✖


Jump to content

Методы подсчета бактериопланктона

Add links

Подсчет бактериопланктона — это оценка численности бактериопланктона в конкретном водоеме, которая представляет собой полезную информацию для морских микробиологов. За прошедшие годы были разработаны различные методики подсчета для определения количества присутствующих в наблюдаемой воде. Методы, используемые для подсчета бактериопланктона, включают эпифлуоресцентную микроскопию , проточную цитометрию , измерение продуктивности по частоте делящихся клеток (FDC), включение тимидина и включение лейцина .

Такие факторы, как соленость , температура, широта , различные уровни питательных веществ, движение воды и присутствие других организмов, могут повлиять на подсчет бактериопланктона. [ 1 ] [ 2 ] [ 3 ] [ 4 ] [ 5 ] Изменения этих факторов влияют на количество бактериопланктона, заставляя его варьироваться в зависимости от водоема, местоположения, расстояния от берега и сезона. [ 6 ] [ 7 ] [ 8 ]

Количество бактериопланктона обычно выражают в клетках на мл (клеток мл −1 ).

Использование

[ редактировать ]

Подсчет бактериопланктона может быть полезен для понимания морской микробиологии и водной экосистемы. Наблюдение за численностью бактериопланктона может дать дополнительную информацию в следующем:

  • Процессы, участвующие в круговороте различных питательных веществ в водных системах. [ 9 ] [ 10 ]
  • Для продуктивности воды [ 11 ]
  • Для определения изменений окружающей среды, особенно экстремальных [ 12 ]
    • Изменения в количестве бактериопланктона, не обусловленные сезонными корректировками, могут обеспечить корреляцию со стрессами окружающей среды, такими как значительный сдвиг уровней питательных веществ в водоеме. [ 13 ] [ 14 ] [ 15 ]
  • Состав питательных веществ в водной экосистеме [ 16 ]
  • Численность и условия содержания других водных организмов (например, креветок) [ 17 ]

Эпифлуоресцентная микроскопия

[ редактировать ]
флуоресцентного микроскопа Световой путь

Эпифлуоресцентная микроскопия — это усовершенствованный метод оптической микроскопии, основанный на использовании флуоресцентных красителей , которые связываются со специфическими биологическими маркерами, которые затем излучают характерные спектры излучения , которые идентифицируются через линзу. Флуоресцентные красители включают DAPI , акридиновый оранжевый , SYBR Green 1 и YO-PRO-1, каждый из которых способен окрашивать структуры ДНК и РНК в биологических образцах, таких как бактерии и вирусы. [ 18 ] [ 19 ] [ 20 ] [ 21 ] Однако окрашивание ДНК в основном используется для идентификации бактериальных клеток. В современной эпифлуоресцентной микроскопии отраслевым стандартом оценки и подсчета количества бактериальных клеток является использование красителя DAPI . [ 22 ] Этот метод можно использовать для образцов из самых разных сред и мест, таких как морская вода, различные источники пресной воды, а также почвы и отложения. [ 22 ]

Техника перечисления

[ редактировать ]

В стандартном эксперименте подготовленные образцы бактерий помещают на предметные стекла и затем просматривают под эпифлуоресцентным микроскопом. Увеличение устанавливается на такой уровень, при котором квадратные единицы размером 0,1 х 0,1 мм на счетном предметном стекле хорошо видны. [ 23 ] Для количественного определения бактерий клетки подсчитывают в 5-30 случайных квадратных единицах поля зрения и заносят в таблицу среднее количество бактерий на поле. [ 22 ] Затем это значение экстраполируется для оценки общего количества бактериальных клеток на мл путем определения общего количества полей зрения на области нанесения предметного стекла и умножения его на среднее количество бактерий на единицу счета. [ 23 ]

Надежность

[ редактировать ]

Для подсчета количества бактериальных клеток физически подсчитывают только небольшие части бактерий в образце по логистическим причинам, на основании чего общая численность оценивается путем экстраполяции. Затем средние значения используются для сравнения выборок. Однако точность этого метода, при котором для оценки общей численности используется табулирование только небольшого подмножества, была поставлена ​​под сомнение. [ 22 ] Прежде всего было показано, что распределение бактериальных клеток на счетных предметных стеклах может быть неравномерным и непоследовательным. [ 22 ] Кроме того, чтобы получить достоверную оценку количества бактерий с помощью этого метода, было предложено измерить более 350 отдельных клеток из 20 полей зрения. [ 22 ] Это может быть не только трудоемким, но и трудно достижимым в некоторых образцах.

Проточная цитометрия

[ редактировать ]
Внутренняя работа проточного цитометра

Проточный цитометрический анализ (или проточная цитометрия ) является распространенной процедурой во многих клинических приложениях. Однако, несмотря на его открытие более трех десятилетий назад, его внедрение в водную микробную экологию при подсчете бактериопланктона было относительно медленным. [ 24 ] Его использование еще не превзошло эпифлуоресцентную микроскопию . [ 25 ] Несмотря на то, что оба метода оценки численности являются относительно точными, проточная цитометрия менее подвержена человеческим ошибкам, более точна, имеет более высокое разрешение и способна исследовать десятки тысяч клеток за считанные минуты. [ 24 ] Проточная цитометрия также способна предоставить информацию о размере, активности и морфологии клеток, помимо численности клеток. [ 26 ]

Проточная цитометрия может использоваться для различения и количественной оценки как фотосинтетического, так и нефотосинтетического бактериопланктона. [ 26 ] Количественная оценка фотосинтезирующих прокариотов, таких как цианобактерии и пикоэукариотические водоросли, стала возможной благодаря способности фотосинтетических пигментов флуоресцировать. [ 27 ] Например, различное образование фотосинтетических пигментов у двух основных фотосинтезирующих прокариот, Prochromococcus и Synechococcus , позволяет провести их различие. [ 28 ] [ 29 ] [ 30 ] Прохлорококк содержит дивинилхлорофиллы а и b , которые при возбуждении синим или УФ-светом проявляют исключительно красную флуоресценцию, тогда как синехококк излучает как оранжевую, так и красную флуоресценцию; оранжевый от фикобилинов и красный от хлорофилла . Помимо флуоресценции, прохлорококки и синехококки имеют существенно разные размеры и, следовательно, дают разные сигналы рассеяния при проточном цитометрическом анализе. Это еще больше помогает в их дифференциации. [ 31 ] Количественное определение прохлорококка считается крупным прорывом, поскольку оно стало возможным практически только с помощью проточной цитометрии. Это связано с неспособностью эпифлуоресцентной микроскопии обнаружить низкую автофлуоресценцию хлорофилла, присутствующую у прохлорококка . [ 26 ]

Помимо фотосинтетического бактериопланктона, с помощью проточной цитометрии можно также подсчитать нефотосинтетический бактериопланктон. Это делается посредством окрашивания ДНК или пищевых вакуолей. [ 27 ] Проточная цитометрия особенно успешна при дифференциации Prochromoccocus от гетеротрофных бактерий, количество которых изначально было смешанным из-за их одинакового размера.

Использование эпифлуоресцентной микроскопии вместо проточной цитометрии во многих лабораториях микробной экологии можно объяснить рядом экономических и практических факторов. Во-первых, использование коммерческих проточных цитометров требует опыта тщательно подготовленного технического специалиста. Во-вторых, проточные цитометры довольно дороги по сравнению с аппаратами для эпифлуоресцентной микроскопии. В-третьих, многие проточные цитометры предназначены для исследования клеток крови; Океанические бактерии относительно малы и, следовательно, приближаются к пределу разрешения многих коммерческих проточных цитометров. [ 32 ]

Процесс перечисления

[ редактировать ]

Количественное определение бактериопланктона методом проточной цитометрии включает четыре этапа: фиксацию , окрашивание , обработку и интерпретацию данных.

Фиксация

[ редактировать ]

Фиксация проводится не только для сохранения образца, но и для повышения проницаемости клеток для красителей. [ 24 ] Однако наиболее распространенные фиксирующие агенты способны изменять клетки, изменяя определенные аспекты, такие как размер, рассеивание света, автофлуоресценция и нуклеиновые кислоты . Это проблематично, поскольку различение клеток методом проточной цитометрии зависит от этих качеств. Некоторые фиксаторы также приводят к полной потере клеток. [ 24 ] В настоящее время некоторые из агентов, используемых в процессе фиксации, включают два варианта формальдегида (формалин и параформальдегид), 70% этанол, глутаральдегид и ТСА. [ 33 ] Считается, что лучшим агентом фиксации белков и нуклеиновых кислот является параформальдегид из-за его способности быстро проникать в клетки. [ 24 ]

Окрашивание

[ редактировать ]

В проточной цитометрии окрашивание позволяет отличить бактериопланктон от небактериальных частиц. Он включает инкубацию образца в широком спектре флуорохромов , таких как красители, возбуждаемые УФ-излучением ( DAPI и Hoechst 33342) и красители нуклеиновых кислот, возбуждаемые синим светом (TO-PRO-1, TOTO-1, SYBR Green I ). [ 31 ] В течение долгого времени в проточных цитометрах использовались красители, возбуждаемые УФ-излучением, для исследования бактериопланктона , которые можно было использовать либо в недорогих проточных цитометрах с ограниченной чувствительностью, либо в дорогих проточных цитометрах с высокой чувствительностью, необходимой для отличия гетеротрофных бактерий от автотрофов. Внедрение красителей, возбуждаемых синим цветом, таких как SYBR Green I, позволило провести высококачественный проточный цитометрический анализ бактериопланктона на недорогих высокочувствительных проточных цитометрах. [ 31 ]

Время инкубации для оптимального окрашивания варьируется от соединения к соединению. Для красителей, возбуждаемых УФ-излучением, может потребоваться час или более, тогда как для красителей, возбуждаемых синим светом, требуется всего 15 минут. [ 24 ]

Окрашивание может сопровождаться буферами, такими как Triton X-100 , которые делают клетки более проницаемыми для красителей. Они особенно используются в непроницаемых для клеток красителях, таких как TO-PRO-1. Буферы также используются для разбавления красителей, чувствительных к ионной силе, таких как Picogreen, YO-PRO-1 и YOYO-1. Однако использование буферов может быть вредным для клеток, поскольку такие буферы, как Triton-X-100, могут не только гасить флуоресценцию хлорофилла, но и создавать нежелательную фоновую флуоресценцию. Это может усложнить различие между гетеротрофными бактериями и автотрофными прокариотами. [ 24 ]

Подсчет

[ редактировать ]
Цитометрический анализ цианобактерий

При проточном цитометрическом анализе более 200 клеток проходят перед лазерным лучом или ртутной лампой каждую секунду, клетка за раз. Фотоумножители собирают количество света, рассеиваемого каждой частицей, и флуоресценцию, излучаемую при возбуждении. Эта информация затем усваивается и интерпретируется системой как событие. Однако, несмотря на способность проточных цитометров подсчитывать клетки с минимальными усилиями, большинство из них не имеют возможности определить фактическую концентрацию клеток. Это можно определить с помощью различных методов, включая использование эталонных шариков, количество которых заранее определено (помогает определить соотношение бактерий и шариков), измерения веса до и после эксперимента и ежедневную калибровку потока. [ 24 ]

Большим преимуществом проточных цитометров является их способность идентифицировать различные популяции бактериопланктона. Эта дискриминация осуществляется посредством анализа четырех факторов; рассеяние света , зеленая флуоресценция, синяя флуоресценция и красная флуоресценция. Анализ светорассеяния сам по себе недостаточен и часто исследуется наряду с флуоресценцией по ряду причин; во-первых, морская вода содержит множество частиц, которые рассеивают свет, подобно бактериям. Во-вторых, размеры многих океанических бактерий приближаются к пределу разрешения. Количество света, рассеиваемого клетками, определяется не только размером клеток, но и внутренней структурой, показателем преломления, формой и ориентацией частицы. Рассеянный свет подразделяется на прямое рассеяние (FSC) или боковое рассеяние (SSC). Первое связано с объемом и массой клеток, а второе — с показателем преломления, содержанием и зернистостью клеток. [ 24 ]

Когда концентрация клеток превышает 2,5 × 10 6 клеток на мл, вероятность того, что клетка пройдет в непосредственной близости более одного раза и будет зарегистрирована как одно событие, увеличивается. Это известно как совпадение, и его можно легко избежать, предварительно разбавив образец. [ 31 ]

Меры производительности

[ редактировать ]

Частота деления клеток

[ редактировать ]

Частота делящихся клеток (FDC) — это метод, используемый для прогнозирования средней скорости роста водного гетеротрофного бактериального сообщества. [ 34 ] В этом методе деление клеток, в частности образование перегородок , используется в качестве показателя скорости роста. [ 34 ] Клетки считаются разделенными, если полости между отдельными клетками ( инвагинации наблюдаются под эпифлуоресцентной микроскопией ) . [ 34 ] FDC основан на предположении, что существует взаимосвязь между долей клеток, делящихся в данный момент, и скоростью роста бактериального сообщества. [ 35 ]

Включение тимидина

[ редактировать ]

Включение тимидина является одним из наиболее широко используемых методов оценки роста бактерий. [ 36 ] Тимидин является предшественником ДНК , и синтез ДНК можно измерить путем включения тритированного тимидина в нуклеиновые кислоты. [ 37 ] Включение тимидина измеряет рост на основе скорости синтеза ДНК, используя предположение, что только растущие клетки могут включать радиоактивный тимидин для синтеза ДНК. [ 38 ]

К недостаткам этой процедуры относится маркировка других молекул, помимо ДНК, при добавлении к образцу тритированного тимидина. [ 36 ] В случаях ограничения количества углерода тимидин также можно использовать в качестве источника углерода, а не в качестве предшественника ДНК. [ 36 ] Результаты экспериментов по включению тимидина могут вводить в заблуждение, если неизвестна доля тимидина, включенного в ДНК, по сравнению с другими молекулами. [ 36 ]

Включение лейцина

[ редактировать ]

Включение лейцина используется как мера синтеза белка в сообществах водных бактерий. [ 39 ] К образцам добавляют радиоактивно меченый лейцин и определяют его накопление в белках, нерастворимых в горячей трихлоруксусной кислоте (СА) частях клетки. [ 39 ] Затем образцы собираются на мембранном фильтре. [ 39 ] Белок лейцина поглощается более чем 50% популяций водных бактерий, и включение лейцина можно использовать для оценки использования азота в бактериальном сообществе. [ 39 ]

Динамика морской сезонной сукцессии

[ редактировать ]

Поскольку бактериальные популяции обладают уникальным метаболизмом и предпочтениями в ресурсах, использование анализа временных рядов бактериальных составов с высоким разрешением позволяет выявлять закономерности сезонной бактериальной сукцессии. [ 40 ] Различия в составе бактериального сообщества приводят к определенным перестановкам межвидовых бактериальных взаимодействий с фотосинтезирующим планктоном, протистами -травянами и фагами , тем самым влияя на динамику сезонности. Показано, что статистические методы, используемые для проверки закономерностей в динамике и составе популяции, могут быть воспроизведены в течение нескольких лет, а факторы окружающей среды служат предикторами этих временных закономерностей. [ 41 ]

Сезонная сукцессия в регионах с умеренным климатом

[ редактировать ]

Поскольку сезонные сукцессии популяций фитопланктона следуют последовательной повторяющейся схеме, динамику бактерий и сукцессию фитопланктона можно коррелировать. [ 40 ] В общем, сезонные изменения в бактериальном составе следуют за изменениями температуры и хлорофилла а , в то время как доступность питательных веществ ограничивает скорость роста бактериопланктона. [ 42 ] [ 43 ] [ 44 ] [ 45 ] [ 6 ] [ 46 ] Во время смешивания водной толщи поздней осенью/зимой питательные вещества, выносимые на поверхность, вызывают отчетливое весеннее цветение диатомовых водорослей, за которым следуют динофлагелляты. [ 40 ] После весеннего цветения продукция и рост бактерий усиливаются из-за выброса растворенного органического вещества (РОВ) в результате распада фитопланктона. [ 47 ] [ 48 ] На этой ранней стадии сукцессии представители класса Flavobacteria (Bacteroidetes) обычно являются доминирующими компонентами бактериального сообщества. [ 49 ] [ 50 ] Анализ генома и метатранскриптомика выявили присутствие бактерий, содержащих множество гидролитических ферментов, способствующих деградации и ассимиляции РОВ. [ 51 ] [ 52 ] [ 53 ] [ 54 ] Во время весеннего цветения некоторые представители клады Roseobacter ( Alphaproteobacteria ) и некоторые Gammaproteobacteria обычно связаны с деградацией РОВ. [ 48 ] [ 49 ] По мере повышения температуры и истощения питательных веществ весеннего цветения более мелкий фитопланктон и цианобактерии . в ныне олиготрофных водах растет [ 40 ]

Летом по мере расслаивания вод численность групп бактерий Roseobacter, SAR86 (Gammaproteobacteria) и SAR11 (Alphaproteobacteria) увеличивается. [ 55 ] [ 56 ] Часто наблюдаемое осеннее цветение диатомей и динофлагеллят коррелирует с дополнительным поступлением питательных веществ, а высокочастотный отбор проб в Балтийском море показал, что осенью обычно увеличивается количество Actinomycetota , за которым следуют различные осенние специфичные Flavobacteria , SAR11 и Planctomycetota . [ 49 ]

В Средиземном море глубокое зимнее перемешивание позволяет членам клады SAR11 достигать повышенного разнообразия, поскольку олиготрофные популяции, которые когда-то доминировали во время летней стратификации, медленно вымирают. [ 57 ] Среди архей Средиземного моря Nitrososphaerota (ранее Thaumarchaeota) Marine Group I (MGI) и Euryarchaeota Marine Group II (MGII.B). зимой стали доминировать популяции [ 58 ] В Балтийском море зимнее смешение выводит популяции Campylobacterota и архей на поверхность из их глубокой среды обитания. [ 49 ]

Ссылки

[ редактировать ]
  1. ^ Лонг Р.А., Азам Ф (5 декабря 2001 г.). «Микромасштабная неоднородность богатства бактериопланктона в морской воде» . Водная микробная экология . 26 (2): 103–113. дои : 10.3354/ame026103 .
  2. ^ Хэ Дж, Чжан Ф, Линь Л, Ма Ю, Чен Дж (2012). «Численность, биомасса и распространение бактериопланктона и пикофитопланктона в бассейне Западной Канады летом 2008 года». Глубоководные исследования, часть II: Актуальные исследования в океанографии . 81–84: 36–45. Бибкод : 2012DSRII..81...36H . дои : 10.1016/j.dsr2.2012.08.018 .
  3. ^ Вэй С., Бао С., Чжу Х, Хуан Икс (2008). «Пространственно-временные изменения состава сообщества бактериопланктона в озере Чаоху, Китай» . Прогресс в естествознании . 18 (9): 1115–1122. дои : 10.1016/j.pnsc.2008.04.005 .
  4. ^ Лопес-Флорес Р., Бойкс Д., Бадоса А., Брюсет С., Кинтана XD (2009). «Факторы окружающей среды, влияющие на динамику бактериопланктона и фитопланктона в замкнутых средиземноморских солончаках (северо-восток Испании)». Журнал экспериментальной морской биологии и экологии . 369 (2): 118–126. дои : 10.1016/j.jembe.2008.11.003 .
  5. ^ Медвинский, Александр Б.; Адамович Борис В.; Алиев, Рубин Р.; Чакраборти, Амит; Лукьянова Елена Владимировна; Михеева Тамара М.; Никитина Людмила Владимировна; Нуриева, Наиля И.; Русаков, Алексей В. (2017). «Температура как фактор, влияющий на колебания и прогнозируемость численности озерного бактериопланктона». Экологическая сложность . 32 : 90–98. дои : 10.1016/j.ecocom.2017.10.002 .
  6. ^ Jump up to: а б Андерссон А.Ф., Риман Л., Бертилссон С. (февраль 2010 г.). «Пиросеквенирование выявляет контрастную сезонную динамику таксонов в сообществах бактериопланктона Балтийского моря» . Журнал ISME . 4 (2): 171–81. дои : 10.1038/ismej.2009.108 . ПМИД   19829318 .
  7. ^ Гильоне Дж. Ф., Мюррей А. Е. (март 2012 г.). «Выраженные различия между летом и зимой и более высокое зимнее богатство прибрежного морского бактериопланктона Антарктики». Экологическая микробиология . 14 (3): 617–29. дои : 10.1111/j.1462-2920.2011.02601.x . ПМИД   22003839 .
  8. ^ Страза Т.Р., Даклоу Х.В., Мюррей А.Э., Кирчман Д.Л. (1 ноября 2010 г.). «Численность и одноклеточная активность групп бактерий в прибрежных водах Антарктики» . Лимнология и океанография . 55 (6): 2526–2536. Бибкод : 2010LimOc..55.2526S . дои : 10.4319/lo.2010.55.6.2526 . S2CID   86616866 .
  9. ^ Карри DJ, Калфф Дж (март 1984 г.). «Относительная важность бактериопланктона и фитопланктона в поглощении фосфора в пресной воде1». Лимнология и океанография . 29 (2): 311–321. Бибкод : 1984LimOc..29..311C . дои : 10.4319/lo.1984.29.2.0311 .
  10. ^ Линдстрем ES (декабрь 2001 г.). «Изучение факторов влияния на состав сообщества бактериопланктона: результаты полевого исследования пяти мезотрофных озер». Микробная экология . 42 (4): 598–605. дои : 10.1007/s00248-001-0031-y . ПМИД   12024242 . S2CID   22656746 .
  11. ^ Котнер Дж.Б., Бидданда Б.А. (1 марта 2002 г.). «Маленькие игроки, большая роль: микробное влияние на биогеохимические процессы в пелагических водных экосистемах». Экосистемы . 5 (2): 105–121. CiteSeerX   10.1.1.484.7337 . дои : 10.1007/s10021-001-0059-3 . S2CID   39074312 .
  12. ^ Харниш М. (март 2013 г.). «Суммарная резистентность аборигенных бактерий как индикатор изменений водной среды». Загрязнение окружающей среды . 174 : 85–92. дои : 10.1016/j.envpol.2012.11.005 . ПМИД   23246751 .
  13. ^ Чен, Синьсинь; Ван, Кай; Го, Аннан; Донг, Чжиин; Чжао, Цюньфэнь; Цянь, Цзе; Чжан, Демин (2016). «Избыточная нагрузка фосфатов с течением времени меняет состав сообщества бактериопланктона в олиготрофных прибрежных водных микрокосмах». Журнал экспериментальной морской биологии и экологии . 483 : 139–146. дои : 10.1016/j.jembe.2016.07.009 .
  14. ^ Вэньцзе Ту, Цичао, Цю, , ( , Сюн Цзиньбо Дай 2017 . ) .177..317D .doi : 10.1016/ . PMID   28319885 j.chemSphere.2017.03.034
  15. ^ Уракава, Хидетоши; Бернхард, Энн Э. (2017). «Управление водно-болотными угодьями с использованием микробных индикаторов» . Экологическая инженерия . 108 : 456–476. дои : 10.1016/j.ecoleng.2017.07.022 .
  16. ^ Хаукка К., Колмонен Э., Хайдер Р., Хиетала Дж., Ваккилайнен К., Кайресало Т., Хаарио Х., Сивонен К. (февраль 2006 г.). «Влияние нагрузки питательными веществами на состав сообщества бактериопланктона в мезокосмах озер». Микробная экология . 51 (2): 137–46. дои : 10.1007/s00248-005-0049-7 . ПМИД   16435168 . S2CID   35399139 .
  17. ^ Чжан Д., Ван Х, Сюн Дж, Чжу Дж, Ван Ю, Чжао Ц, Чэнь Х, Го А, Ву Дж (2014). «Сообщества бактериопланктона как биологические индикаторы состояния здоровья креветок». Экологические показатели . 38 : 218–224. дои : 10.1016/j.ecolind.2013.11.002 .
  18. ^ Таниус Ф.А., Вил Дж.М., Бучак Х., Ратмейер Л.С., Уилсон В.Д. (31 марта 1992 г.). «DAPI (4',6-диамидино-2-фенилиндол) по-разному связывается с ДНК и РНК: связывание по малым бороздкам в сайтах AT и интеркаляция в сайтах AU». Биохимия . 31 (12): 3103–3112. дои : 10.1021/bi00127a010 . ПМИД   1372825 .
  19. ^ Гонсалес К., Макви С., Кунник Дж., Удовиченко И.П., Такемото DJ (1995). «Дифференциальное окрашивание акридиновым оранжевым общей ДНК и РНК в нормальных и галактосемических эпителиальных клетках хрусталика в культуре с использованием проточной цитометрии». Текущие исследования глаз . 14 (4): 269–273. дои : 10.3109/02713689509033525 . ПМИД   7541739 .
  20. ^ Благородный RT, Фурман Дж.А. (13 февраля 1998 г.). «Использование SYBR Green I для быстрого подсчета эпифлуоресценции морских вирусов и бактерий» . Водная микробная экология . 14 (2): 113–118. дои : 10.3354/ame014113 .
  21. ^ Мари Д., Воло Д., Партенский Ф. (май 1996 г.). «Применение новых красителей нуклеиновых кислот YOYO-1, YO-PRO-1 и PicoGreen для проточно-цитометрического анализа морских прокариот» . Прикладная и экологическая микробиология . 62 (5): 1649–55. Бибкод : 1996ApEnM..62.1649M . дои : 10.1128/АЕМ.62.5.1649-1655.1996 . ПМК   167939 . ПМИД   8633863 .
  22. ^ Jump up to: а б с д и ж Мутукришнан Т., Гувендер А., Добрецов С., Абед Р.М. (8 января 2017 г.). «Оценка надежности подсчета бактерий с помощью эпифлуоресцентной микроскопии» . Журнал морской науки и техники . 5 (1): 4. doi : 10.3390/jmse5010004 .
  23. ^ Jump up to: а б О'Коннор Дж.Т., О'Коннор Т., Твейт Р. (2009). Оценка производительности и эксплуатации водоочистных сооружений . John Wiley & Sons, Inc., стр. 193–198. дои : 10.1002/9780470431474.app1 . ISBN  9780470431474 .
  24. ^ Jump up to: а б с д и ж г час я Газоль, Хосеп М.; Джорджио, Пол А. дель (30 июня 2000 г.). «Использование проточной цитометрии для подсчета природных планктонных бактерий и понимания структуры планктонных бактериальных сообществ» . Сциентия Марина . 64 (2): 197–224. дои : 10.3989/scimar.2000.64n2197 . hdl : 10261/5293 . ISSN   1886-8134 .
  25. ^ Джорджио, Пол А. дель; Берд, Дэвид Ф.; Прейри, Ив Т.; Планас, Долорс (1 июня 1996 г.). «Проточно-цитометрическое определение численности бактерий в планктоне озера с помощью зеленой окраски нуклеиновой кислоты SYTO 13» . Лимнология и океанография . 41 (4): 783–789. Бибкод : 1996LimOc..41..783G . дои : 10.4319/lo.1996.41.4.0783 . ISSN   1939-5590 .
  26. ^ Jump up to: а б с Сераки, Майкл Э.; Хауген, Элин М.; Куччи, Терри Л. (1 августа 1995 г.). «Переоценка гетеротрофных бактерий в Саргассовом море: прямые доказательства с помощью проточной и визуализирующей цитометрии». Глубоководные исследования. Часть I: Статьи океанографических исследований . 42 (8): 1399–1409. Бибкод : 1995DSRI...42.1399S . дои : 10.1016/0967-0637(95)00055-Б . ISSN   0967-0637 .
  27. ^ Jump up to: а б Зубков М.В., Беркилл П.Х., Топпинг Дж.Н. (1 января 2007 г.). «Проточно-цитометрический подсчет окрашенных ДНК океанических планктонных простейших» . Журнал исследований планктона . 29 (1): 79–86. дои : 10.1093/plankt/fbl059 .
  28. ^ УОТЕРБЕРИ, ДЖОН Б.; УОТСОН, СТЭНЛИ В.; ГИЛЛАРД, РОБЕРТ Р.Л.; БРЕНД, ЛАРРИ Э. (январь 1979 г.). «Широкое распространение одноклеточных, морских, планктонных, цианобактерий». Природа . 277 (5694): 293–294. Бибкод : 1979Natur.277..293W . дои : 10.1038/277293a0 . ISSN   1476-4687 . S2CID   4270426 .
  29. ^ Чисхолм, Салли В.; Франкель, Шейла Л.; Герике, Ральф; Олсон, Роберт Дж.; Паленик, Брайан; Уотербери, Джон Б.; Вест-Джонсруд, Лиза; Зеттлер, Эрик Р. (1 февраля 1992 г.). «Prochromococcus marinus nov. gen. nov. sp.: оксифототрофный морской прокариот, содержащий дивинилхлорофилл a и b». Архив микробиологии . 157 (3): 297–300. дои : 10.1007/BF00245165 . ISSN   0302-8933 . S2CID   32682912 .
  30. ^ Чисхолм, Салли В.; Олсон, Роберт Дж.; Зеттлер, Эрик Р.; Герике, Ральф; Уотербери, Джон Б.; Вельшмайер, Николас А. (июль 1988 г.). «Новый свободноживущий прохлорофит, распространенный в эвфотической зоне океана». Природа . 334 (6180): 340–343. Бибкод : 1988Natur.334..340C . дои : 10.1038/334340a0 . ISSN   1476-4687 . S2CID   4373102 .
  31. ^ Jump up to: а б с д Мари Д., Партенский Ф., Жаке С., Воло Д. (январь 1997 г.). «Подсчет и анализ клеточного цикла природных популяций морского пикопланктона методом проточной цитометрии с использованием красителя нуклеиновых кислот SYBR Green I» . Прикладная и экологическая микробиология . 63 (1): 186–93. Бибкод : 1997ApEnM..63..186M . дои : 10.1128/АЕМ.63.1.186-193.1997 . ПМК   1389098 . ПМИД   16535483 .
  32. ^ Джорджио П.А., Берд Д.Ф., Прейри Ю.Т., Планас Д. (июнь 1996 г.). «Проточно-цитометрическое определение численности бактерий в планктоне озера с помощью зеленой окраски нуклеиновой кислоты SYTO 13» . Лимнология и океанография . 41 (4): 783–789. Бибкод : 1996LimOc..41..783G . дои : 10.4319/lo.1996.41.4.0783 .
  33. ^ Райс Дж., Сани М.А., Беркилл П.Х., Тарран Г.А., О'Коннор К.Д., Зубков М.В. (март 1997 г.). «Проточный цитометрический анализ характеристик гибридизации видоспецифичных флуоресцентных олигонуклеотидных зондов с рРНК морских нанофлагеллят» . Прикладная и экологическая микробиология . 63 (3): 938–44. Бибкод : 1997ApEnM..63..938R . дои : 10.1128/АЕМ.63.3.938-944.1997 . ПМЦ   1389123 . ПМИД   16535558 .
  34. ^ Jump up to: а б с Хагстрем А., Ларссон У., Хёрстедт П., Нормарк С. (май 1979 г.). «Частота деления клеток: новый подход к определению скорости роста бактерий в водных средах» . Прикладная и экологическая микробиология . 37 (5): 805–12. Бибкод : 1979ApEnM..37..805H . дои : 10.1128/АЕМ.37.5.805-812.1979 . ПМК   243306 . ПМИД   16345378 .
  35. ^ Ньюэлл С.Ю., Кристиан Р.Р. (июль 1981 г.). «Частота деления клеток как показатель продуктивности бактерий» . Прикладная и экологическая микробиология . 42 (1): 23–31. Бибкод : 1981ApEnM..42...23N . дои : 10.1128/АЕМ.42.1.23-31.1981 . ПМК   243955 . ПМИД   16345812 .
  36. ^ Jump up to: а б с д Серве П., Мартинес Дж., Биллен Дж., Вивес-Рего Дж. (август 1987 г.). «Определение включения [H] тимидина в ДНК бактериопланктона: улучшение метода путем обработки ДНКазой» . Прикладная и экологическая микробиология . 53 (8): 1977–9. Бибкод : 1987ApEnM..53.1977S . дои : 10.1128/АЕМ.53.8.1977-1979.1987 . ПМК   204039 . ПМИД   16347424 .
  37. ^ Белл Р., Альгрен Г., Альгрен I (июнь 1983 г.). «Оценка продукции бактериопланктона путем измерения включения [3H] тимидина в эвтрофном шведском озере» . Прикладная и экологическая микробиология . 45 (6): 1709–1721. Бибкод : 1983ApEnM..45.1709B . дои : 10.1128/АЕМ.45.6.1709-1721.1983 . ПМК   242528 . ПМИД   16346304 .
  38. ^ Фурман Дж., Азам Ф. (июль 1980 г.). «Оценки вторичной продукции бактериопланктона в прибрежных водах Британской Колумбии, Канады, Антарктиды и Калифорнии, США» . Прикладная и экологическая микробиология . 39 (6): 1085–1095. дои : 10.1128/АЕМ.39.6.1085-1095.1980 . ПМК   291487 . ПМИД   16345577 .
  39. ^ Jump up to: а б с д Кирчман Д., К'нис Э., Ходсон Р. (март 1985 г.). «Включение лейцина и его потенциал как меры синтеза белка бактериями в природных водных системах» . Прикладная и экологическая микробиология . 49 (3): 599–607. Бибкод : 1985ApEnM..49..599K . дои : 10.1128/АЕМ.49.3.599-607.1985 . ПМЦ   373556 . ПМИД   3994368 .
  40. ^ Jump up to: а б с д Бунсе С., Пинхасси Дж. (июнь 2017 г.). «Динамика сезонной сукцессии морского бактериопланктона» . Тенденции в микробиологии . 25 (6): 494–505. дои : 10.1016/j.tim.2016.12.013 . ПМИД   28108182 .
  41. ^ Фурман Дж.А., Хьюсон И., Швальбах М.С., Стил Дж.А., Браун М.В., Наим С. (август 2006 г.). «Ежегодно возникающие бактериальные сообщества можно предсказать исходя из условий океана» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 103 (35): 13104–9. Бибкод : 2006PNAS..10313104F . дои : 10.1073/pnas.0602399103 . ПМЦ   1559760 . ПМИД   16938845 .
  42. ^ Пинхасси Дж., Хагстрём О. (15 июня 2000 г.). «Сезонная смена морского бактериопланктона» . Водная микробная экология . 21 (3): 245–256. дои : 10.3354/ame021245 .
  43. ^ Пинхасси Х, Гомес-Консарнау Л, Алонсо-Саес Л, Сала ММ, Видаль М, Педрос-Алио К, Газоль ХМ (10 октября 2006 г.). «Сезонные изменения в ограничении питательных веществ бактериопланктона и их влияние на состав бактериального сообщества в северо-западной части Средиземного моря» . Водная микробная экология . 44 (3): 241–252. дои : 10.3354/ame044241 . hdl : 10261/27229 .
  44. ^ Сапп М., Вичелс А., Уилтшир К.Х., Гердтс Г. (март 2007 г.). «Динамика бактериального сообщества в период зимне-весеннего перехода в Северном море» . ФЭМС Микробиология Экология . 59 (3): 622–37. дои : 10.1111/j.1574-6941.2006.00238.x . ПМИД   17381518 .
  45. ^ Гилберт Дж.А., Филд Д., Свифт П., Ньюболд Л., Оливер А., Смит Т., Сомерфилд П.Дж., Хьюз С., Джойнт I (декабрь 2009 г.). «Сезонная структура микробных сообществ в западной части Ла-Манша» (PDF) . Экологическая микробиология . 11 (12): 3132–9. дои : 10.1111/j.1462-2920.2009.02017.x . hdl : 1912/3133 . ПМИД   19659500 .
  46. ^ Гилберт Дж.А., Стил Дж.А., Капорасо Дж.Г., Стейнбрюк Л., Ридер Дж., Темпертон Б., Хьюз С., Макхарди AC, Найт Р., Джойнт I, Сомерфилд П., Фурман Дж.А., Филд D (февраль 2012 г.). «Определение сезонной динамики морского микробного сообщества» . Журнал ISME . 6 (2): 298–308. дои : 10.1038/ismej.2011.107 . ПМК   3260500 . ПМИД   21850055 .
  47. ^ Риман Л., Стюард Г.Ф., Азам Ф. (февраль 2000 г.). «Динамика состава и активности бактериального сообщества в период цветения диатомей мезокосма» . Прикладная и экологическая микробиология . 66 (2): 578–87. Бибкод : 2000ApEnM..66..578R . дои : 10.1128/АЕМ.66.2.578-587.2000 . ПМК   91866 . ПМИД   10653721 .
  48. ^ Jump up to: а б Бьюкен А., Леклер Г.Р., Гульвик К.А., Гонсалес Х.М. (октябрь 2014 г.). «Мастер-переработчики: особенности и функции бактерий, связанных с цветением фитопланктона». Обзоры природы. Микробиология . 12 (10): 686–98. дои : 10.1038/nrmicro3326 . ПМИД   25134618 . S2CID   26684717 .
  49. ^ Jump up to: а б с д Линд М.В., Шёстедт Дж., Андерссон А.Ф., Балтар Ф., Хьюгерт Л.В., Лундин Д., Мутусами С., Легран К., Пинхасси Дж. (июль 2015 г.). «Распутывание сезонной динамики популяции бактериопланктона с помощью высокочастотного отбора проб». Экологическая микробиология . 17 (7): 2459–76. дои : 10.1111/1462-2920.12720 . ПМИД   25403576 .
  50. ^ Альдеркамп АС, Синтес Э, Херндл Г.Дж. (21 декабря 2006 г.). «Численность и активность основных групп прокариотического планктона в прибрежной части Северного моря весной и летом» . Водная микробная экология . 45 (3): 237–246. дои : 10.3354/ame045237 .
  51. ^ Фернандес-Гомес Б., Рихтер М., Шулер М., Пинхасси Дж., Ацинас С.Г., Гонсалес Х.М., Педрос-Алио К. (май 2013 г.). «Экология морских Bacteroidetes: сравнительный геномный подход» . Журнал ISME . 7 (5): 1026–37. дои : 10.1038/ismej.2012.169 . ПМЦ   3635232 . ПМИД   23303374 .
  52. ^ Тилинг Х, Фукс Б.М., Бехер Д., Клоков К., Гардебрехт А., Беннке С.М., Кассабги М., Хуанг С., Манн А.Дж., Вальдманн Дж., Вебер М., Клиндворт А., Отто А., Ланге Дж., Бернхардт Дж., Рейнш С., Хекер М. , Пеплис Дж., Бокельманн Ф.Д., Каллис Ю., Гердтс Г., Вичелс А., Уилтшир К.Х., Глёкнер Ф.О., Шведер Т., Аманн Р. (май 2012 г.). «Контролируемая субстратом последовательность популяций морского бактериопланктона, вызванная цветением фитопланктона». Наука . 336 (6081): 608–11. Бибкод : 2012Sci...336..608T . дои : 10.1126/science.1218344 . ПМИД   22556258 . S2CID   29249533 .
  53. ^ Тилинг Х., Фукс Б.М., Беннке С.М., Крюгер К., Чейфи М., Каппельманн Л., Рейнтьес Г., Вальдманн Дж., Кваст С., Глёкнер Ф.О., Лукас Дж., Вичелс А., Гердтс Г., Уилтшир К.Х., Аманн Р.И. (апрель 2016 г.). «Повторяющиеся закономерности динамики бактериопланктона во время прибрежного весеннего цветения водорослей» . электронная жизнь . 5 : е11888. doi : 10.7554/eLife.11888 . ПМЦ   4829426 . ПМИД   27054497 .
  54. ^ Тейлор Дж.Д., Коттингем С.Д., Биллинг Дж., Канлифф М. (январь 2014 г.). «Сезонная динамика микробного сообщества коррелирует с полисахаридами, полученными из фитопланктона, в поверхностных прибрежных водах» . Журнал ISME . 8 (1): 245–8. дои : 10.1038/ismej.2013.178 . ПМЦ   3869024 . ПМИД   24132076 .
  55. ^ Агавин Н.С., Дуарте К.М., Агусти С. (3 сентября 1998 г.). «Рост и численность Synechococcus sp. в Средиземноморском заливе: сезонность и связь с температурой» . Серия «Прогресс в области морской экологии» . 170 : 45–53. Бибкод : 1998MEPS..170...45A . дои : 10.3354/meps170045 . hdl : 10261/149462 .
  56. ^ Алонсо-Саес Л., Балаге В., Са Эль, Санчес О., Гонсалес Х.М., Пинхасси Х., Массана Р., Пернталер Х., Педрос-Алио К., Газоль Х.М. (апрель 2007 г.). «Сезонность бактериального разнообразия в прибрежных водах северо-западного Средиземноморья: оценка с помощью библиотек клонов, дактилоскопии и FISH» . ФЭМС Микробиология Экология . 60 (1): 98–112. дои : 10.1111/j.1574-6941.2006.00276.x . ПМИД   17250750 .
  57. ^ Солтер I, Галанд П.Е., Фагерволд С.К., Лебарон П., Обернстерер I, Оливер М.Дж., Сузуки М.Т., Трикуар С (февраль 2015 г.). «Сезонная динамика активных экотипов SAR11 в олиготрофной северо-западной части Средиземного моря» . Журнал ISME . 9 (2): 347–60. дои : 10.1038/ismej.2014.129 . ПМК   4303628 . ПМИД   25238399 .
  58. ^ Угони М., Тайб Н., Деброа Д., Домаизон I, Жуан Дюфурнель I, Броннер Дж., Солтер I, Агоге Х., Мэри I, Галанд П.Е. (апрель 2013 г.). «Структура редкой архейной биосферы и сезонная динамика активных экотипов в поверхностных прибрежных водах» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 110 (15): 6004–9. Бибкод : 2013PNAS..110.6004H . дои : 10.1073/pnas.1216863110 . ПМЦ   3625260 . ПМИД   23536290 .
Retrieved from "https://en.wikipedia.org/w/index.php?title=Bacterioplankton_counting_methods&oldid=1193568379"
Arc.Ask3.Ru: конец переведенного документа.
Arc.Ask3.Ru
Номер скриншота №: c8d88820cfaa3e9c394c8001fc959bf0__1704364860
URL1:https://arc.ask3.ru/arc/aa/c8/f0/c8d88820cfaa3e9c394c8001fc959bf0.html
Заголовок, (Title) документа по адресу, URL1:
Bacterioplankton counting methods - Wikipedia
Данный printscreen веб страницы (снимок веб страницы, скриншот веб страницы), визуально-программная копия документа расположенного по адресу URL1 и сохраненная в файл, имеет: квалифицированную, усовершенствованную (подтверждены: метки времени, валидность сертификата), открепленную ЭЦП (приложена к данному файлу), что может быть использовано для подтверждения содержания и факта существования документа в этот момент времени. Права на данный скриншот принадлежат администрации Ask3.ru, использование в качестве доказательства только с письменного разрешения правообладателя скриншота. Администрация Ask3.ru не несет ответственности за информацию размещенную на данном скриншоте. Права на прочие зарегистрированные элементы любого права, изображенные на снимках принадлежат их владельцам. Качество перевода предоставляется как есть. Любые претензии, иски не могут быть предъявлены. Если вы не согласны с любым пунктом перечисленным выше, вы не можете использовать данный сайт и информация размещенную на нем (сайте/странице), немедленно покиньте данный сайт. В случае нарушения любого пункта перечисленного выше, штраф 55! (Пятьдесят пять факториал, Денежную единицу (имеющую самостоятельную стоимость) можете выбрать самостоятельно, выплаичвается товарами в течение 7 дней с момента нарушения.)