✖


Jump to content

секвенатор ДНК

(Перенаправлено с секвенаторов ДНК )
секвенатор ДНК
секвенаторы ДНК
Производители Roche , Illumina , Life Technologies , Beckman Coulter , Pacific Biosciences , MGI/BGI , Oxford Nanopore Technologies

Секвенатор ДНК — это научный инструмент , используемый для автоматизации процесса секвенирования ДНК . Учитывая образец ДНК , секвенатор ДНК используется для определения порядка четырех оснований: G ( гуанин ), C ( цитозин ), A ( аденин ) и T ( тимин ). Затем об этом сообщается в виде текстовой строки , называемой чтением. Некоторые секвенаторы ДНК также можно рассматривать как оптические инструменты , поскольку они анализируют световые сигналы, исходящие от флуорохромов , прикрепленных к нуклеотидам .

Первый автоматизированный секвенатор ДНК, изобретенный Ллойдом М. Смитом , был представлен компанией Applied Biosystems в 1987 году. [1] Он использовал метод секвенирования Сэнгера , технологию, которая легла в основу «первого поколения» секвенаторов ДНК. [2] [3] и позволило завершить проект генома человека в 2001 году. [4] Это первое поколение секвенаторов ДНК представляет собой, по сути, автоматизированные системы электрофореза , которые обнаруживают миграцию меченых фрагментов ДНК. Следовательно, эти секвенаторы также можно использовать при генотипировании генетических маркеров, где необходимо определить только длину фрагмента(ов) ДНК (например, микросателлиты , AFLP ).

Проект «Геном человека» стимулировал разработку более дешевых, высокопроизводительных и более точных платформ, известных как секвенаторы следующего поколения (NGS), для секвенирования генома человека . К ним относятся платформы для секвенирования ДНК 454, SOLiD и Illumina . Секвенирующие машины нового поколения существенно увеличили скорость секвенирования ДНК по сравнению с предыдущими методами Сэнгера. Образцы ДНК могут быть подготовлены автоматически всего за 90 минут. [5] в то время как геном человека можно секвенировать с 15-кратным охватом за считанные дни. [6]

Более поздние секвенаторы ДНК третьего поколения, такие как PacBio SMRT и Oxford Nanopore, предлагают возможность секвенирования длинных молекул по сравнению с технологиями короткого считывания, такими как Illumina SBS или DNBSEQ от MGI Tech.

Из-за ограничений технологии секвенирования ДНК прочтения многих из этих технологий короткие по сравнению с длиной генома, поэтому прочтения необходимо собирать в более длинные контиги . [7] Данные также могут содержать ошибки, вызванные ограничениями техники секвенирования ДНК или ошибками во время ПЦР-амплификации . Производители секвенаторов ДНК используют ряд различных методов для определения наличия оснований ДНК. Конкретные протоколы, применяемые на разных платформах секвенирования, влияют на генерируемые конечные данные. Поэтому сравнение качества данных и стоимости различных технологий может оказаться непростой задачей. Каждый производитель предоставляет свои собственные способы информирования об ошибках секвенирования и оценках. Однако ошибки и оценки на разных платформах не всегда можно сравнивать напрямую. Поскольку эти системы основаны на разных подходах к секвенированию ДНК, выбор лучшего секвенатора и метода ДНК обычно зависит от целей эксперимента и имеющегося бюджета. [2]

История

[ редактировать ]

Первые методы секвенирования ДНК были разработаны Гилбертом (1973). [8] и Сэнгер (1975). [9] Гилберт представил метод секвенирования, основанный на химической модификации ДНК с последующим расщеплением по определенным основаниям, тогда как метод Сэнгера основан на обрыве цепи дидезоксинуклеотида . Метод Сэнгера стал популярным благодаря своей повышенной эффективности и низкой радиоактивности. Первым автоматизированным секвенатором ДНК был AB370A, представленный в 1986 году компанией Applied Biosystems . AB370A мог секвенировать 96 образцов одновременно, 500 килобаз в день и достигать длины чтения до 600 нуклеотидов. Это было началом «первого поколения» секвенаторов ДНК. [2] [3] который реализовал секвенирование по Сэнгеру, флуоресцентные дидезоксинуклеотиды и полиакриламидный гель, зажатый между стеклянными пластинами - пластинчатые гели. Следующим крупным достижением стал выпуск в 1995 году модели AB310, в которой для разделения цепей ДНК методом электрофореза использовался линейный полимер в капилляре вместо пластинчатого геля. Эти методы легли в основу завершения проекта генома человека в 2001 году. [4] Проект генома человека стимулировал разработку более дешевых, высокопроизводительных и точных платформ, известных как секвенаторы следующего поколения (NGS). В 2005 году компания 454 Life Sciences выпустила секвенатор 454, за ней последовал анализатор генома Solexa и SOLiD (поддерживаемое обнаружение лигирования олиго) от Agencourt в 2006 году. Applied Biosystems приобрела Agencourt в 2006 году, а в 2007 году Roche купила 454 Life Sciences, а Illumina приобрела Solexa. . Ion Torrent вышел на рынок в 2010 году и был приобретен компанией Life Technologies (ныне Thermo Fisher Scientific ). А BGI начала производство секвенаторов в Китае после приобретения компании Complete Genomics под своим крылом MGI . Это по-прежнему наиболее распространенные системы NGS благодаря их конкурентоспособной стоимости, точности и производительности.

Совсем недавно было представлено третье поколение секвенаторов ДНК. Методы секвенирования, применяемые этими секвенаторами, не требуют амплификации ДНК (полимеразная цепная реакция – ПЦР), что ускоряет подготовку проб перед секвенированием и снижает количество ошибок. Кроме того, в режиме реального времени собираются данные секвенирования реакций, вызванных добавлением нуклеотидов в комплементарную цепь. Две компании представили разные подходы в своих секвенаторах третьего поколения. Секвенаторы Pacific Biosciences используют метод под названием «Одномолекулярный режим реального времени» (SMRT), при котором данные секвенирования производятся с помощью света (захватываемого камерой), излучаемого при добавлении нуклеотида к комплементарной цепи ферментами, содержащими флуоресцентные красители. Oxford Nanopore Technologies — еще одна компания, разрабатывающая секвенаторы третьего поколения с использованием электронных систем, основанных на технологиях обнаружения нанопор.

Производители секвенаторов ДНК

[ редактировать ]

Секвенаторы ДНК были разработаны, изготовлены и проданы, в частности, следующими компаниями.

Рош

[ редактировать ]

Секвенатор ДНК 454 стал первым секвенатором нового поколения, добившимся коммерческого успеха. [10] Он был разработан компанией 454 Life Sciences и приобретен компанией Roche в 2007 году. 454 использует обнаружение пирофосфата, высвобождаемого в результате реакции ДНК-полимеразы при добавлении нуклеотида к матричному штамму.

В настоящее время компания Roche производит две системы на основе своей технологии пиросеквенирования: GS FLX+ и GS Junior System. [11] Система GS FLX+ обещает длину чтения примерно 1000 пар оснований, а система GS Junior обещает 400 пар оснований. [12] [13] Предшественница GS FLX+, система 454 GS FLX Titanium, выпущенная в 2008 году, обеспечивает вывод 0,7 Гбайт данных за один проход, точность 99,9 % после качественного фильтра и длину считывания до 700 бит/с. В 2009 году компания Roche выпустила GS Junior, настольную версию секвенатора 454 с длиной считывания до 400 пар оснований и упрощенной подготовкой библиотеки и обработкой данных.

Одним из преимуществ систем 454 является скорость их работы. Трудозатраты можно сократить за счет автоматизации подготовки библиотек и полуавтоматизации эмульсионной ПЦР. Недостатком системы 454 является то, что она склонна к ошибкам при оценке количества оснований в длинной цепочке идентичных нуклеотидов. Это называется гомополимерной ошибкой и возникает, когда в ряду находится 6 или более одинаковых оснований. [14] Еще одним недостатком является то, что цена реагентов относительно выше по сравнению с другими секвенаторами следующего поколения.

В 2013 году компания Roche объявила, что прекратит разработку технологии 454 и полностью выведет из эксплуатации машины 454 в 2016 году, когда ее технология станет неконкурентоспособной. [15] [16]

Компания «Рош» производит ряд программных инструментов, оптимизированных для анализа данных секвенирования 454. [17] Такой как,

  • GS Run Processor преобразует необработанные изображения, созданные в ходе секвенирования, в значения интенсивности. [18] Процесс состоит из двух основных этапов: обработка изображения и обработка сигнала. Программное обеспечение также применяет нормализацию, коррекцию сигнала, определение оснований и оценку качества для отдельных считываний. Программное обеспечение выводит данные в файлах стандартного формата блок-схемы (или SFF) для использования в приложениях анализа данных (GS De Novo Assembler, GS Reference Mapper или GS Amplicon Variant Analyser).
  • GS De Novo Assembler — это инструмент для сборки de novo целых геномов размером до 3 ГБ из дробовых считываний отдельно или в сочетании с парными конечными данными, генерируемыми секвенаторами 454. Он также поддерживает сборку транскриптов de novo (включая анализ), а также обнаружение вариантов изоформ. [17]
  • GS Reference Mapper сопоставляет короткие чтения с эталонным геномом, генерируя консенсусную последовательность. Программное обеспечение способно генерировать выходные файлы для оценки с указанием вставок, удалений и SNP. Может обрабатывать большие и сложные геномы любого размера. [17]
  • Наконец, анализатор вариантов GS Amplicon сравнивает показания образцов ампликонов с эталоном, определяя варианты (связанные или нет) и их частоты. Его также можно использовать для обнаружения неизвестных и низкочастотных вариантов. Он включает в себя графические инструменты для анализа выравниваний. [17]

Иллюмина

[ редактировать ]
Секвенатор Illumina Genome Analyser II

Illumina производит ряд секвенаторов нового поколения, используя технологию, приобретенную у Manteia Predictive Medicine и разработанную Solexa. [19] Illumina производит ряд секвенаторов следующего поколения, использующих эту технологию, включая HiSeq, Genome Analyser IIx, MiSeq и HiScanSQ, которые также могут обрабатывать микрочипы . [20]

Технология, лежащая в основе создания этих секвенаторов ДНК, была впервые выпущена компанией Solexa в 2006 году под названием «Анализатор генома». [10] Illumina приобрела Solexa в 2007 году. Анализатор генома использует метод секвенирования методом синтеза. Первая модель производила 1G за прогон. В течение 2009 года производительность была увеличена с 20G за прогон в августе до 50G за прогон в декабре. В 2010 году Illumina выпустила HiSeq 2000 с производительностью 200, а затем 600G за цикл, что заняло 8 дней. На момент своего выпуска HiSeq 2000 представлял собой одну из самых дешевых платформ для секвенирования по цене 0,02 доллара за миллион оснований по цене Пекинского института геномики .

В 2011 году Illumina выпустила настольный секвенатор MiSeq. На момент выпуска MiSeq мог генерировать 1,5 ГБ за цикл с парными чтениями на концах по 150 бит в секунду. При использовании автоматизированной подготовки образцов ДНК цикл секвенирования можно выполнить за 10 часов. [10]

Illumina HiSeq использует два программных инструмента для расчета количества и положения кластеров ДНК для оценки качества секвенирования: систему управления HiSeq и анализатор реального времени. Эти методы помогают оценить, мешают ли соседние кластеры друг другу. [10]

Жизненные Технологии

[ редактировать ]

Life Technologies (ныне Thermo Fisher Scientific ) производит секвенаторы ДНК под брендами Applied Biosystems и Ion Torrent . Компания Applied Biosystems создает платформу для секвенирования нового поколения SOLiD. [21] и секвенаторы ДНК на основе Сэнгера, такие как генетический анализатор 3500. [22] Под брендом Ion Torrent компания Applied Biosystems производит четыре секвенатора нового поколения: системы Ion PGM, Ion Proton System, Ion S5 и Ion S5xl. [23] Предполагается, что компания также разрабатывает свой новый секвенатор капиллярной ДНК под названием SeqStudio, который будет выпущен в начале 2018 года. [24]

Системы SOLiD были приобретены Applied Biosystems в 2006 году. SOLiD применяет секвенирование путем лигирования и двухосновного кодирования . Первая система SOLiD была запущена в 2007 году и генерировала данные длиной 35 бит в секунду и 3G за один проход. После пяти обновлений в 2010 году была выпущена система секвенирования 5500xl, которая значительно увеличила длину считывания до 85 пар оснований, повысила точность до 99,99% и произвела 30G за 7-дневный цикл. [10]

Ограниченная длина чтения SOLiD остается существенным недостатком. [25] и в некоторой степени ограничил его использование экспериментами, где длина считывания менее важна, такими как повторное секвенирование и анализ транскриптома, а в последнее время эксперименты с ChIP-Seq и метилированием. [10] Время подготовки образцов ДНК для систем SOLiD стало намного быстрее благодаря автоматизации подготовки библиотек секвенирования, такой как система Tecan. [10]

Данные цветового пространства, создаваемые платформой SOLiD, можно декодировать в базы ДНК для дальнейшего анализа, однако программное обеспечение, учитывающее исходную информацию о цветовом пространстве, может дать более точные результаты. Life Technologies выпустила BioScope, [26] пакет анализа данных для повторного секвенирования, ChiP-Seq и анализа транскриптома. Он использует алгоритм MaxMapper для отображения чтения цветового пространства.

Бекман Коултер

[ редактировать ]

Компания Beckman Coulter (ныне Danaher ) ранее производила секвенаторы ДНК на основе терминации цепи и капиллярного электрофореза под модельным названием CEQ, включая CEQ 8000. [27] Сейчас компания производит систему генетического анализа GeXP, которая использует секвенирование терминаторов красителей . [28] В этом методе термоциклер используется почти так же, как и в ПЦР, для денатурации, отжига и удлинения фрагментов ДНК, амплификации секвенированных фрагментов. [29] [30]

Тихоокеанские биологические науки

[ редактировать ]

Компания Pacific Biosciences производит системы секвенирования PacBio RS и Sequel, используя метод секвенирования одной молекулы в реальном времени , или SMRT. [31] Эта система может производить длины чтения в несколько тысяч пар оснований. Более высокие необработанные ошибки чтения исправляются либо с помощью циклического консенсуса, когда одна и та же цепочка считывается снова и снова, либо с использованием оптимизированных сборки . стратегий [32] Ученые сообщили о точности этих стратегий на уровне 99,9999%. [33] Система Sequel была запущена в 2015 году с увеличенной мощностью и более низкой ценой. [34] [35]

Секвенатор Oxford Nanopore MinION (внизу справа) использовался при первом секвенировании ДНК в космосе в августе 2016 года астронавтом Кэтлин Рубинс . [36]

Оксфорд Нанопор

[ редактировать ]

Секвенатор MinION компании Oxford Nanopore Technologies основан на развивающейся технологии секвенирования нанопор для анализа нуклеиновых кислот. [37] Устройство имеет длину четыре дюйма и получает питание от порта USB . MinION декодирует ДНК напрямую, когда молекула проходит со скоростью 450 оснований в секунду через нанопоры, подвешенные в мембране. [38] Изменения электрического тока указывают на наличие базы. Первоначально точность устройства составляла от 60 до 85 процентов по сравнению с 99,9 процентами у обычных машин. [39] Даже неточные результаты могут оказаться полезными, поскольку они приводят к большой длине чтения. [40] В начале 2021 года исследователи из Университета Британской Колумбии использовали специальные молекулярные метки и смогли снизить частоту ошибок устройства от 5 до 15 процентов до менее чем 0,005 процента даже при одновременном секвенировании многих длинных участков ДНК. [41] Есть еще две итерации продукта на базе MinION; первым из них является GridION, который представляет собой секвенатор немного большего размера, который обрабатывает до пяти проточных ячеек MinION одновременно. А второй — PromethION, который параллельно использует до 100 000 пор, что больше подходит для секвенирования больших объемов. [42]

МГИ

[ редактировать ]

MGI производит высокопроизводительные секвенаторы для научных исследований и клинических применений, такие как DNBSEQ-G50, DNBSEQ-G400 и DNBSEQ-T7, по запатентованной технологии DNBSEQ. [43] Он основан на технологиях секвенирования наношариков ДНК и технологиях комбинаторного синтеза якорных зондов, в которых наношарики ДНК (DNB) загружаются на чип с узорчатым массивом через жидкостную систему, а затем праймер для секвенирования добавляется к адаптерной области DNB для гибридизации . DNBSEQ-T7 может генерировать короткие чтения в очень больших масштабах — до 60 геномов человека в день. [44] DNBSEQ-T7 использовался для генерации парных концевых считываний длиной 150 пар оснований, 30-кратного секвенирования для секвенирования генома SARS-CoV-2 или COVID-19 для выявления предрасположенности к генетическим вариантам при тяжелом заболевании COVID-19. [45] Используя новую технику, исследователи из Китайского национального банка генов секвенировали библиотеки, свободные от ПЦР , на массивах MGI DNBSEQ без ПЦР, чтобы впервые получить истинное полногеномное секвенирование без ПЦР . [46] MGISEQ-2000 использовался при секвенировании одноклеточной РНК для изучения основного патогенеза и выздоровления пациентов с COVID-19, как опубликовано в журнале Nature Medicine . [47]

Сравнение

[ редактировать ]

Текущие предложения в области технологии секвенирования ДНК показывают доминирующего игрока: Illumina (декабрь 2019 г.), за ней следуют PacBio , MGI и Oxford Nanopore .

Сравнение показателей и производительности секвенаторов ДНК нового поколения. [48]
Секвенсор Ион Торрент ПГМ [5] [49] [50] 454 GS ФЛКС [10] ХайСек 2000 [5] [10] SOLiDv4 [10] ПакБио [5] [51] Певица 3730xl [10] МГИ DNBSEQ-G400 [52]
Производитель Ионный Торрент (Life Technologies) 454 Науки о жизни (Рош) Иллюмина Прикладные биосистемы (технологии жизни) Тихоокеанские биологические науки Прикладные биосистемы (технологии жизни) МГИ
Секвенирование химии Ионно-полупроводниковое секвенирование Пиросеквенирование Последовательность синтеза на основе полимеразы Секвенирование на основе лигирования Фосфолосвязанные флуоресцентные нуклеотиды Обрыв дидезоксицепи Последовательность синтеза на основе полимеразы
Подход усиления Эмульсионная ПЦР Эмульсионная ПЦР Мостовое усиление Эмульсионная ПЦР Одномолекулярные; без усиления ПЦР Генерация наношариков ДНК (DNB)
Вывод данных за прогон 100-200 Мб 0,7 ГБ 600 ГБ 120 ГБ 0,5 - 1,0 Гб 1,9~84 Кб 1440 ГБ / 1500-1800М операций чтения
Точность 99% 99.9% 99.9% 99.94% 88,0% (>99,9999% CCS или HGAP) 99.999% 99.90%
Время за прогон 2 часа 24 часа 3–10 дней 7–14 дней 2–4 часа 20 минут - 3 часа 3–5 дней
Длина чтения 200-400 б.п. 700 б.п. 100x100 п.н., парный конец 50x50 в.п., парный конец 14000 п.н. ( N50 ) 400-900 б.п. парный конец 100/150/200 п.н.
Стоимость за прогон 350 долларов США 7000 долларов США 6000 долларов США (30-кратный геном человека) 4000 долларов США 125–300 долларов США 4 доллара США (однократное чтение/реакция) Н/Д
Стоимость за Мб 1,00 доллара США 10 долларов США 0,07 доллара США 0,13 доллара США 0,13–0,60 доллара США 2400 долларов США $0.007
Стоимость за инструмент 80 000 долларов США 500 000 долларов США 690 000 долларов США 495 000 долларов США 695 000 долларов США 95 000 долларов США Н/Д

Ссылки

[ редактировать ]
  1. ^ Кук-Диган, Роберт Муллан (1991). «Истоки проекта генома человека» . Журнал ФАСЭБ . 5 (1). Вашингтонский университет: 8–11. дои : 10.1096/fasebj.5.1.1991595 . ПМИД   1991595 . S2CID   37792736 . Проверено 20 октября 2014 г.
  2. ^ Jump up to: а б с Мецкер, М.Л. (2005). «Новые технологии секвенирования ДНК» . Геном Рез . 15 (12): 1767–1776. дои : 10.1101/гр.3770505 . ПМИД   16339375 .
  3. ^ Jump up to: а б Хатчисон, Калифорния III. (2007). «Секвенирование ДНК: от стола до постели и за его пределами» . Нуклеиновые кислоты Рез . 35 (18): 6227–6237. дои : 10.1093/нар/gkm688 . ПМК   2094077 . ПМИД   17855400 .
  4. ^ Jump up to: а б Ф.С. Коллинз; М. Морган; А. Патринос (2003). «Проект «Геном человека: уроки крупномасштабной биологии» . Наука . 300 (5617): 286–290. Бибкод : 2003Sci...300..286C . дои : 10.1126/science.1084564 . ПМИД   12690187 . S2CID   22423746 .
  5. ^ Jump up to: а б с д Перепел, Майкл А.; Смит, Мириам; Купленд, Пол; Отто, Томас Д.; Харрис, Саймон Р.; Коннор, Томас Р.; Бертони, Анна; Свердлов, Гарольд П.; Гу, Юн (24 июля 2012 г.). «Рассказ о трех платформах секвенирования следующего поколения: сравнение секвенаторов Ion Torrent, Pacific Biosciences и Illumina MiSeq» . БМК Геномика . 13 (1): 341. дои : 10.1186/1471-2164-13-341 . ISSN   1471-2164 . ПМЦ   3431227 . ПМИД   22827831 .
  6. ^ Майкл А. Куэйл; Иванка Козарева; Фрэнсис Смит; Эйлвин Скалли; Филип Дж. Стивенс; Ричард Дурбин; Гарольд Свердлов; Дэниел Дж. Тернер (2008). «Усовершенствования крупного геномного центра в системе секвенирования Illumina» . Нат-методы . 5 (12): 1005–1010. дои : 10.1038/nmeth.1270 . ПМК   2610436 . ПМИД   19034268 .
  7. ^ Ли, Хэн; Жуан, Цзюэ; Дурбин, Ричард (1 ноября 2008 г.). «Картирование коротких прочтений секвенирования ДНК и вызов вариантов с использованием показателей качества картирования» . Геномные исследования . 18 (11): 1851–1858. дои : 10.1101/гр.078212.108 . ISSN   1088-9051 . ПМК   2577856 . ПМИД   18714091 .
  8. ^ Гилберт В., Максам А. (1973). «Нуклеотидная последовательность оператора lac» . Proc Natl Acad Sci США . 70 (12): 13581–3584. Бибкод : 1973PNAS...70.3581G . дои : 10.1073/pnas.70.12.3581 . ПМК   427284 . ПМИД   4587255 .
  9. ^ Сэнгер Ф., Коулсон А.Р. (май 1975 г.). «Быстрый метод определения последовательностей ДНК путем синтеза с помощью ДНК-полимеразы». Дж. Мол. Биол . 94 (3): 441–8. дои : 10.1016/0022-2836(75)90213-2 . ПМИД   1100841 .
  10. ^ Jump up to: а б с д и ж г час я дж к Линь Лю; Иньху Ли; Силян Ли; Ни Ху; Йимин Хэ; Рэй Понг; Дэнни Лин; Лихуа Лу; Мэгги Лоу (2012). «Сравнение систем секвенирования следующего поколения» . Журнал биомедицины и биотехнологии . 2012 : 251364. дои : 10.1155/2012/251364 . ПМЦ   3398667 . ПМИД   22829749 .
  11. ^ «Продукты: 454 Life Sciences, компания Roche» . Архивировано из оригинала 13 сентября 2012 г. Проверено 5 сентября 2012 г.
  12. ^ «Продукты — система GS FLX+: 454 Life Sciences, компания Roche» . Архивировано из оригинала 5 сентября 2012 г. Проверено 5 сентября 2012 г.
  13. ^ «Продукты — GS Junior System: 454 Life Sciences, компания Roche» . Архивировано из оригинала 13 сентября 2012 г. Проверено 5 сентября 2012 г.
  14. ^ Мардис, Элейн Р. (1 сентября 2008 г.). «Методы секвенирования ДНК нового поколения». Ежегодный обзор геномики и генетики человека . 9 (1): 387–402. дои : 10.1146/annurev.genom.9.081307.164359 . ПМИД   18576944 . S2CID   2484571 .
  15. ^ «Рош закрывает бизнес по секвенированию 454» . ГеномВеб . 15 октября 2013 г.
  16. ^ Дэвис, Кевин (23 апреля 2013 г.). «Roche закрывает исследовательские программы NGS третьего поколения» . Пабы — Мир БиоИТ .
  17. ^ Jump up to: а б с д «Продукты — Программное обеспечение для анализа: 454 Life Science, компания Roche» . Архивировано из оригинала 19 февраля 2009 г. Проверено 23 октября 2013 г.
  18. ^ Руководство по системному программному обеспечению геномного секвенатора FLX, версия 2.3.
  19. ^ Марсиал, Джин Г. (6 ноября 2006 г.). «Прогресс Solexa заложен в генах» . Блумберг . Проверено 10 января 2022 г.
  20. ^ «Системы секвенирования и микрочипов» . www.illumina.com .
  21. ^ «Прикладные биосистемы – США» . www.thermofisher.com .
  22. ^ «Секвенирование по Сэнгеру и анализ фрагментов, проведенный CE – США» . www.thermofisher.com .
  23. ^ «Ионный Торрент» .
  24. ^ «Генетический анализатор Applied Biosystems SeqStudio — США» .
  25. ^ «Прикладные биосистемы – США» . www.thermofisher.com .
  26. ^ «Секвенирование – США» . www.thermofisher.com .
  27. ^ Браун, Росс Д.; Хо, П. Джой (1 февраля 2008 г.). Множественная миелома: методы и протоколы . Springer Science & Business Media. ISBN  978-1-59259-916-5 .
  28. ^ «Руководство GenomeLab GeXP» (PDF) . Колледж Медгара Эверса , Городской университет Нью-Йорка . Август 2014 г. Архивировано (PDF) из оригинала 05 декабря 2021 г.
  29. ^ Рай, Алекс Дж.; Камат, Рашми М.; Джеральд, Уильям; Флейшер, Мартин (29 октября 2008 г.). «Аналитическая проверка анализатора GeXP и разработка рабочего процесса для обнаружения раковых биомаркеров с использованием мультиплексного профилирования экспрессии генов». Аналитическая и биоаналитическая химия . 393 (5): 1505–1511. дои : 10.1007/s00216-008-2436-7 . ПМИД   18958454 . S2CID   46721686 .
  30. ^ Beckman Coulter, Inc - Система генетического анализа GenomeLab GeXP [ мертвая ссылка ]
  31. ^ «Системы сиквелов PacBio» .
  32. ^ Корен, С; Шац, MC; Валенц, BP; Мартин, Дж; Ховард, Джей Ти; Ганапати, Дж; Ван, З; Раско, Д.А.; МакКомби, WR; Джарвис, Эд; Филиппи, AM (1 июля 2012 г.). «Гибридная коррекция ошибок и сборка de novo считываний секвенирования одиночных молекул» . Природная биотехнология . 30 (7): 693–700. дои : 10.1038/nbt.2280 . ПМК   3707490 . ПМИД   22750884 .
  33. ^ Чин, Чэнь-Шань; Александр, Дэвид Х.; Маркс, Патрик; Кламмер, Аарон А.; Дрейк, Джеймс; Хайнер, Шерил; Клам, Алисия; Коупленд, Алекс; Хаддлстон, Джон; Эйхлер, Эван Э.; Тернер, Стивен В.; Корлах, Йонас (2013). «Негибридные готовые сборки микробного генома на основе давно считанных данных секвенирования SMRT». Природные методы . 10 (6): 563–569. дои : 10.1038/nmeth.2474 . ПМИД   23644548 . S2CID   205421576 .
  34. ^ Крол, Аарон (1 октября 2015 г.). «Достойное продолжение: новая система секвенирования PacBio» .
  35. ^ «PacBio представляет высокопроизводительную и недорогую систему секвенирования одиночных молекул» . Октябрь 2015.
  36. ^ Гаскилл, Мелисса (29 августа 2016 г.). «Первое секвенирование ДНК в космосе изменило правила игры» . НАСА . Проверено 26 октября 2016 г.
  37. ^ Тайлер, Андреа Д.; Матасехе, Лаура; Урфано, Шантель Дж.; Шмидт, Лиза; Антонация, Ким С.; Малви, Майкл Р.; Корбетт, Синди Р. (19 июля 2018 г.). «Оценка устройства секвенирования MinION компании Oxford Nanopore для приложений секвенирования всего генома микробов» . Научные отчеты . 8 (1): 10931. Бибкод : 2018NatSR...810931T . дои : 10.1038/s41598-018-29334-5 . ISSN   2045-2322 . ПМК   6053456 . ПМИД   30026559 .
  38. ^ Джайн, Митен; Корень, Сергей; Мига, Карен Х .; Быстрее, Джош; Рэнд, Артур К.; Сасани, Томас А.; Тайсон, Джон Р.; Беггс, Эндрю Д.; Дилтей, Александр Т.; Фиддес, Ян Т.; Малла, Сунир (29 января 2018 г.). «Нанопоровое секвенирование и сборка генома человека сверхдлинными считываниями» . Природная биотехнология . 36 (4): 338–345. дои : 10.1038/nbt.4060 . ISSN   1546-1696 . ПМЦ   5889714 . ПМИД   29431738 .
  39. ^ «Секвенатор ДНК MinION USB-размера проходит испытания в реальных условиях» . Engadget . 19 сентября 2014 года . Проверено 5 декабря 2021 г.
  40. ^ Лу, Хэнъюнь; Джордано, Франческа; Нин, Цзэминь (01 октября 2016 г.). «Секвенирование и сборка генома Oxford Nanopore MinION» . Геномика, протеомика и биоинформатика . SI: Большие данные и точная медицина. 14 (5): 265–279. дои : 10.1016/j.gpb.2016.05.004 . ISSN   1672-0229 . ПМК   5093776 . ПМИД   27646134 .
  41. ^ «Новый метод помогает карманному секвенатору ДНК достичь почти идеальной точности» . ScienceDaily . Проверено 5 декабря 2021 г.
  42. ^ Регаладо, Антонио (17 сентября 2014 г.). «Радикально новый секвенатор ДНК наконец попадает в руки исследователей» . Обзор технологий . Проверено 3 октября 2014 г.
  43. ^ ЛеМье, Джулианна; Кандидат наук (03.12.2020). «Геномный анализ переходит на новый уровень» . GEN – Новости генной инженерии и биотехнологии . Проверено 20 декабря 2021 г.
  44. ^ Ким, Хак-Мин; Чон, Сунгвон; Чунг, Оксунг; Джун, Дже Хун; Ким, Хуэй-Су; Блазите, Аста; Ли, Хван Ёль; Ю, Ёнсок; Чо, Юн Сун; Болсер, Дэн М; Бхак, Чон (01 марта 2021 г.). «Сравнительный анализ 7 платформ секвенирования короткого чтения с использованием корейского эталонного генома: эталон секвенирования MGI и Illumina для полногеномного секвенирования» . ГигаСайенс . 10 (3): giab014. doi : 10.1093/gigascience/giab014 . ISSN   2047-217X . ПМЦ   7953489 . ПМИД   33710328 .
  45. ^ C Анукам, Кингсли; Э. Бэсси, Бэсси (2020). «Предрасположенность генетических вариантов к тяжелому заболеванию COVID-19 выявлена ​​у здорового нигерийского мужчины с использованием платформы Nebula Genomics Gene.iobio» (PDF) . Журнал медицинской лабораторной науки . 30 (4): 62–75. дои : 10.5281/zenodo.4399050 . ISSN   1116-1043 . S2CID   244988198 .
  46. ^ Шэнь, Ханьцзе; Ли, Чжаньцин; Ши, Шимин; Ван, Сяоцзюэ; Лян, Синьмин; Линь, Вэньлан; Алексеев, Ло, Иньлин; Сюй, Чунцзюнь; Дрманак, Снежана; Дай, Сицзе; Хан; Чен, Ао; Му, Фэн; Чжао, Ся, Юань; Дрманак, Радое (23 декабря 2019 г.). Рабочий процесс массово-параллельного секвенирования». bioRxiv   10.1101/2019.12.20.885517 .
  47. ^ Ляо, Минфэн; Вэнь, Яньлин; Чжао, Цзюаньцзюань; Ван, Синь; Лю, Лэй (12 мая 2020 г.). «Одноклеточный ландшафт бронхиальных иммунных клеток у пациентов с COVID-19» Nature Medicine . 26 (6): 842–844 : 10.1038 s41591-020-0901-9 . ISSN   1546-170X . doi   / . .   218593518 .
  48. ^ Шендюр, Дж.; Джи, Х. (2008). «Секвенирование ДНК нового поколения». Нат. Биотехнология . 26 (10): 1135–1145. дои : 10.1038/nbt1486 . ПМИД   18846087 . S2CID   6384349 .
  49. ^ Кароу, Джулия (2 марта 2010 г.). «Ion Torrent Systems представляет на выставке AGBT электронный секвенатор стоимостью 50 000 долларов» . ГеномВеб .
  50. ^ «Ион ПГМ — Ион Торрент» . Архивировано из оригинала 20 сентября 2012 г. Проверено 13 февраля 2013 г.
  51. ^ «Домой — PacBio — Уверенная последовательность действий» . ПакБио .
  52. ^ Сунь, Цзинцзин; Ли, Цзигуан, Мо; Ло, Сяоцин; Сяо, Лян; Сун, Цзевэй; 07-03). «Эффективное и стабильное секвенирование метабаркодирования с помощью секвенатора DNBSEQ-G400, проверенное с помощью анализа большого грибкового сообщества   » .
Retrieved from "https://en.wikipedia.org/w/index.php?title=DNA_sequencer&oldid=1215243995"
Arc.Ask3.Ru: конец переведенного документа.
Arc.Ask3.Ru
Номер скриншота №: 6056745135ce7a1ac9b2fb863d425875__1711226280
URL1:https://arc.ask3.ru/arc/aa/60/75/6056745135ce7a1ac9b2fb863d425875.html
Заголовок, (Title) документа по адресу, URL1:
DNA sequencer - Wikipedia
Данный printscreen веб страницы (снимок веб страницы, скриншот веб страницы), визуально-программная копия документа расположенного по адресу URL1 и сохраненная в файл, имеет: квалифицированную, усовершенствованную (подтверждены: метки времени, валидность сертификата), открепленную ЭЦП (приложена к данному файлу), что может быть использовано для подтверждения содержания и факта существования документа в этот момент времени. Права на данный скриншот принадлежат администрации Ask3.ru, использование в качестве доказательства только с письменного разрешения правообладателя скриншота. Администрация Ask3.ru не несет ответственности за информацию размещенную на данном скриншоте. Права на прочие зарегистрированные элементы любого права, изображенные на снимках принадлежат их владельцам. Качество перевода предоставляется как есть. Любые претензии, иски не могут быть предъявлены. Если вы не согласны с любым пунктом перечисленным выше, вы не можете использовать данный сайт и информация размещенную на нем (сайте/странице), немедленно покиньте данный сайт. В случае нарушения любого пункта перечисленного выше, штраф 55! (Пятьдесят пять факториал, Денежную единицу (имеющую самостоятельную стоимость) можете выбрать самостоятельно, выплаичвается товарами в течение 7 дней с момента нарушения.)