ACTL6A

ACTL6A
Идентификаторы
Псевдонимы	ACTL6A , ACTL6, ARPN-BETA, Arp4, BAF53A, INO80K, актиноподобный 6A, SMARCN1
Внешние идентификаторы	Опустить : 604958 ; МГИ : 1861453 ; Гомологен : 55811 ; Генные карты : ACTL6A ; OMA : ACTL6A — ортологи
showМестоположение гена ( человек )
Chr.	Chromosome 3 (human)
End	179,588,407 bp
showМестоположение гена ( Мышь )
Chr.	Chromosome 3 (mouse)
End	32,781,122 bp
show экспрессии РНК Характер
	Top expressed in
	gonad; ; Achilles tendon; ; ganglionic eminence; ; ventricular zone; ; oocyte; ; right testis; ; left testis; ; secondary oocyte; ; rectum; ; islet of Langerhans;
	Top expressed in
	ectoderm; ; otic vesicle; ; internal carotid artery; ; otic placode; ; maxillary prominence; ; mandibular prominence; ; external carotid artery; ; abdominal wall; ; epiblast; ; medial ganglionic eminence;
	More reference expression data
	More reference expression data
showГенная онтология
Molecular function	RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding; transcription coactivator activity; chromatin binding; protein binding; nucleosomal DNA binding;
Cellular component	SWI/SNF complex; Ino80 complex; NuA4 histone acetyltransferase complex; plasma membrane; nucleoplasm; npBAF complex; nucleus; protein-containing complex;
Biological process	chromatin remodeling; DNA recombination; regulation of transcription, DNA-templated; positive regulation of protein targeting to mitochondrion; regulation of transcription by RNA polymerase II; histone H2A acetylation; transcription, DNA-templated; nervous system development; cellular response to DNA damage stimulus; regulation of autophagy of mitochondrion; spinal cord development; histone H4 acetylation; regulation of growth; DNA repair; neural retina development; signal transduction; protein deubiquitination; blastocyst formation; chromatin organization; positive regulation of nucleic acid-templated transcription;
	Sources:Amigo / QuickGO
hideОртологи
	86
	56456
	ENSG00000136518
	ENSMUSG00000027671
	О96019
	Q9Z2N8
	НМ_178042 ; НМ_004301 ; НМ_177989
	НМ_019673
	НП_004292 ; НП_817126 ; НП_829888
	НП_062647
	Викиданные
Просмотр/редактирование человека	Просмотр/редактирование мыши

Актиноподобный белок 6А — это белок , который у человека кодируется ACTL6A геном . ^{[ 5 ]}^{[ 6 ]}^{[ 7 ]}

Функция

Этот ген кодирует член семейства актин-родственных белков (ARP), которые имеют значительную идентичность аминокислотной последовательности с обычными актинами. Как актины, так и ARP, имеют актиновую складку, которая представляет собой АТФ-связывающую щель, как общую черту. ARP участвуют в разнообразных клеточных процессах, включая везикулярный транспорт, ориентацию веретена, миграцию ядер и ремоделирование хроматина . Этот ген кодирует субъединичный белок массой 53 кДа комплекса BAF (BRG1/brm-ассоциированный фактор) у млекопитающих, который функционально связан с комплексом SWI/SNF у S. cerevisiae и Drosophila ; последний, как полагают, облегчает транскрипционную активацию специфических генов путем противодействия репрессии транскрипции, опосредованной хроматином . Вместе с бета-актином он необходим для максимальной АТФазной активности BRG1 и для ассоциации комплекса BAF с хроматином/матриксом. Описаны три варианта транскрипта, кодирующие две разные изоформы белка. ^{[ 7 ]}

Клиническое значение

ACTL6A усиливается при раке головы и плоскоклеточном раке и обеспечивает плохой прогноз для пациентов. Это также первое сообщение об амплификации эпигенетического фактора Салади С.В. ^{[ 8 ]} При гепатоцеллюлярном раке он способствует метастазированию. ^{[ 9 ]}

Взаимодействия

Было показано, что ACTL6A взаимодействует с SMARCA2 . ^{[ 10 ]}^{[ 11 ]}^{[ 12 ]} Мик , ^{[ 11 ]} ассоциированный с доменом трансформации/транскрипции , Белок , ^{[ 11 ]} RuvB-подобный 1 ^{[ 11 ]} и SMARCA4 . ^{[ 5 ]}^{[ 10 ]}

Ссылки

^ Jump up to: ^а ^б ^с GRCh38: Версия Ensembl 89: ENSG00000136518 – Ensembl , май 2017 г.
^ Jump up to: ^а ^б ^с GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000027671 – Ensembl , май 2017 г.
^ «Ссылка на Human PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
^ «Ссылка на Mouse PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
^ Jump up to: ^а ^б Чжао К., Ван В., Рандо О.Дж., Сюэ Ю., Свидерек К., Куо А., Крэбтри Г.Р. (декабрь 1998 г.). «Быстрое и фосфоинозитол-зависимое связывание SWI/SNF-подобного комплекса BAF с хроматином после передачи сигнала рецептору Т-лимфоцитов» . Клетка . 95 (5): 625–36. дои : 10.1016/S0092-8674(00)81633-5 . ПМИД 9845365 . S2CID 3184211 .
^ Харата М., Мочизуки Р., Мизуно С. (июль 1999 г.). «Две изоформы белка, родственного актину человека, демонстрируют ядерную локализацию и взаимно селективную экспрессию между мозгом и другими тканями» . Biosci Biotechnol Biochem . 63 (5): 917–23. дои : 10.1271/bbb.63.917 . ПМИД 10380635 .
^ Jump up to: ^а ^б «Ген Энтреза: актиноподобный ACTL6A 6А» .
^ Салади С.В., Росс К., Караайваз М., Тата ПР, Моу Х., Раджагопал Дж., Рамасвами С., Эллисен Л.В. (2017). «ACTL6A совместно амплифицируется с p63 при плоскоклеточном раке, чтобы стимулировать активацию YAP, регенеративную пролиферацию и плохой прогноз» . Раковая клетка . 31 (1): 35–49. дои : 10.1016/j.ccell.2016.12.001 . ПМК 5225026 . ПМИД 28041841 .
^ Сяо С., Чанг Р.М., Ян М.И., Лэй Икс, Лю Икс, Гао ВБ, Сяо Дж.Л., Ян Л.И. (2016). «Актин-подобный 6А предсказывает плохой прогноз гепатоцеллюлярной карциномы и способствует метастазированию и эпителиально-мезенхимальному переходу» . Гепатология . 63 (4): 1256–71. дои : 10.1002/hep.28417 . ПМЦ 4834727 . ПМИД 26698646 .
^ Jump up to: ^а ^б Ван В., Сайд Дж., Сюэ Ю., Чжоу С., Хавари П.А., Биггар С.Р., Мухардт С., Калпана Г.В., Гофф С.П., Янив М., Уоркман Дж.Л., Крэбтри Г.Р. (октябрь 1996 г.). «Очистка и биохимическая гетерогенность комплекса SWI-SNF млекопитающих» . ЭМБО Дж. 15 (19): 5370–82. дои : 10.1002/j.1460-2075.1996.tb00921.x . ПМК 452280 . ПМИД 8895581 .
^ Jump up to: ^а ^б ^с ^д Парк Дж., Вуд Массачусетс, Коул Доктор медицины (март 2002 г.). «BAF53 образует отдельные ядерные комплексы и действует как критический ядерный кофактор, взаимодействующий с c-Myc, для онкогенной трансформации» . Мол. Клетка. Биол . 22 (5): 1307–16. дои : 10.1128/MCB.22.5.1307-1316.2002 . ПМЦ 134713 . ПМИД 11839798 .
^ Курода Ю., Ома Ю., Нишимори К., Охта Т., Харата М. (ноябрь 2002 г.). «Специфическая для мозга экспрессия родственного ядерному актину белка ArpNalpha и его участие в комплексе ремоделирования хроматина SWI/SNF млекопитающих». Биохим. Биофиз. Рез. Коммун . 299 (2): 328–34. дои : 10.1016/S0006-291X(02)02637-2 . ПМИД 12437990 .

Дальнейшее чтение

Шафер Д.А., Шрёр Т.А. (2000). «Актин-родственные белки». Анну. Преподобный Cell Dev. Биол . 15 : 341–63. дои : 10.1146/annurev.cellbio.15.1.341 . ПМИД 10611965 .
Дойон Ю, Коте Ж (2004). «Высококонсервативный и многофункциональный комплекс NuA4 HAT». Курс. Мнение. Жене. Дев . 14 (2): 147–54. дои : 10.1016/j.где.2004.02.009 . ПМИД 15196461 .
Маруяма К., Сугано С. (1994). «Олиго-кэпирование: простой метод замены кэп-структуры эукариотических мРНК олигорибонуклеотидами». Джин . 138 (1–2): 171–4. дои : 10.1016/0378-1119(94)90802-8 . ПМИД 8125298 .
Сузуки Ю, Ёситомо-Накагава К, Маруяма К, Суяма А, Сугано С (1997). «Создание и характеристика библиотеки кДНК, обогащенной по полной длине и по 5'-концу». Джин . 200 (1–2): 149–56. дои : 10.1016/S0378-1119(97)00411-3 . ПМИД 9373149 .
Чо Х, Орфанидес Г, Сан Х, Ян XJ, Огрызко В, Лис Э, Накатани Ю, Рейнберг Д (1998). «Комплекс человеческой РНК-полимеразы II, содержащий факторы, модифицирующие структуру хроматина» . Мол. Клетка. Биол . 18 (9): 5355–63. дои : 10.1128/MCB.18.9.5355 . ПМК 109120 . ПМИД 9710619 .
Фелан М.Л., Сиф С., Нарликар Г.Дж., Кингстон Р.Э. (1999). «Восстановление основного комплекса ремоделирования хроматина из субъединиц SWI/SNF» . Мол. Клетка . 3 (2): 247–53. дои : 10.1016/S1097-2765(00)80315-9 . ПМИД 10078207 .
Икура Т., Огрызко В.В., Григорьев М., Гройсман Р., Ван Дж., Хорикоши М., Скалли Р., Цинь Дж., Накатани Ю. (2000). «Участие комплекса гистонацетилазы TIP60 в репарации ДНК и апоптозе» . Ячейка 102 (4): 463–73. дои : 10.1016/S0092-8674(00) 00051-9 ПМИД 10966108 . S2CID 18047169 .
Сюэ Ю, Канман Дж.К., Ли К.С., Не З., Ян Д., Морено Г.Т., Янг МК, Салмон Э.Д., Ван В. (2001). «Комплекс ремоделирования хроматина SWI/SNF-B человека связан с rsc дрожжей и локализуется в кинетохорах митотических хромосом» . Учеб. Натл. акад. наук. США . 97 (24): 13015–20. Бибкод : 2000PNAS...9713015X . дои : 10.1073/pnas.240208597 . ПМК 27170 . ПМИД 11078522 .
Виман С, Вейль Б, Велленройтер Р, Гассенхубер Й, Глассль С, Ансорж В, Бёхер М, Блокер Х, Бауэрсахс С, Блюм Х, Лаубер Й, Дюстерхофт А, Бейер А, Кёрер К, Штрак Н, Мьюс Х.В., Оттенвальдер Б , Обермайер Б, Тампе Дж, Хойбнер Д, Вамбутт Р, Корн Б, Кляйн М, Пустка А (2001). «К каталогу человеческих генов и белков: секвенирование и анализ 500 новых полных белков, кодирующих кДНК человека» . Геном Рез . 11 (3): 422–35. дои : 10.1101/gr.GR1547R . ПМК 311072 . ПМИД 11230166 .
Симпсон Дж.К., Велленройтер Р., Пустка А., Пепперкок Р., Виманн С. (2001). «Систематическая субклеточная локализация новых белков, выявленная с помощью крупномасштабного секвенирования кДНК» . Представитель ЭМБО . 1 (3): 287–92. дои : 10.1093/embo-reports/kvd058 . ПМЦ 1083732 . ПМИД 11256614 .
Сунг Ю.Х., Чой Э.Ю., Квон Х. (2001). «Идентификация ядерного белка ArpN как компонента комплекса SWI/SNF человека и его селективная ассоциация с подмножеством активных генов» . Мол. Клетки . 11 (1): 75–81. дои : 10.1016/S1016-8478(23)17006-3 . ПМИД 11266125 .
Лай Ч., Чиу Ю., Лин В. (2001). «Идентификация гена кривой шеи человека методом сравнительной идентификации генов». Биохим. Биофиз. Акта . 1517 (3): 449–54. дои : 10.1016/s0167-4781(00)00295-5 . ПМИД 11342225 .
Фукс М., Гербер Дж., Драпкин Р., Сиф С., Икура Т., Огрызко В., Лейн В.С., Накатани Ю., Ливингстон Д.М. (2001). «Комплекс p400 является важной мишенью трансформации E1A» . Клетка . 106 (3): 297–307. дои : 10.1016/S0092-8674(01)00450-0 . ПМИД 11509179 . S2CID 15634637 .
Като Х, Тьернберг А, Чжан В, Крутчинский А.Н., Ан В., Такеучи Т, Оцуки Ю, Сугано С, де Брёйн Д.Р., Хаит Б.Т., Рёдер Р.Г. (2002). «SYT связывается с человеческими комплексами SNF/SWI, а C-концевая область его партнера по слиянию SSX1 нацелена на гистоны» . Ж. Биол. Химия 277 (7): 5498–505. дои : 10.1074/jbc.M108702200 . hdl : 2066/170683 . ПМИД 11734557 .
Парк Дж., Вуд Массачусетс, Коул Мэриленд (2002). «BAF53 образует отдельные ядерные комплексы и действует как критический ядерный кофактор, взаимодействующий с c-Myc, для онкогенной трансформации» . Мол. Клетка. Биол . 22 (5): 1307–16. дои : 10.1128/MCB.22.5.1307-1316.2002 . ПМЦ 134713 . ПМИД 11839798 .
Офучи Э., Нишимори К., Харата М. (2003). «Альтернативные продукты сплайсинга гена белка, родственного ядерному актину человека, hArpNbeta/Baf53, который кодирует изоформу белка hArpNbetaS в цитоплазме» . Биология. Биотехнология. Биохим . 66 (8): 1740–3. дои : 10.1271/bbb.66.1740 . ПМИД 12353638 . S2CID 35246242 .
Курода Ю., Ома Ю., Нисимори К., Охта Т., Харата М. (2003). «Специфическая для мозга экспрессия родственного ядерному актину белка ArpNalpha и его участие в комплексе ремоделирования хроматина SWI/SNF млекопитающих». Биохим. Биофиз. Рез. Коммун . 299 (2): 328–34. дои : 10.1016/S0006-291X(02)02637-2 . ПМИД 12437990 .

[refGRCh38Ensembl-1] Jump up to: ^а ^б ^с GRCh38: Версия Ensembl 89: ENSG00000136518 – Ensembl , май 2017 г.

[refGRCm38Ensembl-2] Jump up to: ^а ^б ^с GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000027671 – Ensembl , май 2017 г.

[3] «Ссылка на Human PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .

[4] «Ссылка на Mouse PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .

[pmid9845365-5] Jump up to: ^а ^б Чжао К., Ван В., Рандо О.Дж., Сюэ Ю., Свидерек К., Куо А., Крэбтри Г.Р. (декабрь 1998 г.). «Быстрое и фосфоинозитол-зависимое связывание SWI/SNF-подобного комплекса BAF с хроматином после передачи сигнала рецептору Т-лимфоцитов» . Клетка . 95 (5): 625–36. дои : 10.1016/S0092-8674(00)81633-5 . ПМИД 9845365 . S2CID 3184211 .

[pmid10380635-6] Харата М., Мочизуки Р., Мизуно С. (июль 1999 г.). «Две изоформы белка, родственного актину человека, демонстрируют ядерную локализацию и взаимно селективную экспрессию между мозгом и другими тканями» . Biosci Biotechnol Biochem . 63 (5): 917–23. дои : 10.1271/bbb.63.917 . ПМИД 10380635 .

[entrez-7] Jump up to: ^а ^б «Ген Энтреза: актиноподобный ACTL6A 6А» .

[pmid28041841-8] Салади С.В., Росс К., Караайваз М., Тата ПР, Моу Х., Раджагопал Дж., Рамасвами С., Эллисен Л.В. (2017). «ACTL6A совместно амплифицируется с p63 при плоскоклеточном раке, чтобы стимулировать активацию YAP, регенеративную пролиферацию и плохой прогноз» . Раковая клетка . 31 (1): 35–49. дои : 10.1016/j.ccell.2016.12.001 . ПМК 5225026 . ПМИД 28041841 .

[pmid26698646-9] Сяо С., Чанг Р.М., Ян М.И., Лэй Икс, Лю Икс, Гао ВБ, Сяо Дж.Л., Ян Л.И. (2016). «Актин-подобный 6А предсказывает плохой прогноз гепатоцеллюлярной карциномы и способствует метастазированию и эпителиально-мезенхимальному переходу» . Гепатология . 63 (4): 1256–71. дои : 10.1002/hep.28417 . ПМЦ 4834727 . ПМИД 26698646 .

[pmid8895581-10] Jump up to: ^а ^б Ван В., Сайд Дж., Сюэ Ю., Чжоу С., Хавари П.А., Биггар С.Р., Мухардт С., Калпана Г.В., Гофф С.П., Янив М., Уоркман Дж.Л., Крэбтри Г.Р. (октябрь 1996 г.). «Очистка и биохимическая гетерогенность комплекса SWI-SNF млекопитающих» . ЭМБО Дж. 15 (19): 5370–82. дои : 10.1002/j.1460-2075.1996.tb00921.x . ПМК 452280 . ПМИД 8895581 .

[pmid11839798-11] Jump up to: ^а ^б ^с ^д Парк Дж., Вуд Массачусетс, Коул Доктор медицины (март 2002 г.). «BAF53 образует отдельные ядерные комплексы и действует как критический ядерный кофактор, взаимодействующий с c-Myc, для онкогенной трансформации» . Мол. Клетка. Биол . 22 (5): 1307–16. дои : 10.1128/MCB.22.5.1307-1316.2002 . ПМЦ 134713 . ПМИД 11839798 .

[pmid12437990-12] Курода Ю., Ома Ю., Нишимори К., Охта Т., Харата М. (ноябрь 2002 г.). «Специфическая для мозга экспрессия родственного ядерному актину белка ArpNalpha и его участие в комплексе ремоделирования хроматина SWI/SNF млекопитающих». Биохим. Биофиз. Рез. Коммун . 299 (2): 328–34. дои : 10.1016/S0006-291X(02)02637-2 . ПМИД 12437990 .

[1]

[2]

[ 3 ]

[ 4 ]

[ 5 ]

[ 6 ]

[ 7 ]

[ 8 ]

[ 9 ]

[ 10 ]

[ 11 ]

[ 12 ]