МБД1

МБД1
Доступные структуры
ПДБ	Поиск ортологов: PDBe RCSB
показывать Список идентификационных кодов PDB
	1IG4, 1D9N, 4D4W
Идентификаторы
Псевдонимы	MBD1 , CXXC3, PCM1, RFT, белок 1 домена связывания метил-CpG
Внешние идентификаторы	Опустить : 156535 ; МГИ : 1333811 ; Гомологен : 8414 ; Генные карты : MBD1 ; ОМА : MBD1 — ортологи
показывать Местоположение гена ( человек )
Chr.	Chromosome 18 (human)
End	50,281,774 bp
показывать Местоположение гена ( Мышь )
Chr.	Chromosome 18 (mouse)
End	74,415,803 bp
показывать экспрессии РНК Характер
	Top expressed in
	left testis; ; right testis; ; parotid gland; ; pituitary gland; ; anterior pituitary; ; skin of leg; ; middle temporal gyrus; ; left ovary; ; right lobe of thyroid gland; ; right ovary;
	Top expressed in
	lacrimal gland; ; lobe of prostate; ; left lobe of liver; ; left colon; ; neural layer of retina; ; vestibular membrane of cochlear duct; ; lumbar subsegment of spinal cord; ; tibiofemoral joint; ; thymus; ; parotid gland;
	More reference expression data
	; ;
	More reference expression data
показывать Генная онтология
Molecular function	DNA binding; double-stranded methylated DNA binding; zinc ion binding; metal ion binding; protein binding; methyl-CpG binding; DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific;
Cellular component	nuclear speck; nuclear matrix; chromosome; nucleus; nucleoplasm;
Biological process	regulation of transcription, DNA-templated; transcription by RNA polymerase II; transcription, DNA-templated; negative regulation of transcription, DNA-templated; regulation of transcription by RNA polymerase II; negative regulation of transcription by RNA polymerase II; DNA methylation-dependent heterochromatin assembly;
	Sources:Amigo / QuickGO
скрывать Ортологи
	4152
	17190
	ENSG00000141644
	ENSMUSG00000024561
	Q9UIS9
	Q9Z2E2
показывать НМ_001204136 ; НМ_001204137 ; НМ_001204138 ; НМ_001204139 ; НМ_001204140 ;
	NM_001204141; NM_001204142; NM_001204143; NM_001204151; NM_002384; NM_015844; NM_015845; NM_015846; NM_015847; NM_001323942; NM_001323947; NM_001323949; NM_001323950; NM_001323951; NM_001323952; NM_001323953; NM_001323954
	НМ_013594 ; НМ_001357421 ; НМ_001357422 ; НМ_001357423
показывать НП_001191065 ; НП_001191066 ; НП_001191067 ; НП_001191068 ; НП_001191069 ;
	NP_001191070; NP_001191071; NP_001191072; NP_001191080; NP_001310871; NP_001310876; NP_001310878; NP_001310879; NP_001310880; NP_001310881; NP_001310882; NP_001310883; NP_002375; NP_056669; NP_056670; NP_056671; NP_056723
показывать НП_038622 ; НП_001344350 ; НП_001344351 ; НП_001344352 ; НП_001389818 ;
	NP_001389819; NP_001389820; NP_001389821; NP_001389823; NP_001389824
	Викиданные
Просмотр/редактирование человека	Просмотр/редактирование мыши

Белок 1 метил-CpG-связывающего домена представляет собой белок , который у человека кодируется MBD1 геном . ^{[ 5 ]}^{[ 6 ]}^{[ 7 ]} Белок, кодируемый MBD1, связывается с метилированными последовательностями ДНК и тем самым влияет на транскрипцию . Он связывается с различными метилированными последовательностями и, по-видимому, опосредует репрессию экспрессии генов. Было показано, что он играет роль в модификации хроматина посредством взаимодействия с метилтрансферазой гистона H3K9 SETDB1. H3K9me3 — репрессивная модификация.

Функция

Метилирование ДНК является основной модификацией геномов эукариот и играет важную роль в развитии млекопитающих. Человеческие белки MECP2, MBD1, MBD2, MBD3 и MBD4 составляют семейство ядерных белков, родственных по наличию в каждом метил-CpG-связывающего домена (MBD). Каждый из этих белков, за исключением MBD3, способен специфически связываться с метилированной ДНК. MECP2, MBD1 и MBD2 также могут подавлять транскрипцию с промоторов метилированных генов. Пять вариантов транскрипта MBD1 генерируются путем альтернативного сплайсинга, что приводит к образованию изоформ белка, которые содержат один домен MBD, два-три домена, богатых цистеином (CXXC), и некоторые различия в конце COOH. Все пять вариантов транскриптов репрессируют транскрипцию с метилированных промоторов; кроме того, варианты с тремя доменами CXXC также подавляют активность неметилированного промотора. MBD1 и MBD2 очень близко расположены друг к другу на хромосоме 18q21. ^{[ 7 ]}

Взаимодействия

Было показано, что MBD1 взаимодействует с ATF7IP . ^{[ 8 ]} CBX5 , ^{[ 9 ]}^{[ 10 ]} ЧАФ1А ^{[ 10 ]} и внедорожник39H1 . ^{[ 9 ]}

Ссылки

^ Перейти обратно: ^а ^б ^с GRCh38: Версия Ensembl 89: ENSG00000141644 – Ensembl , май 2017 г.
^ Перейти обратно: ^а ^б ^с GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000024561 – Ensembl , май 2017 г.
^ «Ссылка на Human PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
^ «Ссылка на Mouse PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
^ Кросс С.Х., Михан Р.Р., Нан X, Берд А (июль 1997 г.). «Компонент репрессора транскрипции MeCP1 имеет общий мотив с ДНК-метилтрансферазой и белками HRX». Нат Жене . 16 (3): 256–9. дои : 10.1038/ng0797-256 . ПМИД 9207790 . S2CID 23475072 .
^ Хендрих Б., Эбботт С., Маккуин Х., Чемберс Д., Кросс С., Берд А. (сентябрь 1999 г.). «Геномная структура и хромосомное картирование генов Mbd1, Mbd2, Mbd3 и Mbd4 мыши и человека». Геном Мамм . 10 (9): 906–12. дои : 10.1007/s003359901112 . ПМИД 10441743 . S2CID 819148 .
^ Перейти обратно: ^а ^б «Ген Энтрез: белок 1 метил-CpG-связывающего домена MBD1» .
^ Фудзита Н., Ватанабэ С., Ичимура Т., Окума Ю., Чиба Т., Сая Х., Накао М. (апрель 2003 г.). «MCAF опосредует MBD1-зависимую репрессию транскрипции» . Мол. Клетка. Биол . 23 (8): 2834–43. дои : 10.1128/MCB.23.8.2834-2843.2003 . ПМК 152570 . ПМИД 12665582 .
^ Перейти обратно: ^а ^б Фудзита Н., Ватанабэ С., Ичимура Т., Цурузоэ С., Синкай Ю., Татибана М., Чиба Т., Накао М. (июнь 2003 г.). «Метил-CpG-связывающий домен 1 (MBD1) взаимодействует с гетерохроматическим комплексом Suv39h1-HP1 для репрессии транскрипции, основанной на метилировании ДНК» . Ж. Биол. Хим . 278 (26): 24132–8. дои : 10.1074/jbc.M302283200 . ПМИД 12711603 .
^ Перейти обратно: ^а ^б Риз Б.Е., Бахман К.Е., Бэйлин С.Б., Раунтри М.Р. (май 2003 г.). «Метил-CpG-связывающий белок MBD1 взаимодействует с субъединицей p150 фактора сборки хроматина 1» . Мол. Клетка. Биол . 23 (9): 3226–36. дои : 10.1128/MCB.23.9.3226-3236.2003 . ПМЦ 153189 . ПМИД 12697822 .

Дальнейшее чтение

Маруяма К., Сугано С. (1994). «Олиго-кэпирование: простой метод замены кэп-структуры эукариотических мРНК олигорибонуклеотидами». Джин . 138 (1–2): 171–4. дои : 10.1016/0378-1119(94)90802-8 . ПМИД 8125298 .
Сузуки Ю, Ёситомо-Накагава К, Маруяма К, Суяма А, Сугано С (1997). «Создание и характеристика библиотеки кДНК, обогащенной по полной длине и по 5'-концу». Джин . 200 (1–2): 149–56. дои : 10.1016/S0378-1119(97)00411-3 . ПМИД 9373149 .
Хендрих Б., Бёрд А (1998). «Идентификация и характеристика семейства метил-CpG-связывающих белков млекопитающих» . Мол. Клетка. Биол . 18 (11): 6538–47. дои : 10.1128/MCB.18.11.6538 . ПМЦ 109239 . ПМИД 9774669 .
Уэба Т., Каспар Б., Чжао X, Гейдж Ф.Х. (1999). «Репрессия человеческого фактора роста фибробластов 2 новым фактором транскрипции» . Ж. Биол. Хим . 274 (15): 10382–7. дои : 10.1074/jbc.274.15.10382 . ПМИД 10187827 .
Фудзита Н., Такебаяши С., Окумура К., Кудо С., Тиба Т., Сая Х., Накао М. (1999). «Опосредованное метилированием транскрипционное молчание в эухроматине с помощью изоформ метил-CpG-связывающего белка MBD1» . Мол. Клетка. Биол . 19 (9): 6415–26. дои : 10.1128/MCB.19.9.6415 . ПМК 84611 . ПМИД 10454587 .
Оки И., Симотаке Н., Фудзита Н., Накао М., Сиракава М. (2000). «Структура раствора метил-CpG-связывающего домена зависимого от метилирования репрессора транскрипции MBD1» . ЭМБО Дж . 18 (23): 6653–61. дои : 10.1093/emboj/18.23.6653 . ПМЦ 1171728 . ПМИД 10581239 .
Нг Х.Х., Джеппесен П., Берд А. (2000). «Активная репрессия метилированных генов хромосомным белком MBD1» . Мол. Клетка. Биол . 20 (4): 1394–406. дои : 10.1128/MCB.20.4.1394-1406.2000 . ПМЦ 85293 . ПМИД 10648624 .
Фудзита Н., Симотаке Н., Оки И., Тиба Т., Сая Х., Сиракава М., Накао М. (2000). «Механизм регуляции транскрипции с помощью метил-CpG-связывающего белка MBD1» . Мол. Клетка. Биол . 20 (14): 5107–18. дои : 10.1128/MCB.20.14.5107-5118.2000 . ПМК 85960 . ПМИД 10866667 .
Сайто М., Исикава Ф (2002). «mCpG-связывающий домен человеческого MBD3 не связывается с mCpG, но взаимодействует с компонентами NuRD/Mi2 HDAC1 и MTA2» . Ж. Биол. Хим . 277 (38): 35434–9. дои : 10.1074/jbc.M203455200 . ПМИД 12124384 .
Бейер К.С., Блази Ф., Бачелли Э., Клаук С.М., Маэстрини Э., Пустка А. (2002). «Мутационный анализ кодирующей последовательности гена MECP2 при детском аутизме». Хм. Жене . 111 (4–5): 305–9. дои : 10.1007/s00439-002-0786-3 . ПМИД 12384770 . S2CID 16236528 .
Патра С.К., Патра А., Чжао Х., Кэрролл П., Дахия Р. (2003). «Метил-CpG-ДНК-связывающие белки при раке простаты человека: экспрессия последовательности CXXC, содержащей MBD1, и репрессия MBD2 и MeCP2». Биохим. Биофиз. Рез. Коммун . 302 (4): 759–66. дои : 10.1016/S0006-291X(03)00253-5 . ПМИД 12646234 .
Фудзита Н., Ватанабэ С., Ичимура Т., Окума Ю., Чиба Т., Сая Х., Накао М. (2003). «MCAF опосредует MBD1-зависимую репрессию транскрипции» . Мол. Клетка. Биол . 23 (8): 2834–43. дои : 10.1128/MCB.23.8.2834-2843.2003 . ПМК 152570 . ПМИД 12665582 .
Риз Б.Е., Бахман К.Е., Бэйлин С.Б., Раунтри М.Р. (2003). «Метил-CpG-связывающий белок MBD1 взаимодействует с субъединицей p150 фактора сборки хроматина 1» . Мол. Клетка. Биол . 23 (9): 3226–36. дои : 10.1128/MCB.23.9.3226-3236.2003 . ПМЦ 153189 . ПМИД 12697822 .
Фудзита Н., Ватанабэ С., Ичимура Т., Цурузоэ С., Синкай Ю., Татибана М., Чиба Т., Накао М. (2003). «Метил-CpG-связывающий домен 1 (MBD1) взаимодействует с гетерохроматическим комплексом Suv39h1-HP1 для репрессии транскрипции, основанной на метилировании ДНК» . Ж. Биол. Хим . 278 (26): 24132–8. дои : 10.1074/jbc.M302283200 . ПМИД 12711603 .
Карни Р.М., Вулперт С.М., Раван С.А., Шахбазян М., Эшли-Кох А., Куккаро М.Л., Вэнс Дж.М., Перикак-Вэнс М.А. (2003). «Идентификация мутаций MeCP2 у ряда женщин с аутистическим расстройством». Педиатр. Нейрол . 28 (3): 205–11. дои : 10.1016/S0887-8994(02)00624-0 . ПМИД 12770674 .
Джорджель П.Т., Горовиц-Шерер Р.А., Адкинс Н., Вудкок К.Л., Уэйд П.А., Хансен Дж.К. (2003). «Уплотнение хроматина с помощью MeCP2 человека. Сборка новых вторичных структур хроматина в отсутствие метилирования ДНК» . Ж. Биол. Хим . 278 (34): 32181–8. дои : 10.1074/jbc.M305308200 . ПМИД 12788925 .
Ватанабэ С., Ичимура Т., Фудзита Н., Цурузоэ С., Оки И., Сиракава М., Кавасудзи М., Накао М. (2004). «Метилированный ДНК-связывающий домен 1 и метилпурин-ДНК-гликозилаза связывают репрессию транскрипции и репарацию ДНК в хроматине» . Учеб. Натл. акад. наук. США . 100 (22): 12859–64. дои : 10.1073/pnas.2131819100 . ПМК 240709 . ПМИД 14555760 .

[refGRCh38Ensembl-1] Перейти обратно: ^а ^б ^с GRCh38: Версия Ensembl 89: ENSG00000141644 – Ensembl , май 2017 г.

[refGRCm38Ensembl-2] Перейти обратно: ^а ^б ^с GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000024561 – Ensembl , май 2017 г.

[3] «Ссылка на Human PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .

[4] «Ссылка на Mouse PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .

[pmid9207790-5] Кросс С.Х., Михан Р.Р., Нан X, Берд А (июль 1997 г.). «Компонент репрессора транскрипции MeCP1 имеет общий мотив с ДНК-метилтрансферазой и белками HRX». Нат Жене . 16 (3): 256–9. дои : 10.1038/ng0797-256 . ПМИД 9207790 . S2CID 23475072 .

[pmid10441743-6] Хендрих Б., Эбботт С., Маккуин Х., Чемберс Д., Кросс С., Берд А. (сентябрь 1999 г.). «Геномная структура и хромосомное картирование генов Mbd1, Mbd2, Mbd3 и Mbd4 мыши и человека». Геном Мамм . 10 (9): 906–12. дои : 10.1007/s003359901112 . ПМИД 10441743 . S2CID 819148 .

[entrez-7] Перейти обратно: ^а ^б «Ген Энтрез: белок 1 метил-CpG-связывающего домена MBD1» .

[pmid12665582-8] Фудзита Н., Ватанабэ С., Ичимура Т., Окума Ю., Чиба Т., Сая Х., Накао М. (апрель 2003 г.). «MCAF опосредует MBD1-зависимую репрессию транскрипции» . Мол. Клетка. Биол . 23 (8): 2834–43. дои : 10.1128/MCB.23.8.2834-2843.2003 . ПМК 152570 . ПМИД 12665582 .

[pmid12711603-9] Перейти обратно: ^а ^б Фудзита Н., Ватанабэ С., Ичимура Т., Цурузоэ С., Синкай Ю., Татибана М., Чиба Т., Накао М. (июнь 2003 г.). «Метил-CpG-связывающий домен 1 (MBD1) взаимодействует с гетерохроматическим комплексом Suv39h1-HP1 для репрессии транскрипции, основанной на метилировании ДНК» . Ж. Биол. Хим . 278 (26): 24132–8. дои : 10.1074/jbc.M302283200 . ПМИД 12711603 .

[pmid12697822-10] Перейти обратно: ^а ^б Риз Б.Е., Бахман К.Е., Бэйлин С.Б., Раунтри М.Р. (май 2003 г.). «Метил-CpG-связывающий белок MBD1 взаимодействует с субъединицей p150 фактора сборки хроматина 1» . Мол. Клетка. Биол . 23 (9): 3226–36. дои : 10.1128/MCB.23.9.3226-3236.2003 . ПМЦ 153189 . ПМИД 12697822 .

[1]

[2]

[ 3 ]

[ 4 ]

[ 5 ]

[ 6 ]

[ 7 ]

[ 8 ]

[ 9 ]

[ 10 ]