PABPC1

PABPC1
Доступные структуры
ПДБ	Поиск ортологов: PDBe RCSB
showСписок идентификационных кодов PDB
	1CVJ, 1G9L, 1JGN, 1JH4, 2K8G, 2RQG, 2RQH, 2X04, 3KTP, 3KTR, 3KUI, 3KUJ, 3KUR, 3KUS, 3KUT, 3PKN, 3PTH, 4F02, 4F25, 4F26, 5DX1, 5DXA, 5DX8, 2D9P
Идентификаторы
Псевдонимы	PABPC1 , PAB1, PABP, PABP1, PABPC2, PABPL1, цитоплазматический белок 1, связывающий поли(А)
Внешние идентификаторы	Опустить : 604679 ; МГИ : 1349722 ; Гомологен : 37638 ; Генные карты : PABPC1 ; OMA : PABPC1 — ортологи
showМестоположение гена ( человек )
Chr.	Chromosome 8 (human)
End	100,722,809 bp
showМестоположение гена ( Мышь )
Chr.	Chromosome 15 (mouse)
End	36,609,912 bp
show экспрессии РНК Характер
	Top expressed in
	parotid gland; ; pylorus; ; gonad; ; amniotic fluid; ; vulva; ; tonsil; ; nipple; ; trabecular bone; ; monocyte; ; oral cavity;
	Top expressed in
	tail of embryo; ; genital tubercle; ; ventricular zone; ; yolk sac; ; spermatocyte; ; morula; ; neural layer of retina; ; spermatid; ; embryo; ; lip;
	More reference expression data
	n/a
showГенная онтология
Molecular function	protein binding; nucleic acid binding; protein C-terminus binding; translation activator activity; poly(U) RNA binding; poly(A) binding; mRNA 3'-UTR binding; RNA binding; mRNA binding;
Cellular component	focal adhesion; catalytic step 2 spliceosome; cytoplasmic stress granule; cytoplasm; cytoplasmic ribonucleoprotein granule; spliceosomal complex; membrane; extracellular exosome; nucleus; cytosol; dendrite; ribonucleoprotein granule; synapse; messenger ribonucleoprotein complex; ribonucleoprotein complex;
Biological process	nuclear-transcribed mRNA catabolic process, nonsense-mediated decay; mRNA stabilization; mRNA splicing, via spliceosome; regulation of mRNA stability; RNA splicing; mRNA polyadenylation; mRNA processing; nuclear-transcribed mRNA poly(A) tail shortening; positive regulation of viral genome replication; translational initiation; negative regulation of nuclear-transcribed mRNA catabolic process, nonsense-mediated decay; positive regulation of translation; gene silencing; positive regulation of nuclear-transcribed mRNA poly(A) tail shortening; positive regulation of nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay;
	Sources:Amigo / QuickGO
hideОртологи
	26986
	18458
	ENSG00000070756
	ENSMUSG00000022283
	P11940
	P29341
	НМ_002568
	НМ_008774
	НП_002559
	НП_032800
	Викиданные
Просмотр/редактирование человека	Просмотр/редактирование мыши

Полиаденилат-связывающий белок 1 — это белок , который у человека кодируется PABPC1 геном . ^{[ 5 ]} Белок PABP1 связывает мРНК и обеспечивает различные функции, такие как транспорт в ядро и из ядра, деградацию, трансляцию и стабильность. Существует два отдельных белка PABP1: один расположен в ядре (PABPN1), а другой — в цитоплазме (PABPC1). Расположение PABP1 влияет на роль этого белка и его функцию с РНК. ^{[ 6 ]}

Функция

Поли(А)-связывающий белок (PAB или PABP), который находится в комплексе с 3'-поли(А)-хвостом эукариотической мРНК, необходим для удлинения поли(А) и терминации трансляции. У людей PABP содержат небольшую ядерную изоформу и консервативное семейство генов других поли(А)-связывающих белков . [поставлено OMIM] ^{[ 7 ]}

PABPC1 обычно диффундирует внутри цитоплазмы и концентрируется в участках с высокой концентрацией мРНК, таких как стрессовые гранулы, процессинговые тельца и места с высокой трансляционной активностью. PABPC1 также связан с нонсенс-опосредованным распадом мРНК (NMD). PABPC1 связывается с хвостом поли(А) и взаимодействует с eIF4G, что стабилизирует циркуляризацию мРНК. Эта структура необходима для предотвращения деградации мРНК посредством NMD. ^{[ 8 ]}

В ядре PABP1 связывается с поли(А)-хвостками пре-мРНК, обеспечивая стабильность, экспорт, транспорт и деградацию. Связывание PABP1 также необходимо для ядерно-опосредованной деградации. PABPC1 содержит четыре мотива узнавания РНК (RRM). Первые два, RRM1 и RRM2, связывают как α-импортин, так и поли(А)-хвост процессированной мРНК. Эта особенность предотвращает возвращение мРНК обратно в ядро. ^{[ 6 ]}

Взаимодействия

Было показано, что PABPC1 взаимодействует с:

Ссылки

^ Jump up to: ^а ^б ^с GRCh38: Версия Ensembl 89: ENSG00000070756 – Ensembl , май 2017 г.
^ Jump up to: ^а ^б ^с GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000022283 – Ensembl , май 2017 г.
^ «Ссылка на Human PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
^ «Ссылка на Mouse PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
^ Грейндж Т., де Са КМ, Оддос Дж., Пикте Р. (июнь 1987 г.). «Белок, связывающий полиаденилат мРНК человека: эволюционная консервативность мотива связывания нуклеиновой кислоты» . Исследования нуклеиновых кислот . 15 (12): 4771–87. дои : 10.1093/нар/15.12.4771 . ПМК 305917 . ПМИД 2885805 .
^ Jump up to: ^а ^б Грей Н.К., Грабалкова Л., Скэнлон Дж.П., Смит Р.В. (декабрь 2015 г.). «Поли(А)-связывающие белки и локализация мРНК: кто правит всем?» . Труды Биохимического общества . 43 (6): 1277–84. дои : 10.1042/BST20150171 . ПМИД 26614673 .
^ «Ген Энтрез: поли(А)-связывающий белок PABPC1, цитоплазматический 1» .
^ Фатшер Т., Бём В., Вайхе Б., Геринг Н.Х. (октябрь 2014 г.). «Взаимодействие цитоплазматического поли(А)-связывающего белка с эукариотическим фактором инициации 4G подавляет нонсенс-опосредованный распад мРНК» . РНК . 20 (10): 1579–92. дои : 10.1261/rna.044933.114 . ПМК 4174440 . ПМИД 25147240 .
^ Колотева-Левин Н., Пинчаси Д., Переман И., Зур А., Брандейс М., Элрой-Штайн О. (май 2004 г.). «Субъединица Apc5 комплекса/циклосомы, способствующего анафазе, взаимодействует с поли(А)-связывающим белком и подавляет трансляцию, опосредованную внутренним сайтом входа рибосомы» . Молекулярная и клеточная биология . 24 (9): 3577–87. дои : 10.1128/mcb.24.9.3577-3587.2004 . ПМЦ 387753 . ПМИД 15082755 .
^ Фунакоси Ю, Дой Ю, Хосода Н, Учида Н, Осава М, Симада И, Цудзимото М, Сузуки Т, Катада Т, Хосино С (декабрь 2007 г.). «Механизм деаденилирования мРНК: доказательства молекулярного взаимодействия между фактором терминации трансляции eRF3 и деаденилазами мРНК» . Гены и развитие . 21 (23): 3135–48. дои : 10.1101/gad.1597707 . ПМК 2081979 . ПМИД 18056425 .
^ Jump up to: ^а ^б Иматака Х., Гради А., Соненберг Н. (декабрь 1998 г.). «Недавно идентифицированная N-концевая аминокислотная последовательность eIF4G человека связывает поли(А)-связывающий белок и участвует в поли(А)-зависимой трансляции» . Журнал ЭМБО . 17 (24): 7480–9. дои : 10.1093/emboj/17.24.7480 . ПМК 1171091 . ПМИД 9857202 .
^ Хосино С., Имаи М., Кобаяши Т., Учида Н., Катада Т. (июнь 1999 г.). «Фактор высвобождения полипептидной цепи эукариот (eRF3/GSPT), несущий сигнал терминации трансляции на 3'-поли(А) хвост мРНК. Прямая ассоциация erf3/GSPT с полиаденилат-связывающим белком» . Журнал биологической химии . 274 (24): 16677–80. дои : 10.1074/jbc.274.24.16677 . ПМИД 10358005 .
^ Рой Дж., Де Крещенцо Дж., Халегпур К., Кахведжян А., О'Коннор-МакКорт М., Соненберг Н. (июнь 2002 г.). «Paip1 взаимодействует с поли(А)-связывающим белком посредством двух независимых мотивов связывания» . Молекулярная и клеточная биология . 22 (11): 3769–82. дои : 10.1128/mcb.22.11.3769-3782.2002 . ПМЦ 133836 . ПМИД 11997512 .
^ Крейг А.В., Хагигат А., Ю А.Т., Соненберг Н. (апрель 1998 г.). «Взаимодействие полиаденилат-связывающего белка с гомологом eIF4G PAIP усиливает трансляцию». Природа . 392 (6675): 520–3. Бибкод : 1998Natur.392..520C . дои : 10.1038/33198 . ПМИД 9548260 . S2CID 10891925 .
^ Халегпур К., Кахведжян А., Де Крещенцо Г., Рой Г., Свиткин Ю.В., Иматака Х., О'Коннор-МакКорт М., Соненберг Н. (август 2001 г.). «Двойные взаимодействия репрессора трансляции Paip2 с поли(А)-связывающим белком» . Молекулярная и клеточная биология . 21 (15): 5200–13. дои : 10.1128/MCB.21.15.5200-5213.2001 . ПМЦ 87244 . ПМИД 11438674 .

Дальнейшее чтение

Гёрлах М., Бурд К.Г., Дрейфус Г. (апрель 1994 г.). «МРНК поли(А)-связывающий белок: локализация, численность и специфичность связывания РНК» . Экспериментальные исследования клеток . 211 (2): 400–7. дои : 10.1006/excr.1994.1104 . ПМИД 7908267 .
Кэмпбелл Л.Х., Борг К.Т., Хейнс Дж.К., Мун Р.Т., Шенберг Д.Р., Арриго С.Дж. (сентябрь 1994 г.). «Вирус иммунодефицита человека типа 1 Rev необходим in vivo для связывания поли(А)-связывающего белка с Rev-зависимыми РНК» . Журнал вирусологии . 68 (9): 5433–8. doi : 10.1128/jvi.68.9.5433-5438.1994 . ПМК 236943 . ПМИД 8057425 .
Хуан Ю, Кармайкл Г.Г. (апрель 1996 г.). «Роль полиаденилирования в нуклеоцитоплазматическом транспорте мРНК» . Молекулярная и клеточная биология . 16 (4): 1534–42. дои : 10.1128/mcb.16.4.1534 . ПМК 231138 . ПМИД 8657127 .
Крейг А.В., Хагигат А., Ю А.Т., Соненберг Н. (апрель 1998 г.). «Взаимодействие полиаденилат-связывающего белка с гомологом eIF4G PAIP усиливает трансляцию». Природа . 392 (6675): 520–3. Бибкод : 1998Natur.392..520C . дои : 10.1038/33198 . ПМИД 9548260 . S2CID 10891925 .
Афонина Е., Стаубер Р., Павлакис Г.Н. (май 1998 г.). «Человеческий поли(А)-связывающий белок 1 перемещается между ядром и цитоплазмой» . Журнал биологической химии . 273 (21): 13015–21. дои : 10.1074/jbc.273.21.13015 . ПМИД 9582337 .
Иматака Х., Гради А., Соненберг Н. (декабрь 1998 г.). «Недавно идентифицированная N-концевая аминокислотная последовательность eIF4G человека связывает поли(А)-связывающий белок и участвует в поли(А)-зависимой трансляции» . Журнал ЭМБО . 17 (24): 7480–9. дои : 10.1093/emboj/17.24.7480 . ПМК 1171091 . ПМИД 9857202 .
Хорнштейн Э., Гит А., Браунштейн И., Авни Д., Меюхас О. (январь 1999 г.). «Экспрессия гена поли(А)-связывающего белка трансляционно регулируется в зависимости от роста посредством мотива 5'-концевого олигопиримидинового тракта» . Журнал биологической химии . 274 (3): 1708–14. дои : 10.1074/jbc.274.3.1708 . ПМИД 9880551 .
Ларойя Дж., Куэста Р., Брюэр Дж., Шнайдер Р.Дж. (апрель 1999 г.). «Контроль распада мРНК по пути теплового шока-убиквитин-протеасомы». Наука . 284 (5413): 499–502. Бибкод : 1999Sci...284..499L . дои : 10.1126/science.284.5413.499 . ПМИД 10205060 .
Хосино С., Имаи М., Кобаяши Т., Учида Н., Катада Т. (июнь 1999 г.). «Фактор высвобождения полипептидной цепи эукариот (eRF3/GSPT), несущий сигнал терминации трансляции на 3'-поли(А) хвост мРНК. Прямая ассоциация erf3/GSPT с полиаденилат-связывающим белком» . Журнал биологической химии . 274 (24): 16677–80. дои : 10.1074/jbc.274.24.16677 . ПМИД 10358005 .
Део Р.К., Бонанно Дж.Б., Соненберг Н., Берли С.К. (сентябрь 1999 г.). «Распознавание полиаденилатной РНК поли(А)-связывающим белком» . Клетка . 98 (6): 835–45. дои : 10.1016/S0092-8674(00)81517-2 . ПМИД 10499800 . S2CID 16247357 .
Фераль С., Маттеи М.Г., Павляк А., Геллаен Г. (октябрь 1999 г.). «Хромосомная локализация трех генов поли(А)-связывающих белков человека и четырех родственных псевдогенов» . Генетика человека . 105 (4): 347–53. дои : 10.1007/s004399900148 . ПМЦ 1865476 . ПМИД 10543404 .
Гроссе С., Чен С.И., Сюй Н., Соненберг Н., Жакмен-Саблон Х., Шю А.Б. (сентябрь 2000 г.). «Механизм трансляционно-связанного оборота мРНК: взаимодействие между хвостом поли(А) и детерминантой, кодирующей РНК c-fos, через белковый комплекс» . Клетка . 103 (1): 29–40. дои : 10.1016/S0092-8674(00)00102-1 . ПМИД 11051545 . S2CID 18135412 .
Халегпур К., Свиткин Ю.В., Крейг А.В., ДеМария К.Т., Део Р.К., Берли С.К., Соненберг Н. (январь 2001 г.). «Трансляционная репрессия новым партнером человеческого поли(А)-связывающего белка, Paip2» . Молекулярная клетка . 7 (1): 205–16. дои : 10.1016/S1097-2765(01)00168-X . ПМИД 11172725 .
Бушелл М., Вуд В., Карпентер Г., Пейн В.М., Морли С.Дж., Клеменс М.Дж. (июнь 2001 г.). «Нарушение взаимодействия эукариотического фактора инициации синтеза белка млекопитающих 4B с поли(А)-связывающим белком путем расщепления, опосредованного каспазой и вирусной протеазой» . Журнал биологической химии . 276 (26): 23922–8. дои : 10.1074/jbc.M100384200 . ПМИД 11274152 .
Фераль С., Геллаен Г., Павляк А. (май 2001 г.). «Человеческие семенники экспрессируют специфический поли(А)-связывающий белок» . Исследования нуклеиновых кислот . 29 (9): 1872–83. дои : 10.1093/нар/29.9.1872 . ПМЦ 37253 . PMID 11328870 .
Халегпур К., Кахведжян А., Де Крещенцо Г., Рой Г., Свиткин Ю.В., Иматака Х., О'Коннор-МакКорт М., Соненберг Н. (август 2001 г.). «Двойные взаимодействия репрессора трансляции Paip2 с поли(А)-связывающим белком» . Молекулярная и клеточная биология . 21 (15): 5200–13. дои : 10.1128/MCB.21.15.5200-5213.2001 . ПМЦ 87244 . ПМИД 11438674 .
Вудс А.Дж., Робертс М.С., Чоудхари Дж., Барри С.Т., Мазаки Ю., Сабе Х., Морли С.Дж., Кричли Д.Р., Норман Дж.К. (февраль 2002 г.). «Паксиллин связывается с поли(А)-связывающим белком 1 в плотной эндоплазматической сети и на переднем крае мигрирующих клеток» . Журнал биологической химии . 277 (8): 6428–37. дои : 10.1074/jbc.M109446200 . ПМИД 11704675 .
Ли Дж., Бедфорд, штат Монтана (март 2002 г.). «PABP1 идентифицирован как субстрат аргининметилтрансферазы с использованием белковых массивов высокой плотности» . Отчеты ЭМБО . 3 (3): 268–73. дои : 10.1093/embo-reports/kvf052 . ПМК 1084016 . ПМИД 11850402 .
Юрица М.С., Ликлайдер Л.Дж., Гиги С.Р., Григорьев Н., Мур М.Дж. (апрель 2002 г.). «Очистка и характеристика нативных сплайсосом, подходящих для трехмерного структурного анализа» . РНК . 8 (4): 426–39. дои : 10.1017/S1355838202021088 . ПМК 1370266 . ПМИД 11991638 .

[refGRCh38Ensembl-1] Jump up to: ^а ^б ^с GRCh38: Версия Ensembl 89: ENSG00000070756 – Ensembl , май 2017 г.

[refGRCm38Ensembl-2] Jump up to: ^а ^б ^с GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000022283 – Ensembl , май 2017 г.

[3] «Ссылка на Human PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .

[4] «Ссылка на Mouse PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .

[pmid2885805-5] Грейндж Т., де Са КМ, Оддос Дж., Пикте Р. (июнь 1987 г.). «Белок, связывающий полиаденилат мРНК человека: эволюционная консервативность мотива связывания нуклеиновой кислоты» . Исследования нуклеиновых кислот . 15 (12): 4771–87. дои : 10.1093/нар/15.12.4771 . ПМК 305917 . ПМИД 2885805 .

[Gray_2015-6] Jump up to: ^а ^б Грей Н.К., Грабалкова Л., Скэнлон Дж.П., Смит Р.В. (декабрь 2015 г.). «Поли(А)-связывающие белки и локализация мРНК: кто правит всем?» . Труды Биохимического общества . 43 (6): 1277–84. дои : 10.1042/BST20150171 . ПМИД 26614673 .

[entrez-7] «Ген Энтрез: поли(А)-связывающий белок PABPC1, цитоплазматический 1» .

[8] Фатшер Т., Бём В., Вайхе Б., Геринг Н.Х. (октябрь 2014 г.). «Взаимодействие цитоплазматического поли(А)-связывающего белка с эукариотическим фактором инициации 4G подавляет нонсенс-опосредованный распад мРНК» . РНК . 20 (10): 1579–92. дои : 10.1261/rna.044933.114 . ПМК 4174440 . ПМИД 25147240 .

[pmid15082755-9] Колотева-Левин Н., Пинчаси Д., Переман И., Зур А., Брандейс М., Элрой-Штайн О. (май 2004 г.). «Субъединица Apc5 комплекса/циклосомы, способствующего анафазе, взаимодействует с поли(А)-связывающим белком и подавляет трансляцию, опосредованную внутренним сайтом входа рибосомы» . Молекулярная и клеточная биология . 24 (9): 3577–87. дои : 10.1128/mcb.24.9.3577-3587.2004 . ПМЦ 387753 . ПМИД 15082755 .

[pmid18056425-10] Фунакоси Ю, Дой Ю, Хосода Н, Учида Н, Осава М, Симада И, Цудзимото М, Сузуки Т, Катада Т, Хосино С (декабрь 2007 г.). «Механизм деаденилирования мРНК: доказательства молекулярного взаимодействия между фактором терминации трансляции eRF3 и деаденилазами мРНК» . Гены и развитие . 21 (23): 3135–48. дои : 10.1101/gad.1597707 . ПМК 2081979 . ПМИД 18056425 .

[pmid9857202-11] Jump up to: ^а ^б Иматака Х., Гради А., Соненберг Н. (декабрь 1998 г.). «Недавно идентифицированная N-концевая аминокислотная последовательность eIF4G человека связывает поли(А)-связывающий белок и участвует в поли(А)-зависимой трансляции» . Журнал ЭМБО . 17 (24): 7480–9. дои : 10.1093/emboj/17.24.7480 . ПМК 1171091 . ПМИД 9857202 .

[pmid10358005-12] Хосино С., Имаи М., Кобаяши Т., Учида Н., Катада Т. (июнь 1999 г.). «Фактор высвобождения полипептидной цепи эукариот (eRF3/GSPT), несущий сигнал терминации трансляции на 3'-поли(А) хвост мРНК. Прямая ассоциация erf3/GSPT с полиаденилат-связывающим белком» . Журнал биологической химии . 274 (24): 16677–80. дои : 10.1074/jbc.274.24.16677 . ПМИД 10358005 .

[pmid11997512-13] Рой Дж., Де Крещенцо Дж., Халегпур К., Кахведжян А., О'Коннор-МакКорт М., Соненберг Н. (июнь 2002 г.). «Paip1 взаимодействует с поли(А)-связывающим белком посредством двух независимых мотивов связывания» . Молекулярная и клеточная биология . 22 (11): 3769–82. дои : 10.1128/mcb.22.11.3769-3782.2002 . ПМЦ 133836 . ПМИД 11997512 .

[pmid9548260-14] Крейг А.В., Хагигат А., Ю А.Т., Соненберг Н. (апрель 1998 г.). «Взаимодействие полиаденилат-связывающего белка с гомологом eIF4G PAIP усиливает трансляцию». Природа . 392 (6675): 520–3. Бибкод : 1998Natur.392..520C . дои : 10.1038/33198 . ПМИД 9548260 . S2CID 10891925 .

[pmid11438674-15] Халегпур К., Кахведжян А., Де Крещенцо Г., Рой Г., Свиткин Ю.В., Иматака Х., О'Коннор-МакКорт М., Соненберг Н. (август 2001 г.). «Двойные взаимодействия репрессора трансляции Paip2 с поли(А)-связывающим белком» . Молекулярная и клеточная биология . 21 (15): 5200–13. дои : 10.1128/MCB.21.15.5200-5213.2001 . ПМЦ 87244 . ПМИД 11438674 .

[1]

[2]

[ 3 ]

[ 4 ]

[ 5 ]

[ 6 ]

[ 7 ]

[ 8 ]

[ 9 ]

[ 10 ]

[ 11 ]

[ 12 ]

[ 13 ]

[ 14 ]

[ 15 ]