Jump to content

C6ORF163

C6ORF163
Идентификаторы
Псевдонимы C6ORF163 , хромосома 6 открытая рамка считывания 163
Внешние идентификаторы MGI : 2684982 ; Гомологен : 79759 ; GeneCards : C6ORF163 ; OMA : C6ORF163 - Ортологи
Ортологи
Разновидность Человек Мышь
Входить
Набор
Uniprot
Refseq (мРНК)

NM_001010868

NM_001033255

Refseq (белок)

NP_001010868

NP_001028427

Расположение (UCSC) Chr 6: 87,34 - 87,37 МБ Chr 4: 34,74 - 34,76 МБ
PubMed Search [ 3 ] [ 4 ]
Викидид
Посмотреть/редактировать человека Посмотреть/редактировать мышь

C6ORF163 человека - это белок , кодируемый C6ORF163 геном .

C6ORF163 и близлежащие гены на хромосоме 6.

C6ORF163 представляет собой ген 20,6 КБ, кодируемый на плюс хромосомы 6 (6Q15). Предполагается, что C6ORF163 станет частью локуса чтения с соседними генами на плюс, SMIM8 (небольшой интегральный мембранный белок 8, также известный как C6ORF162), LINC01590 ( длинная межгенная некодирующая РНК 1590) и CFAP206 (Килиа и Флагина. Асвязанный белок 206). [ 5 ]

Транскрипт

[ редактировать ]

C6ORF163 Было обнаружено, что почти общается экспрессируется на низких уровнях в наборах данных RNA-seq. Он выражается наиболее высоко в яичках . [ 5 ] Существует 4 изоформы C6ORF163 5 , наиболее распространенные из которых имеют экзонов . Варианты сплайсинга различаются в результате усечения на 5 'конец. [ 6 ] Был идентифицирован дополнительный не сплачиваемый вариант мРНК, но он, по -видимому, не кодирует для белка. [ 6 ]

На протяжении раннего развития C6ORF163 экспрессируется на умеренных уровнях во многих тканях. Его выражение является самым высоким в 10 недель гестационного времени и уменьшается по мере развития. [ 7 ]

Прогнозируемая структура человека C6ORF163 из Alphafold

Белок C6ORF163 человека составляет 329 аминокислот длиной и имеет молекулярную массу 38 кДа. [ 8 ] Его прогнозируемая изоэлектрическая точка составляет 6,49. [ 9 ] Согласно структурному прогнозу от Alphafold, [ 10 ] В основном он состоит из длинной альфа -спиральной области, которая является относительно редкой структурой в белках человека. [ 11 ] Длинная альфа -спиральная структура хорошо сохранилась среди ортологов.

C6ORF163 содержит прогнозируемый мотив лейциновой молнии от аминокислот 247 до 269. Этот мотив обычно участвует в связывании ДНК и обычно обнаруживается в транскрипционных факторах и других регуляторных белках. Лициновые молнии образуют димеры для связывания ДНК, поэтому присутствие этого мотива предполагает, что C6ORF163 может существовать как димер.

Прогнозы алфалолд структуры для выбранных ортологов показывают структурное сохранение. Слева направо: Pseudonaja textilis (восточная коричневая змея), Zalophus californianus (California Sealion) и Egretta Garzetta (Little Egret).

Было обнаружено, что C6ORF163 подвергается фосфорилированию при 7 различных остатках и убиквитинировании при 1 остатках. [ 12 ] [ 13 ] Кроме того, он прогнозировался в вычислительном порядке, чтобы подвергнуться сумоилированию , [ 14 ] ликана ацетилирование , [ 15 ] типа муцина и гликозилирование . [ 16 ]

Было обнаружено, что C6ORF163 взаимодействует с белком DRC6 [ 17 ] (Регуляторная комплексная субъединица 6, также известная как F -box и Leucine Rich Reptept Repetin Protein 13), которая представляет собой убиквитин -лигазу, которая образует часть комплекса убиквитин -лигазы типа типа SCF . Было обнаружено, что DRC6 участвует в регулировании ресничек и подвижности жгутиков. [ 18 ]

C6ORF163 имеет сигнал ядерной локализации от аминокислот с 310 до 316. Окрашивание антителами показало, что C6ORF163 локализовывается в ядре и цитоплазме. [ 19 ] [ 20 ]

Эволюция

[ редактировать ]
Концептуальный перевод C6ORF163, показывающий местоположения заметных мотивов и консервативных остатков.

Белок C6ORF163 высоко консервативный среди животных. Ортологи C6ORF163 были идентифицированы у млекопитающих, птиц, рептилий, амфибий, рыб и некоторых беспозвоночных, включая моллюсков, эхинодерм и ланселетов. Наиболее далекий идентифицированный ортолог C6ORF163 находится в японской грязевой улитке, Batillaria attramentaria . Этот ортолог имеет 23% идентичность последовательности с человеческим белком. [ 21 ]

Homo Sapiens C6ORF163 не имеет известных паралогов у людей.

Выбранные ортологи C6ORF163
Род и виды Общее название Номер доступа Длина (АА) Идентичность последовательности (%) Дата дивергенции (MYA)
Homo Sapiens человек NP_001010868.2 328 100 0
Homo Sapiens мышь NP_001028427.1 328 74 87
Эгретта Гарцетта Маленькая царапина XP_009647262.2 330 47 319
Crocodylus porosus соленый крокодил XP_019393256.1 350 43 319
Geotrypetes seraphini Габун Цецильс XP_033792248.1 313 33 353
Scyliorhinus Dog Маленький накрытый кошачий котшарк XP_038654713.1 330 27 464
Branchiostoma Floridae Флорида Ланселет XP_035665671.1 297 29 556
Атриментальная баттелла Японская грязная улитка Kag5690851.1 278 23 680

Клиническое значение

[ редактировать ]

Исследование ассоциации по всему геному, в котором анализируются генетические предикторы долгосрочного результата лечения биполярного расстройства, показало, что SNP вблизи C6ORF163 были связаны с общим количеством маниакальных и депрессивных эпизодов во время последующего лечения и количеством депрессивных эпизодов во время наблюдения, что предполагает, что что, что, что, что, что, что, что, что, что, что, что, что, что, что, что, что, что это C6ORF163 может быть вовлечен в восприимчивость к биполярному расстройству. [ 22 ]

  1. ^ Jump up to: а беременный в GRCH38: Ensembl Release 89: ENSG00000203872 - Ensembl , май 2017 г.
  2. ^ Jump up to: а беременный в GRCM38: Ensembl Release 89: Ensmusg00000071015 - Ensembl , май 2017 г.
  3. ^ «Человеческая PubMed ссылка:» . Национальный центр информации о биотехнологии, Национальная медицина США .
  4. ^ «Мышь Pubmed ссылка:» . Национальный центр информации о биотехнологии, Национальная медицина США .
  5. ^ Jump up to: а беременный «C6ORF163 Хромосома 6 Открытая рамка считывания 163 [Homo Sapiens (Human)] - Gene - NCBI» . www.ncbi.nlm.nih.gov . Получено 2022-12-15 .
  6. ^ Jump up to: а беременный «AceView: Gene: C6ORF163, комплексная аннотация генов человека, мыши и червя с мРНК или estsaceview» . www.ncbi.nlm.nih.gov . Получено 2022-10-19 .
  7. ^ Szabo L, Morey R, Palpant NJ, Wang PL, Afari N, Jiang C, et al. (Июнь 2015 г.). «Статистическое обнаружение сплайсинга выявляет нейронное обогащение и тканевую индукцию круговой РНК во время развития плода человека» . Биология генома . 16 (1): 126. DOI : 10.1186/S13059-015-0690-5 . PMC   4506483 . PMID   26076956 .
  8. ^ «Uniprot - нехарактерный белок C6ORF163» . www.uniprot.org . Получено 2022-12-15 .
  9. ^ «Expasy - вычислить инструмент PI/MW» . web.expasy.org . Получено 2022-12-15 .
  10. ^ Jumper J, Evans R, Pritzel A, Green T, Figurnov M, Ronneberger O, et al. (Август 2021 г.). «Высокий точный прогноз структуры белка с помощью алфалолда» . Природа . 596 (7873): 583–589. Bibcode : 2021natur.596..583j . doi : 10.1038/s41586-021-03819-2 . PMC   8371605 . PMID   34265844 . S2CID   235959867 .
  11. ^ Peckham M, Knight PJ (2009-06-23). «Когда предсказанная спиральная катушка на самом деле является единственной α-спиралью, в миозинах и других белках» . Мягкое вещество . 5 (13): 2493–2503. doi : 10.1039/b822339d . ISSN   1744-6848 .
  12. ^ "C6ORF163 (человек)" . www.phosphosite.org . Получено 2022-12-07 .
  13. ^ Mertins P, Yang F, Liu T, Mani DR, Petyuk VA, Gillette MA, et al. (Июль 2014). «Ишемия в опухолях вызывает ранние и устойчивые изменения фосфорилирования в путях киназы стресса, но не влияет на глобальные уровни белка» . Молекулярная и клеточная протеомика . 13 (7): 1690–1704. doi : 10.1074/mcp.m113.036392 . PMC   4083109 . PMID   24719451 .
  14. ^ Zhao Q, Xie Y, Zheng Y, Jiang S, Liu W, Mu W, et al. (Июль 2014). «GPS-Sumo: инструмент для прогнозирования сайтов Sumoylation и мотивов SUMO-Interaction» . Исследование нуклеиновых кислот . 42 (проблема веб -сервера): W325 - W330. doi : 10.1093/nar/gku383 . PMC   4086084 . PMID   24880689 .
  15. ^ Денг В., Ван С., Чжан Ю, Сюй Ю., Чжан С., Лю З. и др. (Декабрь 2016 г.). «GPS-Pail: прогнозирование сайтов модификации лизин ацетилтрансферазы из белковых последовательностей» . Научные отчеты . 6 (1): 39787. BIBCODE : 2016NATSR ... 639787D . doi : 10.1038/srep39787 . PMC   5177928 . PMID   28004786 .
  16. ^ Steentoft C, Vakhrushev SY, Joshi HJ, Kong Y, Vester-Christensen MB, Schjoldager KT, et al. (Май 2013). «Точное картирование человеческого гликопротеома человека с помощью технологии SimpleCell» . Embo Journal . 32 (10): 1478–1488. doi : 10.1038/emboj.2013.79 . PMC   3655468 . PMID   23584533 .
  17. ^ Fung E, Richter C, Yang HB, Schäffer I, Fischer R, Kessler BM, et al. (Март 2018 г.). «FBXL13 направляет протеолиз CEP192 для регулирования центросом гомеостаза и миграции клеток» . Embo сообщает . 19 (3). doi : 10.15252/emb.201744799 . PMC   5836097 . PMID   29348145 .
  18. ^ "Uniprot - Q8Nee6 · DRC6_HUMAN" . www.uniprot.org . Получено 2022-12-07 .
  19. ^ «C6ORF163 Поликлональные антитела (PA5-62706)» . www.thermofisher.com . Получено 2022-12-07 .
  20. ^ «Субклеточный - C6ORF163 - атлас белка человека» . www.proteinatlas.org . Получено 2022-12-07 .
  21. ^ «Взрыв: базовый локальный инструмент поиска выравнивания» . blast.ncbi.nlm.nih.gov . Получено 2022-12-15 .
  22. ^ Фаббри С, Серретти А (февраль 2016 г.). «Генетика долгосрочного результата лечения при биполярном расстройстве». Прогресс в нейропсихофармакологии и биологической психиатрии . 65 : 17–24. doi : 10.1016/j.pnpbp.2015.08.008 . PMID   26297903 . S2CID   41881629 .
Arc.Ask3.Ru: конец переведенного документа.
Arc.Ask3.Ru
Номер скриншота №: b93bcd5b0973d17ef4dcd59c9e2b2aa5__1711067580
URL1:https://arc.ask3.ru/arc/aa/b9/a5/b93bcd5b0973d17ef4dcd59c9e2b2aa5.html
Заголовок, (Title) документа по адресу, URL1:
C6orf163 - Wikipedia
Данный printscreen веб страницы (снимок веб страницы, скриншот веб страницы), визуально-программная копия документа расположенного по адресу URL1 и сохраненная в файл, имеет: квалифицированную, усовершенствованную (подтверждены: метки времени, валидность сертификата), открепленную ЭЦП (приложена к данному файлу), что может быть использовано для подтверждения содержания и факта существования документа в этот момент времени. Права на данный скриншот принадлежат администрации Ask3.ru, использование в качестве доказательства только с письменного разрешения правообладателя скриншота. Администрация Ask3.ru не несет ответственности за информацию размещенную на данном скриншоте. Права на прочие зарегистрированные элементы любого права, изображенные на снимках принадлежат их владельцам. Качество перевода предоставляется как есть. Любые претензии, иски не могут быть предъявлены. Если вы не согласны с любым пунктом перечисленным выше, вы не можете использовать данный сайт и информация размещенную на нем (сайте/странице), немедленно покиньте данный сайт. В случае нарушения любого пункта перечисленного выше, штраф 55! (Пятьдесят пять факториал, Денежную единицу (имеющую самостоятельную стоимость) можете выбрать самостоятельно, выплаичвается товарами в течение 7 дней с момента нарушения.)