Роберт Диркс
Роберт Диркс | |
|---|---|
 Диркс с семейного портрета 2014 года. | |
| Рожденный | 29 мая 1978 г. Бангкок , Таиланд |
| Умер | 3 февраля 2015 г. (36 лет) Валгалла, Нью-Йорк , США |
| Национальность | Китайский американец , тайский американец |
| Образование | Колледж Вабаш , AB, 2000 г. Калифорнийский технологический институт, доктор философии, 2005 г. |
| Супруг | Кристин Уэда |
| Дети | 2 |
| Научная карьера | |
| Поля | Вычислительная химия , ДНК-нанотехнологии |
| Учреждения | Калифорнийский технологический институт , DE Shaw Research |
| Диссертация | Анализ, проектирование и создание устройств на основе нуклеиновых кислот (2005 г.) |
| Научные консультанты | Найлс Пирс |
Роберт Диркс (29 мая 1978 — 3 февраля 2015) — американский химик, известный своими теоретическими и экспериментальными работами в области нанотехнологий ДНК . Он родился в Таиланде в семье тайской китаянки он переехал в Спокан, штат Вашингтон и отца-американца. В молодом возрасте . Диркс был первым аспирантом Найлса Пирса исследовательской группы в Калифорнийском технологическом институте , где его диссертационная работа была посвящена алгоритмам и вычислительным инструментам для анализа термодинамики нуклеиновых кислот и предсказания их структуры . Он также выполнил экспериментальную работу по разработке биохимической цепной реакции для самосборки устройств на основе нуклеиновых кислот. Позже Диркс работал в DE Shaw Research над алгоритмами сворачивания белков , которые можно было бы использовать для разработки новых фармацевтических препаратов.
В феврале 2015 года Диркс погиб в результате крушения поезда в Валгалле , самой смертоносной аварии в истории Metro-North Railroad . В его честь учреждена награда за первые достижения в области исследований молекулярного программирования.
Ранний период жизни
[ редактировать ]Диркс родился в Бангкоке, Таиланд , в 1978 году. [1] Его мать Сури, тайская китаянка, работавшая в то время в банке, отец, Майкл Диркс, был учителем математики в Международной школе Бангкока, набранной из США. [2] [3] Примерно через год семья, включая старших [3] брат Уильям вернулся в Ванкувер , Британская Колумбия, Канада, чтобы его отец мог продолжить обучение в докторантуре по математическому образованию в Университете Британской Колумбии . [4] [5] Четыре года спустя семья поселилась в родном городе Майкла Спокан, штат Вашингтон , где он устроился на работу преподавателем математики в Северную центральную среднюю школу и муниципальный колледж Спокан-Фолс . [1] [6]
Роберт учился в средней школе Льюиса и Кларка , где преуспел в учебе, участвуя и побеждая во многих математических соревнованиях. его выбрали для проведения сердечно-сосудистых исследований в Вашингтонском университете Летом перед выпускным курсом . В течение этого года он получил высший балл 5 на каждом экзамене Advanced Placement , который он сдавал, и в 1996 году был выбран выдающимся выпускником класса . [6] Вскоре после окончания школы Роберт и трое его одноклассников стали одними из трех школьных победителей национального научного конкурса ExploraVision , что принесло им и их семьям поездку в Вашингтон, округ Колумбия. Темой их проекта было будущее нанотехнологий. [7] [8]
Хотя его приняли в Массачусетский технологический институт , вместо этого он решил поступить в колледж Вабаш в Кроуфордсвилле, штат Индиана . [6] Он окончил университет с отличием и с отличием Фи Бета Каппа . [9] из Вабаша в 2000 году [1] с двойной специализацией по химии и математике. [6] Он также получил два дополнительных образования по биологии и музыке, играя на фаготе , кларнете и фортепиано . [6]
Затем он поступил в аспирантуру по химии в Калифорнийском технологическом институте в Пасадене, штат Калифорния . Он получил докторскую степень. в 2005 году и остался в Калифорнийском технологическом институте для получения докторской степени . За годы пребывания там он познакомился с Кристиной Уэда, еще одной аспиранткой, которая стала его женой. [1]
Исследовать
[ редактировать ]
Диркс был первым аспирантом лаборатории Найлза Пирса в Калифорнийском технологическом институте. [6] Его диссертация называлась «Анализ, проектирование и конструирование устройств на основе нуклеиновых кислот». [10]
Работа Диркса в области вычислительной химии включала создание алгоритмов и вычислительных инструментов для анализа термодинамики нуклеиновых кислот и предсказания структуры нуклеиновых кислот . [11] Диркс написал исходный код для инструментов NUPACK набора для проектирования и анализа нуклеиновых кислот . [12] который генерирует вероятности спаривания оснований путем расчета статистической статистической суммы . [13] В отличие от других инструментов прогнозирования структуры, NUPACK способен обрабатывать произвольное количество взаимодействующих цепей, а не ограничиваться одной или двумя. Диркс также разработал алгоритм, способный эффективно обрабатывать определенные типы псевдоузлов — класс структур, для анализа которых требуется больше вычислительных ресурсов, хотя NUPACK реализует эту способность только для отдельных цепей РНК. [13] [14] [15]
Его экспериментальная работа положила начало гибридизации методу цепной реакции , первой демонстрации самосборки структур нуклеиновых кислот при условии молекулярного воздействия. [11] Метод возник в результате попыток использовать шпильки ДНК в качестве «топлива» для ДНК-машин , но Диркс и Пирс поняли, что вместо этого их можно использовать для усиления сигнала, а при использовании в сочетании с аптамером — в качестве биосенсора . [16] Как безферментный изотермический метод, он позже нашел применение в качестве основы метода иммуноанализа . [17] для in situ гибридизации визуализации экспрессии генов , [18] и как основа каталитической изотермической самосборки наноструктур ДНК. [19]
Затем Диркс работал в DE Shaw Research на Манхэттене над разработкой методов вычислительного предсказания структуры белков. [20] по разработке новых лекарств , начиная с 2006 года. [1]
Дальнейшая жизнь и смерть
[ редактировать ]Диркс и Уэда поженились в 2007 году. Первоначально она также работала в DE Shaw Research, но прекратила работу в 2010 году, чтобы вырастить первого из двух детей. Пара поселилась в округа Вестчестер пригороде Чаппакуа, штат Нью-Йорк . Он вставал рано, чтобы добраться до работы по Metro-North Railroad , Гарлемской линии и возвращался поздно, но по вечерам и выходным уделял своим детям как можно больше времени. [6]
3 февраля 2015 года Диркс погиб в результате крушения поезда в Валгалле . Он ехал домой в переднем вагоне своего поезда, что, по словам его брата, он, вероятно, сделал, чтобы воспользоваться более спокойной атмосферой. [3] когда он врезался в внедорожник на переезде к северу от Валгаллы , в 5 милях (8,0 км) к югу от станции Чаппакуа . Поезд протащил внедорожник, пока тот остановился, расшатав сегменты третьего рельса скопившиеся в переднем вагоне . Диркс, водитель внедорожника и четыре других пассажира погибли, что сделало эту аварию самой смертоносной в истории Metro-North. [21]
Реакция на его смерть последовала со многих сторон, многие отдали должное его научному мастерству. Его отец вспоминал, что «у него всегда все получалось с первого раза. Он всегда отличался». Грег Сэмпсон, учитель математики Диркса в Льюис и Кларк, вспоминал, как его ученик всего за две недели закончил углубленный курс по тригонометрии , чего ни один другой его ученик никогда не делал, и сказал, что «он был просто потрясающим, потрясающим учеником». Найлс Пирс вспоминал, как Диркс был готов рискнуть и поработать с более молодым профессором. Его бывший постдок, по его словам, был «необычным студентом даже для Калифорнийского технологического института... Он делал замечательные вещи». [6] DE Shaw Research, его работодатель, назвал его «блестящим ученым, внесшим огромный вклад в наши собственные исследования и в более широкое научное сообщество». [1]
В апреле 2015 года Международное общество наномасштабной науки, вычислений и инженерии (ISNCSE), главное научное общество в области ДНК-нанотехнологий и ДНК-вычислений, учредило Премию Роберта Диркса по молекулярному программированию для признания молодых ученых за исследования в области молекулярного программирования. [22] Первая премия была вручена в 2016 году. По состоянию на июнь 2016 года сбор средств для создания фонда в размере 100 000 долларов США продолжался. [23]
Известные работы
[ редактировать ]- Диркс, Р.М.; Пирс, Н.А. (2003). «Алгоритм статистической суммы для вторичной структуры нуклеиновой кислоты, включая псевдоузлы» (PDF) . Журнал вычислительной химии . 24 (13): 1664–1677. дои : 10.1002/jcc.10296 . ПМИД 12926009 . S2CID 323817 .
- Диркс, Р.М.; Пирс, Н.А. (2004). «Запускаемая амплификация с помощью цепной реакции гибридизации» . Труды Национальной академии наук . 101 (43): 15275–15278. Бибкод : 2004PNAS..10115275D . дои : 10.1073/pnas.0407024101 . ПМК 524468 . ПМИД 15492210 .
- Диркс, Р.М.; Буа, Дж.С.; Шеффер, Дж. М.; Уинфри, Э.; Пирс, Н.А. (2007). «Термодинамический анализ взаимодействующих цепей нуклеиновых кислот». Обзор СИАМ . 49 (1): 65–88. Бибкод : 2007SIAMR..49...65D . CiteSeerX 10.1.1.523.4764 . дои : 10.1137/060651100 .
- Пиана, С.; Линдорф-Ларсен, К.; Диркс, Р.М.; Лосось, Дж. К.; Дрор, RO; Шоу, Делавэр (2012). «Оценка влияния ограничений и обработка дальнодействующей электростатики в моделировании сворачивания белков» . ПЛОС ОДИН . 7 (6): e39918. Бибкод : 2012PLoSO...739918P . дои : 10.1371/journal.pone.0039918 . ПМЦ 3386949 . ПМИД 22768169 .
См. также
[ редактировать ]
- Список вычислительных химиков
- Список людей из Спокана, Вашингтон
- Список людей из колледжа Вабаш
- Список людей Калифорнийского технологического института
Ссылки
[ редактировать ]- ^ Jump up to: а б с д и ж Миллер, Стивен (5 февраля 2015 г.). «Роберт Диркс, ученый из DE Shaw Research, умер в 36 лет» . Новости Блумберга . Проверено 5 апреля 2015 г.
- ^ Диркс, Майк (29 ноября 2008 г.). «Интерес Гайтнера к математике начался еще в подростковом возрасте» . Пресс-обзор . Проверено 13 июня 2016 г.
- ^ Jump up to: а б с Армаган, Сара (5 февраля 2015 г.). «Роберт Майкл Диркс, один из пяти пассажиров, погибших в авиакатастрофе «Метро-Норт», был выдающимся ученым и преданным отцом» . Новостной день . Проверено 6 апреля 2015 г.
- ^ Янош, Адам; Моррис, Кейко (6 февраля 2015 г.). «Три жертвы крушения Метро-Норт: все мужчины, каждый из которых старается изо всех сил» . Уолл Стрит Джорнал . ISSN 0099-9660 . Проверено 13 июня 2016 г.
- ^ «Жизнь, начавшаяся в Бангкоке, заканчивается крушением поезда в Нью-Йорке» . Почта Бангкока . 6 февраля 2015 г. Проверено 5 апреля 2015 г.
- ^ Jump up to: а б с д и ж г час Калвер, Нина (5 февраля 2015 г.). «Роберт Диркс, выпускник LC, погибший в железнодорожной катастрофе, был семьянином с «необычайным талантом» » . Пресс-обзор . Спокан, Вашингтон . Проверено 5 апреля 2015 г.
- ^ Фернандес, Мейзи (16 июня 1996 г.). «Франсуаза Кюстер выбрала учителя года Гу» . Пресс-обзор . Проверено 13 июля 2015 г.
- ^ Джонсон, Карла К. (23 марта 1996 г.). «Подростки увлечены атомной энергией. Студенты Льюиса и Кларка удостоены чести за видение того, как нанотехнологии могут формировать будущее» . Пресс-секретарь.com . Проверено 13 июня 2016 г.
- ^ «Роберт Диркс» . Исследование Д.Э. Шоу . Архивировано из оригинала 30 июня 2015 г. Проверено 6 апреля 2015 г.
- ^ Диркс, Роберт (2005). Анализ, проектирование и конструирование устройств на основе нуклеиновых кислот (доктор философии). Калифорнийский технологический институт. дои : 10.7907/VZ43-FM66 . Проверено 27 февраля 2015 г.
- ^ Jump up to: а б «Лаборатория Пирса» . Калифорнийский технологический институт. Архивировано из оригинала 11 февраля 2015 года . Проверено 26 февраля 2015 г.
- ^ «НУПАК: Пакет нуклеиновых кислот» . Калифорнийский технологический институт. Архивировано из оригинала 23 февраля 2015 года . Проверено 26 февраля 2015 г.
- ^ Jump up to: а б Андерсен, Эббе Ленивец (2010). «Прогнозирование и проектирование структур ДНК и РНК». Новая биотехнология . 27 (3): 184–193. дои : 10.1016/j.nbt.2010.02.012 . ПМИД 20193785 .
- ^ Биндевальд, Эккарт; Афонин Кирилл; Джагер, Люк; Шапиро, Брюс А. (2011). «Прогнозирование вторичной структуры многоцепочечной РНК и проектирование наноструктур, включая псевдоузлы» . АСУ Нано . 5 (12): 9542–9551. дои : 10.1021/nn202666w . ПМК 3263976 . ПМИД 22067111 .
- ^ Шредер, Сьюзен Дж. (2009). «Достижения в предсказании структуры РНК по последовательностям: новые инструменты для создания гипотез о взаимосвязях структуры и функции вирусной РНК» . Журнал вирусологии . 83 (13): 6326–6334. дои : 10.1128/JVI.00251-09 . ПМЦ 2698544 . ПМИД 19369331 .
- ^ Эвенко, Даниил (2004). «Цепная реакция гибридизации» . Природные методы . 1 (3): 186–187. дои : 10.1038/nmeth1204-186a . S2CID 619697 .
- ^ Дэн, Ю.; Ни, Дж.; Чжан, XH; Чжао, Миннесота; Чжоу, ЮЛ; Чжан, XX (2014). «Флуоресцентный иммуноанализ на основе цепной реакции гибридизации с использованием интеркалирующего красителя ДНК для считывания сигнала». Аналитик . 139 (13): 3378–83. Бибкод : 2014Ана...139.3378D . дои : 10.1039/C4AN00190G . ПМИД 24828400 . S2CID 26110015 .
- ^ Чой, HMT; Бек, Вирджиния; Пирс, Н.А. (2014). «Цепная реакция гибридизации следующего поколения in situ : более высокая выгода, меньшая стоимость, большая долговечность» . АСУ Нано . 8 (5): 4284–4294. дои : 10.1021/nn405717p . ПМК 4046802 . ПМИД 24712299 .
- ^ Инь, П.; Чой, HMT; Калверт, ЧР; Пирс, Н.А. (2008). «Программирование путей биомолекулярной самосборки» (PDF) . Природа . 451 (7176): 318–322. Бибкод : 2008Natur.451..318Y . дои : 10.1038/nature06451 . ПМИД 18202654 . S2CID 4354536 .
- ^ Да, Вивиан (5 февраля 2015 г.). «Жизнь трех жертв катастрофы, которые ехали по маршруту Метро-Север» . Нью-Йорк Таймс . Проверено 27 февраля 2015 г.
- ^ Сантора, Марк; Флегенхаймер, Мэтт (4 февраля 2015 г.). «Проводится расследование крушения поезда метро Северный» . Нью-Йорк Таймс . Проверено 7 апреля 2015 г.
- ^ «Объявлена мемориальная премия Роберта Диркса '00» . Колледж Вабаш. 1 мая 2015 года . Проверено 5 мая 2015 г.
- ^ «Призовой фонд Диркса» . Калифорнийский технологический институт . Проверено 13 июня 2016 г.
- 1978 года рождения
- смертей в 2015 г.
- Американцы тайского происхождения
- Американцы китайского происхождения
- Выпускники колледжа Вабаш
- Выпускники Калифорнийского технологического института
- Смертность в железнодорожных авариях в США
- Случайные смерти в Нью-Йорке (штат)
- Люди из Бангкока
- Люди из Спокана, Вашингтон
- Люди из Чаппакуа, Нью-Йорк
- ДНК-нанотехнологии люди
- Американские химики XXI века
- Вычислительные химики
- Ученые из Нью-Йорка (штат)