Бромодезоксиуридин
 | Эта статья может быть слишком технической для понимания большинства читателей . ( февраль 2021 г. ) |
| |
| Имена | |
|---|---|
| Название ИЮПАК
5-Бром-2'-дезоксиуридин
| |
| Систематическое название ИЮПАК
5-Бром-1-[(2R , 4S , 5R ) -4-гидрокси-5-(гидроксиметил)оксолан-2-ил]пиримидин-2,4(1H , 3H ) -дион | |
| Идентификаторы | |
3D model ( JSmol )
|
|
| ХЭМБЛ | |
| ХимическийПаук | |
| Информационная карта ECHA | 100.000.378 |
| МеШ | Бромодезоксиуридин |
ПабХим CID
|
|
| НЕКОТОРЫЙ | |
Панель управления CompTox ( EPA )
|
|
| Характеристики | |
| С 9 Н 11 Br Н 2 О 5 | |
| Молярная масса | 307.100 g·mol −1 |
Если не указано иное, данные приведены для материалов в стандартном состоянии (при 25 °C [77 °F], 100 кПа).
| |
Бромодезоксиуридин ( 5-бром-2'-дезоксиуридин , BrdU , BUdR , BrdUrd , броксуридин ) — синтетический аналог нуклеозида , по химической структуре сходный с тимидином . BrdU обычно используется для изучения пролиферации клеток в живых тканях. [ 1 ] и был изучен как радиосенсибилизатор [ 2 ] и инструмент диагностики у людей, больных раком . [ 3 ]
Во время S-фазы клеточного цикла (когда происходит репликация ДНК ) BrdU может включаться вместо тимидина во вновь синтезированные молекулы ДНК делящихся клеток. [ 4 ] Клетки, которые недавно выполнили репликацию ДНК или репарацию ДНК, можно обнаружить с помощью антител, специфичных к BrdU, с использованием таких методов, как иммуногистохимия или иммунофлуоресценция . [ 5 ] Клетки, меченные BrdU, у людей можно обнаружить в течение двух лет после инфузии BrdU. [ 6 ]
Поскольку BrdU может заменять тимидин во время репликации ДНК, он может вызывать мутации , и поэтому его использование потенциально опасно для здоровья. [ нужна ссылка ] Однако, поскольку он не является ни радиоактивным , ни миелотоксичным в меченых концентрациях, он широко предпочтителен для клеток in vivo исследований пролиферации раковых . [ 7 ] [ 8 ] Однако в радиосенсибилизирующих концентрациях BrdU становится миелосупрессивным, что ограничивает его использование для радиосенсибилизации. [ 2 ]
BrdU отличается от тимидина тем, что BrdU заменяет атом брома на тимидина группу CH 3 . Замещение Br можно использовать в экспериментах по дифракции рентгеновских лучей в кристаллах, содержащих либо ДНК, либо РНК. Атом Br действует как аномальный рассеиватель, и его больший размер повлияет на дифракцию рентгеновских лучей в кристалле настолько, что можно будет обнаружить изоморфные различия. также [ 9 ] [ 10 ]
Бромодезоксиуридин вызывает подавление генов, вызванное метилированием ДНК. [ 11 ]
BrdU также можно использовать для идентификации микроорганизмов, реагирующих на определенные углеродные субстраты в водных организмах. [ 12 ] и почва [ 13 ] среды. Углеродный субстрат, добавленный при инкубации образцов окружающей среды, вызовет рост микроорганизмов, которые могут использовать этот субстрат. Эти микроорганизмы затем будут включать BrdU в свою ДНК по мере роста. Затем можно выделить ДНК сообщества и очистить ДНК, меченную BrdU, с использованием метода иммунозахвата. [ 14 ] Последующее секвенирование меченой ДНК можно затем использовать для идентификации микробных таксонов, которые участвовали в деградации добавленного источника углерода.
Однако неясно, могут ли все микробы, присутствующие в образце окружающей среды, включать BrdU в свою биомассу во время синтеза ДНК de novo . Таким образом, группа микроорганизмов может отреагировать на источник углерода, но остаться незамеченной с помощью этого метода. Кроме того, этот метод ориентирован на идентификацию микроорганизмов с геномами, богатыми А и Т.
ДНК с BrdU транскрибируется как обычная ДНК, при этом гуанин включен в состав РНК в качестве дополнения к BrdU. [ 15 ]
См. также
[ редактировать ]Ссылки
[ редактировать ]- ^ Ленер, Бернадетт; Санднер, Беатрис; Маршаллингер, Джулия; Ленер, Кристина; Фуртнер, Таня; Куйяр-Депре, Себастьен; Ривера, Франсиско Дж.; Брокхофф, Геро; Бауэр, Ганс-Кристиан; Вайднер, Норберт; Айгнер, Людвиг (2011). «Темная сторона BrdU в биологии нервных стволовых клеток: пагубное воздействие на клеточный цикл, дифференцировку и выживание». Исследования клеток и тканей . 345 (3): 313–28. дои : 10.1007/s00441-011-1213-7 . ПМИД 21837406 . S2CID 756261 .
- ^ Jump up to: а б Руссо А., Джанни Л., Кинселла Т.Дж., Клекер Р.В., Дженкинс Дж., Роуленд Дж., Глатштейн Э., Митчелл Дж.Б., Коллинз Дж., Майерс С. (1984). «Фармакологическая оценка внутривенного введения 5-бромдезоксиуридина пациентам с опухолями головного мозга». Рак Рез . 44 (4): 1702–5. ПМИД 6704976 .
- ^ Долбир, Ф (май 1995 г.). «Бромдезоксиуридин: диагностический инструмент в биологии и медицине, Часть I: Исторические перспективы, гистохимические методы и кинетика клеток». Гистохимический журнал . 27 (5): 339–69. дои : 10.1007/BF02389022 . ПМИД 7657555 . S2CID 21785471 .
- ^ Увлеченный; Ю. Шивалингам; Р. Бунстра; Дж. М. Войтович (март 2002 г.). «Полезность Ki-67 и BrdU в качестве пролиферативных маркеров нейрогенеза взрослых». Журнал методов нейробиологии . 115 (1): 97–105. дои : 10.1016/S0165-0270(02)00007-9 . hdl : 1807/357 . ПМИД 11897369 . S2CID 17572667 .
- ^ Кониси, Теруаки; Такэясу, Акихиро; Нацумэ, Тосиюки; Фурусава, Иосия; Сноу, Котаро (2011). «Визуализация треков тяжелых ионов путем маркировки 3'-ОН-конца индуцированных разрывов нитей ДНК». Журнал радиационных исследований . 52 (4): 433–40. Бибкод : 2011JRadR..52..433K . дои : 10.1269/млр.10097 . ПМИД 21785232 .
- ^ Эрикссон, Питер; Екатерина Перфильева; Томас Бьорк-Эрикссон; Энн-Мари Олборн; Клаас Нордборг; Дэниел А. Петерсон; Фред Х. Гейдж (1998). «Нейрогенез в гиппокампе взрослого человека» . Природная медицина . 1313-1317. 4 (11): 1313–1317. дои : 10.1038/3305 . ПМИД 9809557 .
- ^ Фудзимаки, Такамицу; Носки Обувь; Осаму Накамура; Акио Асаи; Нобуаки Лав; Морио Койке; Хироме Сегава; Коити Аритаке; Таканори Фукусима; Сюнтаро Ходзё; Акира Тамура; Кейджи Сано (1991). «Корреляция между показателями маркировки бромдезоксиуридином и прогнозом для пациентов при астроцитарных опухолях головного мозга у взрослых» . Рак . 67 (6): 1629–1634. doi : 10.1002/1097-0142(19910315)67:6<1629::AID-CNCR2820670626>3.0.CO;2-E . ПМИД 2001552 .
- ^ Хосино, Такао; Тадаси Нагашима; Юдит Мурович; Эллен М. Левин; Виктор Алексеевич Левин; Стивен М. Рапп (1985). «Клеточные кинетические исследования опухолей головного мозга человека in situ с применением бромдезоксиуридина» . Цитометрия . 6 (6): 627–632. дои : 10.1002/cyto.990060619 . ПМИД 2998714 .
- ^ Петерсон, MR; Харроп, С.Дж.; МакСвини, С.М.; Леонард, Джорджия; Томпсон, AW; Хантер, Западная Нью; Хелливелл, младший (1996). «Стратегии фазирования MAD, исследованные с помощью кристалла бромированного олигонуклеотида с разрешением 1,65 Å» . Журнал синхротронного излучения . 3 (Часть 1): 24–34. Бибкод : 1996JSynR...3...24P . дои : 10.1107/S0909049595013288 . ПМИД 16702655 .
- ^ Бек, Тобиас; Грюин, Тим; Шелдрик, Джордж М. (2010). «Магический треугольник сошел с ума: экспериментальное фазирование с производным брома» . Acta Crystallographica Раздел D. 66 (4): 374–80. Бибкод : 2010AcCrD..66..374B . дои : 10.1107/S0907444909051609 . ПМЦ 2852301 . ПМИД 20382990 .
- ^ Вайс Р.А. (2013). «О понятии и выяснении эндогенных ретровирусов» . Филос. Пер. Р. Сок. Лонд. Б Биол. Наука . 368 (1626): 20120494. doi : 10.1098/rstb.2012.0494 . ПМЦ 3758183 . ПМИД 23938748 .
- ^ Тада, Юя; Гроссарт, Ханс-Петер (2013). «Сдвиги сообщества активно растущих озерных бактерий после добавления N-ацетилглюкозамина: улучшение метода BrdU-FACS» . Журнал ISME . 8 (2): 441–454. дои : 10.1038/ismej.2013.148 . ISSN 1751-7362 . ПМК 3906810 . ПМИД 23985742 .
- ^ Борнеман Дж (1999). «Культурально-независимая идентификация микроорганизмов, реагирующих на определенные стимулы» . Прил. Окружающая среда. Микробиол . 65 (8): 3398–400. Бибкод : 1999ApEnM..65.3398B . дои : 10.1128/АЕМ.65.8.3398-3400.1999 . ПМК 91510 . ПМИД 10427025 .
- ^ Урбах, Эна; Кевин Л. Вергин; Стивен Дж. Джованнони (март 1999 г.). «Иммунохимическое обнаружение и выделение ДНК метаболически активных бактерий» . Прикладная и экологическая микробиология . 65 (3): 1207–1213. Бибкод : 1999ApEnM..65.1207U . дои : 10.1128/АЕМ.65.3.1207-1213.1999 . ПМК 91166 . ПМИД 10049885 .
- ^ Хилл Б.Т., Басерга Р. (1975). «Влияние 5-бромдезоксиуридина на транскрипционные свойства генома диплоидных фибробластов человека WI-38». хим. Биол. Взаимодействуйте . 10 (5): 363–375. Бибкод : 1975CBI....10..363H . дои : 10.1016/0009-2797(75)90058-7 . ПМИД 1095238 .