LOC101059915
| LOC101059915 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Идентификаторы | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Псевдонимы | открытая рамка считывания хромосомы X, подобная 49 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Внешние идентификаторы | Гомологен : 131525 ; Генные карты : [1] ; ОМА : - ортологи | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Викиданные | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LOC101059915 — белок , который у человека кодируется геном LOC101059915 . Он расположен на Х-хромосоме и имеет ограниченную экспрессию в семенниках.
Ген
[ редактировать ]Ген LOC101059915 имеет два псевдонима, известные как открытая рамка считывания хромосомы X 49-подобная и BX276092.6. [ 3 ]
Локус и структура
[ редактировать ]LOC101059915 расположен на Х-хромосоме в локусе Xq13.1. Его длина составляет 1831 пару оснований , а последовательность гена состоит из 6 экзонов . [ 4 ] LOC101059915 также имеет один транскрипт, кодирующий белок.
Промоторная область и экспрессия
[ редактировать ]Промоторная . область LOC101059915 расположена на смысловой цепи ДНК и между парой оснований 71666098 и 71667904 на Х-хромосоме Он охватывает до 1,806 п.н. [ 5 ] Однако экспрессия LOC101059915 относительно низкая в клетках человека и в основном ограничена семенниками. [ 6 ]
Белок
[ редактировать ]Общие характеристики и анализ состава
[ редактировать ]Белок имеет 518 аминокислот и молекулярную массу 55,1 кДа. [ 7 ] Изоэлектрическая точка 8,15. По сравнению с другими человеческими белками LOC101059915 богат глицином , пролином и серином , но этот белок имеет более низкие уровни тирозина . [ 8 ]
Домены
[ редактировать ]Домен неизвестной функции DUF4641 охватывает почти весь белок. Это часть pfam15483. [ 9 ] Его длина составляет 410 аминокислот, от аминокислоты 85 до аминокислоты номер 495. [ 10 ]
Вторичная структура
[ редактировать ]Было показано, что вторичная структура LOC101059915 состоит в основном из альфа-спиралей, что определено моделями, созданными на I-TASSER, и анализом с использованием инструментов ExPASy. [ 11 ]
Постпереводческие модификации
[ редактировать ]Предполагается, что LOC101055915 будет содержать множество различных посттрансляционных модификаций. Сюда входят сайты фосфорилирования (NetPhos 2.0 [ 12 ] ) и сумойлирование (Программа анализа SUMOplot [ 13 ] ).
Субклеточная локализация
[ редактировать ]Было предсказано, что белок LOC101059915 расположен в ядре клетки (PSORT II). [ 14 ]
Гомология и эволюция
[ редактировать ]Паралоги
[ редактировать ]CXorf49 и CXorf49B являются паралогами LOC101059915. Они имеют сходство более 78% с LOC101059915 и, вероятно, сравнительно недавно, с эволюционной точки зрения, прошли через событие дупликации генов из-за высокой степени консервативности между всеми тремя последовательностями.
CXorf49 особенно интересен, поскольку показано, что он участвует в качестве одного из компонентов небольшой группы HL-60 клеток протеома , которые наиболее склонны к образованию аддуктов 4-гидрокси-2-ноненала (HNE) при воздействии нетоксичных веществ. 10 мкМ) концентрации HNE вместе с белком 1 теплового шока 60 кДа. [ 15 ]
Ортологи
[ редактировать ]Использование ВЗРЫВ [ 16 ] ортологи LOC101059915 не обнаружены в одноклеточных организмах, грибах или растениях, геномы которых были секвенированы. Для многоклеточных организмов ортологи встречаются у млекопитающих, за исключением однопроходных . В таблице ниже показана репрезентативная выборка из 20 ортологов LOC101059915. Таблица составлена на основе времени отделения от человека в миллионах лет (MYA). В случаях, когда временные рамки расхождения одинаковы, ортологи сортируются по тождеству (%).
| Название рода и вида | Общее имя | Отклонение от человеческого происхождения (MYA) | Инвентарный номер | Длина последовательности (аа) | Идентичность последовательности человеческого белка | Сходство последовательности с человеческим белком |
|---|---|---|---|---|---|---|
| Пан паниск | Шимпанзе | 6.65 | XP_003820175.1 | 518 | 97% | 97% |
| Папиозе
анубис |
Оливковый Бабуин | 29.4 | XP_003919408.1 | 514 | 70 % | 77% |
| Пилиоколобус тефросцелес | Угандийский красный
Колобус |
29.4 | XP_023050488.1 | 514 | 68 % | 76% |
| Имитатор лука капуцина | Белоголовый
Капуцин |
43 | XP_017372264.1 | 472 | 68 % | 72% |
| Каллитрикс Якх | Общий
Мартышка |
43 | XP_008987720.1 | 474 | 67% | 72% |
| Aotus nancymaae | Нэнси Ма
Ночная обезьяна |
43 | XP_010822786.1 | 432 | 63% | 66% |
| Боливийский Саймири
боливийский |
Черношапочный
Беличья Обезьяна |
43 | XP_003944512.1 | 521 | 58% | 68% |
| Раттус норвегикус | Коричневая Крыса | 90 | XP_008756683.2 | 136 | 46% | 55% |
| Иктидомис
тринадцать строк |
Тринадцать строк
Бурундук |
90 | XP_021576972.1 | 565 | 45% | 57% |
| Знакомая волчья собака | Собака | 96 | XP_850392.2 | 526 | 52% | 64% |
| Пантера пардус | Леопард | 96 | XP_019284263.1 | 472 | 47% | 58% |
| Энгидра Лутрис Кеньони | Морская выдра | 96 | XP_022348355.1 | 495 | 47% | 59% |
| Овен-овца мусимон | Муфлон | 96 | XP_01208848.1 | 539 | 45% | 56% |
| козел козел | Козел | 96 | XP_017899210.1 | 538 | 44% | 55% |
| Пантолопс ходгсонии | Тибетская антилопа | 96 | XP_005965061.1 | 533 | 44% | 55% |
| Myotis lucifugus | Маленькая коричневая летучая мышь | 96 | XP_006083036.1 | 500 | 42 % | 55% |
| Trichechus manatus latirostris | Флоридский ламантин | 105 | XP_012415455.1 | 505 | 44% | 55% |
| Ориктеропус после этого | трубкозуб | 105 | XP_007957133.1 | 477 | 39% | 50% |
| Фасколарктос серый | Коала | 159 | XP_020834608.1 | 474 | 37% | 50% |
| Саркофил harrisii | Тасманийский дьявол | 159 | XP_023362890.1 | 576 | 33% | 50% |
Филогения
[ редактировать ]
Самый отдаленный ортолог LOC101059915 принадлежит к виду Sarcrophilus harrisii , широко известному как Тасманийский дьявол, и датируется более чем 159,0 миллионами лет назад.
Ссылки
[ редактировать ]- ^ Jump up to: а б с GRCh38: Версия Ensembl 89: ENSG00000283599 – Ensembl , май 2017 г.
- ^ «Ссылка на Human PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
- ^ «LOC101055915» . Генные карты . Проверено 5 февраля 2018 г.
- ^ «LOC101055915 [Homo sapiens (человек)] — Ген — NCBI» . Ncbi.nlm.nih.gov . Проверено 28 апреля 2018 г.
- ^ «Эльдорадо Геноматикса» . Архивировано из оригинала 3 апреля 2021 г. Проверено 14 мая 2018 г.
- ^ «Профиль EST — Hs.632817» . Ncbi.nlm.nih.gov . Проверено 28 апреля 2018 г.
- ^ «LOC101059915» . Инструмент ExPASy pi/mW . Проверено 28 апреля 2018 г.
- ^ «Инструментарий биологии SDSC» . seqtool.sdsc.edu . Архивировано из оригинала 11 августа 2003 г. Проверено 06 мая 2018 г.
- ^ «NCBI CDD Консервативный белковый домен DUF4641» . www.ncbi.nlm.nih.gov . Проверено 06 мая 2018 г.
- ^ «неохарактеризованный белок LOC101059915 [Homo sapiens] — Белок — NCBI» . Ncbi.nlm.nih.gov . Проверено 28 января 2018 г.
- ^ «LOC101059915 Модель вторичной структуры» . Чжан Лаборатория I-TASSER . Проверено 5 февраля 2018 г.
- ^ «Сервер NetPhos 2.0» . Cbs.dtu.dk. Проверено 28 апреля 2018 г.
- ^ «Программа анализа SUMOplot» . Абджент . Проверено 28 апреля 2018 г.
- ^ «ПСОРТ II Сервер» . Проверено 4 мая 2018 г.
- ^ Аркаро, Алессия; Дага, Мартина; Четранголо, Джованни Паоло; Чампорсеро, Эрик Стефано; Лепор, Алессио; Пиццименти, Стефания; Петрелла, Клаудия; Граф, Мэри; Учида, Кодзи; Мамоне, Джанфранко; Ферранти, Паскуале; Эймс, Пол Р.Дж.; Палумбо, Джузеппе; Баррера, Джузеппина; Джентиле, Фабрицио (2015). «Получение аддуктов 4-гидрокси-2-ноненаля с белком 1 теплового шока 60 кДа в линиях промиелоцитарных клеток человека HL-60 и моноцитарных THP-1» . Окислительная медицина и клеточное долголетие . 2015 : 296146. doi : 10.1155/2015/296146 . ПМЦ 4452872 . ПМИД 26078803 .
- ^ Белковый ВЗРЫВ