Номенклатурные коды
Номенклатурные коды или коды номенклатуры — это различные своды правил, которые регулируют наименование живых организмов. Стандартизация научных названий биологических организмов позволяет исследователям обсуждать результаты (в том числе открытие новых видов).
Поскольку изучение биологии становилось все более специализированным, для разных типов организмов были приняты определенные коды.
Для конечного пользователя, который имеет дело только с названиями видов, с некоторым пониманием того, что виды можно отнести к родам , семействам и другим таксонам более высоких рангов, может быть незаметно, что существует более одного кода, но за пределами этого базового уровня. они довольно разные по принципу работы.
Биномиальная номенклатура
[ редактировать ]В таксономии латинские биномиальная номенклатура («двухчленная система наименования»), также называемая бинарной номенклатурой , представляет собой формальную систему наименования видов живых существ путем присвоения каждому имени, состоящего из двух частей, обе из которых используют грамматические формы , хотя они могут быть основаны на словах из других языков. Такое имя называется биномиальным именем (которое можно сократить до просто «биномиального»), биноменом , биноминальным именем или научным названием ; более неофициально его также исторически называют латинским именем . В МКЗН систему еще называют биноминальной номенклатурой , [1] «binomi'N'al» с буквой «N» перед «al», что не является опечаткой и означает «систему именования с двумя именами». [2]
Первая часть названия – родовое название – идентифицирует род , к которому принадлежит вид, тогда как вторая часть – видовое название или видовой эпитет – различает вид внутри рода. Например, современные люди принадлежат к роду Homo и внутри этого рода к виду Homo sapiens . Тираннозавр рекс, вероятно, является наиболее широко известным биномом. [3]
Официальное « введение этой системы наименования видов приписывают Карлу Линнею , фактически начавшему с его работы Виды растений» в 1753 году. [4] Но уже в 1622 году Гаспар Бауэн ввел в свою книгу Pinax theatri botanici (англ. «Иллюстрированное изложение растений »), содержащую множество названий родов, которые впоследствии были приняты Линнеем. [5] двухчастных названий (биноминальной номенклатуры) для видов Введение Линнеем было долгожданным упрощением, поскольку по мере расширения наших знаний о биоразнообразии увеличивалась и длина названий, многие из которых стали громоздкими. [6]
Кодификация научных названий
[ редактировать ]Когда все натуралисты во всем мире приняли биноминальную номенклатуру, возникло несколько школ размышлений о деталях. необходим подробный свод правил Становилось все более очевидным, что для регулирования научных названий . Начиная с середины XIX века, было предпринято несколько инициатив по выработке общепринятых во всем мире сводов правил. В настоящее время номенклатурные коды регулируют наименование:
- Водоросли , грибы и растения — Международный кодекс номенклатуры водорослей, грибов и растений ( ICN ), который в июле 2011 года заменил Международный кодекс ботанической номенклатуры ( ICBN ) и ранее существовавшие Международные правила ботанической номенклатуры .
- Животные – Международный кодекс зоологической номенклатуры ( ICZN ).
- Бактерии и археи — Международный кодекс номенклатуры прокариот ( ICNP ), который в 2008 году заменил Международный кодекс номенклатуры бактерий ( ICNB ).
- Бактерии и археи, описанные на основе данных секвенирования – Код номенклатуры прокариот, описанных на основе данных секвенирования ( SeqCode ).
- Культурные растения – Международный кодекс номенклатуры культурных растений ( ICNCP ).
- Ассоциации растений – Международный кодекс фитосоциологической номенклатуры (ICPN).
- Вирусы – Международный кодекс классификации и номенклатуры вирусов (ICVCN); см. также классификацию вирусов .
Различия между кодами
[ редактировать ]Начальная точка
[ редактировать ]Отправная точка, то есть время, с которого эти коды вступают в силу (обычно задним числом), варьируется от группы к группе, а иногда и от ранга к рангу. [7] В ботанике и микологии отправной точкой часто является 1 мая 1753 года ( Линней , Species plantarum ). В зоологии это 1 января 1758 года (Линней, Systema Naturae , 10-е издание ). С другой стороны, бактериология началась заново, сделав полную очистку в 1980 году (Скерман и др., «Утвержденные списки названий бактерий»), хотя и сохранила первоначальных авторов и даты публикации. [8]
Исключения в ботанике: [9] [10] [11]
- Spermatophyta и Pteridophyta , надродовые названия: 4 августа 1789 г. ( Jussieu , Genera plantarum );
- Musci (кроме Sphagnaceae): 1 января 1801 г. ( Hedwig , Species muscorum );
- Sphagnaceae и Hepaticae (включая Anthocerotae ), надродовые названия: 4 августа 1789 г. (Jussieu, Genera plantarum );
- ( Грибки :) Микроспоридии регулируются МКЗН ( см. ниже ; рассматриваются как животные), а ископаемые грибы [12]
- ( Водоросли :)
- Nostocaceae homocysteae: 1 января 1892 г. (Gomont, « Monography des Oscillariées »);
- Nostocaceae hetercysteae: 1 января 1886 г. ( Bornet & Flahault , « Пересмотр Nostocaceae гетероцистеев »);
- Desmidiaceae : 1 января 1848 г. ( Ральф , британские Desmidieae );
- Oedogoniaceae : 1 января 1900 г. ( Хирн , « Монография и иконография Oedogoniaceae »);
- Ископаемые растения , водоросли ( за исключением диатомовых водорослей ) и грибы: 31 декабря 1820 г. ( Штернберг , Флора дер Форвельт ).
Исключения в зоологии: [13]
- Пауки : 1757 г. [ нужны разъяснения ] ( Клерк , Араней Свечичи ).
Работает
[ редактировать ]Существуют также различия в способах работы кодов. Например, ICN (код водорослей, грибов и растений) запрещает таутонимы , а ICZN (код животных) их разрешает.
Терминология
[ редактировать ]Эти кодексы различаются терминологией, и существует долгосрочный проект по «гармонизации» этого. Например, ICN использует слово «действительный» в «действительной публикации имени» (=акт публикации официального имени), а «установление имени» является эквивалентом ICZN . ICZN использует слово «действительный» в « действительном имени» («правильное имя»), а «правильное имя» является эквивалентом ICN . Гармонизация продвигается весьма ограниченно.
Типы
[ редактировать ]Существуют различия в том, какие типы используются . Бактериологический код отдает предпочтение культурам живого типа, но допускает и другие виды. Продолжаются споры о том, какой тип более полезен в таком случае, как цианобактерии . [14]
Другие коды
[ редактировать ]Биокод
[ редактировать ]Более радикальный подход был применен в 1997 году, когда Международный комитет по биономенклатуре (ICB) IUBS / IUMS представил давно обсуждаемый проект Биокода , в котором предлагалось заменить все существующие Кодексы их гармонизацией. [15] [16] Первоначально запланированной датой реализации проекта Биокода было 1 января 2000 г., но соглашение о замене существующих Кодексов достигнуто не было.
В 2011 году был предложен пересмотренный Биокод , который вместо замены существующих Кодексов обеспечит для них единый контекст и ссылается на них при необходимости. [17] [18] [19] В существующие кодексы потихоньку вносятся изменения по предложенным направлениям. [20] [21] Однако участники последнего серьезного обсуждения проекта Биокода пришли к выводу, что он, вероятно, не будет реализован при их жизни. [22]
Филокод
[ редактировать ]Многие авторы столкнулись с проблемами при использовании системы Линнея в филогенетической классификации. [23] Фактически, ранние сторонники ранговой номенклатуры, такие как Альфонс де Кандоль и авторы версии 1886 года кодекса номенклатуры Союза американских орнитологов, уже предполагали, что в будущем от ранговой номенклатуры придется отказаться. [24] [6] Другой Кодекс , который был разработан с 1998 года, — это ФилоКодекс , который теперь регулирует имена, определенные в соответствии с филогенетической номенклатурой вместо традиционной номенклатуры Линнея . Этот новый подход требует использования филогенетических определений, которые относятся к «спецификаторам», аналогичным «типу» в ранговой номенклатуре. Такие определения разграничивают таксоны данной филогении, и такая номенклатура не требует использования абсолютных рангов. Кодекс . вступил в силу в 2020 году с публикацией монографии «Филонимы» , включающей список имен, установленных в соответствии с этим кодексом
Амбирегнальные протисты
[ редактировать ]Некоторые протисты , иногда называемые амбирегнальными протистами , считаются одновременно простейшими и водорослями или простейшими и грибами , и их названия были опубликованы в рамках одной или обеих МКЗН и МКП . [25] [26] Возникшая в результате двойная формулировка в схемах классификации протистов привела к путанице. [27] [28] [29]
Группы, заявленные как протозоологами , так и фикологами, включают эвглениды , динофлагелляты , криптомонады , гаптофиты , глаукофиты , многие гетероконты (например, хризофиты , рафидофиты , силикофлагелляты , некоторые ксантофиты , протеромонады ), некоторые монадоидные зеленые водоросли ( волвокалеи и хоанофлагелляты ), бикосоециды , s , эбрииды и хлорарахниофиты .
Слизевики , плазмодии и другие « грибоподобные » организмы, по мнению как протозоологов, так и микологов, включают мицетозоев , плазмодиофоридов , акразидов и лабиринтуломицетов . Грибы, на которые претендуют как протозоологи, так и микологи, включают хитриды , бластоклады и кишечные грибы .
Другими проблемными группами являются цианобактерии (ICNP/ICN) и микроспоридии (ICZN/ICN).
Нерегулируемые таксоны
[ редактировать ]Зоологический кодекс не регламентирует названия таксонов ниже подвида и выше надсемейства. Предпринимается множество попыток внести некоторый порядок в номенклатуру этих таксонов. [30] [31] включая PhyloCode , дуплостенсиональную номенклатурную систему, [32] [33] и окружная номенклатура . [34] [35]
Ботанический кодекс применяется преимущественно к рангам надсемейства и ниже. Существуют некоторые правила для имен выше ранга надсемейства, но принцип приоритета к ним не применяется , а принцип типизации необязателен. Эти имена могут быть либо автоматически типизированными , либо описательными . [36] [37] В некоторых случаях таксон имеет два возможных названия (например, Chrysophyceae Pascher, 1914, nom. descrip.; Hibberd, 1976, nom. typificatum ). Описательные названия проблематичны, поскольку в случае разделения таксона не очевидно, какая новая группа получит существующее название. Между тем, при типизированных именах существующее имя принимается новой группой, которая все еще носит тип этого имени. Однако типизированные названия представляют для микроорганизмов особые проблемы. [29]
См. также
[ редактировать ]- Биномиальная номенклатура
- Ботаническая номенклатура
- Химическая номенклатура
- Общее имя
- Генная номенклатура
- Глоссарий научных названий
- Список таксонов, названных анаграммами
- Зоологическая номенклатура
- Древо жизни (биология)
Ссылки
[ редактировать ]- ^ Международная комиссия по зоологической номенклатуре 1999 г. , Глава 2, Статья 5. Принцип биноминальной номенклатуры. ( «Статья 5. Принцип биноминальной номенклатуры | Международный кодекс зоологической номенклатуры» . Архивировано из оригинала 29 марта 2023 года . Проверено 29 марта 2023 г. )
- ^ Международная комиссия по зоологической номенклатуре 1999 г. , Глоссарий - «биномен», «номенклатура, биноминальная» ( «Глоссарий | Международный кодекс зоологической номенклатуры» . Архивировано из оригинала 6 февраля 2023 года . Проверено 29 марта 2023 г. )
- ^ Басби, Артур III; и др. (1997). Путеводитель по камням и окаменелостям . п. 103.
- ^ Кнапп, Сандра . «Что в имени? История систематики: Линней и рождение современной систематики» . NHM.ac.uk. Музей естественной истории, Лондон . Архивировано из оригинала 18 октября 2014 года . Проверено 17 июня 2011 г.
- ^ Баухин, Гаспар. «Pinax theatri botanici» . Библиотека Киотского университета. Архивировано из оригинала 17 октября 2016 года . Проверено 19 июня 2016 г.
- ^ Jump up to: а б Лорен, Мишель (3 августа 2023 г.). Появление PhyloCode: продолжающаяся эволюция биологической номенклатуры . ЦРК Пресс. дои : 10.1201/9781003092827 . ISBN 978-1-003-09282-7 .
- ^ Николсон, Дэн (1991). «История ботанической номенклатуры» . Анналы ботанического сада Миссури . 78 (1): 33–56. дои : 10.2307/2399589 . JSTOR 2399589 .
- ^ Скерман, ВБД; Макгоуэн, В.; Снит, PHA (1980). «Утвержденные списки названий бактерий» . Межд. Дж. Сист. Бактериол . 30 : 225–420. дои : 10.1099/00207713-30-1-225 .
- ^ Читвуд, Б.Г. (1958). «Обозначение официальных названий высших таксонов беспозвоночных» . Бык. Зоол. Номенкл . 15 : 860–895. дои : 10.5962/bhl.part.19410 .
- ^ Сильва, ПК (1958). «Более поздние отправные точки в водорослях» (PDF) . Таксон . 7 (7): 181–184. дои : 10.2307/1216399 . JSTOR 1216399 .
- ^ ( Турланд и др. 2018 , статья 13)
- ^ ( Турланд и др. 2018 , статья F.1.1)
- ^ ICZN - Международная комиссия по зоологической номенклатуре (1999). Международный кодекс зоологической номенклатуры . Четвертое издание. Международный фонд зоологической номенклатуры, Лондон, Великобритания. 306 стр., [1] .
- ^ Орен, Аарон (2004). «Предложение по дальнейшей интеграции цианобактерий в Бактериологический кодекс» . Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 54 (ч. 5): 1895–1902. дои : 10.1099/ijs.0.03008-0 . ПМИД 15388760 .
- ^ «Проект Биокода » . 1997.
- ^ Макнил, Джон (4 ноября 1996 г.). «Глава 2. Биокод: Интегрированная биологическая номенклатура для 21 века?» . Материалы мини-симпозиума по биологической номенклатуре в XXI веке .
- ^ «Проект Биокода (2011)» . Международный комитет по биономенклатуре (ICB).
- ^ Гройтер, В.; Гаррити, Дж.; Хоксворт, ДЛ; Ян, Р.; Кирк, премьер-министр; Кнапп, С.; Макнил, Дж.; Мишель, Э.; Паттерсон, диджей; Пайл, Р.; Тиндалл, Би Джей (2011). «Проект Биокода (2011 г.): Принципы и правила, регулирующие наименование организмов». Таксон . 60 : 201–212. дои : 10.1002/tax.601019 .
- ^ Хоксворт, Д.Л. (2011). «Представляем проект Биокода (2011 г.)» . Таксон . 60 (1): 199–200. дои : 10.1002/tax.601018 .
- ^ DL Hawksworth (2011) BioCode 2011. Введение. http://www.bionomenclature.net/biocode2011.html
- ^ Вернер Гройтер (2011) BioCode 2011. Пояснительный пролог. http://www.bionomenclature.net/biocode2011.html
- ^ Орен, Аарон (2019). в Руководстве Берджи по систематике архей и бактерий (1-е изд.). Уайли. п. 1-12. дои : 10.1002/9781118960608.bm00004.pub2 . ISBN 978-1-118-96060-8 . S2CID 240836383 .
- ^ де Кейрос, К.; Готье, Дж. (декабрь 1990 г.). «Филогения как центральный принцип таксономии: филогенетические определения названий таксонов» (PDF) . Систематическая зоология . 39 (4): 307–322. дои : 10.2307/2992353 . JSTOR 2992353 . Архивировано из оригинала (PDF) 13 ноября 2017 года.
- ^ Лорен, Мишель (23 июля 2023 г.). «Филокод: логический результат тысячелетней эволюции биологической номенклатуры?» . Зоологика Скрипта . 52 (6): 543–555. дои : 10.1111/zsc.12625 . ISSN 0300-3256 . S2CID 260224728 .
- ^ Корлисс, Дж. О. (1995). «Амбирегнальные протисты и номенклатурные коды: краткий обзор проблемы и предлагаемых решений» . Бюллетень зоологической номенклатуры . 52 : 11–17. дои : 10.5962/bhl.part.6717 .
- ^ ( Макнил и др. 2012 , Преамбула: 8)
- ^ Адл, С.М. и др. Разнообразие, номенклатура и систематика протистов. Систематическая биология , с. 684-689, 2007, [2] .
- ^ Эльбрехтер, М. и др. Разработка программы исследований известковых динофлагеллят (Thoracosphaeraceae, Dinophyceae), включая номенклатурный обзор родовых названий. Таксон 57, с. 1289–1303, 2008, [3]
- ^ Jump up to: а б ( Лар и др., 2012 г. )
- ^ Дюбуа, А. (2006). Предлагаемые правила включения номинаций зоологических таксонов высшего ранга в Международный кодекс зоологической номенклатуры. 2. Предлагаемые Правила и их обоснование. Зоосистема , 28 (1): 165–258, [4] .
- ^ Фрост, Д.Р. и др. (2006). Древо жизни земноводных. Бюллетень Американского музея естественной истории 297: 1–291, [5] ,
- ^ Дюбуа, Ален (2015). «Дуплостенсиональная номенклатурная система для высшей зоологической номенклатуры». Думерилия . 5 : 1–108.
- ^ Дюбуа, Ален; Олер, Аннемари; Пайрон, Р. Александр (26 февраля 2021 г.). «Новые концепции и методы филогенетической таксономии и номенклатуры в зоологии на примере новой ранжированной кладономии современных амфибий (Lissamphibia)» . Мегатакса . 5 (1). дои : 10.11646/мегатакса.5.1.1 . ISSN 2703-3090 .
- ^ Клюге, Нью-Джерси (2010). Окружные названия высших таксонов Hexapoda. Биономина, 1, 15-55, [6] .
- ^ Клюге, Нью-Джерси (1999). «Система альтернативных номенклатур надвидовых таксонов. Линнеевские и постлиннеевские принципы систематики». Энтомологический обзор . 79 (2): 133–147.
- ^ ( Макнил и др. 2012 , статья 16)
- ^ ( Турланд и др. 2018 , статья 16)
Библиография
[ редактировать ]- Лар, Дэниел Дж.Г.; Лара, Энрике; Митчелл, Эдвард А.Д. (2012). «Время регулировать номенклатуру микробных эукариот» . Биологический журнал Линнеевского общества . 107 (3): 469–476. дои : 10.1111/j.1095-8312.2012.01962.x .
- Макнил, Дж.; Барри, Франция; Бак, WR; Демулен, В.; Гройтер, В.; Хоксворт, ДЛ; Херендин, PS; Кнапп, С.; Мархольд, К.; Прадо, Дж.; Прюдом Ван Рейн, WF; Смит, Г.Ф.; Виерсема, Дж. Х.; Терланд, Нью-Джерси (2012). Международный кодекс номенклатуры водорослей, грибов и растений (Мельбурнский кодекс), принятый Восемнадцатым Международным ботаническим конгрессом в Мельбурне, Австралия, июль 2011 г. Том. Regnum Vegetabile 154. ARG Gantner Verlag KG. ISBN 978-3-87429-425-6 .
- Терланд, Нью-Джерси; Виерсема, Дж. Х.; Барри, Франция; Гройтер, В.; Хоксворт, ДЛ; Херендин, PS; Кнапп, С.; Касбер, WH; Ли, Д.-З.; Мархольд, К.; Мэй, ТВ; Макнил, Дж.; Монро, AM; Прадо, Дж.; Цена, МДж; Смит, Г.Ф. (2018). Международный кодекс номенклатуры водорослей, грибов и растений (Шэньчжэньский кодекс), принятый Девятнадцатым Международным ботаническим конгрессом в Шэньчжэне, Китай, июль 2017 г. Том. Regnum Vegetabile 159. Ботанические книги Кельца. ISBN 978-3-946583-16-5 .
Внешние ссылки
[ редактировать ]
- Биокод в действии на Смитсоновском океаническом портале
- ICN : Шэньчжэньский кодекс (2018)
- МКЗН : «Зеленая книга» (1999).
- Список названий прокариот , имеющих место в номенклатуре (1997), автор: Дж. П. Эзеби.
- Введение в Биокод (2011 г.)
- Филокод