регулировать гены на больших расстояниях» . Природа . 419 (6907): 641–5. Bibcode : 2002natur.419..641y . doi : 10.1038/nature01084 . PMID 12374985 . S2CID 25822700 .
^ Bochar Da, Savard J, Wang W, Lafleur DW, Moore P, Côté J, Shiehathatar R (февраль 2000 г.). «Семейство факторов ремоделирования хроматина, связанных с транскрипционным фактором синдрома Уильямса» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 97 (3): 1038–43. Bibcode : 2000pnas ... 97.1038b . doi : 10.1073/pnas.97.3.1038 . PMC 15513 . PMID 10655480 .
^ Bozhenok L, Wade PA, Varga-Weisz P (май 2002). «WSTF-ISWI-хроматин комплекс, нацеленные на гетерохроматическую репликацию» . Embo Journal . 21 (9): 2231–41. doi : 10.1093/emboj/21.9.2231 . PMC 125993 . PMID 11980720 .

Дальнейшее чтение

Dirscherl SS, Krebs JE (август 2004 г.). «Функциональное разнообразие комплексов ISWI». Биохимия и клеточная биология . 82 (4): 482–9. doi : 10.1139/o04-044 . PMID 15284901 .
Леруа Г., Орфанид Г., Лейн В.С., Рейнберг Д. (декабрь 1998 г.). «Требование RSF и факт для транскрипции шаблонов хроматина in vitro». Наука . 282 (5395): 1900–4. doi : 10.1126/science.282.5395.1900 . PMID 9836642 .
Bochar Da, Savard J, Wang W, Lafleur DW, Moore P, Côté J, Shiehathatar R (февраль 2000 г.). «Семейство факторов ремоделирования хроматина, связанных с транскрипционным фактором синдрома Уильямса» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 97 (3): 1038–43. Bibcode : 2000pnas ... 97.1038b . doi : 10.1073/pnas.97.3.1038 . PMC 15513 . PMID 10655480 .
Poot RA, Dellaire G, Hülsmann BB, Grimaldi MA, Corona DF, Becker PB, Bickmore WA, Varga-Weisz PD (июль 2000). «Huchrac, комплекс ремоделирования хроматина ISWI человека содержит HACF1 и два новых гистоновых белка» . Embo Journal . 19 (13): 3377–87. doi : 10.1093/emboj/19.13.3377 . PMC 313940 . PMID 10880450 .
Стопка Т., Закова Д., Фукс О., Куброва О., Блафкова Дж., Джелинк Дж., Некас Е., Зивни Дж (июль 2000). «Ген ремоделирования хроматина Smarca5 нерегулируется в примитивных гематопоэтических клетках острого лейкоза». Лейкемия . 14 (7): 1247–52. doi : 10.1038/sj.leu.2401807 . PMID 10914549 . S2CID 7991196 .
Aalfs JD, Narlikar GJ, Kingston Re (сентябрь 2001 г.). «Функциональные различия между АТФ-зависимыми АТФ-зависимыми белками нуклеосомы BRG1 и SNF2H» . Журнал биологической химии . 276 (36): 34270–8. doi : 10.1074/jbc.m104163200 . PMID 11435432 .
Стронер Р., Немет А., Янса П., Хофманн-Рорер У, Санторо Р., Лайн Г., Грамммт I (сентябрь 2001 г.). «NORC-новый член млекопитающих, содержащих ISWI-хроматиновые машины, содержащие хроматин » Embo Journal 20 (17): 4892–9 Doi : 10.1093/ emboj/ 20.17.17.4 125270PMC 11532953PMID
Bozhenok L, Wade PA, Varga-Weisz P (май 2002). «WSTF-ISWI-хроматин комплекс, нацеленные на гетерохроматическую репликацию» . Embo Journal . 21 (9): 2231–41. doi : 10.1093/emboj/21.9.2231 . PMC 125993 . PMID 11980720 .
Levine SS, Weiss A, Erdjument-Bromage H, Shao Z, Tempst P, Kingston Re (сентябрь 2002 г.). «Ядром поликомбного репрессивного комплекса является композиционно и функционально консервативным у мух и людей» . Молекулярная и клеточная биология . 22 (17): 6070–8. doi : 10.1128/mcb.22.17.6070-6078.2002 . PMC 134016 . PMID 12167701 .
Hakimi MA, Bochar Da, Schmiesing JA, Dong Y, Barak OG, Speicher DW, Yokomori K, Shiekhattar R (август 2002 г.). «Комплекс ремоделирования хроматина, который загружает сплоченность на хромосомы человека». Природа . 418 (6901): 994–8. Bibcode : 2002natur.418..994H . doi : 10.1038/nature01024 . PMID 12198550 . S2CID 4344470 .
Yasui D, Miyano M, Cai S, Varga-Weisz P, Kohwi-Shigematsu T (октябрь 2002). «SATB1 нацелен на ремоделирование хроматина, чтобы регулировать гены на больших расстояниях» . Природа . 419 (6907): 641–5. Bibcode : 2002natur.419..641y . doi : 10.1038/nature01084 . PMID 12374985 . S2CID 25822700 .
Коллинз Н., Пут Р.А., Кукимото И., Гарсия-Джименес С., Делэр Г., Варга-Вейс П.Д. (декабрь 2002 г.). «Для репликации ДНК через гетерохроматин необходим комплекс с хроматином ACF1-ISWI-хроматина». Природа генетика . 32 (4): 627–32. doi : 10.1038/ng1046 . PMID 12434153 . S2CID 22545162 .
Loyola A, Huang JY, Leroy G, Hu S, Wang YH, Donnelly RJ, Lane WS, Lee SC, Reinberg D (октябрь 2003 г.). «Функциональный анализ субъединиц коэффициента сборки хроматина RSF» . Молекулярная и клеточная биология . 23 (19): 6759–68. doi : 10.1128/mcb.23.19.6759-6768.2003 . PMC 193931 . PMID 12972596 .
Shu H, Chen S, Bi Q, Mumby M, Brekken DL (март 2004 г.). «Идентификация фосфопротеинов и их сайтов фосфорилирования в клеточной линии лимфомы WEHI-231 B» . Молекулярная и клеточная протеомика . 3 (3): 279–86. doi : 10.1074/mcp.d300003-mcp200 . PMID 14729942 .
Obuse C, Yang H, Nozaki N, Goto S, Okazaki T, Yoda K (февраль 2004 г.). «Протеомический анализ комплекса центромеры из интерфазных клеток HELA: ультрафиолетовый ДНК-связывающий белок 1 (DDB-1) является компонентом CEN-комплекса, в то время как BMI-1 временно сочетается с центромерной областью в интерфазной» . Гены к клеткам . 9 (2): 105–20. doi : 10.1111/j.1365-2443.2004.00705.x . PMID 15009096 . S2CID 21813024 .
Geiman TM, Sankpal UT, Robertson AK, Zhao Y, Zhao Y, Robertson KD (май 2004 г.). «DNMT3B взаимодействует с ферментом ремоделирования хроматина HSNF2H, HDAC 1 и 2 и компонентами системы метилирования гистонов». Биохимическая и биофизическая исследовательская коммуникация . 318 (2): 544–55. doi : 10.1016/j.bbrc.2004.04.058 . PMID 15120635 .
Geiman TM, Sankpal UT, Robertson AK, Chen Y, Mazumdar M, Heale JT, Schmiesing JA, Kim W, Yokomori K, Zhao Y, Robertson KD (2004). «Выделение и характеристика нового комплекса ДНК метилтрансферазы, связывающего DNMT3B с компонентами механизма конденсации митотической хромосом» . Исследование нуклеиновых кислот . 32 (9): 2716–29. doi : 10.1093/nar/gkh589 . PMC 419596 . PMID 15148359 .

Эта статья о гене о хромосоме человека 4 является заглушкой . Вы можете помочь Википедии, расширив ее .

[refGRCh38Ensembl-1] Jump up to: ^а ^{беременный} ^в GRCH38: Ensembl Release 89: ENSG00000153147 - ENSEMBL , май 2017 г.

[refGRCm38Ensembl-2] Jump up to: ^а ^{беременный} ^в GRCM38: Ensembl Release 89: Ensmusg00000031715 - Ensembl , май 2017 г.

[3] «Человеческая PubMed ссылка:» . Национальный центр информации о биотехнологии, Национальная медицина США .

[4] «Мышь Pubmed ссылка:» . Национальный центр информации о биотехнологии, Национальная медицина США .

[pmid9730600-5] Айхара Т., Миёси Ю., Кояма К., Сузуки М., Такахаши Е., Монден М., Муста Ю (октябрь 1998 г.). «Конунг и картирование Smarca5, кодирующего HSNF2H, новый человеческий гомолог розофилы Iswi» Цитогенетика и клеточная генетика 81 (3–4): 191–3 Doi : 10.1159/00015027 . PMID 9730600 S2CID 46768416 .

[entrez-6] Jump up to: ^а ^{беременный} «Ген Entrez: SMARCA5 SWI/SNF, связанная с матрицей, актин -зависимый регулятор хроматина, подсемейство A, член 5» .

[pmid12198550-7] Jump up to: ^а ^{беременный} ^в Hakimi MA, Bochar Da, Schmiesing JA, Dong Y, Barak OG, Speicher DW, Yokomori K, Shiekhattar R (август 2002 г.). «Комплекс ремоделирования хроматина, который загружает сплоченность на хромосомы человека». Природа . 418 (6901): 994–8. Bibcode : 2002natur.418..994H . doi : 10.1038/nature01024 . PMID 12198550 . S2CID 4344470 .

[pmid10880450-8] Jump up to: ^а ^{беременный} Poot RA, Dellaire G, Hülsmann BB, Grimaldi MA, Corona DF, Becker PB, Bickmore WA, Varga-Weisz PD (июль 2000). «Huchrac, комплекс ремоделирования хроматина ISWI человека содержит HACF1 и два новых гистоновых белка» . Embo Journal . 19 (13): 3377–87. doi : 10.1093/emboj/19.13.3377 . PMC 313940 . PMID 10880450 .

[pmid12374985-9] Jump up to: ^а ^{беременный} Yasui D, Miyano M, Cai S, Varga-Weisz P, Kohwi-Shigematsu T (октябрь 2002). «SATB1 нацелен на ремоделирование хроматина, чтобы регулировать гены на больших расстояниях» . Природа . 419 (6907): 641–5. Bibcode : 2002natur.419..641y . doi : 10.1038/nature01084 . PMID 12374985 . S2CID 25822700 .

[pmid10655480-10] Bochar Da, Savard J, Wang W, Lafleur DW, Moore P, Côté J, Shiehathatar R (февраль 2000 г.). «Семейство факторов ремоделирования хроматина, связанных с транскрипционным фактором синдрома Уильямса» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 97 (3): 1038–43. Bibcode : 2000pnas ... 97.1038b . doi : 10.1073/pnas.97.3.1038 . PMC 15513 . PMID 10655480 .

[pmid11980720-11] Bozhenok L, Wade PA, Varga-Weisz P (май 2002). «WSTF-ISWI-хроматин комплекс, нацеленные на гетерохроматическую репликацию» . Embo Journal . 21 (9): 2231–41. doi : 10.1093/emboj/21.9.2231 . PMC 125993 . PMID 11980720 .

[1]

[2]

[ 3 ]

[ 4 ]

[ 5 ]

[ 6 ]

[ 7 ]

[ 8 ]

[ 9 ]

[ 10 ]

[ 11 ]