Тетралуп
Тетрапетли тип шпильки представляют собой с четырьмя основаниями во вторичной структуре РНК , которая окружает множество двойных спиралей . [2] Существует множество вариантов тетрапетли. Среди опубликованных - АНЯ, [3] [4] КУЙГ, [5] ГНРА, [6] УНАК [7] и UNCG. [8]
распространены три типа тетрапетли В рибосомальной РНК : GNRA, UNCG и CUUG, в которых N может быть либо урацилом , аденином , цитозином или гуанином , а R — либо гуанином, либо аденином. Эти три последовательности образуют стабильные и консервативные тетрапетли, которые играют важную роль в структурной стабильности и биологической функции 16S рРНК. [9]
- ГНРА
- Тетрапетля GNRA имеет пару оснований гуанин - аденин , где гуанин находится на 5'-конце от спирали, а аденин - на 3'-конце спирали. Тетрапетли с последовательностью UMAC имеют по существу ту же самую складку основной цепи, что и тетрапетля GNRA. [7] но с меньшей вероятностью будет образовывать взаимодействия тетрапетля-рецептор. Поэтому они могут быть лучшим выбором для закрытия стеблей при разработке искусственных РНК.
- Наличие тетрапетли GNRA обеспечивает исключительную стабильность структуры РНК. GNRA встречается на 50% чаще, чем другие тетрануклеотиды, из-за их способности выдерживать температуры на 4 ° C выше, чем у других шпилек РНК. Это позволяет им действовать как сайты нуклеации для правильного сворачивания РНК. Редкие водородные связи между первым гуанином и четвертым адениновым нуклеотидом, обширная укладка нуклеотидных оснований и водородные связи между 2'-ОН рибозного сахара и азотистыми основаниями делают тетрапетлю термодинамически стабильной. [10]
- UNCG
- В UNCG выгоден термодинамически и структурно благодаря водородным связям , взаимодействиям Ван-дер-Ваальса , кулоновским взаимодействиям и взаимодействиям между РНК и растворителем. Тетрапетли UNCG более стабильны, чем петли ДНК с той же последовательностью. Тетрапетля UUCG — самая стабильная тетрапетля. [11] Тетрапетли UUCG и GNRA составляют 70% всех тетрапетлей в 16S-рРНК. [2]
- КАШЕЛЬ
См. также
[ редактировать ]Ссылки
[ редактировать ]- ^ Кейт Дж. Х., Гудинг А. Р., Поделл Э., Чжоу К., Голден Б. Л., Кундрот С. Э., Чех Т. Р., Дудна Дж. А. (1996). «Кристаллическая структура домена рибозима группы I: принципы упаковки РНК». Наука . 273 (5282): 1676–1685. Бибкод : 1996Sci...273.1678C . дои : 10.1126/science.273.5282.1678 . ПМИД 8781224 . S2CID 38185676 .
{{cite journal}}: CS1 maint: несколько имен: список авторов ( ссылка ) - ^ Jump up to: а б Вёзе Ч.Р., Винкерс С., Гутелл Р.Р. (1990). «Архитектура рибосомальной РНК: ограничения на последовательность «тетрапетлей» » . Учеб. Натл. акад. наук. США . 87 (21): 8467–71. Бибкод : 1990PNAS...87.8467W . дои : 10.1073/pnas.87.21.8467 . ПМК 54977 . ПМИД 2236056 .
{{cite journal}}: CS1 maint: несколько имен: список авторов ( ссылка ) - ^ Зирбель, CL; Спонер, Дж. Э.; Спонер, Дж; Стомбо, Дж; Леонтис, НБ (август 2009 г.). «Классификация и энергетика оснований-фосфатных взаимодействий в РНК» . Исследования нуклеиновых кислот . 37 (15): 4898–918. дои : 10.1093/нар/gkp468 . ПМК 2731888 . ПМИД 19528080 .
- ^ Клостерман, PS; Хендрикс, ДК; Тамура, М; Холбрук, СР; Бреннер, SE (2004). «Трехмерные мотивы из SCOR, структурная классификация базы данных РНК: выдавленные нити, тройки оснований, тетрапетли и U-образные повороты» . Исследования нуклеиновых кислот . 32 (8): 2342–52. дои : 10.1093/nar/gkh537 . ПМК 419439 . ПМИД 15121895 .
- ^ Джакер, FM; Парди, А. (7 ноября 1995 г.). «Структура раствора шпильки CUUG: новый мотив тетрапетли РНК». Биохимия . 34 (44): 14416–27. дои : 10.1021/bi00044a019 . ПМИД 7578046 .
- ^ Джагер, Л; Мишель, Ф; Вестхоф, Э. (11 марта 1994 г.). «Участие тетрапетли GNRA в третичных взаимодействиях РНК дальнего действия». Журнал молекулярной биологии . 236 (5): 1271–6. дои : 10.1016/0022-2836(94)90055-8 . ПМИД 7510342 .
- ^ Jump up to: а б Чжао, Вопрос; Хуанг, ХК; Нагасвами, У; Ся, Ю; Гао, X; Фокс, GE (август 2012 г.). «Тетралупы UNAC: в какой степени они имитируют тетралупы GNRA?». Биополимеры . 97 (8): 617–28. дои : 10.1002/bip.22049 . ПМИД 22605553 .
- ^ Молинаро, М; Тиноко I-младший (11 августа 1995 г.). «Использование сверхстабильных шпилек тетрапетли UNCG для сворачивания структур РНК: термодинамические и спектроскопические приложения» . Исследования нуклеиновых кислот . 23 (15): 3056–63. дои : 10.1093/нар/23.15.3056 . ПМК 307149 . ПМИД 7544890 .
- ^ Jump up to: а б Баумрук, Владимир; Гуйетт, Кэтрин; Хюинь-Динь, Там; Сунь, Цзянь-Шэн; Гоми, Махмуд (1 октября 2001 г.). «Сравнение тетрапетлей CUUG и UUCG: термодинамическая стабильность и структурные особенности, анализируемые методами УФ-поглощения и колебательной спектроскопии» . Исследования нуклеиновых кислот . 29 (19): 4089–4096. дои : 10.1093/нар/29.19.4089 . ISSN 0305-1048 . ПМК 60239 . ПМИД 11574692 .
- ^ Хойс, Ганс А.; Парди, Артур (1 января 1991 г.). «Структурные особенности, обуславливающие необычную стабильность шпилек РНК, содержащих петли GNRA». Наука . 253 (5016): 191–194. Бибкод : 1991Sci...253..191H . дои : 10.1126/science.1712983 . JSTOR 2878700 . ПМИД 1712983 .
- ^ Антао, вице-президент; Лай, Ю.Ю.; Тиноко, И. (11 ноября 1991 г.). «Термодинамическое исследование необычайно стабильных шпилек РНК и ДНК» . Исследования нуклеиновых кислот . 19 (21): 5901–5905. дои : 10.1093/нар/19.21.5901 . ISSN 0305-1048 . ПМК 329045 . ПМИД 1719483 .
- ^ Холл, Кэтлин Б. (15 октября 2013 г.). «РНК танцует складывающийся танец: скручивание, поворот, складывание» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 110 (42): 16706–7. Бибкод : 2013PNAS..11016706H . дои : 10.1073/pnas.1316029110 . JSTOR 23750643 . ПМК 3801021 . ПМИД 24072647 .
 | Эта по молекулярной биологии статья незавершена . Вы можете помочь Википедии, расширив ее . |