Секвенирование по Сэнгеру
Секвенирование по Сэнгеру — это метод секвенирования ДНК , который включает электрофорез и основан на случайном включении дидезоксинуклеотидов с концевой цепью с помощью ДНК-полимеразы во время in vitro репликации ДНК . Впервые разработанный Фредериком Сэнгером и его коллегами в 1977 году, он стал наиболее широко используемым методом секвенирования примерно на 40 лет. Впервые он был коммерциализирован компанией Applied Biosystems в 1986 году. Совсем недавно более объемное секвенирование по Сэнгеру было заменено методами секвенирования следующего поколения , особенно для крупномасштабного автоматического анализа генома . Однако метод Сэнгера по-прежнему широко используется для небольших проектов и для проверки результатов глубокого секвенирования. Он по-прежнему имеет преимущество перед технологиями секвенирования короткого считывания (такими как Illumina) в том, что он может производить считывания последовательностей ДНК длиной > 500 нуклеотидов и поддерживать очень низкий уровень ошибок с точностью около 99,99%. [1] Секвенирование по Сэнгеру до сих пор активно используется в инициативах общественного здравоохранения, таких как секвенирование шипового белка SARS-CoV-2. [2] а также для надзора за вспышками норовируса через сеть наблюдения CaliciNet Центра по контролю и профилактике заболеваний (CDC). [3]
Метод [ править ]
Классический метод обрыва цепи требует одноцепочечной ДНК-матрицы, ДНК- праймера , ДНК-полимеразы , нормальных дезоксинуклеотидтрифосфатов ( dNTP ) и модифицированных дидезоксинуклеотидтрифосфатов ( ddNTP ), последние из которых терминируют удлинение цепи ДНК. В этих нуклеотидах, оканчивающих цепь, отсутствует 3'- ОН- группа, необходимая для образования фосфодиэфирной связи между двумя нуклеотидами, в результате чего ДНК-полимераза прекращает удлинение ДНК при включении модифицированного ddNTP. ddNTP могут быть помечены радиоактивно или флуоресцентно для обнаружения в автоматических машинах для секвенирования.
Образец ДНК делится на четыре отдельные реакции секвенирования, содержащие все четыре стандартных дезоксинуклеотида (dATP, dGTP, dCTP и dTTP) и ДНК-полимеразу. В каждую реакцию добавляется только один из четырех дидезоксинуклеотидов (ddATP, ddGTP, ddCTP или ddTTP), тогда как остальные добавляемые нуклеотиды являются обычными. Концентрация дезоксинуклеотида должна быть примерно в 100 раз выше, чем концентрация соответствующего дидезоксинуклеотида (например, 0,5 мМ dTTP : 0,005 мМ ddTTP), чтобы обеспечить образование достаточного количества фрагментов при одновременной транскрипции полной последовательности (но концентрация ddNTP также зависит от желаемого результата). длина последовательности). [4] Говоря более разумно, в этом процессе необходимы четыре отдельные реакции для проверки всех четырех ddNTP. После циклов удлинения матричной ДНК из связанного праймера полученные фрагменты ДНК подвергаются тепловой денатурации и разделяются по размеру с помощью гель-электрофореза . В оригинальной публикации 1977 г. [4] образование петель оцДНК, спаренных основаниями, было причиной серьезных трудностей при разрешении полос в некоторых местах. Это часто выполняют с использованием денатурирующего полиакриламидно -мочевинного геля, при этом каждая из четырех реакций протекает на одной из четырех отдельных дорожек (дорожки A, T, G, C). Полосы ДНК затем можно визуализировать с помощью авторадиографии или УФ-света, а последовательность ДНК можно непосредственно считывать с рентгеновской пленки или изображения геля.
На изображении справа рентгеновская пленка подвергалась воздействию геля, а темные полосы соответствуют фрагментам ДНК разной длины. Темная полоса на дорожке указывает на фрагмент ДНК, который является результатом обрыва цепи после включения дидезоксинуклеотида (ddATP, ddGTP, ddCTP или ddTTP). Относительные положения различных полос на четырех дорожках, снизу вверх, затем используются для считывания последовательности ДНК.
Технические варианты секвенирования обрыва цепи включают мечение нуклеотидами, содержащими радиоактивный фосфор, для радиоактивной метки или использование праймера, меченного на 5'-конце флуоресцентным красителем . Секвенирование красителя-праймера облегчает считывание в оптической системе для более быстрого и экономичного анализа и автоматизации. Более поздняя разработка Лероя Худа и его коллег. [5] [6] флуоресцентно меченных ddNTP и праймеров создают основу для автоматизированного высокопроизводительного секвенирования ДНК.
Методы обрыва цепи значительно упростили секвенирование ДНК. Например, коммерчески доступны наборы для определения обрыва цепи, которые содержат реагенты, необходимые для секвенирования, предварительно аликвотированные и готовые к использованию. Ограничения включают неспецифическое связывание праймера с ДНК, влияющее на точность считывания последовательности ДНК, а также вторичные структуры ДНК, влияющие на точность последовательности.
Секвенирование красителя-терминатора [ править ]
Секвенирование терминатора с помощью красителя использует мечение терминатора цепи ddNTP, что позволяет секвенировать в одной реакции, а не в четырех реакциях, как в методе меченого праймера. При секвенировании терминатора с красителем каждый из четырех терминаторов дидезоксинуклеотидной цепи метится флуоресцентными красителями, каждый из которых излучает свет с разными длинами волн .
Благодаря своей большей целесообразности и скорости секвенирование красителя-терминатора в настоящее время является основой автоматизированного секвенирования. Его ограничения включают эффекты красителя из-за различий в включении меченных красителем терминаторов цепи во фрагмент ДНК, что приводит к неравной высоте и форме пиков на электрофореграмме следов электронной последовательности ДНК (тип хроматограммы ) после капиллярного электрофореза (см. левый).
Эта проблема была решена с использованием модифицированных ферментных систем ДНК-полимеразы и красителей, которые минимизируют вариабельность включения, а также методов устранения «капель красителя». Метод секвенирования с использованием красителя-терминатора, наряду с автоматизированными высокопроизводительными анализаторами последовательностей ДНК, использовался в подавляющем большинстве проектов секвенирования до появления секвенирования следующего поколения .
Автоматизация и пробоподготовка [ править ]
Автоматизированные инструменты для секвенирования ДНК ( секвенаторы ДНК ) могут секвенировать до 384 образцов ДНК за одну партию. Пакетные прогоны могут выполняться до 24 раз в день. Секвенаторы ДНК разделяют цепи по размеру (или длине) с помощью капиллярного электрофореза , они обнаруживают и записывают флуоресценцию красителя и выводят данные в виде хроматограмм следов флуоресцентных пиков . Реакции секвенирования ( термоциклирование и мечение), очистка и ресуспендирование образцов в буферном растворе выполняются отдельно перед загрузкой образцов в секвенатор. Ряд коммерческих и некоммерческих пакетов программного обеспечения могут автоматически обрезать следы ДНК низкого качества. Эти программы оценивают качество каждого пика и удаляют базовые пики низкого качества (которые обычно расположены на концах последовательности). [7] Точность таких алгоритмов уступает визуальному осмотру человеком-оператором, но достаточна для автоматизированной обработки больших наборов данных последовательностей.
Применение секвенирования терминацией с красителя
Область общественного здравоохранения играет множество ролей, поддерживая диагностику пациентов, а также надзор за окружающей средой за потенциальными токсичными веществами и циркулирующими биологическими патогенами. Лаборатории общественного здравоохранения (PHL) и другие лаборатории по всему миру сыграли ключевую роль в предоставлении данных быстрого секвенирования для надзора за вирусом SARS-CoV-2 , возбудителем COVID-19, во время пандемии, которая была объявлена угрозой общественного здравоохранения. ЧП 30 января 2020 года. [8] Лабораториям было поручено быстро внедрить методы секвенирования и предоставить точные данные, которые помогут в модели принятия решений для разработки политики по смягчению распространения вируса. Многие лаборатории прибегли к методологиям секвенирования следующего поколения, в то время как другие поддержали усилия по секвенированию по Сэнгеру. Усилий по секвенированию SARS-CoV-2 много, в то время как большинство лабораторий внедрили полногеномное секвенирование вируса, другие решили секвенировать очень специфические гены вируса, такие как S-ген, кодирующий информацию, необходимую для производства белка-шипа. . Высокая частота мутаций SARS-CoV-2 приводит к генетическим различиям внутри S-гена, и эти различия сыграли роль в инфекционности вируса. [9] Секвенирование S-гена по Сэнгеру обеспечивает быстрый, точный и более доступный метод извлечения генетического кода. Лаборатории в странах с низким уровнем дохода могут не иметь возможности внедрять дорогостоящие приложения, такие как секвенирование следующего поколения, поэтому методы Сэнгера могут преобладать в поддержке получения данных секвенирования для наблюдения за вариантами.
Секвенирование по Сэнгеру также является «золотым стандартом» методов надзора за норовирусами для сети CaliciNet Центра по контролю и профилактике заболеваний (CDC). CalciNet — это сеть наблюдения за вспышками, созданная в марте 2009 года. Целью сети является сбор данных секвенирования циркулирующих норовирусов в Соединенных Штатах и активизация последующих действий по определению источника инфекции для смягчения распространения вируса. Сеть CalciNet идентифицировала многие инфекции как болезни пищевого происхождения. [3] Эти данные затем можно опубликовать и использовать для разработки рекомендаций относительно будущих действий по предотвращению порчи продуктов питания. Методы обнаружения норовируса включают целенаправленную амплификацию определенных участков генома. Затем ампликоны секвенируют с использованием секвенирования Сэнгера с концевым красителем, а полученные хроматограммы и последовательности анализируют с помощью пакета программного обеспечения, разработанного в BioNumerics . Последовательности отслеживаются и изучается родство штаммов, чтобы сделать вывод об эпидемиологической значимости.
Проблемы [ править ]
Общие проблемы секвенирования ДНК методом Сэнгера включают низкое качество первых 15–40 оснований последовательности из-за связывания праймера и ухудшение качества следов секвенирования после 700–900 оснований. Программное обеспечение для вызова оснований, такое как Phred, обычно предоставляет оценку качества, чтобы помочь в обрезке областей последовательностей низкого качества. [10] [11]
В тех случаях, когда фрагменты ДНК клонируются перед секвенированием, полученная последовательность может содержать части вектора клонирования . Напротив, технологии клонирования на основе ПЦР и технологии секвенирования нового поколения, основанные на пиросеквенировании, часто избегают использования векторов клонирования. Недавно были разработаны методы одноэтапного секвенирования по Сэнгеру (комбинированная амплификация и секвенирование), такие как Ampliseq и SeqSharp, которые позволяют быстро секвенировать целевые гены без клонирования или предварительной амплификации. [12] [13]
Современные методы позволяют напрямую секвенировать только относительно короткие (длиной 300–1000 нуклеотидов ) фрагменты ДНК за одну реакцию. Основным препятствием для секвенирования фрагментов ДНК, размер которых превышает этот предел, является недостаточная мощность разделения для разделения больших фрагментов ДНК, отличающихся по длине всего на один нуклеотид.
секвенирование Микрофлюидное Сэнгеру по
Микрофлюидное секвенирование по Сэнгеру — это лабораторное приложение для секвенирования ДНК, в котором этапы секвенирования по Сэнгеру (термическое циклирование, очистка образцов и капиллярный электрофорез) интегрированы в чип размером с пластину с использованием объемов образцов в нанолитрах. Эта технология генерирует длинные и точные считывания последовательностей, устраняя при этом многие существенные недостатки традиционного метода Сэнгера (например, высокий расход дорогих реагентов, использование дорогостоящего оборудования, трудоемкие манипуляции с персоналом и т. д.) за счет интеграции и автоматизации этапов секвенирования Сэнгера. .
В современном понимании высокопроизводительное секвенирование генома включает фрагментацию генома на небольшие одноцепочечные фрагменты с последующей амплификацией фрагментов с помощью полимеразной цепной реакции (ПЦР). При использовании метода Сэнгера каждый фрагмент ДНК необратимо терминируется включением флуоресцентно меченного дидезокси-концевого нуклеотида, образуя тем самым «лестницу» ДНК из фрагментов, каждый из которых отличается по длине на одно основание и несет специфичную для основания флуоресцентную метку на конце. Терминальная база. Затем амплифицированные базовые лестницы разделяются с помощью капиллярного электрофореза (CAE) с автоматическим «конечным» обнаружением in situ флуоресцентно меченных фрагментов оцДНК, что обеспечивает упорядоченную последовательность фрагментов. Эти считываемые последовательности затем собираются на компьютере в перекрывающиеся или смежные последовательности (называемые «контигами»), которые после полной сборки напоминают полную геномную последовательность. [14]
Методы Сэнгера достигают максимальной длины чтения примерно 800 п.н. (обычно 500–600 п.н. для необогащенной ДНК). Более длинные длины считывания в методах Сэнгера демонстрируют значительные преимущества перед другими методами секвенирования, особенно с точки зрения секвенирования повторяющихся областей генома. Проблема данных о коротких считываемых последовательностях особенно актуальна при секвенировании новых геномов (de novo) и секвенировании сильно реаранжированных сегментов генома, обычно тех, которые наблюдаются в геномах рака или в областях хромосом, которые демонстрируют структурные вариации. [15]
технологий микрофлюидного Применение секвенирования
Другие полезные применения секвенирования ДНК включают обнаружение однонуклеотидного полиморфизма (SNP), однонитевого конформационного полиморфизма (SSCP) гетеродуплексный анализ и коротких тандемных повторов анализ (STR). Разрешение фрагментов ДНК в соответствии с различиями в размере и/или конформации является наиболее важным шагом в изучении этих особенностей генома. [14]
Конструкция устройства [ править ]
Чип секвенирования имеет четырехслойную конструкцию, состоящую из трех стеклянных пластин диаметром 100 мм (на которых микроизготовлены элементы устройства) и полидиметилсилоксановой (ПДМС) мембраны. Реакционные камеры и каналы капиллярного электрофореза выгравированы между двумя верхними стеклянными пластинами, которые термически соединены. Трехмерные соединения каналов и микроклапаны образованы PDMS и стеклянной пластиной нижнего коллектора.
Устройство состоит из трех функциональных блоков, каждый из которых соответствует этапам секвенирования по Сэнгеру. Устройство термоциклирования (TC) представляет собой реакционную камеру объемом 250 нанолитров со встроенным резистивным датчиком температуры, микроклапанами и поверхностным нагревателем. Перемещение реагента между верхним цельностеклянным слоем и нижним слоем стекло-ПДМС происходит через сквозные отверстия диаметром 500 мкм. После термоциклирования реакционная смесь подвергается очистке в камере улавливания/очистки, а затем вводится в камеру капиллярного электрофореза (КЭ). Блок CE состоит из капилляра длиной 30 см, который сложен в компактный обратный узор с помощью витков шириной 65 мкм.
Химия секвенирования
- Термальный велоспорт
- В реакционной камере ТС реагент для секвенирования красителя-терминатора, матричная ДНК и праймеры загружаются в камеру ТС и подвергаются термическому циклированию в течение 35 циклов (при 95 °C в течение 12 секунд и при 60 °C в течение 55 секунд).
- Очистка
- Заряженную реакционную смесь (содержащую фрагменты удлинения, ДНК-матрицу и избыток реагента для секвенирования) пропускают через камеру улавливания/очистки при температуре 30 °C посредством электрического поля 33 В/см, приложенного между выходным отверстием захвата и входными портами. Гель захвата, через который прогоняется образец, состоит из 40 мкМ олигонуклеотида (комплементарного праймерам), ковалентно связанного с полиакриламидной матрицей. Фрагменты удлинения иммобилизуются на гелевой матрице, а избыток праймера, матрицы, свободных нуклеотидов и солей элюируется через порт для улавливания отходов. Гель для захвата нагревают до 67–75 °C для высвобождения фрагментов удлинения.
- Капиллярный электрофорез
- Фрагменты удлинения вводятся в камеру CE, где они подвергаются электрофорезу в поле 125–167 В/см.
Платформы [ править ]
Платформа Apollo 100 (Microchip Biotechnologies Inc., Дублин, Калифорния) [16] объединяет первые два этапа секвенирования по Сэнгеру (термическое циклирование и очистка) в полностью автоматизированную систему. Производитель утверждает, что образцы готовы к капиллярному электрофорезу в течение трех часов с момента загрузки образца и реагентов в систему. Платформа Apollo 100 требует субмикролитровых объемов реагентов.
с другими секвенирования Сравнение методами
| Технология | Количество полос | Объем инъекции (нл) | Время анализа | Средняя длина чтения | Пропускная способность (включая анализ; Мб/ ч ) | Заливка геля | Отслеживание полосы движения |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Плитный гель | 96 | 500–1000 | 6–8 часов | 700 б.п. | 0.0672 | Да | Да |
| Капиллярный электрофорез | 96 | 1–5 | 1–3 часа | 700 б.п. | 0.166 | Нет | Нет |
| Микрочип | 96 | 0.1–0.5 | 6–30 минут | 430 б.п. | 0.660 | Нет | Нет |
| 454/Рош ФЛХ (2008) | < 0,001 | 4 часа | 200–300 п.н. | 20–30 | |||
| Иллюмина / Солекса (2008) | 2–3 дня | 30–100 п.н. | 20 | ||||
| АБИ/СОЛиД (2008) | 8 дней | 35 б.п. | 5–15 | ||||
| Иллюмина МиСек (2019) | 1–3 дня | 2х75–2х300 п.н. | 170–250 | ||||
| Иллюмина НоваСек (2019) | 1–2 дня | 2х50–2х150 п.н. | 22,000–67,000 | ||||
| Ион Торрент Ион 530 (2019) | 2,5–4 часа | 200–600 п.н. | 110–920 | ||||
| БГИ МГИСЭК-Т7 (2019) | 1 день | 2x150 б.п. | 250,000 | ||||
| Тихоокеанское издание биологических наук (2023 г.) | 12-30 часов | 15–25 Кб [19] | 15,000 | ||||
| Оксфорд Нанопор Минион (2019) | 3 дня | 13–20 Кб [20] | 700 |
Конечная цель высокопроизводительного секвенирования — разработать недорогие и чрезвычайно эффективные системы для получения увеличенной (более длинной) длины считывания. Более длинные длины считывания каждого отдельного электрофоретического разделения существенно снижают затраты, связанные с секвенированием ДНК de novo, и количество матриц, необходимых для секвенирования контигов ДНК с заданной избыточностью. Микрофлюидика может обеспечить более быструю, дешевую и простую сборку последовательностей. [14]
См. также [ править ]
Ссылки [ править ]
- ^ Шендуре Дж., Джи Х (октябрь 2008 г.). «Секвенирование ДНК нового поколения». Природная биотехнология . 26 (10): 1135–1145. дои : 10.1038/nbt1486 . ПМИД 18846087 . S2CID 6384349 .
- ^ Дэниелс Р.С., Харви Р., Эрметал Б., Сян З., Галиано М., Адамс Л., Макколи Дж.В. (ноябрь 2021 г.). «Протокол секвенирования по Сэнгеру S-гена SARS-CoV-2» . Грипп и другие респираторные вирусы . 15 (6): 707–710. дои : 10.1111/irv.12892 . ПМЦ 8447197 . ПМИД 34346163 .
- ↑ Перейти обратно: Перейти обратно: а б Вега Э., Барклай Л., Грегорикус Н., Уильямс К., Ли Д., Винже Дж. (август 2011 г.). «Новая сеть эпиднадзора за вспышками норовирусного гастроэнтерита, США» . Новые инфекционные заболевания . 17 (8): 1389–1395. дои : 10.3201/eid1708.101837 . ПМЦ 3381557 . ПМИД 21801614 .
- ↑ Перейти обратно: Перейти обратно: а б Сэнгер Ф., Никлен С., Коулсон А.Р. (декабрь 1977 г.). «Секвенирование ДНК с ингибиторами обрыва цепи» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 74 (12): 5463–5467. Бибкод : 1977PNAS...74.5463S . дои : 10.1073/pnas.74.12.5463 . ПМК 431765 . ПМИД 271968 .
- ^ Смит Л.М., Сандерс Дж.З., Кайзер Р.Дж., Хьюз П., Додд С., Коннелл С.Р. и др. (1986). «Обнаружение флуоресценции при автоматизированном анализе последовательностей ДНК». Природа . 321 (6071): 674–679. Бибкод : 1986Natur.321..674S . дои : 10.1038/321674a0 . ПМИД 3713851 . S2CID 27800972 .
Мы разработали метод частичной автоматизации анализа последовательностей ДНК. Флуоресцентное обнаружение фрагментов ДНК осуществляется с помощью флуорофора, ковалентно присоединенного к олигонуклеотидному праймеру, используемому при ферментативном анализе последовательности ДНК. Для каждой реакции, специфичной для оснований A, C, G и T, используется флуорофор разного цвета. Реакционные смеси объединяются и подвергаются совместному электрофорезу в одной пробирке с полиакриламидным гелем, отдельные флуоресцентные полосы ДНК обнаруживаются вблизи дна. из пробирки, а информация о последовательности получается непосредственно с помощью компьютера.
- ^ Смит Л.М., Фунг С., Хункапиллер М.В., Хункапиллер Т.Дж., Худ Л.Е. (апрель 1985 г.). «Синтез олигонуклеотидов, содержащих алифатическую аминогруппу на 5'-конце: синтез флуоресцентных праймеров ДНК для использования в анализе последовательности ДНК» . Исследования нуклеиновых кислот . 13 (7): 2399–2412. дои : 10.1093/нар/13.7.2399 . ПМК 341163 . ПМИД 4000959 .
- ^ Кроссли, Беате М.; Бай, Цзяньфа; Глейзер, Эми; Мэйс, Роджер; Портер, Элизабет; Киллиан, Мэри Ли; Клемент, Трэвис; Тухи-Курт, Кэти (ноябрь 2020 г.). «Руководство по секвенированию по Сэнгеру и мониторингу молекулярных анализов» . Журнал ветеринарных диагностических исследований . 32 (6): 767–775. дои : 10.1177/1040638720905833 . ISSN 1040-6387 . ПМЦ 7649556 . ПМИД 32070230 .
- ^ Тейлор Д.Б. (17 марта 2021 г.). «Хронология пандемии коронавируса» . Нью-Йорк Таймс . ISSN 0362-4331 . Проверено 5 декабря 2021 г.
- ^ Санчес П.Р., Чарли-Сильва И., Браз Х.Л., Биттар С., Фрейтас Калмон М., Рахал П., Чилли Э.М. (сентябрь 2021 г.). «Последние достижения в сравнении мутаций белка Spike SARS-CoV-2 и RBD между новыми вариантами Alpha (B.1.1.7, Великобритания), Beta (B.1.351, Южная Африка), Gamma (P.1, Бразилия) и Delta (Б.1.617.2, Индия)» . Журнал искоренения вирусов . 7 (3): 100054. doi : 10.1016/j.jve.2021.100054 . ПМЦ 8443533 . ПМИД 34548928 .
- ^ «Фред — базовое призвание качества» . Проверено 24 февраля 2011 г.
- ^ Ледергербер С., Дессимоз С. (сентябрь 2011 г.). «Базовый призыв к платформам секвенирования следующего поколения» . Брифинги по биоинформатике . 12 (5): 489–497. дои : 10.1093/bib/bbq077 . ПМК 3178052 . ПМИД 21245079 .
- ^ Мерфи К.М., Берг К.Д., Эшлеман-младший (январь 2005 г.). «Секвенирование геномной ДНК путем комбинированной реакции амплификации и циклического секвенирования» . Клиническая химия . 51 (1): 35–39. дои : 10.1373/clinchem.2004.039164 . ПМИД 15514094 .
- ^ SenGupta DJ, Cookson BT (май 2010 г.). «SeqSharp: общий подход к улучшению циклического секвенирования, который обеспечивает надежный одноэтапный комбинированный метод амплификации и секвенирования» . Журнал молекулярной диагностики . 12 (3): 272–277. дои : 10.2353/jmoldx.2010.090134 . ПМЦ 2860461 . ПМИД 20203000 .
- ↑ Перейти обратно: Перейти обратно: а б с Кан К.В., Фредлейк К.П., Доэрти Э.А., Бэррон А.Е. (ноябрь 2004 г.). «Секвенирование ДНК и генотипирование в миниатюрных системах электрофореза». Электрофорез . 25 (21–22): 3564–3588. дои : 10.1002/elps.200406161 . ПМИД 15565709 . S2CID 4851728 .
- ↑ Перейти обратно: Перейти обратно: а б Морозова О., Марра М.А. (ноябрь 2008 г.). «Применение технологий секвенирования нового поколения в функциональной геномике». Геномика . 92 (5): 255–264. дои : 10.1016/j.ygeno.2008.07.001 . ПМИД 18703132 .
- ^ Microchip Biologics Inc. Аполлон 100
- ^ Синвилл Р., Soper SA (июль 2007 г.). «Разделение ДНК высокого разрешения с использованием микрочип-электрофореза». Журнал науки о разделении . 30 (11): 1714–1728. дои : 10.1002/jssc.200700150 . ПМИД 17623451 .
- ^ Кумар К.Р., Коули М.Дж., Дэвис Р.Л. (октябрь 2019 г.). «Секвенирование следующего поколения и новые технологии» . Семинары по тромбозам и гемостазу . 45 (7): 661–673. дои : 10.1055/s-0039-1688446 . ПМИД 31096307 .
- ^ Мастророса ФК, Миллер Д.Э., Эйхлер Э.Э. (июнь 2023 г.). «Применение давно прочитанного секвенирования к менделевской генетике» . Геномная медицина . 15 (1): 42. дои : 10.1186/s13073-023-01194-3 . ПМЦ 10266321 . ПМИД 37316925 .
- ^ Тайсон-младший, О'Нил, Нью-Джерси, Джейн М, Олсен Х.Э., Хитер П., Снутч Т.П. (февраль 2018 г.). «Секвенирование и сборка длинного чтения на основе MinION расширяют эталонный геном Caenorhabditis elegans » . Геномные исследования . 28 (2): 266–274. дои : 10.1101/гр.221184.117 . ПМК 5793790 . ПМИД 29273626 .
Дальнейшее чтение [ править ]
- Дьюи Ф.Е., Пан С., Уилер М.Т., Quake SR, Эшли Э.А. (февраль 2012 г.). «Секвенирование ДНК: клиническое применение новых технологий секвенирования ДНК» . Тираж . 125 (7): 931–944. doi : 10.1161/CIRCULATIONAHA.110.972828 . ПМК 3364518 . ПМИД 22354974 .
- Сэнгер Ф., Коулсон А.Р., Баррелл Б.Г., Смит А.Дж., Роу Б.А. (октябрь 1980 г.). «Клонирование одноцепочечного бактериофага как средство быстрого секвенирования ДНК». Журнал молекулярной биологии . 143 (2): 161–178. дои : 10.1016/0022-2836(80)90196-5 . ПМИД 6260957 .