Сальмонелла энтерика подвид. энтерика
| Сальмонелла энтерика подвид. энтерика | |
|---|---|
| |
| Колонии Salmonella Typhimurium на чашке с энтеросолюбильным агаром Hektoen | |
Научная классификация 
| |
| Домен: | Бактерии |
| Тип: | Псевдомонадота |
| Сорт: | Гаммапротеобактерии |
| Заказ: | Энтеробактерии |
| Семья: | Энтеробактерии |
| Род: | Сальмонелла |
| Разновидность: | |
| Подвиды: | С. е. подвид энтерика
|
| Трехчленное имя | |
| Сальмонелла энтерика подвид. энтерика | |
Сальмонелла энтерика подвид. enterica — подвид Salmonella enterica , палочковидной, жгутиковой , аэробной, грамотрицательной бактерии . К этому подвиду относятся многие патогенные серовары видов S. enterica , в том числе ответственные за брюшной тиф . [ 1 ]
серовары
[ редактировать ]Сальмонелла энтерика подвид. серовары enterica определяются на основе их соматических (O) и жгутиковых (H) антигенов, всего насчитывается более 2600 сероваров; только около 50 из этих сероваров являются частыми причинами инфекций у человека. [ 2 ] Большинство этих сероваров обнаруживаются в окружающей среде и выживают в растениях, воде и почве; многие серовары имеют широкий диапазон хозяев, что позволяет им колонизировать различные виды млекопитающих, птиц, рептилий, амфибий и насекомых. Зоонозные заболевания , такие как сальмонелла , распространяются между окружающей средой и людьми. [ 3 ]
используется ряд методов В настоящее время для дифференциации серотипов . К ним относятся поиск наличия или отсутствия антигенов , фаговое типирование , молекулярное дактилоскопирование и биотипирование, при котором серовары дифференцируются по тому, какие питательные вещества они способны ферментировать. Возможным фактором в определении круга хозяев конкретных сероваров является опосредованное фагами приобретение небольшого количества генетических элементов, которые позволяют заразить конкретного хозяина. [ 4 ] Далее предполагается, что серовары, заражающие узкий круг видов, отделились от предков с широким кругом хозяев и с тех пор специализировались и потеряли способность заражать некоторых хозяев. [ 5 ]
CDC : публикует годовой отчет о сальмонелле со списком сероваров, наиболее часто связанных с заболеваниями человека. Ниже перечислены 10 основных сероваров [ 6 ]
| Классифицировать | Серотип | Процент |
|---|---|---|
| 1 | целостности | 16.8 |
| 2 | Ньюпорт | 10.1 |
| 3 | Тифимурий | 9.8 |
| 4 | Хавиана | 5.8 |
| 5 | Я 4,[5],12:i:- | 4.7 |
| 6 | Дети | 2.7 |
| 7 | Мюнхен | 2.6 |
| 8 | Монтевидео | 2.2 |
| 9 | Брандеруп | 2.1 |
| 10 | Томпсон | 1.7 |
| - | Другой | 41.5 |
Исследования пришли к выводу, что большинство штаммов Salmonella enterica subsp. Enterica серовары содержат плазмиды вирулентности, специфичные для серотипа . Это плазмид-ассоциированная вирулентность, характеризующаяся малокопийностью плазмид и в зависимости от серовара ее размер колеблется от 50 до 100 т.п.н. [ 7 ] CDC В 2012 году PulseNet Serovar Infantis с множественной лекарственной устойчивостью стало известно о новом кластере SNP , названном REPJFX01. Этот кластер SNP содержит большую мегаплазмиду (pESI), содержащую множество генов лекарственной устойчивости. [ 8 ] Министерство сельского хозяйства США (NARMS) заявило, что благодаря этой pESI-плазмиде серовар Infantis является ведущим сероваром у домашней птицы. [ 9 ] NCBI имеет более 12 500 изолятов в кластере SNP REPJFX01, из которых более 3700 являются клиническими изолятами. [ 10 ] Также было обнаружено, что серовар Enteritidis, который является наиболее распространенным сероваром, выделяемым в клинических случаях у людей, продуцирует эндотоксины , кодируемые генами stn и sly A, которые определяют патогенность Enteritidis. [ 11 ] Salmonella typhimurium, известная как возбудитель брюшного тифа, может использоваться для различных методов лечения рака. Опухоли с их иммуносупрессивным микроокружением позволяют в 1000 раз большую локализацию сконструированного S. typhimurium, чем здоровые ткани, которые затем могут проникать в опухолевые клетки, лизировать и проводить терапию. [ 12 ]
появился новый штамм серовара Salmonella enterica Typhi с широкой лекарственной устойчивостью (XDR). В ноябре 2016 года в Пакистане, преимущественно из городов Хайдарабад и Карачи , [ 13 ] Штаммы с множественной лекарственной устойчивостью присутствуют с конца 1970-х годов в Африке и Азии. [ 14 ] Эти штаммы XDR устойчивы ко всем вариантам лечения антибиотиками: хлорамфениколом , ампициллином , триметоприм-сульфаметоксазолом , фторхинолонами и цефалоспоринами третьего поколения . Вспышка продолжается с 2016 года. [ 15 ]
Номенклатура
[ редактировать ]Номенклатура Salmonella enterica уже давно является предметом дискуссий в микробиологическом сообществе. [ 16 ] Первоначально в 1880-х годах виды сальмонелл были названы в честь болезни, хозяина или геологического местоположения, с которым они были связаны; однако эта таксономическая характеристика была оспорена из-за того, что члены рода были отнесены к категориям, несовместимым с их генетическим сходством. В 1980-х годах появление секвенирования нуклеотидов и гибридизации ДНК побудило многих авторитетных бактериологов, таких как Ле Минор и Попофф (1987), Эзеби (1999), а также Эзаки и Ябуучи (2000), выдвинуть свои предложения по изменению номенклатуры. [ 17 ] Лишь в 2005 году Ле Минор и Попофф повторно предложили и установили, что « Salmonella enterica » будет утвержденным названием вида, за исключением Salmonella bongori , и что Salmonella enterica содержит шесть подвидов, из которых Salmonella enterica subsp. enterica содержит наибольшее количество сероваров. [ 18 ] Технологические достижения позволяют исследователям использовать данные полногеномного секвенирования для идентификации и группировки сероваров, используя два метода: типирование последовательности и распознавание антигена. [ 19 ]
Имена сероваров пишутся с заглавной буквы, но не выделяются курсивом и не подчеркиваются. Серовары могут обозначаться в полной или краткой форме (включает только название рода и серовара). Например, полное обозначение Salmonella enterica subsp. enterica серовар Typhi пишется как таковой, но в кратком обозначении пишется как Salmonella Typhi. [ 20 ] Каждый серовар также может иметь множество штаммов, что позволяет быстро увеличивать общее количество антигенно-вариабельных бактерий. [ 21 ]
Эпидемиология
[ редактировать ]Всемирная организация здравоохранения характеризует сальмонеллез как заболевание пищевого происхождения, симптомы которого включают диарею, лихорадку, тошноту, рвоту и в тяжелых случаях смерть. [ 22 ] По оценкам, сальмонеллез в первую очередь возникает у людей-хозяев из-за бактериальной колонизации кишечного тракта после употребления зараженной пищи или воды, но известно также, что он распространяется от человека к человеку фекально-оральным путем. [ 23 ] Чтобы снизить риск заражения этим заболеванием, следует применять надлежащие меры безопасности пищевых продуктов к пищевым продуктам высокого риска, включая птицу, говядину, свинину, баранину, яйца и свежие продукты. [ 24 ] Производители продуктов питания, поставщики ингредиентов, рестораны и домашние повара должны соблюдать санитарные процедуры обработки, хранить продукты при температуре ниже 5 °C и тщательно готовить все продукты при установленных температурах, безопасных для употребления в пищу. [ 24 ] Снижение распространенности сальмонеллеза среди населения становится все труднее из-за уникальной природы сероваров с множественной лекарственной устойчивостью и контрпродуктивных эффектов использования антибиотиков в качестве лечения широкого спектра действия. [ 25 ] Ключевые иммунодефициты хозяина , связанные с ВИЧ , малярией и недоеданием, способствовали широкому распространению этого заболевания и необходимости использования дорогих противомикробных препаратов в самых бедных службах здравоохранения в мире. [ 26 ] Но также было показано, что бактериальные факторы, такие как повышенная активность гена вирулентности pgtE из-за однонуклеотидного полиморфизма (SNP) в его промоторной области, оказывают большое влияние на патогенез этого конкретного сальмонелл . типа последовательности [ 27 ]
Выживание и стресс
[ редактировать ]Существуют факторы, которые могут увеличить риск заражения. К ним относятся повышение pH в желудке, резекция желудка и лечение антикислотным буфером. [ 28 ] Если в желудке более низкий pH, это помогает защититься от инфекции. [ 29 ]
Этот штамм является мезофильным, и некоторые из них могут выдерживать чрезвычайно низкие или высокие температуры, которые могут варьироваться от 2 ° C до 54 ° C. [ 30 ] Сигма-факторы внутри клетки контролируют экспрессию генов, и они могут ощущать изменения в окружающей среде с внешней мембраны путем активации генов, которые затем реагируют на тепловой стресс и соответствующим образом адаптируются. [ 31 ] S. enterica также может быстро реагировать на низкие температуры с помощью белков холодового шока (CSP), синтезируя себя так, что клетка может позже возобновить рост. [ 32 ] Хлор может быть химическим стрессором для S. enterica , поскольку в присутствии хлора S. enterica может образовывать биопленку , которая обеспечивает экзополисахаридную матрицу, способную химически атаковать хлор. [ 33 ] Таким образом, хлор предотвращает образование биопленок в системах поения птицы, что снижает риск заражения S. enterica . [ 34 ] Успешная адаптация позволяет S. enterica противостоять более кислым условиям, противодействуя антибактериальному действию желудка. [ 35 ]
Ссылки
[ редактировать ]- ^ Мюррей П.Р., Розенталь К.С., Пфаллер М.А. (2009). Медицинская микробиология (6-е изд.). Филадельфия, Пенсильвания: Мосби Эльзевир. п. 307.
- ^ Гримонт, Пенсильвания, Weill FX (ноябрь 2007 г.). «Антигенные формулы сероваров сальмонелл» . Сотрудничающий центр ВОЗ по справочным данным и исследованиям сальмонеллы . 9 : 1–66.
- ^ Сильва С., Кальва Э., Малой С. (февраль 2014 г.). «Единое здоровье и болезни пищевого происхождения: передача сальмонеллы между людьми, животными и растениями». Микробиологический спектр . 2 (1): OH-0020-2013. doi : 10.1128/microbiolspec.OH-0020-2013 . ПМИД 26082128 .
- ^ Рабш В., Эндрюс Х.Л., Кингсли Р.А., Прагер Р., Чепе Х., Адамс Л.Г., Боймлер А.Дж. (май 2002 г.). «Salmonella enterica серотипа Typhimurium и его адаптированные к хозяину варианты» . Инфекция и иммунитет . 70 (5): 2249–2255. дои : 10.1128/IAI.70.5.2249-2255.2002 . ПМК 127920 . ПМИД 11953356 .
- ^ Лэнгридж Г.К., Фукс М., Коннор Т.Р., Фелтвелл Т., Физи Н., Парсонс Б.Н. и др. (январь 2015 г.). «Модели эволюции генома, сопровождавшие адаптацию хозяина у сальмонеллы» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 112 (3): 863–868. Бибкод : 2015PNAS..112..863L . дои : 10.1073/pnas.1416707112 . ПМК 4311825 . ПМИД 25535353 .
- ^ «Национальный надзор за кишечными заболеваниями: годовой отчет сальмонеллы, 2016 г.» (PDF) . CDC.gov . 2016.
- ^ Ротгер Р., Касадесус Дж. (сентябрь 1999 г.). «Плазмиды вирулентности сальмонеллы» (PDF) . Международная микробиология . 2 (3): 177–184. ПМИД 10943411 .
- ^ CDC (21 июля 2023 г.). «Стойкий штамм Salmonella Infantis (REPJFX01), связанный с курицей» . Центры по контролю и профилактике заболеваний . Проверено 19 ноября 2023 г.
- ^ «Многолетний отчет ФГИС НАРМС – 2014-2019» . fsis.usda.gov . 10 февраля 2023 г. Проверено 15 ноября 2023 г.
- ^ «Браузер изолятов — Обнаружение патогенов — NCBI» . ncbi.nlm.nih.gov . Проверено 19 ноября 2023 г.
- ^ Ашкенази С., Клири Т.Г., Мюррей Б.Е., Вангер А., Пикеринг Л.К. (декабрь 1988 г.). «Количественный анализ и частичная характеристика продукции цитотоксинов штаммами сальмонелл» . Инфекция и иммунитет . 56 (12): 3089–3094. дои : 10.1128/iai.56.12.3089-3094.1988 . ПМК 259706 . ПМИД 3182072 .
- ^ Раман, Вишну; Ван Дессел, Неле; Холл, Кристофер Л.; Уэтерби, Виктория Э.; Уитни, Саманта А.; Колеве, Эмили Л.; Блум, Шошана МК; Шарма, Абхинав; Харди, Жанна А.; Боллен, Матье; Ван Эйнде, Алейде; Форбс, Нил С. (21 октября 2021 г.). «Внутриклеточная доставка белковых препаратов с помощью автономно лизирующей бактериальной системы снижает рост опухоли и метастазы» . Природные коммуникации . 12 (1): 6116. doi : 10.1038/s41467-021-26367-9 . ISSN 2041-1723 . ПМЦ 8531320 . ПМИД 34675204 .
- ^ Дейли Дж. (21 февраля 2018 г.). «Вспышка брюшного тифа в Пакистане связана с бактериями с широкой лекарственной устойчивостью» . Журнал «Ученый»® . Проверено 3 сентября 2018 г.
- ^ Клемм Э.Дж., Шакур С., Пейдж А.Дж., Камар Ф.Н., судья К., Саид Д.К. и др. (февраль 2018 г.). с широкой лекарственной устойчивостью «Появление клона Salmonella enterica Serovar Typhi, несущего беспорядочную плазмиду, кодирующую устойчивость к фторхинолонам и цефалоспоринам третьего поколения» . мБио . 9 (1). дои : 10.1128/mBio.00105-18 . ПМК 5821095 . ПМИД 29463654 .
- ^ «Тифозная лихорадка с широкой лекарственной устойчивостью в Пакистане – предупреждение – уровень 2, соблюдайте усиленные меры предосторожности» . Уведомления о состоянии здоровья при поездках . Центры США по контролю и профилактике заболеваний . Проверено 3 сентября 2018 г.
- ^ Су Л.Х., Чиу Ч. (2007). «Сальмонелла: клиническое значение и эволюция номенклатуры» (PDF) . Медицинский журнал Чанг Гунг . 30 (3): 210–219. ПМИД 17760271 .
- ^ Агбадже М., Бегум Р.Х., Ойекунле М.А., Оджо О.Э., Аденуби ОТ (ноябрь 2011 г.). «Эволюция номенклатуры сальмонелл: критическая заметка». Фолиа микробиологическая . 56 (6): 497–503. дои : 10.1007/s12223-011-0075-4 . ПМИД 22052214 . S2CID 19799923 .
- ^ Бреннер Ф.В., Вильяр Р.Г., Ангуло Ф.Дж., Токс Р., Сваминатан Б. (июль 2000 г.). «Номенклатура сальмонелл» . Журнал клинической микробиологии . 38 (7): 2465–2467. дои : 10.1128/JCM.38.7.2465-2467.2000 . ПМЦ 86943 . ПМИД 10878026 .
- ^ Чаттауэй, Массачусетс, Лэнгридж Г.К., Уэйн Дж. (апрель 2021 г.). «Номенклатура сальмонелл в эпоху генома: время перемен» . Научные отчеты . 11 (1): 7494. Бибкод : 2021NatSR..11.7494C . doi : 10.1038/s41598-021-86243-w . ПМК 8021552 . ПМИД 33820940 .
- ^ «Научная номенклатура» . Новые инфекционные заболевания . Центры по контролю и профилактике заболеваний . Проверено 17 февраля 2020 г.
- ^ «Сравнительное секвенирование видов Salmonella» . Кампус Wellcome Trust Genome . Архивировано из оригинала 14 ноября 2007 г.
- ^ «Сальмонелла (нетифоидная)» . www.who.int . Проверено 26 октября 2023 г.
- ^ Джаннелла, Ральф А. (1996), Барон, Сэмюэл (редактор), «Сальмонелла» , Медицинская микробиология (4-е изд.), Галвестон (Техас): Медицинское отделение Техасского университета в Галвестоне, ISBN 978-0-9631172-1-2 , PMID 21413334 , получено 26 октября 2023 г.
- ^ Jump up to: а б Эхува О., Джайсвал А.К., Джайсвал С. Сальмонелла, безопасность пищевых продуктов и практика обращения с пищевыми продуктами. Еда . 2021;10(5). дои: https://www.mdpi.com/2304-8158/10/5/907/htm
- ^ Глинн, М. Кэтлин; Бопп, Шерил; Девитт, Уоллис; Дэбни, Пол; Мохтар, Мохаммед; Ангуло, Фредерик Дж. (7 мая 1998 г.). «Появление инфекций Salmonella enterica с множественной лекарственной устойчивостью серотипа Typhimurium DT104 в Соединенных Штатах» . Медицинский журнал Новой Англии . 338 (19): 1333–1339. дои : 10.1056/NEJM199805073381901 . ПМИД 9571252 .
- ^ Физи Н.А., Дуган Дж., Кингсли Р.А., Хейдерман Р.С., Гордон М.А. (июнь 2012 г.). «Инвазивная нетифоидная сальмонеллезная болезнь: новая и забытая тропическая болезнь в Африке» . Ланцет . 379 (9835): 2489–2499. дои : 10.1016/s0140-6736(11)61752-2 . ПМК 3402672 . ПМИД 22587967 .
- ^ Хаммарлёф Д.Л., Крегер С., Оуэн С.В., Каналс Р., Лашарм-Лора Л., Веннер Н. и др. (март 2018 г.). «Роль одного некодирующего нуклеотида в эволюции эпидемической африканской клады сальмонеллы » . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 115 (11): E2614–E2623. Бибкод : 2018PNAS..115E2614H . дои : 10.1073/pnas.1714718115 . ПМЦ 5856525 . ПМИД 29487214 .
- ^ Гарсиа дель Портильо Ф., Фостер Дж.В., Финли Б.Б. (1993). «Роль генов реакции толерантности к кислоте в Salmonella typhimurium вирулентности » . Инфекция и иммунитет . 61 (10): 4489–4492. дои : 10.1128/iai.61.10.4489-4492.1993 . ПМК 281185 . ПМИД 8406841 .
- ^ Фостер Дж.В., Холл Гонконг (1990). «Адаптивная реакция Salmonella typhimurium на толерантность к подкислению » . Журнал бактериологии . 173 (2): 771–778. дои : 10.1128/jb.172.2.771-778.1990 . ПМК 208505 . ПМИД 2404956 .
- ^ Казмерчак М.Ю., Видманн М., Бур К.Дж. (2005). «Альтернативные сигма-факторы и их роль в вирулентности бактерий» . Обзоры микробиологии и молекулярной биологии . 69 (4): 527–543. дои : 10.1128/MMBR.69.4.527-543.2005 . ПМК 1306804 . ПМИД 16339734 .
- ^ Спектор MP, Kenyon WJ (2012). «Стратегии устойчивости и выживания Salmonella enterica к экологическим стрессам». Международное исследование пищевых продуктов . 45 (2): 455–481. doi : 10.1016/j.foodres.2011.06.056 . S2CID 84333218 .
- ^ Крейг Дж. Э., Бойл Д., Фрэнсис К. П., член парламента Галлахера (1998). «Экспрессия гена холодового шока cspB у Salmonella typhimurium происходит при температуре ниже пороговой температуры» . Микробиология . 144 (3): 697–704. дои : 10.1099/00221287-144-3-697 . ПМИД 9534239 .
- ^ Макдоннелл Дж., Рассел А.Д. (1999). «Антисептики и дезинфицирующие средства: активность, действие и устойчивость» . Обзоры клинической микробиологии . 12 (1): 147–179. дои : 10.1128/cmr.12.1.147 . ПМЦ 88911 . ПМИД 9880479 .
- ^ Берд Дж.А., ДеЛоач-младший, Коррьер Д.Э., Нисбет DJ, Станкер Л.Х. (1999). «Оценка сальмонеллы распространения серотипов в коммерческих инкубаториях и фермах по выращиванию бройлеров». Птичьи болезни . 43 (1): 39–47. дои : 10.2307/1592760 . JSTOR 1592760 . ПМИД 10216758 .
- ^ Рычлик И., Барроу П.А. (2005). « Управление стрессом, вызванным сальмонеллой , и его значение для поведения во время кишечной колонизации и инфекции» . Обзоры микробиологии FEMS . 29 (5): 1021–1040. дои : 10.1016/j.femsre.2005.03.005 . ПМИД 16023758 .