Hnrpd

Hnrnpd
Доступные структуры
PDB	Поиск ортологов: D6RF44 PDBE D6RF44 RCSB
showСписок кодов идентификаторов PDB
	1HD0, 1HD1, 1IQT, 1WTB, 1X0F, 2Z5N
Идентификаторы
Псевдонимы	Hnrnpd , Auf1, Auf1a, Hnrpd, P37, Hnrnpd0, гетерогенный ядерный рибонуклеопротеин D
Внешние идентификаторы	Омим : 601324 ; MGI : 101947 ; Гомологен : 22410 ; GeneCards : hnrnpd ; OMA : hnrnpd - ортологи
showМестоположение гена ( человек )
Chr.	Chromosome 4 (human)
End	82,374,503 bp
showМестоположение гена ( мышь )
Chr.	Chromosome 5 (mouse)
End	100,126,797 bp
showРНК -паттерн экспрессии
	Top expressed in
	ganglionic eminence; ; ventricular zone; ; epithelium of nasopharynx; ; tendon of biceps brachii; ; pylorus; ; endometrium; ; gingival epithelium; ; lactiferous duct; ; germinal epithelium; ; tonsil;
	Top expressed in
	tail of embryo; ; genital tubercle; ; epiblast; ; ventricular zone; ; mandibular prominence; ; maxillary prominence; ; neural layer of retina; ; abdominal wall; ; ganglionic eminence; ; somite;
	More reference expression data
	; ; ; ;
	More reference expression data
showДжин Онтология
Molecular function	telomeric DNA binding; protein binding; minor groove of adenine-thymine-rich DNA binding; mRNA binding; histone deacetylase binding; transcription factor binding; chromatin binding; mRNA 3'-UTR AU-rich region binding; DNA binding; nucleic acid binding; RNA binding; sequence-specific DNA binding; sequence-specific double-stranded DNA binding;
Cellular component	cytoplasm; cytosol; extracellular exosome; nucleoplasm; nucleus; synapse; ribonucleoprotein complex;
Biological process	response to electrical stimulus; hepatocyte dedifferentiation; cellular response to amino acid stimulus; positive regulation of transcription, DNA-templated; response to estradiol; mRNA stabilization; response to rapamycin; cellular response to putrescine; cerebellum development; negative regulation of gene expression; mRNA splicing, via spliceosome; positive regulation of translation; RNA processing; liver development; transcription, DNA-templated; regulation of circadian rhythm; response to calcium ion; response to sodium phosphate; 3'-UTR-mediated mRNA destabilization; regulation of mRNA stability; cellular response to nitric oxide; rhythmic process; cellular response to estradiol stimulus; brain development; RNA catabolic process; circadian regulation of translation; regulation of transcription, DNA-templated; positive regulation of gene expression; mRNA transcription by RNA polymerase II; positive regulation of telomere capping; positive regulation of telomerase RNA reverse transcriptase activity; regulation of telomere maintenance; RNA metabolic process;
	Sources:Amigo / QuickGO
hideОртологи
	3184
	11991
	ENSG00000138668
	Ensmusg00000000568
	Q14103
	Q60688
	NM_031370 ; NM_001003810 ; NM_002138 ; NM_031369
	NM_001077265 ; NM_001077266 ; NM_001077267 ; NM_007516
	NP_001003810 ; NP_002129 ; NP_112737 ; NP_112738
	NP_001070733 ; NP_001070734 ; NP_001070735 ; NP_031542
	Викидид
Посмотреть/редактировать человека	Посмотреть/редактировать мышь

Гетерогенный ядерный рибонуклеопротеин D0 (HNRNPD), также известный как RNA-связывающий белок 1, богатый Au-элементом (AUF1), является белком , который у людей кодируется HNRNPD геном . ^{[ 5 ]}^{[ 6 ]} Альтернативный сплайсинг этого гена приводит к четырем вариантам транскрипта.

Функция

Этот ген принадлежит к подсемейству повсеместно экспрессируемых гетерогенных ядерных рибонуклеопротеинов (HNRNP). HNRNP являются белками, связывающими нуклеиновую кислоту, и они комплексны с гетерогенной ядерной РНК (HNRNA). Сайты взаимодействия на РНК часто смещены в сторону определенных мотивов последовательности. ^{[ 7 ]} Эти белки связаны с пре-мРНК в ядре и, по-видимому, влияют на обработку пре-мРНК и другие аспекты метаболизма мРНК и транспорта. В то время как все HNRNP присутствуют в ядре, некоторые, по -видимому, переключаются между ядром и цитоплазмой . Белки HNRNP обладают различными свойствами связывания нуклеиновой кислоты. Белок, кодируемый этим геном, имеет два повторения квази-RRM-доменов, которые связываются с RNA. Он локализуется как в ядре, так и в цитоплазме. Этот белок вовлечен в регуляцию стабильности мРНК. ^{[ 6 ]}

Взаимодействия

Было показано, что HNRNP D взаимодействует с SAFB ^{[ 8 ]} и HSP27 . ^{[ 9 ]} Сообщалось, что это также взаимодействует с мРНК, такими как мРНК MEF2C. ^{[ 10 ]}

Ссылки

^ Jump up to: ^а ^{беременный} ^в GRCH38: Ensembl Release 89: ENSG00000138668 - ENSEMBL , май 2017 г.
^ Jump up to: ^а ^{беременный} ^в GRCM38: Ensembl Release 89: ENSMUSG00000000568 - ENSEMBL , май 2017 г.
^ «Человеческая PubMed ссылка:» . Национальный центр информации о биотехнологии, Национальная медицина США .
^ «Мышь Pubmed ссылка:» . Национальный центр информации о биотехнологии, Национальная медицина США .
^ Dempsey LA, Li MJ, Depace A, Bray-Ward P, Maizels N (август 1998 г.). «Локус HNRPD человека отображает 4Q21 и кодирует высококонсервативный белок» . Геномика . 49 (3): 378–384. doi : 10.1006/geno.1998.5237 . PMID 9615222 .
^ Jump up to: ^а ^{беременный} «Ген Entrez: HNRPD Гетерогенный ядерный рибонуклеопротеин D (белок, связывающий РНК-связывающий элемент Au-элемент, 37 кДа)» .
^ Mazan-Mamczarz K, Kuwano Y, Zhan M, White EJ, Martindale JL, Lal A, Gorospe M (январь 2009 г.). «Идентификация сигнатурного мотива в мРНК-мишенях РНК-связывающего белка AUF1» . Исследование нуклеиновых кислот . 37 (1): 204–14. doi : 10.1093/nar/gkn929 . PMC 2615618 . PMID 19033365 .
^ Арао Y, Куряма Р., Каяма Ф., Като С. (август 2000 г.). «SAF-B, связанный с ядерной матрицей, взаимодействует со специфическимиреформами AUF1/HNRNP D» Архи Биохимия. Биофиз 380 (2): 228–3 Doi : 10.1006/ abbi.2000.1 PMID 10933876
^ Sinsimer KS, Gratacós FM, Knapinska AM, Lu J, Crause CD, Wierzbowski AV, Maher LR, Scrudato S, Rivera YM, Gupta S, Turrin DK, De La Cruz MP, Pestka S, Brewer G (сентябрь 2008 г.). «Chaperone HSP27, новая субъединица белковых комплексов AUF1, функционирует в распаде мРНК, опосредованной Au-опосредованным элементом» . Мол Клетка. Биол . 28 (17): 5223–37. doi : 10.1128/mcb.00431-08 . PMC 2519747 . PMID 18573886 .
^ Panda AC, Abdelmohsen K, Yoon JH, Martindale JL, Yang X, Curtis J, Mercken EM, Chenette DM, Zhang Y, Schneider RJ, Becker KG, De Cabo R, Gorospe M (август 2014 г.). «РНК-связывающий белок AUF1 способствует миогенезу, регулируя уровни экспрессии MEF2C» . Мол -клеточная биол . 34 (16): 3106–19. doi : 10.1128/mcb.00423-14 . PMC 4135590 . PMID 24891619 .

Дальнейшее чтение

Tay N, Chan SH, Ren EC (1992). «Идентификация и клонирование нового гетерогенного ядерного рибонуклеопротеина С-подобного белка, который функционирует как транскрипционный активатор энхансера вируса гепатита В» . J. Virol . 66 (12): 6841–8. doi : 10.1128/jvi.66.12.6841-6848.1992 . PMC 240284 . PMID 1433497 .
Лахири Д.К., Томас Джо (1986). «Клон кДНК белков HNRNP C и его гомология с одноцепочечным ДНК-связывающим белком UP2» . Нуклеиновые кислоты Res . 14 (10): 4077–4094. doi : 10.1093/nar/14.10.4077 . PMC 339847 . PMID 3754960 .
Kajita Y, Nakayama J, Aizawa M, Ishikawa F (1995). «Ууаг-специфический РНК-связывающий белок, гетерогенный ядерный рибонуклеопротеин D0. Общая модульная структура и свойства связывания семейства 2xrbd-Gly» . Дж. Биол. Химический 270 (38): 22167–75. doi : 10.1074/jbc.270.38.22167 . PMID 7673195 .
Zhang W, Wagner BJ, Ehrenman K, Schaefer AW, Demaria CT, Crater D, Dehaven K, Long L, Brewer G (декабрь 1993 г.). «Очистка, характеристика и клонирование кДНК белка-связывающего белка, богатого Au, AUF1» . Мол Клетка. Биол . 13 (12): 7652–65. doi : 10.1128/mcb.13.12.7652 . PMC 364837 . PMID 8246982 .
Вагнер Б.Дж., Лонг Л., Рао П.Н., Петтенати М.Дж., Брюер Г. (июнь 1996 г.). «Локализация и физическое картирование генов, кодирующих RNA-связывающий белок A+U-u-элемент AUF1 с хромосомами человека 4 и X». Геномика . 34 (2): 219–22. doi : 10.1006/geno.1996.0269 . PMID 8661052 .
Кидеджян М., Демария К.Т., Брюер Г., Новик К. (1997). «Идентификация AUF1 (гетерогенный ядерный рибонуклеопротеин D) в качестве компонента комплекса стабильности мРНК альфа-глобина» . Мол Клетка. Биол . 17 (8): 4870–6. doi : 10.1128/mcb.17.8.4870 . PMC 232339 . PMID 9234743 .
Вагнер Б.Дж., Демария К.Т., Сун Й., Уилсон Г.М., Брюер Г. (март 1998 г.). «Структура и геномная организация гена AUF1 человека: альтернативный сплайсинг до мРНК генерирует четыре изоформы белка». Геномика . 48 (2): 195–202. doi : 10.1006/geno.1997.5142 . PMID 9521873 .
Siomi MC, Fromont M, Rain JC, Wan L, Wang F, Legrain P, Dreyfuss G (июль 1998 г.). «Функциональное сохранение пути импорта транспорта в дивергентных организмах» . Мол Клетка. Биол . 18 (7): 4141–8. doi : 10.1128/mcb.18.7.4141 . PMC 108998 . PMID 9632798 .
Tolnay M, Vereshachina LA, Tsokos GC (1999). «Гетерогенный ядерный рибонуклеопротеин D0b представляет собой специфичный для последовательности ДНК-связывающий белок» . Биохимия. Дж . 338 (2): 417–25. doi : 10.1042/0264-6021: 3380417 . PMC 1220068 . PMID 10024518 .
Talk T, в настоящее время Y, Maceki J, Kohno T, теперь сразу Y, Skarwa F, Uesuwi S, вкус их M (март 1999 г.). Структура и взаимодействие с РНК-; J. Mol. Биф 287 (2): 221–37. doi : 10.1006/jmbbi . PMID 1008887 .
Laroia G, Cuesta R, Brewer G, Schneider RJ (1999). «Контроль затухания мРНК по пути протеасома теплового шока». Наука . 284 (5413): 499–502. Bibcode : 1999sci ... 284..499L . doi : 10.1126/science.284.5413.499 . PMID 10205060 .
Blaxall BC, Dwyer-Nield LD, Bauer AK, Bohlmeyer TJ, Malkinson AM, Port JD (июнь 2000 г.). «Дифференциальная экспрессия и локализация мРНК-связывающих белков, белка, связывающего мРНК, богатого Au, (AUF1) и антигена HU (HUR), в опухолевой ткани легких». Мол Карциног . 28 (2): 76–83. doi : 10.1002/1098-2744 (200006) 28: 2 <76 :: AID-MC3> 3.0.CO; 2-0 . PMID 10900464 . S2CID 25180996 .
Moraes KC, Quaresma AJ, Maehnss K, Kobarg J (январь 2003 г.). «Идентификация и характеристика белков, которые избирательно взаимодействуют с изоформами мРНК -связывающего белка Auf1 (hnrnp d)». Биол. Химический 384 (1): 25–37. doi : 10.1515/bc.2003.004 . PMID 12674497 . S2CID 30993043 .
Арао Y, Куряма Р., Каяма Ф., Като С. (2000). «SAF-B, связанный с ядерной матрицей, взаимодействует со специфическими ISFIRMS AUF1/HNRNP D» Архи Биохимия. Биофиз 380 (2): 228–2 Doi : 10.1006/ abbi.2000.1 PMID 10933876
Гроссет С., Чен Сай, Сюй Н., Соненберг Н., Жакмин-Саблон Х, Шю А.Б. (сентябрь 2000 г.). «Механизм для трансляционно связанного обмена мРНК: взаимодействие между поли (a) хвостом и кодирующим детерминантом РНК C-Fos через белковый комплекс» . Клетка . 103 (1): 29–40. doi : 10.1016/s0092-8674 (00) 00102-1 . PMID 11051545 . S2CID 18135412 .
Катахира М., Миянуари Ю., Энокизоно Ю., Мацуда Г., Нагата Т., Ишикава Ф., Уесуги С. (август 2001 г.). «Структура С-концевого РНК-связывающего домена HNRNP D0 (AUF1), его взаимодействия с РНК и ДНК и изменение динамики на основе при сложной формировании с ДНК». J. Mol. Биол . 311 (5): 973–88. doi : 10.1006/jmbi.2001.4862 . PMID 11531333 .
Последние A, Women M, Papurture L, Witort E, Temply A, Brewer A, Nicolin A, Brewer G, Schiavone N, Schiavone N, Shield S (май 2002). «AUF1 A + A + A + Equire-связывание включало белок в продолжительности мРНК BCL-2 (PDF) . Дж. Бол. C 277 (18): 16139–46. Два : 10 1074/JBC.M2017200 . PMID 11856759 .
Tolnay M, Juang YT, Tsokos GC (2002). «Протеинкиназа А усиливается, тогда как бета-бета-3 гликогена-синтаза-киназа-3 ингибирует, активность 2-кодированного экзона трансактиваторного домена гетерогенного ядерного рибонуклеопротеина D иерархическим образом» . Биохимия. Дж . 363 (Pt 1): 127–36. doi : 10.1042/0264-6021: 3630127 . PMC 1222459 . PMID 11903055 .
Пиоли П.А., Гамильтон Б.Дж., Коннолли Дж., Брюер Г., Ригби В.Ф. (сентябрь 2002 г.). «Лактатдегидрогеназа представляет собой Au, богатый Au-связывающий белок, который непосредственно взаимодействует с Auf1» . Дж. Биол. Химический 277 (38): 35738–45. doi : 10.1074/jbc.m204002200 . PMID 12107167 .
Shchors K, Yehiely F, Kular RK, Kotlo Ku, Brewer G, Deiss LP (декабрь 2002 г.). «Клеточная гибель, ингибирующая РНК (CDIR), полученную из 3'-невозможной области, связывает AUF1 и белок теплового шока 27» . Дж. Биол. Химический 277 (49): 47061–72. doi : 10.1074/jbc.m202272200 . PMID 12356764 .

Внешние ссылки

PDBE-KB предоставляет обзор всей информации о структуре, доступной в PDB для гетерогенного ядерного рибонуклеопротеина DSB человека (HNRPD)

[refGRCh38Ensembl-1] Jump up to: ^а ^{беременный} ^в GRCH38: Ensembl Release 89: ENSG00000138668 - ENSEMBL , май 2017 г.

[refGRCm38Ensembl-2] Jump up to: ^а ^{беременный} ^в GRCM38: Ensembl Release 89: ENSMUSG00000000568 - ENSEMBL , май 2017 г.

[3] «Человеческая PubMed ссылка:» . Национальный центр информации о биотехнологии, Национальная медицина США .

[4] «Мышь Pubmed ссылка:» . Национальный центр информации о биотехнологии, Национальная медицина США .

[pmid9615222-5] Dempsey LA, Li MJ, Depace A, Bray-Ward P, Maizels N (август 1998 г.). «Локус HNRPD человека отображает 4Q21 и кодирует высококонсервативный белок» . Геномика . 49 (3): 378–384. doi : 10.1006/geno.1998.5237 . PMID 9615222 .

[entrez-6] Jump up to: ^а ^{беременный} «Ген Entrez: HNRPD Гетерогенный ядерный рибонуклеопротеин D (белок, связывающий РНК-связывающий элемент Au-элемент, 37 кДа)» .

[7] Mazan-Mamczarz K, Kuwano Y, Zhan M, White EJ, Martindale JL, Lal A, Gorospe M (январь 2009 г.). «Идентификация сигнатурного мотива в мРНК-мишенях РНК-связывающего белка AUF1» . Исследование нуклеиновых кислот . 37 (1): 204–14. doi : 10.1093/nar/gkn929 . PMC 2615618 . PMID 19033365 .

[pmid10933876-8] Арао Y, Куряма Р., Каяма Ф., Като С. (август 2000 г.). «SAF-B, связанный с ядерной матрицей, взаимодействует со специфическимиреформами AUF1/HNRNP D» Архи Биохимия. Биофиз 380 (2): 228–3 Doi : 10.1006/ abbi.2000.1 PMID 10933876

[pmid18573886-9] Sinsimer KS, Gratacós FM, Knapinska AM, Lu J, Crause CD, Wierzbowski AV, Maher LR, Scrudato S, Rivera YM, Gupta S, Turrin DK, De La Cruz MP, Pestka S, Brewer G (сентябрь 2008 г.). «Chaperone HSP27, новая субъединица белковых комплексов AUF1, функционирует в распаде мРНК, опосредованной Au-опосредованным элементом» . Мол Клетка. Биол . 28 (17): 5223–37. doi : 10.1128/mcb.00431-08 . PMC 2519747 . PMID 18573886 .

[10] Panda AC, Abdelmohsen K, Yoon JH, Martindale JL, Yang X, Curtis J, Mercken EM, Chenette DM, Zhang Y, Schneider RJ, Becker KG, De Cabo R, Gorospe M (август 2014 г.). «РНК-связывающий белок AUF1 способствует миогенезу, регулируя уровни экспрессии MEF2C» . Мол -клеточная биол . 34 (16): 3106–19. doi : 10.1128/mcb.00423-14 . PMC 4135590 . PMID 24891619 .

[1]

[2]

[ 3 ]

[ 4 ]

[ 5 ]

[ 6 ]

[ 7 ]

[ 8 ]

[ 9 ]

[ 10 ]