АПАФ1

АПАФ1
Доступные структуры ПДБ Поиск ортологов: PDBe RCSB показывать Список идентификационных кодов PDB 1C15, 1CWW, 1CY5, 1Z6T, 2P1H, 2YGS, 3J2T, 3YGS, 4RHW, 3JBT
Идентификаторы
Псевдонимы	APAF1 , APAF-1, CED4, фактор активации апоптотической пептидазы 1
Внешние идентификаторы	Опустить : 602233 ; МГИ : 1306796 ; Гомологен : 7626 ; Генные карты : APAF1 ; OMA : APAF1 — ортологи
показывать Местоположение гена ( человек ) Chr. Chromosome 12 (human) Band 12q23.1 Start 98,645,290 bp End 98,735,433 bp
показывать Местоположение гена ( Мышь ) Chr. Chromosome 10 (mouse) Band 10 C2|10 45.47 cM Start 90,989,311 bp End 91,082,770 bp
показывать экспрессии РНК Характер Bgee Human Mouse (ortholog) Top expressed in monocyte ventricular zone blood bone marrow cells ganglionic eminence epithelium of colon granulocyte Achilles tendon trabecular bone testicle Top expressed in granulocyte dermis migratory enteric neural crest cell ureter jejunum vas deferens otic vesicle stroma of bone marrow gastrula ileum More reference expression data BioGPS More reference expression data
показывать Генная онтология Molecular function heat shock protein binding ADP binding protein binding identical protein binding ATP binding nucleotide binding cysteine-type endopeptidase activator activity involved in apoptotic process Cellular component cytoplasm cytosol extracellular exosome nucleus apoptosome extracellular region secretory granule lumen ficolin-1-rich granule lumen protein-containing complex Biological process cellular response to transforming growth factor beta stimulus neuron apoptotic process regulation of apoptotic process cell differentiation response to hypoxia response to nutrient response to G1 DNA damage checkpoint signaling human ageing positive regulation of apoptotic signaling pathway glial cell apoptotic process nervous system development multicellular organism development cardiac muscle cell apoptotic process intrinsic apoptotic signaling pathway intrinsic apoptotic signaling pathway in response to endoplasmic reticulum stress neural tube closure brain development positive regulation of apoptotic process apoptotic signaling pathway forebrain development regulation of apoptotic DNA fragmentation protein homooligomerization activation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process activation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process by cytochrome c apoptotic process neutrophil degranulation negative regulation of G0 to G1 transition kidney development Sources:Amigo / QuickGO
скрывать Ортологи Разновидность Человек Мышь Входить 317 11783 Вместе ENSG00000120868 ENSMUSG00000019979 ЮниПрот О14727 О88879 RefSeq (мРНК) НМ_001160 НМ_013229 НМ_181861 НМ_181868 НМ_181869 НМ_001042558 НМ_001282947 НМ_009684 RefSeq (белок) НП_001151 НП_037361 НП_863651 НП_863658 НП_863659 НП_001036023 НП_001269876 НП_033814 Местоположение (UCSC) Чр 12: 98,65 – 98,74 Мб Чр 10: 90,99 – 91,08 Мб в PubMed Поиск
Викиданные
Просмотр/редактирование человека Просмотр/редактирование мыши

Фактор активации апоптотической протеазы 1 , также известный как APAF1 , является человеческим гомологом C. elegans . гена CED-4

Функция

Белок был идентифицирован в лаборатории Сяодуна Вана как активатор каспазы-3 в присутствии цитохрома С и dATP. Этот ген кодирует цитоплазматический белок, который образует один из центральных узлов сети регуляции апоптоза . Этот белок содержит (на N-конце) домен рекрутирования каспазы ( CARD ), домен АТФазы (NB-ARC), несколько коротких спиральных доменов, а затем несколько копий повторяющегося домена WD40 . При связывании цитохрома с и dATP этот белок образует олигомерную апоптосому . Апоптосома связывает и расщепляет белок прокаспазу-9 , высвобождая его зрелую активированную форму. Точный механизм этой реакции все еще обсуждается, хотя работа, опубликованная Гаем Салвесеном, предполагает, что апоптосома может вызывать димеризацию каспазы-9 и последующий автокатализ . Активированная каспаза-9 стимулирует последующий каскад каспаз, который вызывает апоптоз клетки.

Альтернативный сплайсинг приводит к образованию нескольких вариантов транскриптов, кодирующих разные изоформы.

Структура

APAF1 содержит домен CARD с греческим ключевым мотивом, состоящим из шести спиралей, нуклеотидсвязывающими доменами складки Россмана, коротким спиральным мотивом и доменом крылатой спирали.

Взаимодействия

Было показано, что APAF1 взаимодействует с:

• АПИП ,
• BCL2-подобный 1
• Каспаза-9 ,
• HSPA4 , и
• НЛРП1 .

Внешние ссылки

• человека Местоположение генома APAF1 и страница сведений о гене APAF1 в браузере генома UCSC .
• Обзор всей структурной информации, доступной в PDB для UniProt : O14727 (фактор активации апоптотической протеазы 1) на PDBe-KB .

Дальнейшее чтение

• Смит Т.Ф., Гаитацес К., Саксена К., Нир Э.Дж. (май 1999 г.). «Повтор WD: общая архитектура для разнообразных функций» . Тенденции биохимических наук . 24 (5): 181–5. дои : 10.1016/S0968-0004(99)01384-5 . ПМИД   10322433 .
• ван Ойршот Дж.Т. (август 1999 г.). «Вакцины Diva, снижающие передачу вируса». Журнал биотехнологии . 73 (2–3): 195–205. дои : 10.1016/S0168-1656(99)00121-2 . ПМИД   10486928 .
• Накадзима Д., Оказаки Н., Ямакава Х., Кикуно Р., Охара О., Нагасе Т. (июнь 2002 г.). «Создание готовых к экспрессии клонов кДНК для генов KIAA: ручное курирование 330 клонов кДНК KIAA». Исследование ДНК . 9 (3): 99–106. CiteSeerX   10.1.1.500.923 . дои : 10.1093/dnares/9.3.99 . ПМИД   12168954 .
• Кампиони М., Сантини Д., Тонини Дж., Мурас Р., Драгонетти Е., Спугнини Э.П., Балди А. (ноябрь 2005 г.). «Роль Apaf-1, ключевого регулятора апоптоза, в прогрессировании меланомы и химиорезистентности» . Экспериментальная дерматология . 14 (11): 811–8. дои : 10.1111/j.1600-0625.2005.00360.x . ПМИД   16232302 . S2CID   45588573 .
• Цзоу Х, Хензель В.Дж., Лю Х, Лучг А., Ван Х (август 1997 г.). «Apaf-1, человеческий белок, гомологичный C. elegans CED-4, участвует в цитохром-с-зависимой активации каспазы-3» . Клетка . 90 (3): 405–13. дои : 10.1016/S0092-8674(00)80501-2 . ПМИД   9267021 . S2CID   18105320 .
• Ли П., Ниджхаван Д., Будихарджо И., Шринивасула С.М., Ахмад М., Алнемри Э.С., Ван Х (ноябрь 1997 г.). «Цитохром С и dATP-зависимое образование комплекса Apaf-1/каспаза-9 инициируют апоптотический протеазный каскад» . Клетка . 91 (4): 479–89. дои : 10.1016/S0092-8674(00)80434-1 . ПМИД   9390557 . S2CID   14321446 .
• Исикава К., Нагасе Т., Накадзима Д., Секи Н., Охира М., Миядзима Н., Танака А., Котани Х., Номура Н., Охара О (октябрь 1997 г.). «Прогнозирование кодирующих последовательностей неопознанных генов человека. VIII. 78 новых клонов кДНК из мозга, которые кодируют большие белки in vitro» . Исследование ДНК . 4 (5): 307–13. дои : 10.1093/dnares/4.5.307 . ПМИД   9455477 .
• Пан Дж., О'Рурк К., Диксит В.М. (март 1998 г.). «Каспаза-9, Bcl-XL и Apaf-1 образуют тройной комплекс» . Журнал биологической химии . 273 (10): 5841–5. дои : 10.1074/jbc.273.10.5841 . ПМИД   9488720 .
• Ху Ю, Бенедикт М.А., Ву Д., Инохара Н., Нуньес Г. (апрель 1998 г.). «Bcl-XL взаимодействует с Apaf-1 и ингибирует Apaf-1-зависимую активацию каспазы-9» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 95 (8): 4386–91. Бибкод : 1998PNAS...95.4386H . дои : 10.1073/pnas.95.8.4386 . ПМК   22498 . ПМИД   9539746 .
• Шринивасула С.М., Ахмад М., Фернандес-Алнемри Т., Алнемри Э.С. (июнь 1998 г.). «Аутоактивация прокаспазы-9 путем олигомеризации, опосредованной Apaf-1» . Молекулярная клетка . 1 (7): 949–57. дои : 10.1016/S1097-2765(00) 80095-7 ПМИД   9651578 .
• Чеккони Ф., Альварес-Боладо Г., Мейер Б.И., Рот К.А., Грусс П. (сентябрь 1998 г.). «Apaf1 (гомолог CED-4) регулирует запрограммированную гибель клеток в развитии млекопитающих» . Клетка . 94 (6): 727–37. дои : 10.1016/S0092-8674(00)81732-8 . ПМИД   9753320 .
• Инохара Н., Горли Т.С., Каррио Р., Муньис М., Мерино Дж., Гарсия И., Косеки Т., Ху Ю, Чен С., Нуньес Г. (декабрь 1998 г.). «Diva, гомолог Bcl-2, который напрямую связывается с Apaf-1 и вызывает BH3-независимую гибель клеток» . Журнал биологической химии . 273 (49): 32479–86. дои : 10.1074/jbc.273.49.32479 . ПМИД   9829980 .
• Ху Ю, Дин Л, Спенсер ДМ, Нуньес Г (декабрь 1998 г.). «Область повторов WD-40 регулирует самоассоциацию Apaf-1 и активацию прокаспазы-9» . Журнал биологической химии . 273 (50): 33489–94. дои : 10.1074/jbc.273.50.33489 . ПМИД   9837928 .
• Сонг К, Куанг Й, Диксит В.М., Винченц С. (январь 1999 г.). «Бу, новый негативный регулятор гибели клеток, взаимодействует с Apaf-1» . Журнал ЭМБО . 18 (1): 167–78. дои : 10.1093/emboj/18.1.167 . ПМЦ   1171112 . ПМИД   9878060 .
• Сли Э.А., Харт М.Т., Клак Р.М., Вольф Б.Б., Казиано К.А., Ньюмейер Д.Д., Ван Х.Г., Рид Дж.К., Николсон Д.В., Алнемри Э.С., Грин Д.Р., Мартин С.Дж. (январь 1999 г.). «Упорядочение каспазного каскада, инициируемого цитохромом С: иерархическая активация каспаз-2, -3, -6, -7, -8 и -10 зависимым от каспазы-9 образом» . Журнал клеточной биологии . 144 (2): 281–92. дои : 10.1083/jcb.144.2.281 . ПМК   2132895 . ПМИД   9922454 .
• Цзоу Х, Ли Ю, Лю X, Ван X (апрель 1999 г.). «Мультимерный комплекс APAF-1.цитохром c представляет собой функциональную апоптосому, которая активирует прокаспазу-9» . Журнал биологической химии . 274 (17): 11549–56. дои : 10.1074/jbc.274.17.11549 . ПМИД   10206961 .
• Салех А., Шринивасула С.М., Ачарья С., Фишел Р., Алнемри Э.С. (июнь 1999 г.). «Цитохром С и dATP-опосредованная олигомеризация Apaf-1 является предпосылкой для активации прокаспазы-9» . Журнал биологической химии . 274 (25): 17941–5. дои : 10.1074/jbc.274.25.17941 . ПМИД   10364241 .
• Цинь Х., Шринивасула С.М., Ву Г., Фернандес-Алнемри Т., Алнемри Э.С., Ши Ю (июнь 1999 г.). «Структурная основа рекрутирования прокаспазы-9 апоптотическим фактором активации протеазы 1». Природа . 399 (6736): 549–57. Бибкод : 1999Natur.399..549Q . дои : 10.1038/21124 . ПМИД   10376594 . S2CID   4403525 .
• Дросопулос Н.Е., Уолш Ф.С., Доэрти П. (июнь 1999 г.). «Растворимая версия рецептороподобного протеина тирозинфосфатазы каппа стимулирует рост нейритов через Grb2/MEK1-зависимый сигнальный каскад». Молекулярная и клеточная нейронауки . 13 (6): 441–9. дои : 10.1006/mcne.1999.0758 . ПМИД   10383829 . S2CID   35458154 .