СМН2

СМН2
Доступные структуры
ПДБ	Поиск ортологов: PDBe RCSB
показывать Список идентификационных кодов PDB
	1G5V, 1MHN, 2LEH, 3S6N, 4A4E, 4A4G, 4GLI, 4NL6, 4NL7, 4QQ6
Идентификаторы
Псевдонимы	SMN2 , BCD541, C-BCD541, GEMIN1, SMNC, TDRD16B, выживание мотонейрона 2, центромерный, выживание мотонейрона 2, центромерный
Внешние идентификаторы	Опустить : 601627 ; МГИ : 109257 ; Гомологен : 292 ; Генные карты : SMN2 ; ОМА : SMN2 — ортологи
показывать Местоположение гена ( человек )
Chr.	Chromosome 5 (human)
End	70,078,522 bp
показывать Местоположение гена ( Мышь )
Chr.	Chromosome 13 (mouse)
End	100,274,198 bp
показывать экспрессии РНК Характер
	Top expressed in
	epithelium of colon; ; endometrium; ; smooth muscle tissue; ; right uterine tube; ; olfactory zone of nasal mucosa; ; rectum; ; bone marrow; ; tonsil; ; muscle of thigh; ; Descending thoracic aorta;
	Top expressed in
	zygote; ; yolk sac; ; epiblast; ; morula; ; morula; ; tail of embryo; ; embryo; ; embryo; ; blastocyst; ; ventricular zone;
	More reference expression data
	n/a
показывать Генная онтология
Molecular function	protein binding; RNA binding; identical protein binding;
Cellular component	cytoplasm; SMN-Sm protein complex; cytosol; Cajal body; nucleoplasm; SMN complex; Z discdkac; neuron projection; cytoplasmic ribonucleoprotein granule; nucleus; gemini of coiled bodies; perikaryon; cell projection;
Biological process	DNA-templated transcription, termination; mRNA processing; nervous system development; spliceosomal snRNP assembly; spliceosomal complex assembly; RNA splicing; import into nucleus;
	Sources:Amigo / QuickGO
скрывать Ортологи
	6607
	20595
	ENSG00000277773 ; ENSG00000205571 ; ENSG00000273772
	ENSMUSG00000021645
	Q16637
	P97801
	НМ_017411 ; НМ_022875 ; НМ_022876 ; НМ_022877
	НМ_001252629 ; НМ_011420
показывать НП_059107 ; НП_075013 ; НП_075014 ; НП_075015 ; НП_000335 ;
	NP_001284644; NP_075012
	НП_001239558 ; НП_035550
	Викиданные
Просмотр/редактирование человека	Просмотр/редактирование мыши

Выживание моторного нейрона 2 ( SMN2 ) — это ген , который кодирует белок SMN (полный и укороченный) у людей. ^{[ 5 ]}^{[ 6 ]}

Ген

Ген SMN2 является частью инвертированной дупликации длиной 500 т.п.н. на хромосоме 5q13. Эта дублированная область содержит по меньшей мере четыре гена и повторяющиеся элементы , которые делают ее склонной к реаранжировкам и делециям. Повторяемость и сложность последовательности также вызвали трудности в определении организации этой геномной области. Теломерная SMN1 ( ) ) и центромерная ( SMN2 копии этого гена практически идентичны и кодируют один и тот же белок. Критическая разница в последовательностях между двумя генами заключается в одном нуклеотиде в экзоне 7, который, как полагают, является энхансером сплайсинга экзона . Нуклеотидная замена в SMN2 приводит к тому, что около 80–90% его транскриптов представляют собой укороченный нестабильный белок без биологической функции (Δ7SMN) и только 10–20% его транскриптов представляют собой полноразмерный белок (fl-SMN). ^{[ нужна ссылка ]}

Обратите внимание, что девять экзонов теломерной и центромерной копий исторически обозначаются как экзоны 1, 2a, 2b и 3–8. Считается, что события генной конверсии могут затрагивать два гена, что приводит к различному количеству копий каждого гена. ^{[ 6 ]}

Клиническое значение

Хотя мутации в теломерной копии связаны со спинальной мышечной атрофией , мутации в этом гене, центромерной копии, не приводят к заболеванию. Этот ген может быть модификатором заболевания, вызванного мутацией в теломерной копии. ^{[ нужна ссылка ]}

Ссылки

^ Перейти обратно: ^а ^б ^с ENSG00000205571, ENSG00000273772 GRCh38: выпуск Ensembl 89: ENSG00000277773, ENSG00000205571, ENSG00000273772 — Ensembl , май 2017 г.
^ Перейти обратно: ^а ^б ^с GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000021645 – Ensembl , май 2017 г.
^ «Ссылка на Human PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
^ «Ссылка на Mouse PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
^ Лефевр С., Бюрглен Л., Ребулле С., Клермон О., Бурле П., Виолле Л., Бенишу Б., Крюо К., Мийлассо П., Зевиани М. (январь 1995 г.). «Идентификация и характеристика гена, определяющего спинальную мышечную атрофию» . Клетка . 80 (1): 155–65. дои : 10.1016/0092-8674(95)90460-3 . ПМИД 7813012 . S2CID 14291056 .
^ Перейти обратно: ^а ^б «Ген Энтрез: выживание SMN2 двигательного нейрона 2, центромерного» .

Дальнейшее чтение

Ватихаяти М.С., Фатемех Х., Марини М., Атиф А.Б., Захируддин В.М., Сасонгко Т.Х., Тан Т.Х., Забиди-Хуссин З.А., Нишио Х., Зилфалил Б.А. (январь 2009 г.). «Сочетание количества копий SMN2 и делеции NAIP предсказывает тяжесть заболевания при спинальной мышечной атрофии». Мозг и развитие . 31 (1): 42–5. дои : 10.1016/j.braindev.2008.08.012 . ПМИД 18842367 . S2CID 206312220 .
Прайор Т.В., Крайнер А.Р., Хуа Ю., Свобода К.Дж., Снайдер ПК, Бриджмен С.Дж., Бергес А.Х., Кисел Дж.Т. (сентябрь 2009 г.). «Положительный модификатор спинальной мышечной атрофии в гене SMN2» . Американский журнал генетики человека . 85 (3): 408–13. дои : 10.1016/j.ajhg.2009.08.002 . ПМЦ 2771537 . ПМИД 19716110 .
Коуди Т.Х., Боган Т.Д., Шабаби М., Пассини М.А., Лорсон К.Л. (2008). Валькарсель Дж. (ред.). «Разработка единой векторной системы, усиливающей транссплайсинг транскриптов SMN2» . ПЛОС ОДИН . 3 (10): е3468. Бибкод : 2008PLoSO...3.3468C . дои : 10.1371/journal.pone.0003468 . ПМК 2565107 . ПМИД 18941511 .
Эльшейх Б., Прайор Т., Чжан Х., Миллер Р., Колб С.Дж., Мур Д., Брэдли В., Барон Р., Брайан В., Гелинас Д., Ианнакконе С., Лешнер Р., Менделл Дж.Р., Мендоса М., Рассман Б., Смит С., Кинг В. , Кисель Дж.Т. (октябрь 2009 г.). «Анализ тяжести заболевания на основе количества копий SMN2 у взрослых со спинальной мышечной атрофией». Мышцы и нервы . 40 (4): 652–6. дои : 10.1002/mus.21350 . ПМИД 19760790 . S2CID 44901599 .
Уоркман Э., Сайева Л., Каррел Т.Л., Кроуфорд Т.О., Лю Д., Лутц С., Битти С.Э., Пеллиццони Л., Бургес А.Х. (июнь 2009 г.). «Миссенс-мутация SMN дополняет SMN2, восстанавливая snRNP и спасая мышей со СМА» . Молекулярная генетика человека . 18 (12): 2215–29. дои : 10.1093/hmg/ddp157 . ПМЦ 2685758 . ПМИД 19329542 .
Бозе Дж.К., Ван И.Ф., Хунг Л., Тарн Вайоминг, Шен С.К. (октябрь 2008 г.). «Сверхэкспрессия TDP-43 усиливает включение экзона 7 во время выживания сплайсинга пре-мРНК двигательных нейронов» . Журнал биологической химии . 283 (43): 28852–9. дои : 10.1074/jbc.M805376200 . ПМК 2661999 . ПМИД 18703504 .
Хауке Дж., Риссланд М., Лунке С., Эйюпоглу И.Ю., Блюмке И., Эль-Оста А., Вирт Б., Ханен Э. (январь 2009 г.). «Замалчивание гена 2 двигательных нейронов выживания путем метилирования ДНК коррелирует с тяжестью заболевания спинальной мышечной атрофией и может быть обойти ингибированием гистондеацетилазы» . Молекулярная генетика человека . 18 (2): 304–17. дои : 10.1093/hmg/ddn357 . ПМЦ 2638778 . ПМИД 18971205 .
Корсиа П., Камю В., Пралине Дж., Гордон П.Х., Вурч П., Андрес С. (2009). «Важность генов SMN в генетике спорадического БАС». Боковой амиотрофический склероз . 10 (5–6): 436–40. дои : 10.3109/17482960902759162 . ПМИД 19922137 . S2CID 2326464 .
Тициано Ф.Д., Пинто А.М., Фиори С., Ломастро Р., Мессина С., Бруно С., Пини А., Пане М., Д'Амико А., Геццо А., Бертини Е., Меркури Е., Нери Г., Браге К. (январь 2010 г.). «Уровни транскрипта SMN в лейкоцитах пациентов со СМА, определенные методом абсолютной ПЦР в реальном времени» . Европейский журнал генетики человека . 18 (1): 52–8. дои : 10.1038/ejhg.2009.116 . ПМК 2987170 . ПМИД 19603064 .
Енджейовска М, Милевски М, Зимовски Дж, Борковска Дж, Костера-Прушчик А, Сильска Д, Юрек М, Хаусманова-Петрусевич I (2009). «Фенотипические модификаторы спинальной мышечной атрофии: количество копий гена SMN2, делеция гена NAIP и, возможно, пол влияют на течение заболевания» . Акта Биохимика Полоника . 56 (1): 103–8. дои : 10.18388/abp.2009_2521 . ПМИД 19287802 .
Аркблад Э., Тулиниус М., Кроксмарк А.К., Хенрикссон М., Дарин Н. (май 2009 г.). «Популяционное исследование генотипической и фенотипической изменчивости у детей со спинальной мышечной атрофией». Акта Педиатрика . 98 (5): 865–72. дои : 10.1111/j.1651-2227.2008.01201.x . ПМИД 19154529 . S2CID 3134264 .
Паушкин С., Губиц А.К., Массне С., Дрейфус Г. (июнь 2002 г.). «Комплекс SMN, ассемблер рибонуклеопротеинов». Современное мнение в области клеточной биологии . 14 (3): 305–12. дои : 10.1016/S0955-0674(02)00332-0 . ПМИД 12067652 .
Фарук Ф., Балабанян С., Лю Х, Холчик М., Маккензи А. (ноябрь 2009 г.). «Митоген-активируемая протеинкиназа p38 стабилизирует мРНК SMN посредством РНК-связывающего белка HuR» . Молекулярная генетика человека . 18 (21): 4035–45. дои : 10.1093/hmg/ddp352 . ПМИД 19648294 .
Хасанзад М, Голкар З, Кариминежад Р, Хадави В, Алмадани Н, Афрузан Ф, Салахшурифар И, Шафегати Ю, Кахризи К, Наджмабади Х (февраль 2009 г.). «Делеции в гене мотонейронов выживания у иранских пациентов со спинальной мышечной атрофией». Анналы Медицинской Академии, Сингапур . 38 (2): 139–41. doi : 10.47102/annals-acadmedsg.V38N2p139 . ПМИД 19271042 .
Мартинс де Араужо М., Боннал С., Гастингс М.Л., Крайнер А.Р., Валькарсель Дж. (апрель 2009 г.). «Дифференциальное распознавание 3'-сайта сплайсинга транскриптов SMN1 и SMN2 с помощью U2AF и U2 snRNP» . РНК . 15 (4): 515–23. дои : 10.1261/rna.1273209 . ПМК 2661831 . ПМИД 19244360 .
Сонг Ф, Цюй Ю.Дж., Цзоу Л.П., Ван Л.В., Лонг М.Дж., Ван Х, Ян Ю.Л., Чен Ц., Ван Х., Цзинь Ю.В. (декабрь 2008 г.). «[Молекулярный анализ гена выживаемости двигательных нейронов у 338 подозрительных детей-пациентов со спинальной мышечной атрофией]». Чжунхуа Эр Ке За Чжи = Китайский педиатрический журнал . 46 (12): 919–23. ПМИД 19134255 .
Иримура С., Китамура К., Като Н., Сайки К., Такеучи А., Мацуо М., Нисио Х., Ли MJ (2009). «HnRNP C1/C2 может регулировать сплайсинг экзона 7 в гене спинальной мышечной атрофии SMN1». Журнал медицинских наук Кобе . 54 (5): Е227-36. ПМИД 19628962 .
Ён Дж., Ван Л., Дрейфусс Г. (май 2004 г.). «Зачем клеткам нужна машина для сборки РНК-белковых комплексов?». Тенденции в клеточной биологии . 14 (5): 226–32. дои : 10.1016/j.tcb.2004.03.010 . ПМИД 15130578 .
Чен Х.Х., Чанг Дж.Г., Лу Р.М., Пэн Тай, Тарн, Вайоминг (ноябрь 2008 г.). «РНК-связывающий белок hnRNP Q модулирует использование экзона 7 в гене выживающего мотонейрона 2 (SMN2)» . Молекулярная и клеточная биология . 28 (22): 6929–38. дои : 10.1128/MCB.01332-08 . ПМЦ 2573304 . ПМИД 18794368 .
Когулу О, Дурмаз Б, Пехливан С, Альпман А, Озкинай Ф (июнь 2009 г.). «Оценка генов SMN и NAIP в семье: гомозиготная делеция гена SMN2 у плода и исход беременности». Генетическое тестирование и молекулярные биомаркеры . 13 (3): 287–8. дои : 10.1089/gtmb.2008.0139 . ПМИД 19397406 .

Эта статья включает текст из Национальной медицинской библиотеки США , который находится в свободном доступе .

[refGRCh38Ensembl-1] Перейти обратно: ^а ^б ^с ENSG00000205571, ENSG00000273772 GRCh38: выпуск Ensembl 89: ENSG00000277773, ENSG00000205571, ENSG00000273772 — Ensembl , май 2017 г.

[refGRCm38Ensembl-2] Перейти обратно: ^а ^б ^с GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000021645 – Ensembl , май 2017 г.

[3] «Ссылка на Human PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .

[4] «Ссылка на Mouse PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .

[pmid7813012-5] Лефевр С., Бюрглен Л., Ребулле С., Клермон О., Бурле П., Виолле Л., Бенишу Б., Крюо К., Мийлассо П., Зевиани М. (январь 1995 г.). «Идентификация и характеристика гена, определяющего спинальную мышечную атрофию» . Клетка . 80 (1): 155–65. дои : 10.1016/0092-8674(95)90460-3 . ПМИД 7813012 . S2CID 14291056 .

[entrez-6] Перейти обратно: ^а ^б «Ген Энтрез: выживание SMN2 двигательного нейрона 2, центромерного» .

[1]

[2]

[ 3 ]

[ 4 ]

[ 5 ]

[ 6 ]