База данных путей малых молекул
| Содержание | |
|---|---|
| Описание | База данных путей |
| Типы данных захвачен | Пути малых молекул, метаболические пути, пути метаболических заболеваний, сигнальные пути метаболитов, пути действия лекарств, пути метаболизма лекарств |
| Контакт | |
| Исследовательский центр | Университет Альберты и Инновационный центр метаболомики |
| Лаборатория | Дэвид С. Уишарт |
| Первичное цитирование | SMPDB: База данных путей малых молекул. [1] |
| Доступ | |
| Веб-сайт | http://www.smpdb.ca |
| URL-адрес загрузки | http://www.smpdb.ca/downloads |
| Разнообразный | |
| Выпуск данных частота | Каждые 2-3 года с периодическими исправлениями и обновлениями. |
| Политика курирования | Курируется вручную |
База данных путей малых молекул (SMPDB) [1] [2] представляет собой всеобъемлющую, высококачественную, свободно доступную онлайн-базу данных, содержащую более 600 путей малых молекул (т.е. метаболических), обнаруженных у человека. SMPDB разработан специально для поддержки выяснения и открытия путей в метаболомике , транскриптомике , протеомике и системной биологии . Частично это возможно благодаря предоставлению красочных, подробных, полностью доступных для поиска и связанных гиперссылками диаграмм пяти типов путей малых молекул: 1) общие метаболические пути человека ; 2) пути метаболических заболеваний человека; 3) метаболитов сигнальные пути человека; 4) пути действия лекарств и 5) метаболизма лекарств пути . Пути SMPDB можно перемещать, просматривать и масштабировать в интерактивном режиме с помощью интерфейса, подобного Google Maps. Все пути SMPDB включают информацию о соответствующих органах , субклеточных компартментах , белковых кофакторах, местоположениях белков, местоположениях метаболитов, химических структурах и четвертичных структурах белков (рис. 1). Каждая малая молекула в SMPDB связана гиперссылкой с подробным описанием, содержащимся в HMDB. [3] или ДругБанк [4] и каждый белок или ферментный комплекс связан гиперссылкой с UniProt. [5] Кроме того, все пути SMPDB сопровождаются подробными описаниями и ссылками, дающими обзор пути, состояния или процессов, изображенных на каждой диаграмме. Пользователи могут просматривать базу данных SMPDB (рис. 2) или осуществлять поиск по ее содержимому с помощью текстового поиска (рис. 3), поиска последовательности или поиска химической структуры . Также возможны более мощные запросы, включая поиск по спискам названий генов или белков, названий лекарств, названий метаболитов, идентификаторов GenBank , Swiss-Prot идентификаторов Agilent или Affymetrix , идентификаторов микрочипов . Эти запросы создадут списки совпадающих путей и выделят совпадающие молекулы на каждой из диаграмм путей. Данные о концентрации генов , метаболитов и белков также можно визуализировать через картографический интерфейс SMPDB.
SMPDB является частью набора баз данных по метаболомике , который также включает в себя базу данных метаболома человека , DrugBank и базу данных токсинов и токсинов-мишеней (T3DB). В то время как DrugBank включает информацию о 7000 лекарствах и более чем 4200 неповторяющихся мишенях лекарств, ферментах , транспортерах и носителях, HMDB содержит более 40 000 малых молекул, метаболитов обнаруженных в организме человека. Пакет дополняется T3DB с более чем 3100 распространенными токсичными веществами и более чем 1300 соответствующими мишенями для токсинов.
История версий
[ редактировать ]Первая версия SMPDB была выпущена 1 января 2010 года. [1] Этот выпуск содержал более 350 отображенных на изображениях путей для путей малых молекул. Интерфейс средства просмотра был ограничен навигацией по изображению с помощью полосы прокрутки и трехступенчатым (маленьким, средним, большим) масштабированием. Пути в этой первой версии были ограничены 1) метаболическими путями человека ; 2) пути метаболических заболеваний человека; и 3) сигнальные пути метаболитов человека. Вторая версия SMPDB была выпущена в 2014 году. [2] Эта версия содержала более 620 путей малых молекул. Интерфейс средства просмотра был улучшен и теперь включает в себя интерфейс, подобный Google-Map, с навигацией по изображениям с помощью щелчков и перетаскиваний и неограниченным интерактивным масштабированием. Пути во второй версии были расширены и теперь включают: 1) общие метаболические пути человека; 2) пути метаболических заболеваний человека; 3) сигнальные пути метаболитов человека; 4) пути действия лекарств и 5) пути метаболизма лекарств .
См. также
[ редактировать ]Ссылки
[ редактировать ]- ^ Jump up to: а б с Фролкис, А; Нокс, К; Лайм; Джуисон, Т; Закон, В; Хау, Д.Д.; Лю, П; Гаутам, Б; Ли, С; Го, AC; Ся, Дж; Лян, Ю; Шривастава, С; Уишарт, Д.С. (январь 2010 г.). «SMPDB: База данных о путях малых молекул» . Исследования нуклеиновых кислот . 38 (Проблема с базой данных): D480-7. дои : 10.1093/нар/gkp1002 . ПМК 2808928 . ПМИД 19948758 .
- ^ Jump up to: а б Джуисон, Т; Су Й; Дисфани ФМ; и др. (январь 2014 г.). «База данных о путях малых молекул» . Исследования нуклеиновых кислот . 42 (Проблема с базой данных): D478-84. дои : 10.1093/нар/gkt1067 . ПМК 3965088 . ПМИД 24203708 .
- ^ Уишарт Д.С., Цур Д., Нокс С., Эйснер Р., Го А.С., Янг Н., Ченг Д., Джуэлл К., Арндт Д., Сони С., Фунг С., Николай Л., Льюис М., Кутули М.А., Форсайт И., Тан П., Шривастава С. , Джерончич К., Стотхард П., Амегбей Г., Блок Д., Хау Д.Д., Вагнер Дж., Миниачи Дж., Клементс М., Гебремедхин М., Го Н., Чжан Ю., Дагган Г.Э., Макиннис Г.Д., Велджи А.М., Доулатабади Р., Бэмфорт Ф., Клайв. Д., Грейнер Р., Ли Л., Марри Т., Сайкс Б.Д., Фогель Х.Дж., Керенгессер Л. (январь 2007 г.). «HMDB: База данных метаболомов человека» . Исследования нуклеиновых кислот . 35 (Проблема с базой данных): D521-6. дои : 10.1093/нар/gkl923 . ПМК 1899095 . ПМИД 17202168 .
- ^ Нокс, К; Закон, В; Джуисон, Т; Лю, П; Ли, С; Фролкис, А; Пон, А; Банко, К; Мак, С; Невё, В; Джумбу, Ю; Эйснер, Р; Го, AC; Уишарт, Д.С. (январь 2011 г.). «DrugBank 3.0: комплексный ресурс для «омических» исследований наркотиков» . Исследования нуклеиновых кислот . 39 (Проблема с базой данных): D1035-41. дои : 10.1093/nar/gkq1126 . ПМК 3013709 . ПМИД 21059682 .
- ^ Консорциум UniProt (январь 2011 г.). «Текущие и будущие разработки Universal Protein Resource» . Исследования нуклеиновых кислот . 39 (Проблема с базой данных): D214-9. дои : 10.1093/нар/gkq1020 . ПМК 3013648 . ПМИД 21051339 .