C11orf98
| C11orf98 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Идентификаторы | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Псевдонимы | C11ORF98 , C11ORF48, Chromosome 11 Open Rame Prame 98 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Внешние идентификаторы | MGI : 1913526 ; Гомологи : 84408 ; GeneCards : C11orf98 ; OMA : C11ORF98 - Ортология | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Викидид | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C11ORF98 , кодирующим белок, является геном на хромосоме 11 у людей неизвестной функции. В остальном он известен как C11orf48. [ 5 ] Ген охватывает хромосомный локус от 62 662 817-62 665 210. [ 6 ] Есть 4 экзона . Он охватывает 2394 пары оснований ДНК [ 7 ] и продуцирует мРНК, которая длится 646 пары оснований. [ 8 ]
Ген
[ редактировать ]Выражение
[ редактировать ]Этот ген экспрессируется на очень высоком уровне, в 4,4 раза больше среднего гена. [ 9 ] Белок C11ORF98 экспрессируется в широком спектре тканей. RNA-Seq DAT показал, что этот ген экспрессируется наивысшим в Приложении, лимфатическом узле и тимусе. [ 10 ]
Анализ с помощью PSORT II пришел к выводу, что продукт гена C11ORF98 локализуется в надежности ядра 82,6%. Эта ядерная локализация предполагает, что белок C11ORF98 может иметь функцию, связанную с экспрессией и регуляцией генов в ядре.
Регулирование
[ редактировать ]Предполагается, что несколько различных факторов транскрипции будут регулировать экспрессию гена C11ORF98. Эти факторы транскрипции были предсказаны на основе последовательностей ДНК, обнаруженных в гене с использованием Genomatix, который также предоставил имя и описание. [ 11 ]
| # | Имя | TF Описание |
| 1 | V $ ZIC3.03 | Цинковый белок пальца мозжечка (ZIC3) |
| 2 | V$SPZ1.01 | Сперматогенный транскрипционный фактор Zip 1 |
| 3 | V$YB1.01 | Y -бокс -связывающий белок 1, предпочитает связывание ssDNA |
| 4 | V$PAX5 | Pax5 парный домен белок |
| 5 | В $ TCF21.02 | Фактор транскрипции 21 |
| 6 | V$GFI1B.02 | Независимость фактора роста 1 белок цинкового пальца GFI-1B |
| 7 | V$SPI1.02 | SPI-1 протоонкоген; Гемопоэтический транскрипционный фактор PU.1 |
| 8 | V$ZKSCAN3.01 | Цинковый палец с доменом krab и сканирования 3 |
| 9 | V$EGR2.03 | Ранний ответ роста 2 |
| 10 | V$ZNF300.01 | Краб-содержащий цинковый белок 300 |
| 11 | V $ AP4.03 | Активация белка 4 -энхансера 4 |
| 12 | V$AML2.01 | Runx3 (связанный с RUNT транскрипционным фактором 3), AML2 (острый миелоидный лейкоз 2) |
| 13 | V$WHN.01 | Белок крылатой спирали, участвуя в кератинизации волос и дифференцировке эпителии тимуса |
| 14 | O $ dinr.01 | Drosophila инициаторные мотивы |
| 15 | V$ZTRE.03 | 5 'половина сайта Ztre Motif |
| 16 | V$ZNF35.01 | Белок цинкового пальца человека Znf35 |
| 17 | V$SP1.02 | Стимулирующий белок 1, повсеместный фактор транскрипции цинковых пальцев |
| 18 | В $ dmp1.02 | Циклин D-связывающий транскрипционный фактор, похожий на циклин D |
| 19 | V$ETV1.02 | ETS меняется 1 |
| 20 | V$WT1.02 | Вильмс опухоль супрессор |
Белок
[ редактировать ]Ген C11ORF98 кодирует белок длиной 123 аминокислоты . [ 12 ] Предсказанная молекулярная масса белка составляет 14,2 кДа . [ 13 ] Базальная изоэлектрическая точка была определена как 11,53. [ 14 ] Было предсказано, что субклеточная локализация белка будет в ядре. [ 15 ] [ 16 ]
Домен
[ редактировать ]Белок C11ORF98 содержит область неизвестной функции (DUF5564), которая охватывает аминокислоты 1-98. В белке также есть 2 неупорядоченные области, которые охватывают аминокислоты 1-21 и 32-123. [ 17 ] C11ORF98 содержит 4 сигнала двухпартной ядерной локализации (NLS_BP), которые указывают на то, что белок будет «помечен» для импорта в ядер ядерного транспорта. Последовательность NLS_BP обычно состоит из положительно заряженных аргининов, что также объясняет область богатой аргинином (arg_rich). [ 18 ]
Структура
[ редактировать ]Предполагалось, что вторичные структуры белка C11ORF98 имеют несколько альфа -спиралей , а также бета -листы . [ 19 ] Третичная структура была предсказана с использованием алфалолда [ 20 ]
Белок C11orf98 подвергается модификациям после перевода . Был предсказан, что белок C11ORF98 будет иметь сайт амидирования . Это функционирует как сайт расщепления предшественника пептида. фосфорилирования, зависящий от CAMP и CGMP, Затем был предсказан сайт фосфорилирования а также другие сайты фосфорилирования, такие как сайт фосфорилирования казеинкиназы II и сайт фосфорилирования протеинкиназы С. Сайт N-Myristoylation также был предсказан. Фосфорилирование является значимым, потому что в сайт добавляется фосфорильная группа, которая может возникнуть только в ядре или в цитозоле. Миристоилирование является значимым, потому что к участку добавляется миристоильная группа (группа жирных кислот), которое помогает закрепить трансмембранное белок или цитозольный белок на мембрану. [ 21 ] [ 22 ] [ 16 ] Было двенадцать предсказанных мест o-бета-гликозилирования. Это важно, потому что эта модификация обнаруживается исключительно на ядерных и цитоплазматических белках, а не на мембранных белках и секреторных белках. [ 16 ] Один сайт sumoylation был предсказан. Sumoylation -это посттрансляционная модификация, связанная с ядерным цитозольным транспортом, регуляцией транскрипции, апоптоз, стабильности белка, реакции на стресс и прогрессированию через клеточный цикл. [ 23 ]
Взаимодействия
[ редактировать ]| Сокращенное имя | Имя | Основа идентификатора | Счет | Описание |
| Июнь | C-Jun | Идентификация биотина в зависимости от близости | Различный | C-Jun в сочетании с C-FOS образует фактор транскрипции AP-1 раннего ответа |
| Флайт | Фибрилляр | Идентификация биотина в зависимости от близости | Различный | Компонент нуклеолярной частицы с малым ядерным рибонуклеопротеином (SNRNP), который, как считается, участвует в первом этапе обработки до рибосомной (R) РНК |
| ESR1 | Рецептор эстрогена 1 | Очищение тандема | 0.35 | Активирован эстрогеном полового гормона, представляет собой транскрипционный фактор, состоящий из нескольких доменов, важных для связывания гормонов, связывания ДНК и активации транскрипции |
| Scarb2 | Член 2 класса B -рецептора Shavenger 2 | Потянуть | 0.35 | Белок в основном обнаружен в мембране клеточных структур, называемых лизосомами, которые представляют собой специализированные отсеки, которые переваривают и перерабатывают материалы |
| OAS3 | 2'-5'-Олигоаденилат Синтетаза 3 | Потянуть | 0.35 | Этот фермент индуцируется интерферонами и катализирует 2 ', 5' олигомеры АТФ |
Гомология и эволюция
[ редактировать ]Ген C11orf98 имеет 148 ортологов. [ 25 ] Самый старый ортолог появился у беспозвоночных. Другие ортологи были обнаружены у птиц, рептилий, амфибий, рыбы и беспозвоночных. [ 26 ]
| SEQ # | C11orf98 | Род, виды | Общее название | Таксономическая группа | Дата дивергенции (миллион лет назад) [ 27 ] | Номер доступа [ 28 ] | Покрытие запроса | Длина последовательности (AA) | Идентичность последовательности (%) | Сходство последовательности (%) |
| 0 | Млекопитающая | Homo Sapiens | человек | Приматы | 0 | NP_001273015 | 100 | 123 | 100 | 100 |
| 1 | Pan Paniscus | Бонобо (Pygmy Chimmpanzee) | Приматы | 6.7 | XP_008952146.1 | 100 | 123 | 99.2 | 100 | |
| 2 | Homo Sapiens | Домашняя мышь | Роденция | 90 | NP_079739.1 | 100 | 123 | 82.93 | 91.1 | |
| 3 | Птица | Dromaius novaehollandiae | emu | Птица | 312 | XP_025975290 | 96 | 200 | 35.6 | 43.4 |
| 4 | Аптерикс плащ | Северный остров коричневый киви | Птица | 312 | XP_013806542 | 90 | 155 | 48.4 | 61.9 | |
| 5 | Рептилия | Челидра Серпентина | Компан, щелкая черепаха | Рептилия | 312 | Kag6938024.1 | 97 | 127 | 62.2 | 74 |
| 6 | Амфибия | Bufo Bufo | Общая жаба | Амфибия | 351.8 | XP_040265882.1 | 98 | 135 | 51.5 | 75 |
| 7 | Ranitomeya imitator | имит -ядовитый лягушка | Амфибия | 351.8 | CAF5124592.1 | 59 | 97 | 51.2 | 56.6 | |
| 8 | РЫБА | Дания Ворс | рыбок данио | Actinoptergyii (костюма) | 435 | XP_009298201.1 | 65 | 177 | 33.7 | 43.7 |
| 9 | Perca Flavescens | Желтый окунь | Actinoptergyii (костюма) | 435 | XP_028427042.1 | 97 | 129 | 58.3 | 71.2 | |
| 10 | Rhincodon Typus | китовая акула | Хондрихти | 473 | XP_020392632.1 | 95 | 125 | 59.1 | 73.2 | |
| 11 | Carcharodon Carcharias | Великая белая акула | Хондрихти | 473 | XP_041069108.1 | 95 | 130 | 57.6 | 74.2 | |
| 12 | Callorhinchus milii | Слонская акула | Хондрихти | 473 | XP_007910732.1 | 61 | 134 | 47.1 | 63.6 | |
| 13 | Беспозвоночные | Стили Клава | Стиганный морской сквирт | Chordata | 676 | XP_039269774.1 | 91 | 125 | 36.8 | 51.9 |
| 14 | Branchiostoma belcheri | Ланселет Белчера | Chordata | 684 | XP_019641031.1 | 93 | 127 | 39.9 | 55.8 | |
| 15 | Приапулус хвост | Червь пениса | Приапулиморфида | 797 | XP_014677581.1 | 95 | 157 | 28.7 | 40.7 | |
| 16 | Оуния Фузиформис | Tubeworm | Polychaeta | 797 | CAC9620481.1 | 92 | 148 | 34.2 | 50 | |
| 17 | Lingula Anatona | язык | Брахиопода | 797 | XP_013399665.1 | 69 | 141 | 35.2 | 55.6 | |
| 18 | Exaiptasia Transparent | морской анемон | Anthozoa | 824 | XP_020906605.1 | 78 | 110 | 30.6 | 52.4 | |
| 19 | Темная актиния | Waratah Anemone | Anthozoa | 824 | XP_031558418.1 | 70 | 113 | 36.2 | 57.5 | |
| 20 | Нематостелла Vectensis | Старлет -морской анемон | Anthozoa | 824 | XP_001639221.1 | 80 | 112 | 34.9 | 54 |
Эволюция
[ редактировать ]Относительная скорость эволюции для C11ORF98 медленнее, чем скорость альфа -фибриногена, но быстрее, чем цитохром c. [ 29 ] Это показано на графике справа
Филогенетическое дерево
[ редактировать ]
Справа находится филогенетическое дерево, демонстрирующее эволюционную историю гена.
Клиническое значение
[ редактировать ]В настоящее время ген C11ORF98 не связан с каким -либо заболеванием или заболеванием.
Ссылки
[ редактировать ]- ^ Jump up to: а беременный в GRCH38: Ensembl Release 89: ENSG00000278615 - ENSEMBL , май 2017 г.
- ^ Jump up to: а беременный в GRCM38: Ensembl Release 89: Ensmusg00000071653 - Ensembl , май 2017 г.
- ^ «Человеческая PubMed ссылка:» . Национальный центр информации о биотехнологии, Национальная медицина США .
- ^ «Мышь Pubmed ссылка:» . Национальный центр информации о биотехнологии, Национальная медицина США .
- ^ «C11ORF98 Хромосома 11 Открытая кадр считывания 98 [Homo Sapiens (Human)]» . Ген. NCBI . Получено 2021-10-04 .
- ^ «Человек HG38 Chr11: 62 662 817-62 665 210 UCSC Browser V424» . genome.ucsc.edu . Получено 2021-12-16 .
- ^ «Человек HG38 Chr11: 62 662 817-62 665 210 UCSC Browser V424» . genome.ucsc.edu . Получено 2021-12-16 .
- ^ «Homo Sapiens Chromosome 11 Открытая кадр считывания 98 (C11ORF98), вариант транскрипта 1, мРНК» . 2021-07-01.
- ^ «AceView: Gene: C11ORF48Andints5, Комплексная аннотация генов человека, мыши и червя с мРНК или ESTSACEVIEW» . www.ncbi.nlm.nih.gov . Получено 2021-12-16 .
- ^ «C11orf98 Хромосома 11 Открытая кадр считывания 98 [Homo sapiens (Human)] - ген - NCBI» . www.ncbi.nlm.nih.gov . Получено 2021-12-18 .
- ^ "Genomatix" . Архивировано из оригинала 2021-12-16.
- ^ «Нехарактерный белок C11ORF98 [Homo sapiens] - белок - NCBI» . www.ncbi.nlm.nih.gov . Получено 2021-12-15 .
- ^ «Результаты SAPS» . www.ebi.ac.uk. Получено 2021-12-15 .
- ^ "C11orf98 (человек)" . www.phosphosite.org . Получено 2021-12-15 .
- ^ «Псиарт II прогноз» . psort.hgc.jp . Получено 2021-12-15 .
- ^ Jump up to: а беременный в "Услуги" . www.healthtech.dtu.dk . Получено 2021-12-15 .
- ^ «Нехарактерный белок C11ORF98 [Homo sapiens] - белок - NCBI» . www.ncbi.nlm.nih.gov . Получено 2021-10-25 .
- ^ "Сканирование мотива" . myhits.sib.swiss . Получено 2021-12-15 .
- ^ «Набор инструментов для биоинформатики» . Toolkit.tuebingen.mpg.de . Получено 2021-12-15 .
- ^ «База данных структуры алфалолдного белка» . alphafold.ebi.ac.uk . Получено 2021-12-15 .
- ^ "Сканирование мотива" . myhits.sib.swiss . Получено 2021-12-16 .
- ^ «GPS 5.0 - киназа -специфическое прогноз сайта фосфорилирования» . gps.biocuckoo.cn . Получено 2021-12-16 .
- ^ «GPS-Sumo: прогнозирование сайтов Sumoylation и мотивов SUMO-Interaction» . sumosp.biocuckoo.org . Архивировано из оригинала 2013-05-10 . Получено 2021-12-16 .
- ^ "Psiquic View" . Архивировано из оригинала 2010-04-11.
- ^ "Джин: C11orf98" . Ансамбл .
- ^ «Взрыв: базовый локальный инструмент поиска выравнивания» . blast.ncbi.nlm.nih.gov . Получено 2021-12-15 .
- ^ «Timetree :: The TimeScale of Life» . timetree.org . Получено 2021-12-15 .
- ^ «Взрыв: базовый локальный инструмент поиска выравнивания» . blast.ncbi.nlm.nih.gov . Получено 2021-12-15 .
- ^ «Timetree :: The TimeScale of Life» . timetree.org . Получено 2021-12-15 .