УБЕ1С

показывать Доступные белковые структуры:
Pfam	structures / ECOD
PDB	RCSB PDB; PDBe; PDBj
PDBsum	structure summary

Домен связывания E2
Домен связывания E2
	appbp1-uba3-nedd8, e1-убиквитиноподобный белковый комплекс с АТФ
Идентификаторы
Символ	E2_bind
Пфам	PF08825
ИнтерПро	ИПР014929
Pfam
показывать Доступные белковые структуры:
Pfam	structures / ECOD
PDB	RCSB PDB; PDBe; PDBj
PDBsum	structure summary

УБА3
Доступные структуры
ПДБ	Поиск ортологов: PDBe RCSB
showСписок идентификационных кодов PDB
	1R4M, 1R4N, 1TT5, 1Y8X, 1YOV, 2LQ7, 2NVU, 3DBH, 3DBL, 3DBR, 3FN1, 3GZN
Идентификаторы
Псевдонимы	UBA3 , NAE2, UBE1C, фермент 3, активирующий хубикитин-подобный модификатор
Внешние идентификаторы	Опустить : 603172 ; МГИ : 1341217 ; Гомологен : 2951 ; Генные карты : UBA3 ; ОМА : UBA3 — ортологи
showМестоположение гена ( человек )
Chr.	Chromosome 3 (human)
End	69,080,408 bp
showМестоположение гена ( Мышь )
Chr.	Chromosome 6 (mouse)
End	97,182,608 bp
show экспрессии РНК Характер
	Top expressed in
	palpebral conjunctiva; ; monocyte; ; secondary oocyte; ; epithelium of nasopharynx; ; skin of thigh; ; germinal epithelium; ; gingival epithelium; ; right ventricle; ; skin of hip; ; mucosa of paranasal sinus;
	Top expressed in
	otic placode; ; saccule; ; medullary collecting duct; ; barrel cortex; ; renal corpuscle; ; otic vesicle; ; primitive streak; ; atrioventricular junction; ; medial ganglionic eminence; ; superior cervical ganglion;
	More reference expression data
	More reference expression data
showГенная онтология
Molecular function	nucleotide binding; ligase activity; protein binding; protein heterodimerization activity; acid-amino acid ligase activity; NEDD8 activating enzyme activity; ubiquitin-like modifier activating enzyme activity; ATP binding; identical protein binding; NEDD8 transferase activity; nuclear receptor binding;
Cellular component	nucleus; cytosol; cytoplasm; protein-containing complex;
Biological process	proteolysis; regulation of cell cycle; mitotic cell cycle; endomitotic cell cycle; cell cycle; negative regulation of transcription, DNA-templated; post-translational protein modification; protein neddylation; protein modification by small protein conjugation;
	Sources:Amigo / QuickGO
hideОртологи
	9039
	22200
	ENSG00000144744
	ENSMUSG00000030061
	Q8TBC4
	Q8C878
	НМ_003968 ; НМ_198195 ; НМ_198197 ; НМ_001363861
	НМ_001111106 ; НМ_001301857 ; НМ_001301858 ; НМ_001301859 ; НМ_011666
	НП_003959 ; НП_937838 ; НП_001350790
	НП_001104576 ; НП_001288786 ; НП_001288787 ; НП_001288788 ; НП_035796
	Викиданные
Просмотр/редактирование человека	Просмотр/редактирование мыши

Каталитическая субъединица фермента E1, активирующего NEDD8, представляет собой белок , который у человека кодируется UBA3 геном . ^{[ 5 ]}^{[ 6 ]}

Модификация белков убиквитином является важным клеточным механизмом направленной деградации аномальных или короткоживущих белков. В убиквитинировании участвуют по крайней мере три класса ферментов: ферменты, активирующие убиквитин, или E1, ферменты, конъюгирующие убиквитин, или E2, и убиквитин-белковые лигазы, или E3. Этот ген кодирует члена семейства ферментов, активирующих убиквитин E1. Кодируемый фермент связывается с AppBp1, белком, связывающим белок-предшественник бета-амилоида, с образованием гетеродимера, а затем ферментный комплекс активирует NEDD8, убиквитиноподобный белок , который регулирует деление клеток, передачу сигналов и эмбриогенез. Для этого гена было обнаружено множество вариантов альтернативно сплайсированных транскриптов, кодирующих различные изоформы. ^{[ 6 ]}

Этот фермент содержит связывающий домен E2 , который напоминает убиквитин , и рекрутирует каталитическое ядро фермента E2 UBE2M (Ubc12) аналогично тому, как убиквитин взаимодействует с доменами , связывающими убиквитин . ^{[ 7 ]}

Взаимодействия

Было показано, что UBE1C взаимодействует с NEDD8 , ^{[ 8 ]} АРРBP1 ^{[ 9 ]} и УБЭ2М . ^{[ 7 ]}

Ссылки

^ Перейти обратно: ^а ^б ^с GRCh38: Версия Ensembl 89: ENSG00000144744 – Ensembl , май 2017 г.
^ Перейти обратно: ^а ^б ^с GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000030061 – Ensembl , май 2017 г.
^ «Ссылка на Human PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
^ «Ссылка на Mouse PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
^ Осака Ф, Кавасаки Х, Аида Н, Саэки М, Чиба Т, Кавасима С, Танака К, Като С (август 1998 г.). «Новая система лигирования NEDD8 для куллина-4А» . Джинс Дев 12 (15): 2263–8. дои : 10.1101/gad.12.15.2263 . ПМК 317039 . ПМИД 9694792 .
^ Перейти обратно: ^а ^б «Ген Энтреза: UBE1C, активирующий убиквитин фермент E1C (гомолог UBA3, дрожжи)» .
^ Перейти обратно: ^а ^б Хуанг Д.Т., Пайдар А., Чжуан М., Уодделл М.Б., Холтон Дж.М., Шульман Б.А. (февраль 2005 г.). «Структурная основа рекрутирования Ubc12 с помощью связывающего домена E2 в E1 NEDD8» . Мол. Клетка . 17 (3): 341–50. doi : 10.1016/j.molcel.2004.12.020 . ПМИД 15694336 .
^ Гонг, Л; Да, ET (апрель 1999 г.). «Идентификация активирующих и конъюгирующих ферментов пути конъюгации NEDD8» . Ж. Биол. Хим . 274 (17). СОЕДИНЕННЫЕ ШТАТЫ: 12036–42. дои : 10.1074/jbc.274.17.12036 . ISSN 0021-9258 . ПМИД 10207026 .
^ Чен, Ю; Макфи Д.Л.; Хиршберг Дж; Неве Р.Л. (март 2000 г.). «Белок-связывающий белок-предшественник амилоида APP-BP1 управляет клеточным циклом через контрольную точку SM и вызывает апоптоз в нейронах» . Ж. Биол. Хим . 275 (12). СОЕДИНЕННЫЕ ШТАТЫ: 8929–35. дои : 10.1074/jbc.275.12.8929 . ISSN 0021-9258 . ПМИД 10722740 .

Дальнейшее чтение

Гонг Л., Да ET (1999). «Идентификация активирующих и конъюгирующих ферментов пути конъюгации NEDD8» . Ж. Биол. Хим . 274 (17): 12036–42. дои : 10.1074/jbc.274.17.12036 . ПМИД 10207026 .
Губин А.Н., Ньороге Дж.М., Буффар Г.Г., Миллер Дж.Л. (1999). «Экспрессия генов в пролиферирующих эритроидных клетках человека» . Геномика . 59 (2): 168–77. дои : 10.1006/geno.1999.5855 . ПМИД 10409428 .
Чен Ю, Макфи Д.Л., Хиршберг Дж., Нив Р.Л. (2000). «Белок-связывающий белок-предшественник амилоида APP-BP1 управляет клеточным циклом через контрольную точку SM и вызывает апоптоз в нейронах» . Ж. Биол. Хим . 275 (12): 8929–35. дои : 10.1074/jbc.275.12.8929 . ПМИД 10722740 .
Хартли Дж.Л., Темпл Г.Ф., Браш М.А. (2001). «Клонирование ДНК с использованием сайт-специфической рекомбинации in vitro» . Геном Рез . 10 (11): 1788–95. дои : 10.1101/гр.143000 . ПМК 310948 . ПМИД 11076863 .
Виманн С., Вейль Б., Велленройтер Р. и др. (2001). «К каталогу человеческих генов и белков: секвенирование и анализ 500 новых полных белков, кодирующих кДНК человека» . Геном Рез . 11 (3): 422–35. дои : 10.1101/gr.GR1547R . ПМК 311072 . ПМИД 11230166 .
Симпсон Дж.К., Велленройтер Р., Пустка А. и др. (2001). «Систематическая субклеточная локализация новых белков, выявленная с помощью крупномасштабного секвенирования кДНК» . Представитель ЭМБО . 1 (3): 287–92. дои : 10.1093/embo-reports/kvd058 . ПМЦ 1083732 . ПМИД 11256614 .
Штраусберг Р.Л., Фейнгольд Е.А., Граус Л.Х. и др. (2003). «Получение и первоначальный анализ более 15 000 полноразмерных последовательностей кДНК человека и мыши» . Учеб. Натл. акад. наук. США . 99 (26): 16899–903. Бибкод : 2002PNAS...9916899M . дои : 10.1073/pnas.242603899 . ПМК 139241 . ПМИД 12477932 .
Уолден Х., Подгорский М.С., Шульман Б.А. (2003). «Понимание каскада переноса убиквитина на основе структуры активирующего фермента NEDD8». Природа . 422 (6929): 330–4. Бибкод : 2003Natur.422..330W . дои : 10.1038/nature01456 . ПМИД 12646924 . S2CID 4370095 .
Бонсак Р.Н., Хаас А.Л. (2003). «Консервативность в механизме активации Nedd8 гетеродимером AppBp1-Uba3 человека» . Ж. Биол. Хим . 278 (29): 26823–30. дои : 10.1074/jbc.M303177200 . ПМИД 12740388 .
Уолден Х., Подгорски М.С., Хуанг Д.Т. и др. (2004). «Структура комплекса APPBP1-UBA3-NEDD8-ATP раскрывает основу для избирательной активации убиквитиноподобного белка с помощью E1» . Мол. Клетка . 12 (6): 1427–37. дои : 10.1016/S1097-2765(03)00452-0 . ПМИД 14690597 .
Ота Т., Сузуки Ю., Нисикава Т. и др. (2004). «Полное секвенирование и характеристика 21 243 полноразмерных кДНК человека» . Нат. Жене . 36 (1): 40–5. дои : 10.1038/ng1285 . ПМИД 14702039 .
Хуанг Д.Т., Миллер Д.В., Мэтью Р. и др. (2004). «Уникальное взаимодействие E1-E2, необходимое для оптимальной конъюгации убиквитиноподобного белка NEDD8» . Нат. Структура. Мол. Биол . 11 (10): 927–35. дои : 10.1038/nsmb826 . ПМЦ 2862556 . ПМИД 15361859 .
Герхард Д.С., Вагнер Л., Фейнгольд Е.А. и др. (2004). «Статус, качество и расширение проекта полноразмерной кДНК Национального института здравоохранения: Коллекция генов млекопитающих (MGC)» . Геном Рез . 14 (10Б): 2121–7. дои : 10.1101/гр.2596504 . ПМК 528928 . ПМИД 15489334 .
Виман С., Арлт Д., Хубер В. и др. (2004). «От ORFeome к биологии: конвейер функциональной геномики» . Геном Рез . 14 (10Б): 2136–44. дои : 10.1101/гр.2576704 . ПМК 528930 . ПМИД 15489336 .
Хуан Д.Т., Пайдар А., Чжуан М. и др. (2005). «Структурная основа рекрутирования Ubc12 с помощью связывающего домена E2 в E1 NEDD8» . Мол. Клетка . 17 (3): 341–50. doi : 10.1016/j.molcel.2004.12.020 . ПМИД 15694336 .
Мерле А., Розенфельдер Х., Шупп И. и др. (2006). «База данных LIFEdb в 2006 году» . Нуклеиновые кислоты Рез . 34 (Проблема с базой данных): D415–8. дои : 10.1093/nar/gkj139 . ПМЦ 1347501 . ПМИД 16381901 .
Хиллер М., Хус К., Шафрански К. и др. (2007). «Однонуклеотидные полиморфизмы в акцепторах NAGNAG с высокой степенью прогнозируемости вариантов альтернативного сплайсинга» . Являюсь. Дж. Хум. Жене . 78 (2): 291–302. дои : 10.1086/500151 . ПМК 1380236 . ПМИД 16400609 .
Норман Дж. А., Шихаттар Р. (2006). «Анализ полипептидов, связанных с Nedd8: модель для расшифровки пути убиквитиноподобных модификаций». Биохимия . 45 (9): 3014–9. дои : 10.1021/bi052435a . ПМИД 16503656 .
Ли Т., Сантокайт Р., Шен Р.Ф. и др. (2006). «Общий подход к исследованию ферментативных путей и субстратов для убиквитиноподобных модификаторов» . Арх. Биохим. Биофиз . 453 (1): 70–4. дои : 10.1016/j.abb.2006.03.002 . ПМИД 16620772 .

Внешние ссылки

PDBe-KB предоставляет обзор всей информации о структуре, доступной в PDB для каталитической субъединицы человеческого фермента E1, активирующего NEDD8 (UBE1C).