УФМ1

УФМ1
Доступные структуры
ПДБ	Поиск ортологов: PDBe RCSB
showСписок идентификационных кодов PDB
	1WXS, 5HKH
Идентификаторы
Псевдонимы	UFM1 , BM-002, C13orf20, модификатор убиквитиновой складки 1, модификатор убиквитиновой складки 1, HLD14
Внешние идентификаторы	Опустить : 610553 ; МГИ : 1915140 ; Гомологен : 9594 ; Генные карты : UFM1 ; ОМА : UFM1 — ортологи
showМестоположение гена ( человек )
Chr.	Chromosome 13 (human)
End	38,363,619 bp
showМестоположение гена ( Мышь )
Chr.	Chromosome 3 (mouse)
End	53,771,251 bp
show экспрессии РНК Характер
	Top expressed in
	corpus epididymis; ; Epithelium of choroid plexus; ; caput epididymis; ; seminal vesicula; ; internal globus pallidus; ; tail of epididymis; ; body of pancreas; ; Achilles tendon; ; endometrium; ; sperm;
	Top expressed in
	right kidney; ; ventricular zone; ; embryo; ; embryo; ; yolk sac; ; lip; ; morula; ; muscle of thigh; ; superior frontal gyrus; ; cardiac muscle tissue of left ventricle;
	More reference expression data
	n/a
showГенная онтология
Molecular function	protein binding;
Cellular component	cytoplasm; nucleus; endoplasmic reticulum;
Biological process	regulation of intracellular estrogen receptor signaling pathway; protein K69-linked ufmylation; response to endoplasmic reticulum stress; protein ufmylation; negative regulation of apoptotic process; brain development;
	Sources:Amigo / QuickGO
hideОртологи
	51569
	67890
	ENSG00000120686
	ENSMUSG00000027746
	P61960
	P61961
	НМ_001286703 ; НМ_001286704 ; НМ_001286705 ; НМ_001286706 ; НМ_016617
	НМ_026435
	НП_001273632 ; НП_001273633 ; НП_001273634 ; НП_001273635 ; НП_057701
	НП_080711
	Викиданные
Просмотр/редактирование человека	Просмотр/редактирование мыши

Модификатор убиквитиновой складки 1 , также известный как UFM1 , представляет собой белок , который у человека кодируется UFM1 геном . ^{[ 5 ]}^{[ 6 ]}

UFM1 представляет собой убиквитин -подобный белок, который конъюгируется с белками-мишенями с помощью E1-подобного активирующего фермента UBA5 и E2-подобного конъюгирующего фермента UFC1 . ^{[ 6 ]} Этот процесс часто называют UFMylation . ^{[ 7 ]}

Функция

UFM1 имеет несколько общих свойств с убиквитином (Ub) и другими убиквитиноподобными белками (UBL). Ufm1 имеет третичную структуру, аналогичную Ub, но не имеет какого-либо очевидного сходства последовательностей . Он синтезируется в виде неактивной формы-предшественника (про-Ufm1), которая имеет еще 2 аминокислоты помимо консервативного глицина. Механизм конъюгации Ufm1 аналогичен механизму конъюгации убиквитина. Зрелый Ufm1 имеет обнаженный С-концевой глицин , который необходим для последующей активации родственным ему белком E1 (Uba5). Этот этап активации приводит к образованию высокоэнергетической тиоэфирной связи в присутствии АТФ. Ufm1 впоследствии переносится на родственный ему E2-подобный фермент (Ufc1) через аналогичную тиоэфирную связь с цистеином в активном сайте E2. Ufm1 конъюгируется с различными белками-мишенями и образует комплексы с еще неидентифицированными белками. Таким образом, предположительно существуют лигазы Е3 (ни одна из них на сегодняшний день не идентифицирована), выполняющие заключительный этап конъюгации Ufm1 с соответствующими мишенями. Модификация белков с помощью Ufm1 также обратима. Два романа цистеиновые протеазы На сегодняшний день идентифицированы ( UFSP1 и UFSP2 ), которые расщепляют слитые Ufm1-пептид С-концевые соединения, а также удаляют Ufm1 из нативных внутриклеточных конъюгатов. Эти протеазы не имеют очевидной гомологии с ферментами, деконъюгирующими убиквитин. Все белки конъюгации Ufm1 (Uba5, Ufc1 и Ufm1) консервативны у животных и растений (но не у дрожжей), что указывает на их важную роль в многоклеточных организмах. Точная роль модификации Ufm1 in vivo пока не известна. ^{[ 8 ]} но основной мишенью, по-видимому, является uL24/RPL26 в клетках человека. ^{[ 7 ]}

Ссылки

^ Jump up to: ^а ^б ^с GRCh38: Версия Ensembl 89: ENSG00000120686 – Ensembl , май 2017 г.
^ Jump up to: ^а ^б ^с GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000027746 – Ensembl , май 2017 г.
^ «Ссылка на Human PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
^ «Ссылка на Mouse PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
^ «Ген Энтреза: модификатор 1 убиквитиновой складки UFM1» .
^ Jump up to: ^а ^б Комацу М., Чиба Т., Тацуми К., Иемура С., Танида И., Окадзаки Н., Уэно Т., Коминами Е., Нацуме Т., Танака К. (май 2004 г.). «Новая система конъюгации белков для Ufm1, модификатора убиквитиновой складки» . ЭМБО Дж . 23 (9): 1977–86. дои : 10.1038/sj.emboj.7600205 . ПМК 404325 . ПМИД 15071506 .
^ Jump up to: ^а ^б Вальчак, Кристофер П.; Лето, Дара Э.; Чжан, Личао; Рипе, Селеста; Мюллер, Райан Ю.; ДаРоса, Пол А.; Инголия, Николас Т.; Элиас, Джошуа Э.; Копито, Рон Р. (9 января 2019 г.). «Рибосомальный белок RPL26 является основной мишенью UFMylation» . Труды Национальной академии наук . 116 (4): 1299–1308. дои : 10.1073/pnas.1816202116 . ISSN 0027-8424 . ПМЦ 6347690 . ПМИД 30626644 .
^ «Обзор Boston Biochem UFM1» . Архивировано из оригинала 15 октября 2007 года . Проверено 21 мая 2008 г.

Дальнейшее чтение

Чжан QH, Е М, Ву XY и др. (2001). «Клонирование и функциональный анализ кДНК с открытыми рамками считывания для 300 ранее неопределенных генов, экспрессируемых в CD34+ гемопоэтических стволовых клетках/клетках-предшественниках» . Геном Рез . 10 (10): 1546–60. дои : 10.1101/гр.140200 . ПМК 310934 . ПМИД 11042152 .
Ю Ю, Чжан С, Чжоу Г и др. (2001). «Профилирование экспрессии генов в печени плода человека и идентификация генов, специфичных для тканей и стадий развития, посредством составленных профилей экспрессии и эффективного клонирования полноразмерных кДНК» . Геном Рез . 11 (8): 1392–403. дои : 10.1101/гр.175501 . ПМК 311073 . ПМИД 11483580 .
Штраусберг Р.Л., Фейнгольд Е.А., Граус Л.Х. и др. (2003). «Получение и первоначальный анализ более 15 000 полноразмерных последовательностей кДНК человека и мыши» . Учеб. Натл. акад. наук. США . 99 (26): 16899–903. Бибкод : 2002PNAS...9916899M . дои : 10.1073/pnas.242603899 . ПМК 139241 . ПМИД 12477932 .
Ота Т., Сузуки Ю., Нисикава Т. и др. (2004). «Полное секвенирование и характеристика 21 243 полноразмерных кДНК человека» . Нат. Жене . 36 (1): 40–5. дои : 10.1038/ng1285 . ПМИД 14702039 .
Данэм А., Мэтьюз Л.Х., Бертон Дж. и др. (2004). «Последовательность ДНК и анализ 13-й хромосомы человека» . Природа . 428 (6982): 522–8. Бибкод : 2004Natur.428..522D . дои : 10.1038/nature02379 . ПМЦ 2665288 . ПМИД 15057823 .
Комацу М., Чиба Т., Тацуми К. и др. (2005). «Новая система конъюгации белков для Ufm1, модификатора убиквитиновой складки» . ЭМБО Дж . 23 (9): 1977–86. дои : 10.1038/sj.emboj.7600205 . ПМК 404325 . ПМИД 15071506 .
Герхард Д.С., Вагнер Л., Фейнгольд Е.А. и др. (2004). «Статус, качество и расширение проекта полноразмерной кДНК Национального института здравоохранения: Коллекция генов млекопитающих (MGC)» . Геном Рез . 14 (10Б): 2121–7. дои : 10.1101/гр.2596504 . ПМК 528928 . ПМИД 15489334 .
Сасакава Х., Саката Э., Ямагути Ю. и др. (2006). «Структура раствора и динамика Ufm1, модификатора убиквитиновой складки 1». Биохим. Биофиз. Рез. Коммуна 343 (1): 21–6. дои : 10.1016/j.bbrc.2006.02.107 . ПМИД 16527251 .
Юинг Р.М., Чу П., Элизма Ф. и др. (2007). «Крупномасштабное картирование белок-белковых взаимодействий человека методом масс-спектрометрии» . Мол. Сист. Биол . 3 (1): 89. дои : 10.1038/msb4100134 . ПМЦ 1847948 . ПМИД 17353931 .

Внешние ссылки

Обзор всей структурной информации, доступной в PDB для UniProt : P61960 (модификатор складки человеческого убиквитина 1) на PDBe-KB .

Эта статья о гене человека й хромосоме незавершена в 13 - . Вы можете помочь Википедии, расширив ее .

[refGRCh38Ensembl-1] Jump up to: ^а ^б ^с GRCh38: Версия Ensembl 89: ENSG00000120686 – Ensembl , май 2017 г.

[refGRCm38Ensembl-2] Jump up to: ^а ^б ^с GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000027746 – Ensembl , май 2017 г.

[3] «Ссылка на Human PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .

[4] «Ссылка на Mouse PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .

[entrez-5] «Ген Энтреза: модификатор 1 убиквитиновой складки UFM1» .

[pmid15071506-6] Jump up to: ^а ^б Комацу М., Чиба Т., Тацуми К., Иемура С., Танида И., Окадзаки Н., Уэно Т., Коминами Е., Нацуме Т., Танака К. (май 2004 г.). «Новая система конъюгации белков для Ufm1, модификатора убиквитиновой складки» . ЭМБО Дж . 23 (9): 1977–86. дои : 10.1038/sj.emboj.7600205 . ПМК 404325 . ПМИД 15071506 .

[Walczak_Leto_Zhang_Riepe_pp._1299–1308-7] Jump up to: ^а ^б Вальчак, Кристофер П.; Лето, Дара Э.; Чжан, Личао; Рипе, Селеста; Мюллер, Райан Ю.; ДаРоса, Пол А.; Инголия, Николас Т.; Элиас, Джошуа Э.; Копито, Рон Р. (9 января 2019 г.). «Рибосомальный белок RPL26 является основной мишенью UFMylation» . Труды Национальной академии наук . 116 (4): 1299–1308. дои : 10.1073/pnas.1816202116 . ISSN 0027-8424 . ПМЦ 6347690 . ПМИД 30626644 .

[8] «Обзор Boston Biochem UFM1» . Архивировано из оригинала 15 октября 2007 года . Проверено 21 мая 2008 г.

[1]

[2]

[ 3 ]

[ 4 ]

[ 5 ]

[ 6 ]

[ 7 ]

[ 8 ]