C19ORF44

C19ORF44
Идентификаторы
Псевдонимы	C19ORF44 , хромосома 19 Открытая рамка считывания 44, хромосома 19 открытая рамка считывания 44
Внешние идентификаторы	MGI : 1919504 ; Гомологен : 12975 ; GeneCards : C19ORF44 ; OMA : C19ORF44 - Ортологи
showМестоположение гена ( человек )
Chr.	Chromosome 19 (human)
End	16,521,352 bp
showМестоположение гена ( мышь )
Chr.	Chromosome 8 (mouse)
End	73,214,845 bp
showРНК -паттерн экспрессии
	Top expressed in
	sperm; ; right uterine tube; ; right testis; ; left testis; ; testicle; ; ventricular zone; ; gonad; ; anterior pituitary; ; right ovary; ; left ovary;
	Top expressed in
	seminiferous tubule; ; spermatocyte; ; spermatid; ; primary oocyte; ; internal carotid artery; ; external carotid artery; ; Rostral migratory stream; ; gastrula; ; secondary oocyte; ; neural layer of retina;
	More reference expression data
	n/a
hideОртологи
	84167
	72254
	ENSG00000105072
	Ensmusg00000052794
	Q9H6X5
	Q922C1
	NM_001288834 ; NM_032207
	NM_028170
	NP_001275763 ; NP_115583
	NP_082446
	Викидид
Посмотреть/редактировать человека	Посмотреть/редактировать мышь

Хромосома 19 открытая кадр считывания 44 - это белок , который у людей кодируется геном C19ORF44 . ^{[ 5 ]} C19ORF44 является нехарактерным белком с неизвестной функцией у людей. C19ORF44 не является ограничивающим, подразумевая, что белок (и ген) существует у других видов, кроме человека. Белок содержит один домен неизвестной функции ( DUF ), который высоко консервативен во всем его ортологах. Этот белок наиболее высоко экспрессируется в яичке и яичнике, ^{[ 6 ]} но также имеет значительное выражение в щитовидной железе и околощитовидной железе. ^{[ 7 ]} Другие названия для этого белка включают: LOC84167. ^{[ 8 ]}

Ген

Весь ген 25 416 пар оснований , длиной ^{[ 9 ]} и имеет необработанную мРНК 3446 нуклеотидов . длиной ^{[ 6 ]} Он содержит 10 экзонов , которые кодируют для 657 аминокислотного белка. Есть 7 вариантов сплайсинга , которые существуют для C19ORF44. ^{[ 10 ]}

Локус

C19ORF44 расположен на девятнадцатой хромосоме на 19P13.11. ^{[ 6 ]}

Положение C19ORF44 на хромосоме 19. Изображение, взятое из GeneCards. ^{[ 11 ]}

Белок

Первичная последовательность

C19ORF44 имеет молекулярную массу 71 343 DA, ^{[ 11 ]} и изоэлектрическая точка 5,52. ^{[ 12 ]} Было обнаружено, что аминокислотная последовательность для C19ORF44 была богатой серином с использованием инструментов на EMBL-EBI . ^{[ 13 ]} Кроме того, существует домен неизвестной функции (DUF), расположенный от аминокислоты 474 до 641. ^{[ 14 ]}

Посттрансляционные модификации

C19ORF44 имеет экспериментально определенные сайты фосфорилирования в положениях S114 и S213. ^{[ 14 ]} Другие прогнозируемые посттрансляционные модификации были обнаружены с использованием инструментов по расширению ^{[ 15 ]} и показаны на иллюстрации белка ниже. N-концевое ацетилирование прогнозируется при S3. Существует также прогнозируемый мотив сумоилирования от аминокислоты 212 до 221.

Локализация

Предполагается, что C19ORF44 будет локализован в ядре или цитозоле . ^{[ 17 ]}

Выражение

Показано, что C19ORF44 экспрессируется на низких уровнях в различных тканях по всему телу, как показано в профиле NCBI EST. ^{[ 18 ]} Он наиболее высоко выражен в яичке и яичнике, ^{[ 6 ]} но также имеет значительное выражение в щитовидной железе и околощитовидной железе. ^{[ 7 ]} C19ORF44 выражается на всех этапах развития, за исключением детей. Существует повышенная экспрессия C19ORF44 в развивающемся плоде. ^{[ 18 ]}

Гомология и эволюция

Ортологи

Ортологи C19ORF44 были обнаружены у большинства млекопитающих и нескольких других позвоночных и беспозвоночных. Выравнивание нескольких последовательностей с использованием ClustalW ^{[ 19 ]} при условии доказательств того, что DUF в C19ORF44 высоко сохранен в своих ортологах. Таблица ниже представляет небольшой выбор ортологов, найденных с использованием взрыва NCBI. ^{[ 20 ]}

C19ORF44 Значительные ортологи ^{[ 6 ]}
Род и виды	Общее название	Номер доступа (от NCBI ^{[ 21 ]})	Дивергенция (Mya) ^{[ 22 ]}	Идентичность последовательности (%) ^{[ 23 ]}
Rhinopithecus roxellana	Золотая обезьяна	XP_010359783.1	29	86.9
Orcinus orca	Убийственный кит	XP_004277754.1	96	83.2
SUS Scrofa	Дикий кабан	XP_005661251.2	96	60.1
Monodelphis domestica	Опоссум	XP_007489796.1	159	45.5
Челония Мидас	Зеленая морская черепаха	XP_007072179.1	312	35.2
Astyanax Mexicanus	Мексиканская тетра	XP_007246256.2	435	28.2
Mizuhopecten yessoensis	Гребешок	XP_021343742.1	797	24.4

Паралоги

В Homo Sapiens нет паралогов для C19ORF44 .

Взаимодействующие белки

Было обнаружено, что C19ORF44 взаимодействует с различными белками из двухгибридного метода скрининга. Взаимодействия с HSP90 Co-Chaperone ( CDC37 ), ^{[ 24 ]} и связанный сперматид белок (сперерт) ^{[ 25 ]} были найдены.

Ссылки

^ Jump up to: ^а ^{беременный} ^в GRCH38: Ensembl Release 89: ENSG00000105072 - Ensembl , май 2017 г.
^ Jump up to: ^а ^{беременный} ^в GRCM38: Ensembl Release 89: Ensmusg00000052794 - Ensembl , май 2017 г.
^ «Человеческая PubMed ссылка:» . Национальный центр информации о биотехнологии, Национальная медицина США .
^ «Мышь Pubmed ссылка:» . Национальный центр информации о биотехнологии, Национальная медицина США .
^ "Entrez Gene: хромосома 19 открытая кадр чтения 44" . Получено 2018-05-06 .
^ Jump up to: ^а ^{беременный} ^в ^{дюймовый} ^и «C19ORF44 Хромосома 19 Открытая рамка считывания 44 [Homo Sapiens (Human)] - ген - NCBI» . www.ncbi.nlm.nih.gov . Получено 2018-02-05 .
^ Jump up to: ^а ^{беременный} «Экспрессия ткани C19ORF44 - резюме - атлас белка человека» . www.proteinatlas.org . Получено 2018-05-06 .
^ Тьерри-Миг, Даниэль; Тьерри-Миг, Джин. «AceView: Gene: C19ORF44, комплексная аннотация генов человека, мыши и червя с мРНК или estsaceview» . www.ncbi.nlm.nih.gov . Получено 2018-02-05 .
^ «Homo Sapiens Chromosome 19 открытая кадр считывания 44 (C19ORF44), транскрип - нуклеотид - NCBI» . www.ncbi.nlm.nih.gov . Получено 2018-02-05 .
^ "C19ORF44 - запись на AceView" . NCBI . Получено 2018-04-17 .
^ Jump up to: ^а ^{беременный} "C19ORF44 ген" . www.genecards.org . Получено 2018-02-17 .
^ «Expasy - вычислить инструмент PI/MW» . web.expasy.org . Получено 2018-05-06 .
^ «SAPS <Статистика последовательности <embl-ebi» . www.ebi.ac.uk. Получено 2018-05-06 .
^ Jump up to: ^а ^{беременный} «Нехарактерный белок C19ORF44 изоформа 1 [Homo sapiens] - белок - NCBI» . www.ncbi.nlm.nih.gov . Получено 2018-02-17 .
^ «Расширение: портал ресурсов SIB Bioinformatics - дома» . www.expasy.org . Получено 2018-05-06 .
^ Liu W, Xie Y, Ma J, Luo X, Nie P, Zuo Z, Lahrmann U, Zhao Q, Zheng Y, Zhao Y, Xue Y, Ren J (октябрь 2015). «IBS: иллюстратор для представления и визуализации биологических последовательностей» . Биоинформатика . 31 (20): 3359–61. doi : 10.1093/bioinformatics/btv362 . PMC 4595897 . PMID 26069263 .
^ Хортон П., Накай К (1997). «Лучше прогнозирование мест локализации белковых клеток с помощью классификатора ближайших соседей». Разбирательство. Международная конференция по интеллектуальным системам для молекулярной биологии . 5 : 147–52. PMID 9322029 .
^ Jump up to: ^а ^{беременный} "EST Profile - Hs.631627" . www.ncbi.nlm.nih.gov . Получено 2018-05-06 .
^ «Выравнивание нескольких последовательностей - Clustalw» . www.genome.jp . Получено 2018-05-06 .
^ «Взрыв: базовый локальный инструмент поиска выравнивания» . blast.ncbi.nlm.nih.gov . Получено 2018-05-06 .
^ «Национальный центр биотехнологической информации» . www.ncbi.nlm.nih.gov . Получено 2018-05-06 .
^ «Timetree :: The TimeScale of Life» . www.timetree.org . Получено 2018-02-25 .
^ «Выравнивание нескольких последовательностей - Clustalw» . www.genome.jp . Получено 2018-02-25 .
^ Vinayagam A, Stelzl U, Follle R, Plassmann S, Zenkner M, Timm J, Assmus He, Andrade-Navarro MA, Wanker EE (сентябрь 2011 г.). «Направленная сеть взаимодействия белка для исследования внутриклеточной передачи сигнала». Наука сигнализация . 4 (189): RS8. doi : 10.1126/Scisignal.2001699 . PMID 21900206 . S2CID 7418133 .
^ Rolland T, Taşan M, Charloteaux B, Pevzner SJ, Zhong Q, Sahni N, et al. (Ноябрь 2014). «Карта протеома в сети взаимодействия человека» . Клетка . 159 (5): 1212–1226. doi : 10.1016/j.cell.2014.10.050 . PMC 4266588 . PMID 25416956 .

[refGRCh38Ensembl-1] Jump up to: ^а ^{беременный} ^в GRCH38: Ensembl Release 89: ENSG00000105072 - Ensembl , май 2017 г.

[refGRCm38Ensembl-2] Jump up to: ^а ^{беременный} ^в GRCM38: Ensembl Release 89: Ensmusg00000052794 - Ensembl , май 2017 г.

[3] «Человеческая PubMed ссылка:» . Национальный центр информации о биотехнологии, Национальная медицина США .

[4] «Мышь Pubmed ссылка:» . Национальный центр информации о биотехнологии, Национальная медицина США .

[entrez-5] "Entrez Gene: хромосома 19 открытая кадр чтения 44" . Получено 2018-05-06 .

[:12-6] Jump up to: ^а ^{беременный} ^в ^{дюймовый} ^и «C19ORF44 Хромосома 19 Открытая рамка считывания 44 [Homo Sapiens (Human)] - ген - NCBI» . www.ncbi.nlm.nih.gov . Получено 2018-02-05 .

[:52-7] Jump up to: ^а ^{беременный} «Экспрессия ткани C19ORF44 - резюме - атлас белка человека» . www.proteinatlas.org . Получено 2018-05-06 .

[:2-8] Тьерри-Миг, Даниэль; Тьерри-Миг, Джин. «AceView: Gene: C19ORF44, комплексная аннотация генов человека, мыши и червя с мРНК или estsaceview» . www.ncbi.nlm.nih.gov . Получено 2018-02-05 .

[9] «Homo Sapiens Chromosome 19 открытая кадр считывания 44 (C19ORF44), транскрип - нуклеотид - NCBI» . www.ncbi.nlm.nih.gov . Получено 2018-02-05 .

[10] "C19ORF44 - запись на AceView" . NCBI . Получено 2018-04-17 .

[:3-11] Jump up to: ^а ^{беременный} "C19ORF44 ген" . www.genecards.org . Получено 2018-02-17 .

[12] «Expasy - вычислить инструмент PI/MW» . web.expasy.org . Получено 2018-05-06 .

[13] «SAPS <Статистика последовательности <embl-ebi» . www.ebi.ac.uk. Получено 2018-05-06 .

[:0-14] Jump up to: ^а ^{беременный} «Нехарактерный белок C19ORF44 изоформа 1 [Homo sapiens] - белок - NCBI» . www.ncbi.nlm.nih.gov . Получено 2018-02-17 .

[15] «Расширение: портал ресурсов SIB Bioinformatics - дома» . www.expasy.org . Получено 2018-05-06 .

[16] Liu W, Xie Y, Ma J, Luo X, Nie P, Zuo Z, Lahrmann U, Zhao Q, Zheng Y, Zhao Y, Xue Y, Ren J (октябрь 2015). «IBS: иллюстратор для представления и визуализации биологических последовательностей» . Биоинформатика . 31 (20): 3359–61. doi : 10.1093/bioinformatics/btv362 . PMC 4595897 . PMID 26069263 .

[17] Хортон П., Накай К (1997). «Лучше прогнозирование мест локализации белковых клеток с помощью классификатора ближайших соседей». Разбирательство. Международная конференция по интеллектуальным системам для молекулярной биологии . 5 : 147–52. PMID 9322029 .

[:6-18] Jump up to: ^а ^{беременный} "EST Profile - Hs.631627" . www.ncbi.nlm.nih.gov . Получено 2018-05-06 .

[19] «Выравнивание нескольких последовательностей - Clustalw» . www.genome.jp . Получено 2018-05-06 .

[20] «Взрыв: базовый локальный инструмент поиска выравнивания» . blast.ncbi.nlm.nih.gov . Получено 2018-05-06 .

[21] «Национальный центр биотехнологической информации» . www.ncbi.nlm.nih.gov . Получено 2018-05-06 .

[22] «Timetree :: The TimeScale of Life» . www.timetree.org . Получено 2018-02-25 .

[:4-23] «Выравнивание нескольких последовательностей - Clustalw» . www.genome.jp . Получено 2018-02-25 .

[24] Vinayagam A, Stelzl U, Follle R, Plassmann S, Zenkner M, Timm J, Assmus He, Andrade-Navarro MA, Wanker EE (сентябрь 2011 г.). «Направленная сеть взаимодействия белка для исследования внутриклеточной передачи сигнала». Наука сигнализация . 4 (189): RS8. doi : 10.1126/Scisignal.2001699 . PMID 21900206 . S2CID 7418133 .

[25] Rolland T, Taşan M, Charloteaux B, Pevzner SJ, Zhong Q, Sahni N, et al. (Ноябрь 2014). «Карта протеома в сети взаимодействия человека» . Клетка . 159 (5): 1212–1226. doi : 10.1016/j.cell.2014.10.050 . PMC 4266588 . PMID 25416956 .

[1]

[2]

[ 3 ]

[ 4 ]

[ 5 ]

[ 6 ]

[ 7 ]

[ 8 ]

[ 9 ]

[ 10 ]

[ 11 ]

[ 12 ]

[ 13 ]

[ 14 ]

[ 15 ]

[ 16 ]

[ 17 ]

[ 18 ]

[ 19 ]

[ 20 ]

[ 21 ]

[ 22 ]

[ 23 ]

[ 24 ]

[ 25 ]