CD1
| CD1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Идентификаторы | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Псевдонимы | CHD1 , белок 1, связывающий ДНК-хромодомен-геликазу, PILBOS, CHD-1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Внешние идентификаторы | Опустить : 602118 ; МГИ : 88393 ; Гомологен : 68174 ; Генные карты : CHD1 ; ОМА : CHD1 – ортологи | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Викиданные | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
представляет ДНК-связывающий хромодомен-геликаза 1 собой белок , который у человека кодируется геном CHD1 . [ 5 ] [ 6 ] [ 7 ] CHD1 представляет собой белок , ремоделирующий хроматин , который широко консервативен во многих эукариотических организмах, от дрожжей до человека. CHD1 назван в честь трех своих белковых доменов: двух тандемных хромодоменов , каталитического домена АТФазы и ДНК-связывающего домена (рис. 1). [ 8 ] [ 9 ]
Ремоделер CHD1 связывает нуклеосомы и индуцирует локальные изменения в положении нуклеосом посредством гидролиза АТФ в сочетании с транслокацией ДНК через гистоновые белки. [ 8 ] Каталитический домен CHD1, который высоко консервативен во всех ремодераторах нуклеосом, представляет собой двухдольную структуру. [ 8 ] CHD1 опирается на ДНК-связывающий домен, который связывает ДНК неспецифическим образом, помогая регулировать расстояние. [ 10 ]
CHD1 является членом большого семейства нуклеосомных ремоделеров CHD, хотя дрожжи имеют только один белок CHD, называемый Chd1. [ 11 ] У людей и мышей, напротив, есть десять белков CHD, гомологичных CHD1, но каждый из которых имеет свои характерные функции. [ 11 ] [ 12 ]
Структура
[ редактировать ]CHD1 содержит два тандемных N-концевых хромодомена , родственный SNF2 домен, домен геликазы C, CDH1/2 SANT-спиральный линкер и неупорядоченную C-концевую область. [ 13 ]
Структура Chd1, связанного с нуклеосомой, была решена (рис. 2). [ 9 ]
Функция
[ редактировать ]CHD1 необходим для плюрипотентности эмбриональных стволовых клеток у мышей за счет поддержания открытого состояния эухроматического хроматина. [ 14 ] Chd1 помогает поддерживать границы между модификациями гистонов H3K4me3 и H3K36me3 . [ 15 ] Также было показано, что CHD1 играет важную роль в диктовании транскрипционного ландшафта, способствуя дифференцировке остеобластов или дифференцировке костных клеток. [ 16 ] Исследования как на дрожжах, так и на людях показали, что Chd1 рекрутируется в участки повреждения ДНК, где он способствует открытию хроматина и привлечению факторов репарации ДНК, тем самым облегчая репарацию ДНК путем гомологичной рекомбинации. [ 17 ] [ 18 ]
Взаимодействия
[ редактировать ]CHD1 имеет несколько генетических взаимодействий с многочисленными факторами, участвующими в поддержании и транскрипции хроматина. Примечательно, что хромодомены человеческого CHD1 способны связывать модификацию гистона H3 триметил-лизин-4 (H3K4me3). [ 19 ] Считается, что CHD1 человека преимущественно связывает эту модификацию гистонов, которая в первую очередь расположена в 5'-областях генов, что является механизмом рекрутирования в эти геномные локусы. Однако на дрожжах было показано, что Chd1 взаимодействует с Rtf1 , фактором элонгации транскрипции и членом комплекса Paf1 (Paf1C). [ 20 ] Структурная информация показала, что хромодомены Chd1 у дрожжей не связывают H3K4me3. [ 11 ]
Было показано, что CHD1 взаимодействует с ко-репрессором ядерного рецептора 1 . [ 21 ]
Клиническое значение
[ редактировать ]CHD1 наиболее активно участвует в развитии рака простаты. Примерно в 10% случаев рака простаты CHD1 мутирует или удаляется. [ 22 ] [ 23 ] В клетках рака простаты CHD1 также имеет важную связь с другим фактором рака, локусом PTEN . В исследованиях данных пациентов с раком простаты, когда PTEN мутирует, Chd1 приобретает важную роль и никогда не удаляется. [ 22 ] Таким образом, нарушение функции CHD1 очевидно при большинстве случаев рака простаты. Кроме того, на некоторых моделях мышей достаточно мутации CHD1, чтобы вызвать онкогенез предстательной железы. [ 24 ]
Ссылки
[ редактировать ]- ^ Перейти обратно: а б с GRCh38: Версия Ensembl 89: ENSG00000153922 – Ensembl , май 2017 г.
- ^ Перейти обратно: а б с GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000023852 – Ensembl , май 2017 г.
- ^ «Ссылка на Human PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
- ^ «Ссылка на Mouse PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
- ^ Дельмас В., Стоукс Д.Г., Перри Р.П. (март 1993 г.). «ДНК-связывающий белок млекопитающих, содержащий хромодомен и SNF2/SWI2-подобный хеликазный домен» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 90 (6): 2414–8. Бибкод : 1993PNAS...90.2414D . дои : 10.1073/pnas.90.6.2414 . ПМК 46097 . ПМИД 8460153 .
- ^ Вудэдж Т., Басрай М.А., Баксеванис А.Д., Хитер П., Коллинз Ф.С. (октябрь 1997 г.). «Характеристика белков семейства CHD» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 94 (21): 11472–7. Бибкод : 1997PNAS...9411472W . дои : 10.1073/pnas.94.21.11472 . ПМК 23509 . ПМИД 9326634 .
- ^ «Ген Энтрез: ДНК-связывающий белок 1 хромодомен-хеликазы CHD1» .
- ^ Перейти обратно: а б с Клапье Ч.Р., Иваса Дж., Кэрнс Б.Р., Петерсон С.Л. (июль 2017 г.). «Механизмы действия и регуляция АТФ-зависимых комплексов ремоделирования хроматина» . Обзоры природы. Молекулярно-клеточная биология . 18 (7): 407–422. дои : 10.1038/номер.2017.26 . ПМЦ 8127953 . ПМИД 28512350 .
- ^ Перейти обратно: а б Фарнунг Л., Вос С.М., Вигге С., Крамер П. (октябрь 2017 г.). «Структура нуклеосомы-Chd1 и значение ремоделирования хроматина» . Природа . 550 (7677): 539–542. Бибкод : 2017Natur.550..539F . дои : 10.1038/nature24046 . ПМЦ 5697743 . ПМИД 29019976 .
- ^ Хаук Дж., Макнайт Дж. Н., Нодельман И. М., Боуман Г. Д. (сентябрь 2010 г.). «Хромодомены ремоделера хроматина Chd1 регулируют доступ ДНК к мотору АТФазы» . Молекулярная клетка . 39 (5): 711–23. doi : 10.1016/j.molcel.2010.08.012 . ПМЦ 2950701 . ПМИД 20832723 .
- ^ Перейти обратно: а б с Фланаган Дж. Ф., Блюс Б. Дж., Ким Д., Клайнс К. Л., Растинежад Ф., Хорасанизаде С. (июнь 2007 г.). «Молекулярные последствия эволюционных различий в двойных хромодоменах CHD» . Журнал молекулярной биологии . 369 (2): 334–42. дои : 10.1016/j.jmb.2007.03.024 . ЧВК 1948097 . ПМИД 17433364 .
- ^ Ченг В., Су Ю, Сюй Ф (декабрь 2013 г.). «CHD1L: новый онкоген» . Молекулярный рак . 12 (1): 170. дои : 10.1186/1476-4598-12-170 . ПМЦ 3931672 . ПМИД 24359616 .
- ^ «CHD1_HUMAN (O14646)» . ИнтерПро . Европейская лаборатория молекулярной биологии.
- ^ Гаспар-Майя А., Аладжем А., Полессо Ф., Шридхаран Р., Мейсон М.Дж., Хайдерсбах А. и др. (август 2009 г.). «Chd1 регулирует открытый хроматин и плюрипотентность эмбриональных стволовых клеток» . Природа . 460 (7257): 863–8. Бибкод : 2009Natur.460..863G . дои : 10.1038/nature08212 . ПМЦ 3891576 . ПМИД 19587682 .
- ^ Ли Ю, Пак Д., Айер В.Р. (июль 2017 г.). «АТФ-зависимый ремоделер хроматина Chd1 рекрутируется факторами элонгации транскрипции и поддерживает домены H3K4me3/H3K36me3 в активно транскрибируемых и сплайсируемых генах» . Исследования нуклеиновых кислот . 45 (12): 7180–7190. дои : 10.1093/нар/gkx321 . ПМЦ 5499586 . ПМИД 28460001 .
- ^ Баумгарт С.Дж., Наджафова З., Хоссан Т., Се В., Нагараджан С., Кари В. и др. (июль 2017 г.). «CHD1 регулирует определение судьбы клеток путем активации генов, индуцированных дифференцировкой» . Исследования нуклеиновых кислот . 45 (13): 7722–7735. дои : 10.1093/нар/gkx377 . ПМК 5570082 . ПМИД 28475736 .
- ^ Гнуньоли, М; Казари, Э; Лонгезе, член парламента (сентябрь 2021 г.). «Ремодератор хроматина Chd1 поддерживает функции MRX и Exo1 при резекции двухцепочечных разрывов ДНК» . ПЛОС Генетика . 17 (9): e1009807. дои : 10.1371/journal.pgen.1009807 . ПМЦ 8462745 . ПМИД 34520455 .
- ^ Кари, В; Мансур, Вайоминг; Рауль, СК; Баумгарт, С.Дж.; Мунд, А; Оценка, М; Сирма, Х; Саймон, Р; Уилл, Х; Доббельштейн, М; Дикомей, Э; Джонсен, SA (ноябрь 2016 г.). «Потеря CHD1 вызывает дефекты восстановления ДНК и повышает эффективность лечения рака простаты» . Отчеты ЭМБО . 17 (11): 1609–1623. дои : 10.15252/эмбр.201642352 . ПМК 5090703 . ПМИД 27596623 .
- ^ Фланаган Дж. Ф., Ми Л. З., Хрущ М., Цимборовский М., Клайнс К. Л., Ким Ю. и др. (декабрь 2005 г.). «Двойные хромодомены взаимодействуют, чтобы распознать метилированный хвост гистона H3». Природа . 438 (7071): 1181–5. Бибкод : 2005Natur.438.1181F . дои : 10.1038/nature04290 . ПМИД 16372014 . S2CID 4401500 .
- ^ Симик Р., Линдстрем Д.Л., Тран Х.Г., Ройник К.Л., Коста П.Дж., Джонсон А.Д. и др. (апрель 2003 г.). «Белок ремоделирования хроматина Chd1 взаимодействует с факторами элонгации транскрипции и локализуется в транскрибируемых генах» . Журнал ЭМБО . 22 (8): 1846–56. дои : 10.1093/emboj/cdg179 . ПМК 154471 . ПМИД 12682017 .
- ^ Тай Х.Х., Гейстерфер М., Белл Дж.К., Монива М., Дэви Дж.Р., Баучер Л., Макберни М.В. (август 2003 г.). «CHD1 связывается с NCoR и деацетилазой гистонов, а также с белками сплайсинга РНК». Связь с биохимическими и биофизическими исследованиями . 308 (1): 170–6. дои : 10.1016/S0006-291X(03)01354-8 . ПМИД 12890497 .
- ^ Перейти обратно: а б Чжао Д., Лу X, Ван Г., Лан З., Ляо В., Ли Дж. и др. (февраль 2017 г.). «Синтетическая необходимость фактора ремоделирования хроматина CHD1 при раке с дефицитом PTEN» . Природа . 542 (7642): 484–488. Бибкод : 2017Natur.542..484Z . дои : 10.1038/nature21357 . ПМК 5448706 . ПМИД 28166537 .
- ^ Хуанг С., Гульзар З.Г., Салари К., Лапуант Дж., Брукс Дж.Д., Поллак Дж.Р. (сентябрь 2012 г.). «Рецидивирующая делеция CHD1 при раке простаты, связанная с клеточной инвазивностью» . Онкоген . 31 (37): 4164–70. дои : 10.1038/onc.2011.590 . ПМК 5512870 . ПМИД 22179824 .
- ^ Аугелло М.А., Лю Д., Деонарин Л.Д., Робинсон Б.Д., Хуанг Д., Стеллоо С. и др. (апрель 2019 г.). «Потеря CHD1 изменяет связывание AR с энхансерами, специфичными для линии, и модулирует различные транскрипционные программы, управляющие опухолевым генезом простаты» . Раковая клетка . 35 (4): 603–617.e8. doi : 10.1016/j.ccell.2019.03.001 . ПМЦ 6467783 . ПМИД 30930119 .
Дальнейшее чтение
[ редактировать ]- Стоукс Д.Г., Перри Р.П. (май 1995 г.). «Свойства ДНК-связывания и локализации хроматина CHD1» . Молекулярная и клеточная биология . 15 (5): 2745–53. дои : 10.1128/mcb.15.5.2745 . ПМК 230505 . ПМИД 7739555 .
- Бональдо М.Ф., Леннон Дж., Соарес М.Б. (сентябрь 1996 г.). «Нормализация и вычитание: два подхода к открытию генов» . Геномные исследования . 6 (9): 791–806. дои : 10.1101/гр.6.9.791 . ПМИД 8889548 .
- Келли Д.Э., Стоукс Д.Г., Перри Р.П. (апрель 1999 г.). «CHD1 взаимодействует с SSRP1 и зависит как от его хромодомена, так и от его АТФазно-геликазоподобного домена для правильной ассоциации с хроматином». Хромосома . 108 (1): 10–25. дои : 10.1007/s004120050347 . ПМИД 10199952 . S2CID 12945778 .
- Саломон А.Р., Фикарро С.Б., Брилл Л.М., Бринкер А., Фунг К.Т., Эриксон С. и др. (январь 2003 г.). «Профилирование путей фосфорилирования тирозина в клетках человека с помощью масс-спектрометрии» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 100 (2): 443–8. Бибкод : 2003PNAS..100..443S . дои : 10.1073/pnas.2436191100 . ПМК 141014 . ПМИД 12522270 .
- Тай Х.Х., Гейстерфер М., Белл Дж.К., Монива М., Дэви Дж.Р., Баучер Л., Макберни М.В. (август 2003 г.). «CHD1 связывается с NCoR и деацетилазой гистонов, а также с белками сплайсинга РНК». Связь с биохимическими и биофизическими исследованиями . 308 (1): 170–6. дои : 10.1016/S0006-291X(03)01354-8 . ПМИД 12890497 .
- Бранденбергер Р., Вэй Х., Чжан С., Лей С., Мурадж Дж., Фиск Г.Дж. и др. (июнь 2004 г.). «Описание характеристик транскриптома проясняет сигнальные сети, которые контролируют рост и дифференцировку ES-клеток человека». Природная биотехнология . 22 (6): 707–16. дои : 10.1038/nbt971 . ПМИД 15146197 . S2CID 27764390 .
- Симс Р.Дж., Чен К.Ф., Сантос-Роза Х., Кузаридес Т., Патель С.С., Рейнберг Д. (декабрь 2005 г.). «Человеческий, но не дрожжевой CHD1 напрямую и избирательно связывается с гистоном H3, метилированным по лизину 4, через его тандемные хромодомены» . Журнал биологической химии . 280 (51): 41789–92. дои : 10.1074/jbc.C500395200 . ПМЦ 1421377 . ПМИД 16263726 .
- Фланаган Дж. Ф., Ми Л. З., Хрущ М., Цимборовский М., Клайнс К. Л., Ким Ю. и др. (декабрь 2005 г.). «Двойные хромодомены взаимодействуют, чтобы распознать метилированный хвост гистона H3». Природа . 438 (7071): 1181–5. Бибкод : 2005Natur.438.1181F . дои : 10.1038/nature04290 . ПМИД 16372014 . S2CID 4401500 .
- Олсен Дж.В., Благоев Б., Гнад Ф., Мачек Б., Кумар С., Мортенсен П., Манн М. (ноябрь 2006 г.). «Глобальная, in vivo и сайт-специфическая динамика фосфорилирования в сигнальных сетях» . Клетка . 127 (3): 635–48. дои : 10.1016/j.cell.2006.09.026 . ПМИД 17081983 . S2CID 7827573 .
- Окуда М., Хорикоши М., Нисимура Ю. (январь 2007 г.). «Структурный полиморфизм хромодоменов в Chd1». Журнал молекулярной биологии . 365 (4): 1047–62. дои : 10.1016/j.jmb.2006.10.039 . ПМИД 17098252 .
- Юинг Р.М., Чу П., Элизма Ф., Ли Х., Тейлор П., Клими С. и др. (2007). «Крупномасштабное картирование белково-белковых взаимодействий человека методом масс-спектрометрии» . Молекулярная системная биология . 3 (1): 89. дои : 10.1038/msb4100134 . ПМЦ 1847948 . ПМИД 17353931 .
Внешние ссылки
[ редактировать ]- человека CHD1 Расположение генома и страница сведений о гене CHD1 в браузере генома UCSC .
галерея PDB |
|---|
 | Эта статья о гене на й хромосоме человека незавершена 5 - . Вы можете помочь Википедии, расширив ее . |