HLA-A68
HLA-A68 | ||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
( MHC класса I , антиген клеточной поверхности) | ||||||||||||||||
О | ||||||||||||||||
Белок | трансмембранный рецептор / лиганд | |||||||||||||||
Структура | αβ гетеродимер | |||||||||||||||
Субъединицы | HLA-A *68--, β 2 -микроглобулин | |||||||||||||||
Старые имена | А28 | |||||||||||||||
Подтипы | ||||||||||||||||
| ||||||||||||||||
Редкие аллели | ||||||||||||||||
| ||||||||||||||||
Связь аллелей с базой данных IMGT/HLA в EBI |
HLA-A68 (A68) представляет собой человеческого лейкоцитарного антигена серотип в группе серотипов HLA-A . Серотип определяется антителом, распознающим α 68 подмножество α-цепей HLA-A. Для A68 альфа-цепь «A» кодируется HLA-A. *68 аллельная группа и β-цепь кодируются B2M локусом . [ 1 ] А68 и А *68 почти синонимы по смыслу. А68 представляет собой расщепленный антиген широкого антигена серотипа А28 . А68 является сестринским серотипом А69 .
A68 чаще встречается в Северной Америке.
Серотип
[ редактировать ]А*68 | А68 | А 28 | А 69 | Образец |
аллель | % | % | % | размер (Н) |
*6801 | 27 | 63 | 0 | 2736 |
А68 плохой, с низкой специфичностью обнаружения и высокой неспецифической идентификацией по А28.
Ассоциации заболеваний
[ редактировать ]По аллелю
[ редактировать ]А*68 связан с более высокой вирусной нагрузкой при ВИЧ . [ 3 ] [ 4 ] А68 может быть защитным против симптоматических заболеваний сердца при кардиомиопатии Чаги. [ 5 ]
Частоты аллелей
[ редактировать ]Исследуемая популяция | Частота. (в %) [ 6 ] |
---|---|
Бразилия Рельеф | 25.0 |
Мексика Сонора Серия | 19.7 |
США, коренные жители Аляски юпики | 15.5 |
Мексика Микстек Оахака | 13.7 |
Индия Хандеш Павра | 12.0 |
Мексика Сапотек Оахака | 11.2 |
Буркина-Фасо Мосси | 9.4 |
Мексика Штат Чиуауа Та… | 9.1 |
Эквадор Каяпа | 9.0 |
Южная Африка Натал Тамильский | 8.0 |
Пакистан Синдхи | 7.7 |
Индия Мумбаи Маратхи | 7.5 |
Пакистан Калаш | 7.5 |
Индия Тамилнад Надар | 7.4 |
Сенегал Ниоко Манденка | 7.0 |
Грузия Тбилисские курды | 6.7 |
Грузия Сванетия Сваны | 6.3 |
Мексика Метисы | 6.1 |
Индия Вест Бхилс | 6.0 |
Португальский центр | 6.0 |
Бельгия | 5.7 |
Мексика Миксе Оахака | 5.6 |
Саудовская Аравия Гураят и… | 5.6 |
США, коренные жители Северной Америки… | 5.6 |
Выходцы из Латинской Америки Южного Техаса США | 5.2 |
Камерунский карликовый скот | 5.0 |
Северо-Западный Кабо-Верде I… | 4.8 |
Грузия Тбилиси Грузия… | 4.8 |
Хорватия | 4.7 |
Финляндия | 4.5 |
Шотландия Оркнейские острова | 4.4 |
Мой собственный | 4.3 |
Марокко «бербер» Надор Ме… | 4.2 |
Австралия Новый Южный Уэльс | 4.1 |
США Африканская Америка | 4.0 |
Китай Внутренняя Монголия | 3.9 |
Гвадалахара-метисы (2) | 3.9 |
Камерун Сава | 3.8 |
Мали Бандиагара | 3.6 |
Тунис | 3.5 |
Индия Андхра-Прадеш Гол… | 3.4 |
Ирландия Южная | 3.4 |
Камерун Бети | 3.2 |
Пакистанский белудж | 3.2 |
Буркина-Фасо Фулани | 3.1 |
Парсы западного побережья Индии | 3.0 |
Израильские арабские друзы | 3.0 |
Япония Айны Хоккайдо | 3.0 |
Южноафриканский Натал Зулу | 3.0 |
Суданский | 3.0 |
США Кавказский | 3.0 |
Индия Северные индусы | 2.9 |
Пакистан Брахуи | 2.9 |
Уганда Кампала | 2.8 |
Иран Белудж | 2.7 |
Ирландия Северная | 2.7 |
румынский | 2.6 |
США латиноамериканцы | 2.6 |
Бразилия | 2.5 |
Юго-Восток Франции | 2.4 |
Гвинея-Бисау | 2.3 |
Испания Каталония Жирона | 2.3 |
Китай Пекин | 2.2 |
Франция Корсика | 2.0 |
Сингапур Яванский Индонезия | 2.0 |
США Южная Дакота Лакота Сиу | 2.0 |
Болгария | 1.8 |
Mongolia Buryat | 1.7 |
США Аризона Пима | 1.7 |
Испания Восточная Андалусия | 1.5 |
Кения | 1.4 |
Камерун Бамилеке | 1.3 |
Зимбабве Хараре Шона | 1.3 |
Россия Тува (2) | 1.1 |
частоты аллелей Представлены только |
А68 можно разделить на 3 аллеля: *6801, *6802, *6803. *6801 также можно разделить на *680101 и *680102 (ранее называвшиеся *68011 и *68012).
А*6801
[ редактировать ]Уровень A*6801 выше у некоторых групп коренных американцев , народов Южной Азии и Африки, однако уровень *6801 находится на низком уровне в большинстве стран Юго-Восточной Азии, особенно у коренного населения. Об этом также свидетельствуют низкие уровни в западной части Тихоокеанского региона, включая Японию. Перерыв *6801 прерывается в Северной Японии с 3%-ной частотой, обнаруженной у айнов , которая продолжает увеличиваться у арктических народов и снижается у коренных американцев. Тогда как в северных регионах Западной Евразии А*6801 падает. И в Африке, и в Новом Свете можно найти как A*680101, так и A*680102. [ 7 ] Хотя в Новом Свете более распространен А*680102.
частота | ||
исх. | Население | (%) |
[ 8 ] | Юкпа (Венесуэла) | 37.2 |
[ 9 ] | Нанди (Кения) | 11.6 |
[ 10 ] | Кения | 10.5 |
[ 11 ] | Хараре Шона (Зимбабве) | 9.8 |
[ 12 ] | Натал Зулу (Южная Африка) | 9.5 |
[ 9 ] | Луо (Кения) | 7.6 |
[ 9 ] | Мали Бандиагара | 6.2 |
[ 7 ] | Суданский | 5.5 |
[ 9 ] | Уганда | 5.2 |
[ 13 ] | Карликовый скот (Камерун) | 5.0 |
[ 14 ] | Метисы (Гвадалахара, Мексика) | 4.9 |
[ 15 ] | Северо-восточный остров (Кабо-Верде) | 4.8 |
[ 16 ] | Надор Металса (Марокко) | 4.8 |
[ 7 ] | Чиригуанос (Аргентина) | 4.7 |
[ 17 ] | Мосси (Буркина-Фасо) | 4.7 |
[ 9 ] | Лусака (Замбия) | 4.7 |
[ 13 ] | Бамилеке (Камерун) | 4.5 |
[ 7 ] | Сава (Камерун) | 3.8 |
[ 7 ] | Калаш (Пакистан) | 3.3 |
[ 7 ] | Бети (Камерун) | 3.2 |
[ 7 ] | Юго-Восточная Франция | 3.1 |
[ 7 ] | Сери (Сонора, Мексика) | 3.0 |
[ 7 ] | Яунде (Камерун) | 2.8 |
[ 7 ] | Тунис | 2.5 |
[ 7 ] | Гвинея-Бисау | 2.3 |
[ 7 ] | Фулани (Буркина-Фасо) | 2.0 |
[ 7 ] | Южная Португалия | 2.0 |
[ 7 ] | Оман (Восточная Аравия) | 1.7 |
[ 7 ] | Корсика (Франция) | 1.6 |
[ 7 ] | Белудж (Пакистан) | 1.6 |
[ 7 ] | Ниоколо Манденка (Сенегал) | 1.6 |
[ 7 ] | Восточная Андалусия (Испания) | 1.5 |
[ 7 ] | Оркнейские острова (Шотландия) | 1.4 |
[ 7 ] | Метисы (Мексика) | 1.2 |
[ 7 ] | Белудж (Иран) | 1.1 |
[ 7 ] | Бергамо (Италия) | 1.1 |
[ 7 ] | Северная Хань (Китай) | 1.0 |
[ 7 ] | Центральная Португалия | 1.0 |
[ 7 ] | Чешская Республика | 0.9 |
[ 7 ] | Северная Ирландия | 0.9 |
[ 7 ] | Евреи (Израиль) | 0.9 |
[ 7 ] | Миксе (Оахака, Мексика) | 0.9 |
[ 7 ] | Мадейра (Испания) | 0.8 |
[ 7 ] | Каяпа (Эквадор) | 0.6 |
[ 7 ] | Хвост (Грузия) | 0.6 |
[ 7 ] | Майорка/Менорка (Испания) | 0.6 |
[ 7 ] | Бельгия | 0.5 |
[ 7 ] | Лакота (Сиу) | 0.5 |
А*6802
[ редактировать ]A*6802 имеет глобальный узел у некоторых коренных народов Южной Америки (37%). Вторичный узел можно найти в Африке. Как и *6801, в коренном населении Юго-Восточной Азии имеется перерыв в *6802, что указывает на то, что эта популяция не является вероятным источником среди коренных народов Нового Света. Уровни, как правило, низкие (<1%) в Европе, за исключением побережья Средиземного моря. В Африке более высокие уровни можно обнаружить в Кении, Западной Африке и на островах Зеленого Мыса. [ 7 ] Примечание о чистоте: представление о том, что A*6802 имеет коренное индейское происхождение, может быть оспорено на основании возможности интрогрессии со стороны европейцев и африканцев. В случае с Юкпа это несостоятельно. У юкпа частота HLA-DQ8 составляет ~ 80%, это самая высокая частота аллеля DQ в мире. Это племя демонстрирует мало свидетельств европейской генетической интрогрессии, кроме того, самая близкая частота DQ8 с точки зрения Африки - изолированный !кунг из Намибии . Существует два возможных источника A*6802: напрямую из Африки и через Азию. Соответствующие аллели B (B*48, B*61) указывают на азиатское происхождение или на африканский источник очень древнего происхождения, поскольку для рекомбинации типичных азиатских аллелей B с A68 потребуется время. В испанском языке уровни A28 составляют 3,1% от этих ~0,5% — это A*6901, A*6802 — около 2,0%, что означает, что чистый уровень от A*6802 до A*6805 в испанском языке составляет ~0,5%. Из 11 опрошенных групп АН 9 имеют показатель выше и 2 — ниже 0,5%. Из двух испанских групп одна (Андалусия - 1,5%) находится выше, а другая (Каталония - 0,0%) ниже. В модели примеси испанская интрогрессия не объясняет A*6802 в Новом Свете. Азиатская модель миграции не показывает ни одного народа к северо-востоку от Пакистана, имеющего A*6802.
А*6803
[ редактировать ]частота | ||
исх. | Население | (%) |
[ 18 ] | Майя (Гватемала) | 7.6 |
[ 19 ] | Карликовая лошадь (Камерун) | 6.0 |
[ 14 ] | Метисы (Гвадалахара, Мексика) | 3.9 |
[ 20 ] | Метисы (Мексика) | 3.7 |
[ 19 ] | Мбензеле Пигмей (Центральноафриканский) | 1.5 |
[ 21 ] | Лакота (Сиу) | 1.2 |
[ 22 ] | Юпик (Эскимосско-Аляска) | 1.0 |
[ 11 ] | Бурят (Монголия) | 0.4 |
[ 11 ] | Северная Ирландия, Румыния, Чехия, | 0.0 |
А*6803 можно встретить у коренных народов Нового Света и Центральной Азии, в Африке он, по-видимому, ограничен жителями Западной и Центральной Африки. Это распределение вместе с информацией о 6801 и 6802 предполагает вероятное перераспределение аллелей *68 из Африки после первоначальной миграции из Восточной Африки, колонизировавшей Юго-Восточную Азию. Он также обеспечивает поддержку двух волн миграции из Азии в Новый Свет или, как минимум, в неизвестную зону смешения гаплотипов Западно-Тихоокеанского региона и гаплотипов, происходящих из Западной Африки и Ближнего Востока, в Восточной Азии до первой миграции. В настоящее время вторжение народов Западной Евразии в Восточную Азию следует за свидетельствами повторного использования Забайкалья спустя 18 300 лет и коррелирует с зарождающимся периодом Дзёмон в Японии несколько тысяч лет спустя. Определенные аллели и гаплотипы HLA у жителей Южной Америки нацелены на предполагаемый состав Японии до Яёй, но другие народы, например, в западной Мексике, наиболее похожи на айнов и народы бассейна Амура.
А*6805
[ редактировать ]A*6805 встречается в гватемальском и центральноафриканском мбензеле на низких уровнях.
Гаплотипы A68
[ редактировать ]Генетическая дистанция между коренными американцами и евразийцами слишком велика для сохранения общих гаплотипов, особенно в свете более низких уровней на большей части Сибири. Связь гаплотипов с Западной Африкой может быть значительной и может указывать на быструю миграцию и смешение на восток в период позднего палеолита.
Гаплотипы коренных американцев
[ редактировать ]Гаплотипы A*680102-B35
- А*680102 Cw*0304 B*3506 (A68-Cw10-B35)
- A68-Cw4-B35 (Терена, серия (Мексика))
- A*680102 Cw*0401 B3521 (A68-Cw4-B35) (Терена)
А*6802-B35
- A*6802-B3501 Гвадалахара
- A*6802-B3502 Гвадалахара
A68-B35 Майя (A*6803).
Эти два гаплотипа соответствуют присутствию Cw4-B35 и A68 в Азии и на Ближнем Востоке, а A68-B35, возможно, является предковым гаплотипом A68. A28(A*6802)-B35 находится в Сенегале. [ 23 ]
A6801-B4002/4 - Терена, эскимосы, метисы, индейцы (Азия)
A*680102-B*520102 в популяции метисов Мексики. A28(A*6802)-B52 также встречается в Сенегале. [ 23 ]
Гаплотипы Старого Света A68
[ редактировать ]A28(~A68)-B51 Армения, Сенегал, Эскимосский [ 23 ]
A28(~A68)-B70 Западная Африка, Заир, Зимбабве, Северная и Южная Африка (неевропейцы), Хой (готтентоты) [ 23 ]
Ссылки
[ редактировать ]- ^ Арсе-Гомес Б., Джонс Э.А., Барнстейбл С.Дж., Соломон Э., Бодмер В.Ф. (февраль 1978 г.). «Генетический контроль антигенов HLA-A и B в гибридах соматических клеток: потребность в бета2-микроглобулине». Тканевые антигены . 11 (2): 96–112. дои : 10.1111/j.1399-0039.1978.tb01233.x . ПМИД 77067 .
- ^ Форма запроса аллелей IMGT/HLA - Европейский институт биоинформатики
- ^ Тан Дж., Тан С., Лобашевский Э., Миракл А., Фидели У., Альдрованди Г., Аллен С., Мусонда Р., Каслоу Р. (2002). «Благоприятные и неблагоприятные аллели и гаплотипы HLA класса I у замбийцев, преимущественно инфицированных вирусом иммунодефицита человека типа 1 клады C» . Дж Вирол . 76 (16): 8276–84. doi : 10.1128/JVI.76.16.8276-8284.2002 . ПМК 155130 . ПМИД 12134033 .
- ^ Гостик Э., Коул Д.К., Хатчинсон С.Л. и др. (2007). «Функциональная и биофизическая характеристика HLA-A * 6801-рестриктированного ВИЧ-специфического Т-клеточного рецептора» . Евро. Дж. Иммунол . 37 (2): 479–86. дои : 10.1002/eji.200636243 . ПМК 2699040 . ПМИД 17273992 .
- ^ Крус-Роблес Д., Рейес П.А., Монтеон-Падилья В.М., Ортис-Муньис А.Р., Варгас-Аларкон Г. (2004). «Гены MHC класса I и II у мексиканских пациентов с болезнью Шагаса». Хм. Иммунол . 65 (1): 60–5. дои : 10.1016/j.humimm.2003.10.008 . ПМИД 14700597 .
- ^ Миддлтон, Д.; Менчака, Л.; Руд, Х.; Комерофски, Р. (2003). «Новая база данных частот аллелей: http://www.allerefrequency.net». Тканевые антигены . 61 (5): 403–407. дои : 10.1034/j.1399-0039.2003.00062.x . ПМИД 12753660 .
- ^ Перейти обратно: а б с д и ж г час я дж к л м н тот п д р с т в v В х и С аа аб и объявление но из в ах есть Миддлтон Д., Менчака Л., Руд Х., Комерофски Р. (2003). «Новая база данных частот аллелей» . Тканевые антигены . 61 (5): 403–7. дои : 10.1034/j.1399-0039.2003.00062.x . ПМИД 12753660 .
- ^ Лайрис З., Гедес И., Домингес Э. и др. (2001). «Расширенные гаплотипы HLA у индейцев Карибского бассейна: юкпа хребта Перия». Хм. Иммунол . 62 (9): 992–1000. дои : 10.1016/S0198-8859(01)00297-X . ПМИД 11543901 .
- ^ Перейти обратно: а б с д и Цао К., Мурманн А.М., Лайк К.Е. и др. (2004). «Дифференциация между африканскими популяциями подтверждается разнообразием аллелей и гаплотипов локусов HLA класса I». Тканевые антигены . 63 (4): 293–325. дои : 10.1111/j.0001-2815.2004.00192.x . ПМИД 15009803 .
- ^ Луо М., Эмбри Дж., Рамдахин С. и др. (2002). «HLA-A и HLA-B в Кении, Африка: частоты аллелей и идентификация HLA-B * 1567 и HLA-B * 4426». Тканевые антигены . 59 (5): 370–80. дои : 10.1034/j.1399-0039.2002.590503.x . ПМИД 12144620 .
- ^ Перейти обратно: а б с Материалы семинара IHW, Сиэтл, 2002 г., через http://www.allelefrequency.net через Миддлтон Д., Менчака Л., Руд Х., Комерофски Р. (2003). «Новая база данных частот аллелей» . Тканевые антигены . 61 (5): 403–7. дои : 10.1034/j.1399-0039.2003.00062.x . ПМИД 12753660 .
- ^ Миддлтон Д., Уильямс Ф., Мина А. и др. (2000). «Анализ распределения аллелей HLA-A в популяциях пяти континентов». Хм. Иммунол . 61 (10): 1048–52. дои : 10.1016/S0198-8859(00)00178-6 . ПМИД 11082518 .
- ^ Перейти обратно: а б Торимиро Дж.Н., Карр Дж.К., Вулф Н.Д. и др. (2006). «Разнообразие HLA класса I среди жителей сельских тропических лесов Камеруна: идентификация гаплотипа A*2612-B*4407». Тканевые антигены . 67 (1): 30–7. дои : 10.1111/j.1399-0039.2005.00527.x . ПМИД 16451198 .
- ^ Перейти обратно: а б Леал К.А., Мендоса-Каррера Ф., Ривас Ф., Родригес-Рейносо С., Портилья-де Буэн Э. (2005). «Частоты аллелей HLA-A и HLA-B в популяции метисов из Гвадалахары, Мексика, определены методом типирования на основе последовательностей». Тканевые антигены . 66 (6): 666–73. дои : 10.1111/j.1399-0039.2005.00495.x . ПМИД 16305683 .
- ^ Спинола Х., Брюгге-Армас Дж., Миддлтон Д., Брем А. (2005). «Полиморфизмы HLA в Кабо-Верде и Гвине-Бисау, выявленные на основе типирования на основе последовательностей». Хм. Иммунол . 66 (10): 1082–92. дои : 10.1016/j.humimm.2005.09.001 . ПМИД 16386651 .
- ^ Умхани К., Каносси А., Пианкателли Д. и др. (2002). «Секвенционный анализ полиморфизма HLA-DRB1 в арабоязычных группах Metalsa Berber и Chaouya из Марокко». Хм. Иммунол . 63 (2): 129–38. дои : 10.1016/S0198-8859(01)00370-6 . ПМИД 11821160 .
- ^ Модиано Д., Луони Дж., Петрарка В. и др. (2001). «Класс I HLA в трех этнических группах Западной Африки: генетические дистанции от популяций к югу от Сахары и европеоидов». Тканевые антигены . 57 (2): 128–37. дои : 10.1034/j.1399-0039.2001.057002128.x . ПМИД 11260507 .
- ^ Гомес-Касадо Э., Мартинес-Ласо Дж., Москосо Дж. и др. (2003). «Происхождение майя по генам HLA и уникальность индейцев». Тканевые антигены . 61 (6): 425–36. дои : 10.1034/j.1399-0039.2003.00040.x . ПМИД 12823766 .
- ^ Перейти обратно: а б Брюгге Армас Дж., Дестро-Бисоль Г., Лопес-Васкес А. и др. (2003). «Вариация HLA класса I у западноафриканских пигмеев и их генетическое родство с другими африканскими популяциями». Тканевые антигены . 62 (3): 233–42. дои : 10.1034/j.1399-0039.2003.00100.x . ПМИД 12956877 .
- ^ Уильямс Ф., Мина А., Дарк С. и др. (2001). «Анализ распределения аллелей HLA-B в популяциях пяти континентов». Хм. Иммунол . 62 (6): 645–50. дои : 10.1016/S0198-8859(01)00247-6 . ПМИД 11390040 .
- ^ Леффелл М.С., Фаллин М.Д., Хильдебранд В.Х., Каветт Дж.В., Иглхарт Б.А., Закари А.А. (2004). «Аллели и гаплотипы HLA среди сиу лакота: отчет о семинарах меньшинств ASHI, часть III». Хм. Иммунол . 65 (1): 78–89. дои : 10.1016/j.humimm.2003.10.001 . ПМИД 14700599 .
- ^ Леффелл М.С., Фаллин М.Д., Эрлих Х.А. и др. (2002). «Антигены, аллели и гаплотипы HLA среди юпиков, коренных жителей Аляски: отчет о семинарах меньшинств ASHI, Часть II». Хм. Иммунол . 63 (7): 614–25. дои : 10.1016/S0198-8859(02)00415-9 . ПМИД 12072196 .
- ^ Перейти обратно: а б с д [Примечание: поскольку freq(A28) = freq(A68) + freq(A69) и A69 не широко распространены в Африке (в основном Левант, острова Кабо-Верде, некоторые племена в Буркино-Фасо), частоты A28 обычно можно рассматривать как частоты A68. ]