УПФ0488
| C8orf33 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Идентификаторы | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Псевдонимы | C8orf33 , хромосома 8, открытая рамка считывания 33 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Внешние идентификаторы | МГИ : 2152337 ; Гомологен : 11320 ; Генные карты : C8orf33 ; OMA : C8orf33 — ортологи | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Викиданные | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
UPF0488 — это белок , который у человека кодируется геном ( открытая рамка считывания 33 хромосомы 8) C8orf33 . 33 хромосомы 8 Открытая рамка считывания (C8orf33) представляет собой ген, кодирующий белок человека, функция которого в настоящее время неизвестна.
Тканевое и субклеточное распределение
[ редактировать ]Белок UPF0488 экспрессируется на низких или умеренных уровнях в большинстве тканей, за некоторыми исключениями. [ 5 ] Предполагается, что он локализуется в ядре и митохондриях, хотя было также предсказано, что несколько ортологов локализуются в цитозоле; кроме того, существуют экспериментальные данные, показывающие, что C8orf33 человека может локализоваться в пероксисомах. Экспрессия этого гена повышается после воздействия лития . Уровень C8orf33 значительно повышается при медикаментозном лечении рака молочной железы. [ 6 ]
Посттрансляционная модификация
[ редактировать ]Предсказано несколько посттрансляционных модификаций, включая фосфорилирование, метилирование и ацетилирование. [ 7 ] Кроме того, он имеет несколько посттрансляционных модификаций, таких как ацетилирование, метилирование, фосфопротеин – сюда входят модификации аминокислот (или модифицированные остатки), такие как N-ацетилаланин, омега-N-метиларгинин и фосфосерин). [ 8 ]
Ген
[ редактировать ]Этот ген имеет 5 транскриптов (варианты сплайсинга), 62 ортолога и является членом 1 семейства белков Ensembl. Этот ген является членом набора CCDS человека: CCDS34974.1. [ 9 ] Этот ген входит в набор CCDS человека: CCDS34974. Профиль экспрессии C8orf33 показал, что этот ген сверхэкспрессировался после воздействия лития. [ 10 ]
C8orf33 (UPF0488) имеет 31 альтернативно сплайсированный экзон, которые объединяются в 13 различных вариантов транскрипта – вариант X1 является самым длинным и, по-видимому, обладает наибольшей идентичностью. Секвенирование тканевой РНК человека UPF0488.
Стенограмма
[ редактировать ]UPF0488 имеет 5 вариантов сплайсинга транскриптов. Что касается общих аллелей гаплотипов генов, то частота гаплотипа составляет 96,3% для одного вариантного сайта. Первичный транскрипт имеет длину 3593 п.н., а аналогичный вариант - 1666 п.н. Вторичная структура мРНК 3'- и 5'-UTR указывает на разную энергию складки. Область 5'-UTR содержит энергию складки -21,20 и состоит из 54 оснований, энергия оснований -0,393. Область 3'UTR содержит кратную энергию -646,10, состоящую из 1873 оснований, тогда как энергия оснований составляет -0,345. [ 11 ]
Выражение
[ редактировать ]Согласно анализу экспрессии тканей с помощью микрочипов, проведенному NCBI GEO, ген C8orf33 имеет средние уровни экспрессии в большинстве тканей, за исключением щитовидной железы и паращитовидной железы. Экспрессия в поджелудочной железе, тонком кишечнике и других органах пищеварения, за исключением почек, кажется относительно высокой, является низкой. [ 11 ]
Приблизительные модели экспрессии получены из источников EST. Предполагаемый ген, кодирующий белок норвежской крысы. Представлены 30 EST из 20 библиотек кДНК. Представление EST смещено в сторону плода. Экспрессия генов, по-видимому, увеличивается в категориях, устойчивых к ожирению.
Промоутер
[ редактировать ]Промоторная область c8orf33 охватывает 1191 пару оснований ДНК и содержит более 700 потенциальных сайтов связывания факторов. Были выбраны и показаны пятнадцать факторов транскрипции с высококонсервативными сайтами связывания в промоторных областях нескольких видов для c8orf33 (см. Раздел «Аннотированный промотор»). CDF1 (циклический фактор DOF 1) физически взаимодействует с FKF1, белок CDF1 более стабилен у мутантов FKF1. [ 12 ] Другой фактор транскрипции, фактор транскрипции II B (TFIIB), представляет собой общий фактор транскрипции, который участвует в формировании преинициативного комплекса РНК-полимеразы II (PIC). [ 13 ]
Белок
[ редактировать ]Изоэлектрическая точка белка (UPF0488) равна 9,16, учитывая детальный анализ изоэлектрической точки по разным шкалам для отдельных белков. Чистый заряд был определен с использованием значений, доступных из книги Ленингера по биохимии. Белок-предшественник имеет молекулярную массу приблизительно 24,9925 кДа. Это немного превышает среднее значение pI 6,81 для протеома человека. Он содержит повторы от 149 до 166 и от 167 до 186. Однако повторы содержат высокую степень вырожденности. [ 14 ]
UPF0488 – это белок, богатый аланином по сравнению с другими белками и с низким содержанием всех других аминокислот, кроме аргинина , лейцина и пролина .
Гомология и эволюция
[ редактировать ]Эволюционную линию UPF0488 можно проследить так же далеко, как у беспозвоночных, со скоростью эволюции, превышающей скорость эволюции фибриногена .
График показывает расхождение UPF0488 в заданном временном масштабе по сравнению с фибриногеном и цитохромом с. Анализ с использованием SDSC Biology Workbench дает совпадение Danio rerio на 27,7% . ALIGN вычисляет глобальное выравнивание двух последовательностей, получая оценку глобального выравнивания 215. [ 15 ]
мРНК UPF0488 имеет очень высокий уровень вырожденности в разных организмах. Последовательности с очень низкой идентичностью мРНК человека можно было идентифицировать только у близкородственных организмов. Однако у белка были гораздо более дальние родственники, в том числе несколько беспозвоночных. Выравнивание белков Homo sapiens UPF0488 проводили с использованием San Diego Workbench; эти сопоставления были выполнены против нескольких различных таксонов, включая позвоночных, таких как млекопитающие, рептилии, птицы и беспозвоночные, такие как насекомые. Белковые последовательности UPf0488 очень высоко консервативны среди близких родственников homo sapiens, таких как Gorilla Gorilla Gorilla (Горилла). Сходство последовательностей белков обратно пропорционально расхождению (MYA) (таблица гомологов).
Функция
[ редактировать ]Было обнаружено, что активность C8orf33 связана с сигнальным путем рецептора, связанного с G-белком , нейроактивным взаимодействием лиганд-рецептор, сигнальным путем кальция и регуляцией актинового цитоскелета . С UPF0488 взаимодействуют следующие вещества: 7,8-дигидро-7,8-дигидроксибензо(а)пирен-9,10-оксид, бензо(а)пирен , метотрексат и витамин Е. [ 16 ] [ 17 ]
Патология
[ редактировать ]Экспрессия гена UPF0488 увеличивается после лечения цефалоридином , полусинтетическим производным цефалоспорина С , который ингибирует глюконеогенез как в органах-мишенях (почки), так и в нецелевых (печень). [ 12 ]
Ссылки
[ редактировать ]- ^ Jump up to: а б с GRCh38: Версия Ensembl 89: ENSG00000182307 – Ensembl , май 2017 г.
- ^ Jump up to: а б с GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000063236 – Ensembl , май 2017 г.
- ^ «Ссылка на Human PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
- ^ «Ссылка на Mouse PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
- ^ «C8orf33 хромосома 8 открытая рамка считывания 33 [Homo sapiens]» . Энтрез Джин .
- ^ Ма С, Чен ХИ, Флорес М, Хуан Ю, Чен Ю (2013). «BRCA-Monet: сеть методов лечения конкретного рака молочной железы для прогнозирования эффективности лечения с использованием крупномасштабной базы данных микрочипов» . Системная биология BMC . 7 (Дополнение 5): S5. дои : 10.1186/1752-0509-7-S5-S5 . ПМК 4029357 . ПМИД 24564956 .
- ^ «Белок C8orf33 UPF0488 [Homo sapiens]» . Энтрез Протеин .
- ^ «C8orf33» . Генные карты .
- ^ «Ген: C8orf33 ENSG00000182307» . Ансамбль . Европейский институт биоинформатики – Европейская лаборатория молекулярной биологии.
- ^ Эйчисон К., Серретти А., Голдман Д., Карран С., Драго А., Малхотра А.К. (2009). «Отчет о 8-м ежегодном совещании по фармакогенетике в психиатрии» . Журнал «Фармакогеномика» . 9 (6): 358–61. дои : 10.1038/tpj.2009.47 . ПМЦ 2945913 . ПМИД 19841640 .
- ^ Jump up to: а б «Ткань C8orf33» . Атлас белков человека .
- ^ Jump up to: а б Гольдштейн Р.С., Смит П.Ф., Тарлофф Дж.Б., Контарди Л., Раш Г.Ф., Хук Дж.Б. (1988). «Биохимические механизмы нефротоксичности цефалоридина». Науки о жизни . 42 (19): 1809–16. дои : 10.1016/0024-3205(88)90018-5 . ПМИД 3285106 .
- ^ Левин Б. (2004). Гены VIII (8-е изд.). Река Аппер-Сэддл, Нью-Джерси: Пирсон/Прентис-Холл. стр. 636–637 . ISBN 978-0-13-143981-8 .
- ^ «Обнаружение и выравнивание повторов в белковых последовательностях» . Радар .
- ^ Майерс Э.В., Миллер В. (1988). «Оптимальные выравнивания в линейном пространстве». Компьютерные приложения в биологических науках . 4 (1): 11–7. дои : 10.1093/биоинформатика/4.1.11 . ПМИД 3382986 .
- ^ «C8ORF33» . База данных сравнительной токсикогеномики .
- ^ Скуассина А., Манчия М., Дель Зомпо М. (2010). «Фармакогеномика стабилизаторов настроения в лечении биполярного расстройства» . Геномика и протеомика человека . 2010 : 159761. дои : 10.4061/2010/159761 . ПМЦ 2958627 . ПМИД 20981231 .