ВС18

ВС18
Идентификаторы
Псевдонимы	SS18 , SSXT, SYT, субъединица комплекса ремоделирования хроматина nBAF, субъединица SS18 комплекса ремоделирования хроматина BAF, SMARCL1
Внешние идентификаторы	Опустить : 600192 ; МГИ : 107708 ; Гомологен : 38080 ; Генные карты : SS18 ; ОМА : SS18 - ортологи
showМестоположение гена ( человек )
Chr.	Chromosome 18 (human)
End	26,091,217 bp
showМестоположение гена ( Мышь )
Chr.	Chromosome 18 (mouse)
End	14,815,971 bp
show экспрессии РНК Характер
	Top expressed in
	right adrenal cortex; ; stromal cell of endometrium; ; left ovary; ; Achilles tendon; ; left adrenal gland; ; right ovary; ; left adrenal cortex; ; skin of abdomen; ; gallbladder; ; tibial nerve;
	Top expressed in
	zygote; ; ventricular zone; ; esophagus; ; tail of embryo; ; genital tubercle; ; lip; ; yolk sac; ; right kidney; ; morula; ; blastocyst;
	More reference expression data
	; ; ; ;
	More reference expression data
showГенная онтология
Molecular function	protein binding; nuclear receptor coactivator activity; transcription coactivator activity;
Cellular component	cytoplasmic microtubule; npBAF complex; nucleus; SWI/SNF complex;
Biological process	ephrin receptor signaling pathway; intracellular signal transduction; regulation of transcription, DNA-templated; cytoskeleton organization; microtubule cytoskeleton organization; cell morphogenesis; transcription, DNA-templated; positive regulation of transcription by RNA polymerase II; neuronal stem cell population maintenance; positive regulation of transcription, DNA-templated; regulation of nucleic acid-templated transcription; positive regulation of nucleic acid-templated transcription;
	Sources:Amigo / QuickGO
hideОртологи
	6760
	268996
	ENSG00000141380
	ENSMUSG00000037013
	Q15532 ; Q4VAX0
	Q62280
	НМ_001007559 ; НМ_001308201 ; НМ_005637
	НМ_001161369 ; НМ_001161370 ; НМ_001161371 ; НМ_009280
	НП_001007560 ; НП_001295130 ; НП_005628 ; НП_005628.2
	НП_001154841 ; НП_001154842 ; НП_001154843 ; НП_033306
	Викиданные
Просмотр/редактирование человека	Просмотр/редактирование мыши

Белок SSXT — белок , который у человека кодируется SS18 геном . ^{[ 5 ]}^{[ 6 ]}^{[ 7 ]}

Функция

SS18 является членом комплекса ремоделирования хроматина человека SWI/SNF . ^{[ 8 ]}^{[ 9 ]}^{[ 10 ]}

Клиническое значение

SS18 участвует в хромосомной транслокации, часто встречающейся при синовиальной саркоме . ^{[ 11 ]}

Взаимодействия

Было показано, что SS18 взаимодействует с:

Ссылки

^ Jump up to: ^а ^б ^с GRCh38: Версия Ensembl 89: ENSG00000141380 – Ensembl , май 2017 г.
^ Jump up to: ^а ^б ^с GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000037013 – Ensembl , май 2017 г.
^ «Ссылка на Human PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
^ «Ссылка на Mouse PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
^ Шипли Дж.М., Кларк Дж., Крю А.Дж., Бердсолл С., Рокес П.Дж., Гилл С., Челли Дж., Монако А.П., Эйб С., Гастерсон Б.А. (май 1994 г.). «Транслокация t(X;18)(p11.2;q11.2), обнаруженная в синовиальных саркомах человека, включает два различных локуса на Х-хромосоме». Онкоген . 9 (5): 1447–53. ПМИД 8152806 .
^ Кларк Дж., Рокс П.Дж., Крю Эй.Дж., Гилл С., Шипли Дж., Чан А.М., Гастерсон Б.А., Купер К.С. (август 1994 г.). «Идентификация новых генов, SYT и SSX, участвующих в транслокации t(X;18)(p11.2;q11.2), обнаруженной при синовиальной саркоме человека». Природная генетика . 7 (4): 502–8. дои : 10.1038/ng0894-502 . ПМИД 7951320 . S2CID 20503729 .
^ де Брёйн Д.Р., Гертс ван Кессель А. (2006). «Общее происхождение локусов генов SS18 и SS18L1, связанных с синовиальной саркомой человека». Цитогенетические и геномные исследования . 112 (3–4): 222–6. дои : 10.1159/000089874 . ПМИД 16484776 .
^ Миддельянс Э., Ван Х, Янсен П.В., Шарма В., Станненберг Х.Г., Логи С. (2012). «SS18 вместе со специфичными для животных факторами определяет человеческие комплексы SWI/SNF типа BAF» . ПЛОС ОДИН . 7 (3): e33834. Бибкод : 2012PLoSO...733834M . дои : 10.1371/journal.pone.0033834 . ПМК 3307773 . ПМИД 22442726 .
^ Jump up to: ^а ^б Като Х., Тьернберг А., Чжан В., Крутчинский А.Н., Ан В., Такеучи Т., Оцуки Ю., Сугано С., де Брёйн Д.Р., Хаит Б.Т., Рёдер Р.Г. (февраль 2002 г.). «SYT связывается с человеческими комплексами SNF/SWI, а C-концевая область его партнера по слиянию SSX1 нацелена на гистоны» . Журнал биологической химии . 277 (7): 5498–505. дои : 10.1074/jbc.M108702200 . hdl : 2066/170683 . ПМИД 11734557 .
^ Jump up to: ^а ^б Перани М., Ингрэм СиДжей, Купер К.С., Гарретт М.Д., Гудвин Г.Х. (ноябрь 2003 г.). «Консервативный домен SNH протоонкопротеина SYT взаимодействует с компонентами комплексов ремоделирования хроматина человека, тогда как домен повтора QPGY образует гомоолигомеры» . Онкоген . 22 (50): 8156–67. дои : 10.1038/sj.onc.1207031 . ПМИД 14603256 .
^ Ян К., Луи В.О., Се Ю., Чжан А., Скайттинг Б., Мандал Н., Ларссон С., Ларссон О. (июнь 2002 г.). «Сосуществование слияний SYT-SSX1 и SYT-SSX2 при синовиальных саркомах» . Онкоген . 21 (26): 4181–90. дои : 10.1038/sj.onc.1205569 . ПМИД 12037676 .
^ Ид Дж.Э., Кунг А.Л., Скалли Р., Ливингстон Д.М. (сентябрь 2000 г.). «p300 взаимодействует с ядерным протоонкопротеином SYT в рамках активного контроля клеточной адгезии» . Клетка . 102 (6): 839–48. дои : 10.1016/S0092-8674(00)00072-6 . ПМИД 11030627 . S2CID 17342132 .
^ де Брёйн Д.Р., дос Сантос Н.Р., Тийссен Дж., Балеманс М., Дебернарди С., Линдер Б., Янг Б.Д., Гертс ван Кессель А. (май 2001 г.). «Белок SYT, ассоциированный с синовиальной саркомой, взаимодействует с белком AF10, ассоциированным с острым лейкозом» . Онкоген . 20 (25): 3281–9. дои : 10.1038/sj.onc.1204419 . ПМИД 11423977 .

Дальнейшее чтение

Флигман И., Лонардо Ф., Джанвар С.К., Джеральд В.Л., Вудрафф Дж., Ладани М. (декабрь 1995 г.). «Молекулярная диагностика синовиальной саркомы и характеристика варианта слитого транскрипта SYT-SSX2» . Американский журнал патологии . 147 (6): 1592–9. ПМК 1869933 . ПМИД 7495284 .
Бретт Д., Уайтхаус С., Антонсон П., Шипли Дж., Купер С., Гудвин Дж. (сентябрь 1997 г.). «Белок SYT, участвующий в транслокации t(X;18) синовиальной саркомы, является активатором транскрипции, локализованным в ядерных тельцах» . Молекулярная генетика человека . 6 (9): 1559–64. дои : 10.1093/hmg/6.9.1559 . ПМИД 9285794 .
Таэте С., Бретт Д., Монаган П., Уайтхаус С., Ренни Дж., Рейнер Э., Купер К.С., Гудвин Дж. (апрель 1999 г.). «Функциональные домены белков транслокации синовиальной саркомы SYT и SYT-SSX и их совместная локализация с белком SNF BRM в ядре» . Молекулярная генетика человека . 8 (4): 585–91. дои : 10.1093/hmg/8.4.585 . ПМИД 10072425 .
Ид Дж.Э., Кунг А.Л., Скалли Р., Ливингстон Д.М. (сентябрь 2000 г.). «p300 взаимодействует с ядерным протоонкопротеином SYT в рамках активного контроля клеточной адгезии» . Клетка . 102 (6): 839–48. дои : 10.1016/S0092-8674(00)00072-6 . ПМИД 11030627 . S2CID 17342132 .
Тамборини Э., Агус В., Мецзелани А., Рива С., Соцци Г., Аззарелли А., Пьеротти М.А., Пилотти С. (апрель 2001 г.). «Идентификация нового сплайсированного варианта гена SYT, экспрессируемого в нормальных тканях и при синовиальной саркоме» . Британский журнал рака . 84 (8): 1087–94. дои : 10.1054/bjoc.2000.1710 . ПМЦ 2363857 . ПМИД 11308259 .
Бродин Б., Хаслам К., Ян К., Бартолацци А., Се Ю, Старборг М., Лундеберг Дж., Ларссон О. (май 2001 г.). «Клонирование и характеристика сплайсированных вариантов слитых транскриптов синовиальной саркомы: SYT/SSX4, SYT/SSX4v и SYT/SSX2v. Возможная регуляторная роль продукта слитого гена в экспрессии SYT дикого типа». Джин . 268 (1–2): 173–82. дои : 10.1016/S0378-1119(01)00412-7 . ПМИД 11368913 .
де Брёйн Д.Р., дос Сантос Н.Р., Тийссен Дж., Балеманс М., Дебернарди С., Линдер Б., Янг Б.Д., Гертс ван Кессель А. (май 2001 г.). «Белок SYT, ассоциированный с синовиальной саркомой, взаимодействует с белком AF10, ассоциированным с острым лейкозом» . Онкоген . 20 (25): 3281–9. дои : 10.1038/sj.onc.1204419 . ПМИД 11423977 .
Сузуки Х, Фукуниси Ю, Кагава И, Сайто Р, Ода Х, Эндо Т, Кондо С, Боно Х, Окадзаки Ю, Хаясидзаки Ю (октябрь 2001 г.). «Панель белок-белкового взаимодействия с использованием полноразмерных кДНК мыши» (PDF) . Геномные исследования . 11 (10): 1758–65. дои : 10.1101/гр.180101 . ПМК 311163 . ПМИД 11591653 .
Като Х., Тьернберг А., Чжан В., Крутчинский А.Н., Ан В., Такеучи Т., Оцуки Ю., Сугано С., де Брёйн Д.Р., Хаит Б.Т., Рёдер Р.Г. (февраль 2002 г.). «SYT связывается с человеческими комплексами SNF/SWI, а C-концевая область его партнера по слиянию SSX1 нацелена на гистоны» . Журнал биологической химии . 277 (7): 5498–505. дои : 10.1074/jbc.M108702200 . hdl : 2066/170683 . ПМИД 11734557 .
Ян К., Луи В.О., Се Ю., Чжан А., Скайттинг Б., Мандал Н., Ларссон С., Ларссон О. (июнь 2002 г.). «Сосуществование слияний SYT-SSX1 и SYT-SSX2 при синовиальных саркомах» . Онкоген . 21 (26): 4181–90. дои : 10.1038/sj.onc.1205569 . ПМИД 12037676 .
Имабаяси Х., Мори Т., Годзё С., Киёно Т., Сугияма Т., Ирие Р., Исогай Т., Хата Дж., Тояма Ю., Умэдзава А. (август 2003 г.). «Редифференциация дедифференцированных хондроцитов и хондрогенез стромальных клеток костного мозга человека посредством образования хондросфер с профилированием экспрессии с помощью крупномасштабного анализа кДНК». Экспериментальные исследования клеток . 288 (1): 35–50. дои : 10.1016/S0014-4827(03)00130-7 . ПМИД 12878157 .
Перани М., Ингрэм СиДжей, Купер К.С., Гарретт М.Д., Гудвин Г.Х. (ноябрь 2003 г.). «Консервативный домен SNH протоонкопротеина SYT взаимодействует с компонентами комплексов ремоделирования хроматина человека, тогда как домен повтора QPGY образует гомоолигомеры» . Онкоген . 22 (50): 8156–67. дои : 10.1038/sj.onc.1207031 . ПМИД 14603256 .
Ивасаки Т., Койбучи Н., Чин В.В. (сентябрь 2005 г.). «Транслокация синовиальной саркомы (SYT) кодирует коактиватор ядерного рецептора» . Эндокринология . 146 (9): 3892–9. дои : 10.1210/en.2004-1513 . ПМИД 15919756 .
Фернибро Дж., Фрэнсис П., Иден П., Борг А., Панагопулос И., Мертенс Ф., Валлон-Кристерссон Дж., Акерман М., Ридхольм А., Бауэр Х.К., Мандал Н., Нилберт М. (март 2006 г.). «Профили экспрессии генов, связанные с типом слияния SS18/SSX при синовиальной саркоме» . Международный журнал рака . 118 (5): 1165–72. дои : 10.1002/ijc.21475 . ПМИД 16152617 . S2CID 12084422 .
Перани М., Антонсон П., Хамуди Р., Ингрэм С.Дж., Купер К.С., Гарретт М.Д., Гудвин Г.Х. (декабрь 2005 г.). «Протоонкопротеин SYT взаимодействует с SYT-взаимодействующим белком/коактиватором-активатором (SIP/CoAA), коактиватором ядерных рецепторов человека, сходным с семейством белков EWS и TLS/FUS» . Журнал биологической химии . 280 (52): 42863–76. дои : 10.1074/jbc.M502963200 . ПМИД 16227627 .
Сунь Ю, Гао Д, Лю Ю, Хуан Дж, Лессник С, Танака С (февраль 2006 г.). «IGF2 имеет решающее значение для онкогенеза синовиальной саркомы онкопротеина SYT-SSX1» . Онкоген . 25 (7): 1042–52. дои : 10.1038/sj.onc.1209143 . ПМИД 16247461 .

[refGRCh38Ensembl-1] Jump up to: ^а ^б ^с GRCh38: Версия Ensembl 89: ENSG00000141380 – Ensembl , май 2017 г.

[refGRCm38Ensembl-2] Jump up to: ^а ^б ^с GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000037013 – Ensembl , май 2017 г.

[3] «Ссылка на Human PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .

[4] «Ссылка на Mouse PubMed:» . Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .

[pmid8152806-5] Шипли Дж.М., Кларк Дж., Крю А.Дж., Бердсолл С., Рокес П.Дж., Гилл С., Челли Дж., Монако А.П., Эйб С., Гастерсон Б.А. (май 1994 г.). «Транслокация t(X;18)(p11.2;q11.2), обнаруженная в синовиальных саркомах человека, включает два различных локуса на Х-хромосоме». Онкоген . 9 (5): 1447–53. ПМИД 8152806 .

[pmid7951320-6] Кларк Дж., Рокс П.Дж., Крю Эй.Дж., Гилл С., Шипли Дж., Чан А.М., Гастерсон Б.А., Купер К.С. (август 1994 г.). «Идентификация новых генов, SYT и SSX, участвующих в транслокации t(X;18)(p11.2;q11.2), обнаруженной при синовиальной саркоме человека». Природная генетика . 7 (4): 502–8. дои : 10.1038/ng0894-502 . ПМИД 7951320 . S2CID 20503729 .

[pmid16484776-7] де Брёйн Д.Р., Гертс ван Кессель А. (2006). «Общее происхождение локусов генов SS18 и SS18L1, связанных с синовиальной саркомой человека». Цитогенетические и геномные исследования . 112 (3–4): 222–6. дои : 10.1159/000089874 . ПМИД 16484776 .

[pmid22442726-8] Миддельянс Э., Ван Х, Янсен П.В., Шарма В., Станненберг Х.Г., Логи С. (2012). «SS18 вместе со специфичными для животных факторами определяет человеческие комплексы SWI/SNF типа BAF» . ПЛОС ОДИН . 7 (3): e33834. Бибкод : 2012PLoSO...733834M . дои : 10.1371/journal.pone.0033834 . ПМК 3307773 . ПМИД 22442726 .

[pmid11734557-9] Jump up to: ^а ^б Като Х., Тьернберг А., Чжан В., Крутчинский А.Н., Ан В., Такеучи Т., Оцуки Ю., Сугано С., де Брёйн Д.Р., Хаит Б.Т., Рёдер Р.Г. (февраль 2002 г.). «SYT связывается с человеческими комплексами SNF/SWI, а C-концевая область его партнера по слиянию SSX1 нацелена на гистоны» . Журнал биологической химии . 277 (7): 5498–505. дои : 10.1074/jbc.M108702200 . hdl : 2066/170683 . ПМИД 11734557 .

[pmid14603256-10] Jump up to: ^а ^б Перани М., Ингрэм СиДжей, Купер К.С., Гарретт М.Д., Гудвин Г.Х. (ноябрь 2003 г.). «Консервативный домен SNH протоонкопротеина SYT взаимодействует с компонентами комплексов ремоделирования хроматина человека, тогда как домен повтора QPGY образует гомоолигомеры» . Онкоген . 22 (50): 8156–67. дои : 10.1038/sj.onc.1207031 . ПМИД 14603256 .

[pmid12037676-11] Ян К., Луи В.О., Се Ю., Чжан А., Скайттинг Б., Мандал Н., Ларссон С., Ларссон О. (июнь 2002 г.). «Сосуществование слияний SYT-SSX1 и SYT-SSX2 при синовиальных саркомах» . Онкоген . 21 (26): 4181–90. дои : 10.1038/sj.onc.1205569 . ПМИД 12037676 .

[pmid11030627-12] Ид Дж.Э., Кунг А.Л., Скалли Р., Ливингстон Д.М. (сентябрь 2000 г.). «p300 взаимодействует с ядерным протоонкопротеином SYT в рамках активного контроля клеточной адгезии» . Клетка . 102 (6): 839–48. дои : 10.1016/S0092-8674(00)00072-6 . ПМИД 11030627 . S2CID 17342132 .

[pmid11423977-13] де Брёйн Д.Р., дос Сантос Н.Р., Тийссен Дж., Балеманс М., Дебернарди С., Линдер Б., Янг Б.Д., Гертс ван Кессель А. (май 2001 г.). «Белок SYT, ассоциированный с синовиальной саркомой, взаимодействует с белком AF10, ассоциированным с острым лейкозом» . Онкоген . 20 (25): 3281–9. дои : 10.1038/sj.onc.1204419 . ПМИД 11423977 .

[1]

[2]

[ 3 ]

[ 4 ]

[ 5 ]

[ 6 ]

[ 7 ]

[ 8 ]

[ 9 ]

[ 10 ]

[ 11 ]

[ 12 ]

[ 13 ]