ЭРИХ2

ЭРИХ2
Идентификаторы
Псевдонимы	ERICH2 , богатый глютаматом 2
Внешние идентификаторы	МГИ : 1913998 ; Гомологен : 75226 ; Генные карты : ERICH2 ; ОМА : ERICH2 — ортологи
showМестоположение гена ( Мышь )
Chr.	Chromosome 2 (mouse)
End	70,371,228 bp
hideОртологи
	285141
	66748
	ENSG00000204334
	ENSMUSG00000075302
	А1Л162
	н/д
	НМ_001289947 ; НМ_001290030 ; НМ_001290031
	НМ_025744
	НП_001276876 ; НП_001276959 ; НП_001276960
	н/д
	Викиданные
Просмотр/редактирование человека	Просмотр/редактирование мыши

Белок 2, богатый глутаматом, представляет собой белок человека, кодируемый геном ERICH2 . Этот белок в значительной степени экспрессируется в мужских тканях, особенно в семенниках , а белки обнаруживаются в фибриллярном центре ядрышек и везикулах этих клеток яичка. ^{[ 4 ]} Белок имеет множество белковых взаимодействий, которые указывают на то, что он может играть роль в модификации гистонов и правильном их функционировании. ^{[ 5 ]}

Ген

ERICH2 расположен на хромосоме 2 человека в районе 2q31.1. ^{[ 6 ]} Он содержит 10 различных экзонов . Сам ген имеет длину 28 930 пар оснований и окружен генами EIF2S2P4 и GAD1. ^{[ 6 ]} неизвестны Паралоги гена ERICH2 .

мРНК

Транскрипция ERICH2 дает три проверенных различных варианта мРНК. Самый длинный вариант транскрипта имеет 1388 пар оснований , 1311 из которых являются кодирующими. длину ^{[ 6 ]} Второй вариант отличается от первого 5'-UTR. Он также имеет различия в кодирующей последовательности и отдельный N-конец по сравнению с вариантом 1. ^{[ 6 ]} Вариант 3 лишен нескольких экзонов, имеет четкую кодирующую область 3'-UTR и С-конца. Этот вариант также короче двух других и имеет 1063 пары оснований. ^{[ 6 ]}

Мультфильм о белке ERICH2. Зеленая рамка представляет домен PHA03247, оранжевая рамка представляет собой сайт амидирования, синяя рамка представляет собой сайт связывания цАМФ- и цГМФ-зависимой протеинкиназы. Метки серого прямоугольника P представляют собой область, богатую пролином, а метка серого прямоугольника «консервативный» - это та, которая сохраняется во всех удаленных ортологах. серые метки представляют сайты фосфорилирования, а красные флажки представляют собой сайты аминокислот глутамата. Зеленые линии в верхней части рисунка представляют сигналы ядерной локализации Pat4, а серые скобки представляют сигналы локализации Pat7.

Белок

Белок ERICH2 состоит из 436 аминокислот в длину и имеет молекулярную массу примерно 48 000 кДа. ^{[ 7 ]} с изоэлектрической точкой около 5. ^{[ 7 ]} Установлено, что белок богат аминокислотой пролином и имеет мало тирозина и глицина .

Мотивы и домены

В белке человека ERICH2 обнаружено два известных мотива. Мотив KKNT участвует в фосфорилировании цАМФ и цГМФ-зависимых белков , этот белковый мотив обнаружен только у приматов. ^{[ 8 ]} У млекопитающих также консервативен мотив FGRR, который определяется как сайт амидирования . ^{[ 9 ]} Наконец, белок ERICH2 содержит домен PHA03247 длиной 32 аминокислоты. ^{[ 6 ]} Эта область обычно не сохраняется через ортологи, и функция неизвестна. Он присутствует в белках, составляющих вирион герпеса . ^{[ 10 ]}

Структура и локализация

Прогноз вторичной структуры показывает образование одной альфа-спирали и одной бета-цепи . Альфа-спираль охватывает весь консервативный участок, как показано на рисунке белка ERICH2. Бета-цепь расположена на 12 аминокислот ниже от места амидирования и включает 4 аминокислоты. ^{[ 11 ]} В белке обнаружено четыре сигнала ядерной локализации : два сигнала pat4 и два сигнала pat7, их расположение показано на рисунке. ^{[ 12 ]} В 78 процентах случаев прогнозируется, что белок находится в ядре . ^{[ 12 ]}

Выражение

ERICH2 экспрессируется не повсеместно. Однако было показано, что он экспрессируется узко в сосудистом сплетении развивающегося плода и в семенниках взрослых. ^{[ 14 ]} Экспрессия в легких и женских тканях также присутствовала, но экспрессия была значительно снижена. ^{[ 15 ]} Белки специфически расположены в фибриллярном центре ядрышек и везикулах внутри клеток. ^{[ 4 ]}^{[ 16 ]}

Регулирование экспрессии

Для белка ERICH2 предсказано множество сайтов фосфорилирования. Ничего не прогнозируется для тирозинов, только для серинов и треонинов. ^{[ 17 ]}^{[ 18 ]} Также существует предсказанный сайт ацетилирования на N-конце белка, в частности, он предсказан на третьей аминокислоте. ^{[ 19 ]} Предполагается, что многие SOX/ SRY -определяющие пол/семенники и родственные факторы транскрипции фактора бокса HMG и эстроген- связанные факторы транскрипции связывают и регулируют транскрипцию ERICH2. ^{[ 20 ]}

Функция

Взаимодействующие белки

ERICH2 взаимодействует с белками семейства H2A . ^{[ 5 ]}^{[ 16 ]} Белки H2A играют особую роль в октамерной структуре гистонов . Известно, что ERICH2 взаимодействует с белком H2AFY , который играет ключевую роль в стабильной инактивации Х-хромосомы и может функционировать, заменяя нормальный H2A в определенных нуклеосомах и, таким образом, подавляя транскрипцию. ^{[ 21 ]}

Также известно, что ERICH2 взаимодействует с белком SDCB1 , который участвует в транспортировке пузырьков и регуляции роста и пролиферации некоторых раковых клеток. ^{[ 22 ]}

Белок IWS1 также взаимодействует с ERICH2. Этот белок действует как фактор транскрипции и играет ключевую роль в определении состава элонгационного комплекса РНК-полимеразы II. ^{[ 23 ]} Этот комплекс затем играет роль в модификации гистонов и правильном сплайсинге .

Двухгибридные анализы и другие методы взаимодействия белков показали взаимодействие с белком PSORS1C2, но функция этого белка остается неизвестной. ^{[ 5 ]}

Гомология

Паралоги белка ERICH2 неизвестны. ERICH2 имеет 124 известных ортолога, охватывающих несколько таксонов. ^{[ 6 ]}

Род и вид	Общее имя	Дата расхождения (MYA) ^{[ 24 ]}	Длина последовательности (аа)	Идентификация последовательности	Сходство последовательностей
Мудрый человек	Человек	0	436	--	--
Русеттус египетский	Египетская фруктовая летучая мышь	94	430	58%	63%
Пропитек был приготовлен	Кокерель мы включаем	74	323	54%	60%
Мышиная мышца	Мышь	90	463	47%	56%
Морской Медведь	Белый Медведь	94	296	50%	53%
Миссисипский аллигатор	Американский Аллигатор	320	370	28%	38%
Тамнофис сирталис	Обыкновенная подвязочная змея	320	309	27%	37%
Каллоринхус милии	Австралийская акула-призрак	465	319	22%	33%
Дания рерио	Рыба-зебра	432	310	24%	30%
Стронгилоцентротус пурпурный	Фиолетовый морской еж	627	470	23%	25%
Крассострея гигантская	Тихоокеанская устрица	758	293	17%	22%
Бемизия табаки	Белокрылка серебристая	758	213	13%	14%
Прикрепленный трихоплакс	Трихоплакс	930	164	12%	15%

Ссылки

^ Jump up to: ^а ^б ^с GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000075302 – Ensembl , май 2017 г.
^ «Ссылка на Human PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
^ «Ссылка на Mouse PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
^ Jump up to: ^а ^б «Атлас клеток — ERICH2 — Атлас белков человека» . www.proteinatlas.org . Проверено 17 февраля 2017 г.
^ Jump up to: ^а ^б ^с «Результаты — Mentha: браузер Interactome» . mentha.uniroma2.it . Проверено 27 апреля 2017 г.
^ Jump up to: ^а ^б ^с ^д ^и ^ж ^г «ERICH2 богатый глутаматом 2 [Homo sapiens (человек)] - Ген - NCBI» . www.ncbi.nlm.nih.gov . Проверено 17 февраля 2017 г.
^ Jump up to: ^а ^б Крамер, Джек (1990). «Биологический рабочий стол 3.2» . ^{[ постоянная мертвая ссылка ]}
^ «ПРОСИТ» . prosite.expasy.org . Проверено 26 февраля 2017 г.
^ «ПРОСИТ» . prosite.expasy.org . Проверено 26 февраля 2017 г.
^ Людвиг А., Кригер М.А. (декабрь 2016 г.). «Геномные и филогенетические доказательства одомашнивания ретротранспозона VIPER у трипаносоматид» . Мемориалы Института Освальдо Круса . 111 (12): 765–769. дои : 10.1590/0074-02760160224 . ПМК 5146736 . ПМИД 27849219 .
^ Пирсон, Уильям (1999). «Биологический рабочий стол» . Инструментарий SDSC Biology . Проверено 15 февраля 2017 г. ^{[ постоянная мертвая ссылка ]}
^ Jump up to: ^а ^б «ПСОРТ II Прогноз» . psort.hgc.jp . Проверено 7 мая 2017 г.
^ «Атлас клеток — ERICH2 — Атлас белков человека» . www.proteinatlas.org . Проверено 27 апреля 2017 г.
^ Европейская лаборатория молекулярной биологии. «Атлас экспрессии» .
^ Группа Шулер. «Профиль EST — Hs.443729» . www.ncbi.nlm.nih.gov . Проверено 27 апреля 2017 г. {{cite web}}: |last= имеет общее имя ( справка )
^ Jump up to: ^а ^б База данных GeneCards Human Gene. «Ген ERICH2 - GeneCards | Белок ERIC2 | Антитело ERIC2» . www.genecards.org . Проверено 7 мая 2017 г.
^ «ExPASy: Портал ресурсов SIB по биоинформатике — Категории» . www.expasy.org . Проверено 7 мая 2017 г.
^ «Сервер NetPhos 3.1» . www.cbs.dtu.dk. Проверено 7 мая 2017 г.
^ «Сервер NetAcet 1.0» . www.cbs.dtu.dk. Проверено 7 мая 2017 г.
^ «Genomatix: аннотация генома и браузер: ввод запроса» . www.genomatix.de . Проверено 7 мая 2017 г.
^ «H2AFY — Основной гистон макро-H2A.1 — Homo sapiens (Человек) — Ген и белок H2AFY» . www.uniprot.org . Проверено 27 апреля 2017 г.
^ «SDCBP - Синтенин-1 - Homo sapiens (Человек) - ген и белок SDCBP» . www.uniprot.org . Проверено 27 апреля 2017 г.
^ База данных GeneCards Human Gene. «Ген IWS1 — GeneCards | Белок IWS1 | Антитело IWS1» . www.genecards.org . Проверено 7 мая 2017 г.
^ «Дерево Времени:: Временная шкала жизни» . www.timetree.org . Проверено 7 мая 2017 г.

[refGRCm38Ensembl-1] Jump up to: ^а ^б ^с GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000075302 – Ensembl , май 2017 г.

[2] «Ссылка на Human PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .

[3] «Ссылка на Mouse PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .

[:2-4] Jump up to: ^а ^б «Атлас клеток — ERICH2 — Атлас белков человека» . www.proteinatlas.org . Проверено 17 февраля 2017 г.

[:4-5] Jump up to: ^а ^б ^с «Результаты — Mentha: браузер Interactome» . mentha.uniroma2.it . Проверено 27 апреля 2017 г.

[:0-6] Jump up to: ^а ^б ^с ^д ^и ^ж ^г «ERICH2 богатый глутаматом 2 [Homo sapiens (человек)] - Ген - NCBI» . www.ncbi.nlm.nih.gov . Проверено 17 февраля 2017 г.

[:3-7] Jump up to: ^а ^б Крамер, Джек (1990). «Биологический рабочий стол 3.2» . ^{[ постоянная мертвая ссылка ]}

[:1-8] «ПРОСИТ» . prosite.expasy.org . Проверено 26 февраля 2017 г.

[9] «ПРОСИТ» . prosite.expasy.org . Проверено 26 февраля 2017 г.

[10] Людвиг А., Кригер М.А. (декабрь 2016 г.). «Геномные и филогенетические доказательства одомашнивания ретротранспозона VIPER у трипаносоматид» . Мемориалы Института Освальдо Круса . 111 (12): 765–769. дои : 10.1590/0074-02760160224 . ПМК 5146736 . ПМИД 27849219 .

[11] Пирсон, Уильям (1999). «Биологический рабочий стол» . Инструментарий SDSC Biology . Проверено 15 февраля 2017 г. ^{[ постоянная мертвая ссылка ]}

[:5-12] Jump up to: ^а ^б «ПСОРТ II Прогноз» . psort.hgc.jp . Проверено 7 мая 2017 г.

[13] «Атлас клеток — ERICH2 — Атлас белков человека» . www.proteinatlas.org . Проверено 27 апреля 2017 г.

[14] Европейская лаборатория молекулярной биологии. «Атлас экспрессии» .

[15] Группа Шулер. «Профиль EST — Hs.443729» . www.ncbi.nlm.nih.gov . Проверено 27 апреля 2017 г. {{cite web}}: |last= имеет общее имя ( справка )

[:6-16] Jump up to: ^а ^б База данных GeneCards Human Gene. «Ген ERICH2 - GeneCards | Белок ERIC2 | Антитело ERIC2» . www.genecards.org . Проверено 7 мая 2017 г.

[17] «ExPASy: Портал ресурсов SIB по биоинформатике — Категории» . www.expasy.org . Проверено 7 мая 2017 г.

[18] «Сервер NetPhos 3.1» . www.cbs.dtu.dk. Проверено 7 мая 2017 г.

[19] «Сервер NetAcet 1.0» . www.cbs.dtu.dk. Проверено 7 мая 2017 г.

[20] «Genomatix: аннотация генома и браузер: ввод запроса» . www.genomatix.de . Проверено 7 мая 2017 г.

[21] «H2AFY — Основной гистон макро-H2A.1 — Homo sapiens (Человек) — Ген и белок H2AFY» . www.uniprot.org . Проверено 27 апреля 2017 г.

[22] «SDCBP - Синтенин-1 - Homo sapiens (Человек) - ген и белок SDCBP» . www.uniprot.org . Проверено 27 апреля 2017 г.

[23] База данных GeneCards Human Gene. «Ген IWS1 — GeneCards | Белок IWS1 | Антитело IWS1» . www.genecards.org . Проверено 7 мая 2017 г.

[24] «Дерево Времени:: Временная шкала жизни» . www.timetree.org . Проверено 7 мая 2017 г.

[1]

[ 2 ]

[ 3 ]

[ 4 ]

[ 5 ]

[ 6 ]

[ 7 ]

[ 8 ]

[ 9 ]

[ 10 ]

[ 11 ]

[ 12 ]

[ 13 ]

[ 14 ]

[ 15 ]

[ 16 ]

[ 17 ]

[ 18 ]

[ 19 ]

[ 20 ]

[ 21 ]

[ 22 ]

[ 23 ]

[ 24 ]