Белок 3, богатый глутаматом
| ЭРИХ3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Идентификаторы | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Псевдонимы | ERICH3 , C1orf173, богатый глютаматом 3, белок 3, богатый глутаматом, хромосома 1, открытая рамка считывания 173 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Внешние идентификаторы | МГИ : 1919095 ; Гомологен : 27877 ; Генные карты : ERICH3 ; ОМА : ERICH3 — ортологи | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Викиданные | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Богатый глутаматом белок 3 , также известный как неохарактеризованный белок C1orf173 , представляет собой белок, кодируемый геном ERICH3 . [ 5 ] ERICH3 был назван « открытой рамкой считывания хромосомы 1 173 ( C1orf173 )» на основании его местоположения на карте в геноме человека. Впоследствии он был переименован в «E-rich 3» из-за высокого содержания глутамата (E) в его кодируемой аминокислотной последовательности. [ 6 ] Однонуклеотидные полиморфизмы (SNP) в гене ERICH3 были идентифицированы как один из «верхних» сигналов в полногеномном ассоциативном исследовании (GWAS) для концентраций серотонина в плазме , которые сами по себе были связаны с селективного ингибитора обратного захвата серотонина реакцией (СИОЗС). пациентов с большим депрессивным расстройством (БДР). [ 7 ] Позднее в трех независимых исследованиях БДР было продемонстрировано, что тот же SNP ERICH3 в значительной степени связан с результатами лечения СИОЗС. [ 6 ] [ 7 ] включая ЗВЕЗДУ*D, [ 8 ] ИСПК [ 9 ] и ПРЕДСКАЗАТЬ. [ 10 ] , ERICH3 наиболее высоко экспрессируется в различных областях человеческого мозга, включая прилежащее ядро (базальные ганглии) и лобную кору Согласно данным GTEx RNA-seq . Данные секвенирования одноклеточной РНК для образцов головного мозга человека показали, что ERICH3 преимущественно экспрессируется в нейронах, а не в других типах клеток ЦНС . [ 6 ] Было обнаружено, что ERICH3 взаимодействует с функцией белков в биогенезе везикул и может играть значительную роль в функции везикул в серотонинергических и других типах нейрональных клеток, что может помочь объяснить его связь с реакцией на лечение антидепрессантами. [ 6 ] Белок ERICH3 также был обнаружен в большом количестве в тромбоцитах. [ 11 ] и реснички [ 12 ] на основе протеомных исследований. Считалось, что его функция в тромбоцитах связана с запасанием серотонина в плазме. [ 6 ] потому что более 99% серотонина крови хранится в тромбоцитах. [ 13 ] а SNP ERICH3 были связаны с концентрацией серотонина в плазме у пациентов с БДР. [ 7 ] ERICH3 в первичных ресничках может регулировать образование ресничек и локализацию цилиарного транспорта. [ 14 ]
Ген
[ редактировать ]Ген ERICH3 у человека имеет длину 105 628 оснований и кодируется на минус-цепи в положении 31.1 на коротком плече хромосомы 1 от пары оснований 75 033 795 п.н. до 75 139 422 п.н. от pter . [ 15 ] , РНК ERICH3 преимущественно экспрессировалась в мозге и семенниках человека Согласно данным GTEx RNA-seq . аннотировала Сборка генома человека Ensembl пять транскриптов РНК ERICH3. Эталонный транскрипт состоял из пятнадцати экзонов, причем экзон 14 кодировал половину открытой рамки считывания. Эталонный транскрипт ERICH3 экспрессировался в головном мозге, преимущественно в нейронах, но не в семенниках. [ 6 ] «Более короткий» транскрипт ERICH3 состоял из семи экзонов, из которых его первый экзон, сопоставленный с интроном 6 эталонного транскрипта ERICH3, преимущественно экспрессировался в семенниках. Помимо везикулярной функции ERICH3 в ответе на лечение антидепрессантами и формировании ресничек, экспрессия этого гена связана с несколькими формами рака , такими как рак молочной железы и саркомы кожи . [ 16 ] [ 17 ] C1orf173 экспрессируется в головном мозге, глазах, легких, молочной железе, мышцах, гипофизе , семенниках, трахее и матке. [ 18 ]
Белок
[ редактировать ]Белок C1orf173 у человека имеет длину 1530 аминокислот (а.к.). [ 19 ] содержит два домена неизвестной функции : DUF4590 и DUF4543. Обе области DUF в настоящее время не охарактеризованы, хотя они обнаружены у эукариот , включая человека. [ 20 ] [ 21 ] В настоящее время у человека известны три изоформы белка C1orf173: Q5RHP9-1 ( каноническая ), Q5RHP9-2 и Q5RHP9-3. Другие животные, как правило, имеют множество вариантов форм этого гена. [ 15 ] было показано, что канонический белок ERICH3, который кодируется его эталонным транскриптом РНК, является преобладающей изоформой ERICH3 в нейронах С помощью вестерн-блоттинга . [ 6 ]
прогнозируется, что C1orf173 является ядерным белком На основании анализа PSORT II и предполагаемых белковых взаимодействий, обнаруженных между c1orf173 и другими белками, такими как TAF5L, . Анализируя белок на изоэлектрическую точку с помощью инструмента Compute pI/Mw в Expasy , было обнаружено, что C1orf173 является слегка кислым в диапазоне pH от 4,6 до 5 для большинства ортологов. [ 22 ] Дальнейший анализ с использованием инструмента NetPhos на Expasy показал, что имеется большое количество фосфорилированных серинов, промежуточное количество фосфорилированных треонинов и небольшое количество фосфорилированных тирозинов . [ 23 ]
Однако экспериментальные данные ясно показали, что белки ERICH3, включая все три известные изоформы, локализуются в цитоплазме , а не в ядре . [ 6 ] Было предсказано, что «канонический» белок ERICH3 будет иметь молекулярную массу (ММ) 168,5 кДа, но с помощью вестерн-блоттинга была обнаружена полоса при ~250 кДа. [ 6 ] Эта поразительная разница (>80 кДа) между предсказанными и наблюдаемыми MW вряд ли является результатом посттрансляционной модификации, такой как гликозилирование или фосфорилирование, а является результатом высокого содержания глутамата (E) в его аминокислотной последовательности. [ 6 ] Предыдущие исследования показали, что белки с высоким содержанием глутамата (E) и/или аспартата (D), аминокислот с кислотными боковыми цепями, могут демонстрировать более высокие кажущиеся значения молекулярной массы во время вестерн-блот-анализа, чем можно было бы предположить. [ 24 ]
Структура белка
[ редактировать ]Согласно биоинформационному анализу, белок C1orf173 имеет вторичную структуру, состоящую в основном из альфа-спиралей и случайных клубков. [ 25 ] [ 26 ] [ 27 ] У людей третичная структура C1orf173 состоит из двух компонентов, которые напоминают убиквитин-подобный 2-активирующий фермент e1b и альгиназу. [ 28 ] [ 29 ]
Белковые взаимодействия
[ редактировать ]Было предсказано или экспериментально обнаружено взаимодействие белка C1orf173 со следующими белками:
См. также
[ редактировать ]Ссылки
[ редактировать ]- ^ Jump up to: а б с GRCh38: Ensembl, выпуск 89: ENSG00000178965 – Ensembl , май 2017 г.
- ^ Jump up to: а б с GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000078161 – Ensembl , май 2017 г.
- ^ «Ссылка на Human PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
- ^ «Ссылка на Mouse PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
- ^ GeneCards (май 2014 г.). «Богатый глутаматом 3» .
{{cite journal}}: Для цитирования журнала требуется|journal=( помощь ) - ^ Jump up to: а б с д и ж г час я дж Лю Д., Чжуан Й., Чжан Л., Гао Х., Нивин Д., Каррильо-Роа Т. и др. (ноябрь 2020 г.). «ERICH3: везикулярная ассоциация и ответ на лечение антидепрессантами» . Молекулярная психиатрия . 26 (6): 2415–2428. дои : 10.1038/s41380-020-00940-y . ПМК 8141066 . ПМИД 33230203 . S2CID 227121990 .
- ^ Jump up to: а б с Гупта М., Неавин Д., Лю Д., Бирнака Дж., Холл-Флавин Д., Бобо В.В. и др. (декабрь 2016 г.). «TSPAN5, ERICH3 и селективные ингибиторы обратного захвата серотонина при большом депрессивном расстройстве: фармакогеномика, основанная на фармакетаболомике» . Молекулярная психиатрия . 21 (12): 1717–1725. дои : 10.1038/mp.2016.6 . ПМК 5003027 . ПМИД 26903268 .
- ^ Триведи М.Х., Раш А.Дж., Вишневский С.Р., Ниренберг А.А., Уорден Д., Ритц Л. и др. (январь 2006 г.). «Оценка результатов применения циталопрама при депрессии с использованием ухода, основанного на измерениях, в STAR * D: значение для клинической практики». Американский журнал психиатрии . 163 (1): 28–40. дои : 10.1176/appi.ajp.163.1.28 . ПМИД 16390886 .
- ^ Бирнака Дж.М., Сангкул К., Дженкинс Г., Уэйли Р.М., Барман П., Батцлер А. и др. (апрель 2015 г.). «Международный консорциум по фармакогеномике СИОЗС (ISPC): полногеномное ассоциативное исследование ответа на лечение антидепрессантами» . Трансляционная психиатрия . 5 (4): е553. дои : 10.1038/tp.2015.47 . ПМЦ 4462610 . ПМИД 25897834 .
- ^ Данлоп Б.В., Келли М.Е., Апонте-Ривера В., Млетцко-Кроу Т., Кинкед Б., Ричи Дж.К. и др. (июнь 2017 г.). «Влияние предпочтений пациентов на результаты исследования предикторов ремиссии депрессии при индивидуальном и комбинированном лечении (PReDICT)» . Американский журнал психиатрии . 174 (6): 546–556. дои : 10.1176/appi.ajp.2016.16050517 . ПМК 6690210 . ПМИД 28335624 .
- ^ Вильгельм М., Шлегль Дж., Хане Х., Голами А.М., Либеренц М., Савицкий М.М. и др. (май 2014 г.). «Чертеж протеома человека, основанный на масс-спектрометрии». Природа . 509 (7502): 582–7. Бибкод : 2014Natur.509..582W . дои : 10.1038/nature13319 . ПМИД 24870543 . S2CID 4467721 .
- ^ Блэкберн К., Бустаманте-Марин Х, Инь В., Гоше М.Б., Островский Л.Е. (апрель 2017 г.). «Количественный протеомный анализ ресничек дыхательных путей человека идентифицирует ранее нехарактерные белки с высоким содержанием» . Журнал исследований протеома . 16 (4): 1579–1592. doi : 10.1021/acs.jproteome.6b00972 . ПМЦ 5733142 . ПМИД 28282151 .
- ^ Гехин М., Уэлфорд Р.В., Гарзотти М., Веркаутерен М., Гроенен П.М., Нейлер О. и др. (декабрь 2018 г.). «Оценка синтеза периферического серотонина с использованием триптофана, меченного стабильным изотопом». Клиническая фармакология и терапия . 104 (6): 1260–1267. дои : 10.1002/cpt.1087 . ПМИД 29663345 . S2CID 4949380 .
- ^ Алсолами М., Кунс С., Алсулами М., Блак О.Э. (ноябрь 2019 г.). «ERICH3 в первичных ресничках регулирует образование ресничек и локализацию цилиарного транспорта и сигнальных белков Sonic Hedgehog» . Научные отчеты . 9 (1): 16519. Бибкод : 2019НатСР...916519А . дои : 10.1038/s41598-019-52830-1 . ПМК 6848114 . ПМИД 31712586 .
- ^ Jump up to: а б НКБИ. «ERICH3, богатый глутаматом 3 [Homo sapiens (человек)]» . НКБИ . Проверено 30 апреля 2015 г.
- ^ США 20140194319 , Ског Дж.К., Брейкфилд Х.О., Браун Д., Миранда К.К., Руссо Л.М., «Использование микровезикул в диагностике и прогнозировании медицинских заболеваний и состояний», выдано в июле 2014 г. [ мертвая ссылка ]
- ^ "C1orf173" . Стэнфордская база данных микрочипов . 2010. Архивировано из оригинала 27 апреля 2015 г. Проверено 27 апреля 2015 г.
- ^ 2€51Стэнфордская база данных микрочипов (2010). "C1orf173" . Архивировано из оригинала 27 апреля 2015 г. Проверено 27 апреля 2015 г.
{{cite web}}: CS1 maint: числовые имена: список авторов ( ссылка ) - ^ NCBI (апрель 2015 г.). «Белок C1orf173 [Homo sapiens]» .
{{cite journal}}: Для цитирования журнала требуется|journal=( помощь ) - ^ Jump up to: а б Миямото-Сато Э., Фухимори С., Ишизака М., Хираи Н., Масуока К., Сайто Р. и др. (февраль 2010 г.). «Комплексный ресурс взаимодействующих белковых областей для уточнения сетей транскрипционных факторов человека» . ПЛОС ОДИН . 5 (2): е9289. Бибкод : 2010PLoSO...5.9289M . дои : 10.1371/journal.pone.0009289 . ПМЦ 2827538 . ПМИД 20195357 .
{{cite journal}}: Неизвестный параметр|agency=игнорируется ( помогите ) - ^ «Белок неизвестной функции DUF4543 (IPR027870)» . ИнтерПро .
- ^ Экспаси. «Инструмент расчета pi/Mw» .
{{cite journal}}: Для цитирования журнала требуется|journal=( помощь ) - ^ Технический университет Дании. «НетФос 2.0» .
{{cite journal}}: Для цитирования журнала требуется|journal=( помощь ) - ^ Гуань Ю, Чжу Ц, Хуан Д, Чжао С, Ян Ло Л, Пэн Дж (август 2015 г.). «Уравнение для оценки разницы между теоретически предсказанными и измеренными с помощью SDS PAGE молекулярными массами кислого пептида» . Научные отчеты . 5 (1): 13370. Бибкод : 2015НатСР...513370Г . дои : 10.1038/srep13370 . ПМК 4550835 . ПМИД 26311515 .
- ^ «Биологический верстак» . Суперкомпьютерный центр Сан-Диего . 2015. [ постоянная мертвая ссылка ]
- ^ «МЕТОД ПРОГНОЗИРОВАНИЯ ВТОРИЧНОЙ СТРУКТУРЫ SOPMA» . Лионский центр биоинформатики . 2015.
- ^ «МЕТОД ПРОГНОЗИРОВАНИЯ ВТОРИЧНОЙ СТРУКТУРЫ GOR IV» . Лионский центр биоинформатики . 2015.
- ^ «Фира II» . Имперский колледж Лондона. 2015. Архивировано из оригинала 18 мая 2015 г. Проверено 9 мая 2015 г.
- ^ БИОЗЕНТРУМ (2015). «ШВЕЙЦАРИЯ-МОДЕЛЬ» . Архивировано из оригинала 18 мая 2015 г. Проверено 9 мая 2015 г.
- ^ Jump up to: а б с Лю Ф, Фэн Ю, Ли З, Пан С, Су Ю, Ян Р и др. (2014). «Клинико-геномная ассоциация по изучению колоректального рака с использованием общедоступных наборов данных» . БиоМед Исследования Интернэшнл . 2014 : 170289. дои : 10.1155/2014/170289 . ПМК 4060771 . ПМИД 24987669 .
- ^ Jump up to: а б Таниваки М., Дайго Ю., Исикава Н., Такано А., Цунода Т., Ясуи В. и др. (сентябрь 2006 г.). «Профили экспрессии генов мелкоклеточного рака легких: молекулярные признаки рака легких» . Международный журнал онкологии . 29 (3): 567–75. дои : 10.3892/ijo.29.3.567 . ПМИД 16865272 .
- ^ NCBI (апрель 2015 г.). «Протоонкоген MDM2 MDM2, убиквитинпротеинлигаза E3 [Homo sapiens (человек)]» .
{{cite journal}}: Для цитирования журнала требуется|journal=( помощь ) - ^ Джу Б.Г., Солум Д., Сонг Э.Дж., Ли К.Дж., Роуз Д.В., Гласс С.К. и др. (декабрь 2004 г.). «Активация сенсорного компонента PARP-1 корепрессорного комплекса граучо/TLE1 опосредует CaMKinase IIdelta-зависимый путь активации нейрогенного гена» . Клетка . 119 (6): 815–29. дои : 10.1016/j.cell.2004.11.017 . ПМИД 15607978 . S2CID 2014806 .